启动子生物信息学分析软件

1、1.PromoterPrediction/seq_tools/promoter.htmlPlantCARE(plantcis-actingregulatoryelements),adatabaseofplantcis-actingregulatoryelements HYPERLINK http:/bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/p http:/bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/3.promoter2.0predictionserver HYPERLINK http:/www.cbs

2、.dtu.dk/services/Promoter/ http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/4.启动子分析网址: HYPERLINK /seq_tools/promoter.html /seq_tools/promoter.html HYPERLINK http:/alggen.lsi.upc.es/recerca/menu_recerca.html http:/alggen.lsi.upc.es/recerca/menu_recerca.html HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ htt

3、p:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ HYPERLINK /molb470/ /molb470/.s/solorz/index.html HYPERLINK /molbio/proscan/http:/bip.weizmann.ac.il/toolbo /molbio/proscan/http:/bip.weizmann.ac.il/toolbo.ters.html#databases HYPERLINK /seq_tools/promoter.html.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm /seq_tools/promoter

4、.html.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm HYPERLINK /pub/programs.html%23pmatch.hk/b400559/arraysoft_pathway.html%23Promoter /pub/programs.html#pmatch.hk/b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter HYPERLINK http:/www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.htmlhttp:/intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ http:/www.dna

5、.affrc.go.jp/PLACE/signalup.htmlhttp:/intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ HYPERLINK /molbio/proscan/ /molbio/proscan/ HYPERLINK /molbio/signal/ /molbio/signal/ HYPERLINK /thread-41571-1-1.htm /thread-41571-1-1.h

6、tm常用启动子分析网址： HYPERLINK http:/bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html%23databas http:/bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html#databases HYPERLINK /seq_tools/promoter.html /seq_tools/promoter.html HYPERLINK .sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htmhttp:/www.gene-regulation.eom/pu

7、b/programs.html%23pmatch .sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htmhttp:/www.gene-regulation.eom/pub/programs.html#pmatch HYPERLINK .hk/b400559/arraysoft_pathway.html%23Promoterhttp:/www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html .hk/b400559/arraysoft_pathway.html#Promoterhttp:/www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.ht

8、ml HYPERLINK http:/intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http:/intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ HYPERLINK /molbio/proscan/ /molbio/proscan/ HYPERLINK /molbio/signal/ /molbio/signal/首先就是想直接查找有没有人做过这条基因的启动子，在pubmed中输入genename

9、+promoter接着就想看看有没有数据库可以直接给出启动子序列的，很幸运竟然发现一个极好的启动子搜索讲义网站，如下， HYPERLINK .il/workshops/bgu/promoterworkshop.html .il/workshops/bgu/promoterworkshop.html第一步就是要找到基因确定基因所在基因组区域，其中列出很多网站，不过偶还是习惯genbank，在gene栏中search某个基因，不要搞错基因种属！进入后即可看到该基因的详细条目，别眼花，就点击右侧link栏的Mapviewer链接，进入即可看到该基因在染色体上的形象定位，鼠标悬停在基因的起始位点时，即

10、可在浏览器下方的状态栏中显示该位点在染色体上的明确定位，比如110997788，结合给出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概确定该启动子在基因组中的大概定位，即110778899-110997788;第二步搞清楚基因组状态，我没搞太清楚，不过其中给的一个链接来查出启动子所在克隆（查出克隆号可以购买） HYPERLINK /genome/guide/mouse/ /genome/guide/mouse/该链接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist；第三步搜索启动子，其中可以用启动子数据库和

11、启动子预测软件，当然如果启动子数据库中有最好，但很失望给出的数据库均不能查到！只好用启动子预测软件，使用了几个在线预测工具后觉得下面这个速度贼快，推荐 HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/我把该基因的dna序列submit之后返回了很多个PolII识别位点，到底哪个是呢？我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近，所以在这个dna序列中定位翻译起始位点即可找到最近的Highlylikelyprediction，那么怎么定位呢？利用blast2这个利器，只要把

12、dna和mrna序列粘贴进去提交就ok，正好在翻译起始位点上游几百bp有个识别位点，ok!启动子序列就是翻译起始位点上游大概1kb长度的序列了！直接用ensemble数据库的话，可以直接知道基因外显子和起始位点的位置，然后直接可以查到之前的序列，再选3k-4k的长度预测就比较方便了。启动子及转录因子结合位点数据库及预测工具转载CL弐忖户心血衣赴沪bLilPROMOTERFINDINGANDANALYSISPROGRAMSONTHEINTERNET忽然感觉很GUILTY的，BLOG里竟然不放一点点和研究有关的重要工具。换了电脑之后才发现，很多有用的链接都没有COPY下来，于是，从头开始做吧。这是

13、Andrew给我的他的PAPER里的有关转录因子结合位点的数据库，还有其他网友整理的，都很有用，这个星期有空再核下几个重要基因的SNP。也IB-Ts匚ncmwoi皿|尺电喘昭nloivTuriitkw1中3丨。片詳crii?沖厂FSNP-ftf.：3bl尸Funcdon尸nrtarhili：1$申已自合!jcaJF-SHPli11p_iTsnap.rmirpien.u.iiiUinfl-srrcirmnhisrainanaf-nnbnimededlufHtSin5.rRM!Dai-i.awSrcnSMFy&nprijnE-_a五admjFTiaifltJlegsiteMunipieanahso

14、snrmuiauwr吟uhHumaiLiSfUt-ng冋幵毀Murliplg-rnaryspsnrmuiuonr哄山sn如1匚购tXrSJMPHi俯验创代匸创创跑seof的1*2101*1ssearfcEedSNFsPeMAPreitaaL3co)njatiE归妣e加asift-朗涉備现ls-snp.SmFs3l.splicira.TFBS.?11甌氐16.tJCK-Mt5.-15-Pfliwfcslsrv*苗理:Ghjpw*叭龙也smiartayisuaiajtiFhuintMos/xjw?SHF土mut：-9iri&.riSHP(PwlpPhtTFAE-諒1记詁空riSbf冏F1旳如rti

15、ieHaiLflCnnclalnpofpSNfsCFPJyPIIFas.sp11cknfw仙心站减ErsieDiizstcin.TFC1G：_卑Jc凹？轉PnOmvtKrr.Fplicarim皿址番砖占卜J户吊rjisi?Cd.365,0?33NFT9：an站近E曲fsjalz=3BonofSPIFsowenapFrzg吕nn百IMl补巾合fpraleHn为.slicingQ.K：lrKPSUlkiD.modiHcaflionis：anHF之舲寸虽卫门肓宜ihi訓rmnn鼻nn=amiadcpnori.irilerai-liDfi；5ite&post血日|1旦丸onsnodrfiiiliDrr

16、s.Him-orar.cMBilBfngWCil_3-SHP)TFB3.consertiiMn.srfjc&s-rtpCuGstand.KhyBUQ氐17-lfraN-JnsenennlcMouy.er$lur&HTajrn6retKlmasMrrtahflrtWanE.ngc.Einica_6dU-hMffa&l-iHpiy&SdiipSitSdu.NwfhUp-iVrTiuEhQryi-LirVmuIdbuldovnlaadCaulhiO-rhhfiloioifiro.c1tiiT.enouuunNPemrrziRMATLrrRmLRHqarets.ininwr-Jin礙尽umEM&=in

17、sL尸mmnirrrs岂w尸simbijtrarpredideelpqB.ltsrg&is敕目n凰JaroErtHGaniT.nuriRiiMGlBsPrnmcign口1:1口匚nfpnimnlR,TFBSfeSI-JFs(671輕rg日CUiSSENF3JSNPEsprnm-1DnljizoN口IQcn3EgE&cittDGidENFLii：B3con5tsernptes.EQFBWG：3MF直甜nonftceESNPsiniJrecineelFBS(TrariSfaeF-tftrpgcrsioiicBi-wjocai1宓儿mumrsij：-iSfJIKtiltlla41CIKMTrmb-i

18、KSNs：杆3冲hsj屯醐.lut址范咽轨ik说nm诃滋占I叶酣(Inti?l3wE能即kto.po-c1ora1trEpLH25IInrprDmnt)grL*ri3iinhimlirrlliKiIdillutTMA-550KSNF-hnpUnaciplipgirnarnl-cLiki口iuJ：lg+宙墓媒阳gj痒期Wni汨吐伽do-Anrlc-alirrqp_Uwaneme.hMit.iewENPaLPranwIenTRANSPLORER(TRANScriptionexPLORER)Dnanalyze(TFmapping)DragonPromoterFinder1.2(TSSfinderan

19、dpromoterregionanalysis)FunSiteP2.1HCtata(TATAsignalprediction)McPromoterVer.3MatInspector(SearchforTFbindingsites)ModelGeneratorandModelInspectorNNPP2.1(TSSfinder)PromoterInspector(Strandnon-specificpromoterregionfinder)Promoter2.0(TSSfinder)PromoterScanII(Promoterregionprediction)RGSiteScanSignalS

20、can(SearchforEukaryoticTranscriptionalElements)TESS(SearchforTranscriptionElements)TFSEARCH(PredictsTFbindingsitesbasedonTRANSFACdata)TRANSFAC(TFdatabaseandanumberofassociatedprograms)TSSGandTSSWPROMOTER2.0 HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/通常确定

21、启动子的算法可以分成两种，一种根据启动子区各种转录信号，如TATA盒、CCAAT盒，结合对这些保守信号及信号间保守的空间排列顺序的识别进行预测。如PROMOTER2.0,用神经网络方法确定TATA盒、CCAAT盒、加帽位点(capsite)和GC盒(GCbox)的位置和距离，识别含TATA盒的启动子。PROMOTERSCAN HYPERLINK /molbio/proscan/ /molbio/proscan/根据转录因子结合部位在基因组中分布的不平衡性，将转录因子结合部位分布密度与TATA盒的权重矩阵(weightmatrix)结合起来，从基因组DNA中识别出启动子区3。但上述程序预测的假阳

22、性率较高PROMOTER210每23kb出现一个假阳性;PRO2MOTERSCAN平均每19kb出现一个假阳性。PromoterInspector HYPERLINK http:/www.genomatix.de/products/PromoterInspector/PromoterInspector2.ht http:/www.genomatix.de/products/PromoterInspector/PromoterInspector2.html另一种方法根据启动子区序列的特征进行预测。Promo2terInspector从一组训练序列中提取出启动子区的环境特征，并将外显子、内含子和3

23、端非翻译区的特征与启动子区加以区分，从而在基因组中确定启动子位置FirstEF HYPERLINK /tools/FirstEF/ /tools/FirstEF/近来还有一些程序将上述方法与CpG岛(CpGislands)信息相结合。CpG岛是一段200bp或更长的DNA序列,核苷酸G+C的含量较高，并且CpG双核苷酸的出现频率占G+C含量的50%以上。许多脊椎动物的启动子区都与CpG岛的位置重合。FirstEF(http:/rulailcshllorg/tools/FirstEF/)搜索通过5UTR定位技术构建的第一外显子数据库，识别第一剪切点(firstsplicingdonorsite)

24、,结合CpG岛信息，确定启动子区。这种方法使预测的敏感性和特异性都明显提高。该程序预测含CpG岛的启动子的敏感性和特异性都高于90%，预测不含CpG岛的启动子的精确性相对略低。TRRD数据库 HYPERLINK http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/收录了真核基因调控区结构和基因表达方式的信息，每个条目对应一个基因。应用权重矩阵数据库搜索转录因子结合部位的程序包括SIGNALSCAN HYPERLINK /molbio/signal/ /molbio/si

25、gnal/MatInspector HYPERLINK http:/www.genomatix.de/products/index.html http:/www.genomatix.de/products/index.html转录因子搜索程序(transcriptionalfactorsearch,TF2SEARCH) HYPERLINK http:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html http:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html等等。尽管基于PWM的搜索比较敏感,但它最大的缺点就是假阳性率过高，在预测的结果中有

26、很多结合部位并不真正具有生物学功能。COMPEL数据库 HYPERLINK http:/compel.bionet.nsc.ru/new/index.html http:/compel.bionet.nsc.ru/new/index.html经实验确定的复合元件不多COMPEL数据库中收录了近200条经实验确定的复合元件的信息。如果转录因子结合部位的预测结果中包含复合元件，显然比单个元件更有可能具有生物学功能。Co-Bind程序通过建立两个转录因子结合部位的PWM及其复合作用的模型，可以预测序列中的复合元件。还有一些程序利用COMPEL数据库中已知的复合元件去搜索基因组序列。Consensus

27、/pub/consensus/AlignACE HYPERLINK /cgi-bin/alignace.pl /cgi-bin/alignace.pl等是用来搜索高含量基序(overrepresentedmotiffinding)的一些算法，可以对一组基因簇中的基因调控区进行比较，以发现其中存在的高含量的基序，调控元件可能就存在于这些基序之中摘自tjogzts的BLOG，有些挺好的收录 HYPERLINK /archive.html /archive.html1.NCBI上的FindingPromoter(NCBI推荐的)( HYPERLINK /Class/NAWBIS/Modules/DN

28、A/dna21b.htm /Class/NAWBIS/Modules/DNA/dna21b.htm)PromoterScanfromtheBioinformaticsandMolecularAnalysissectionofNIH.TFSearchfromtheComputationalBiologyResearchCenterofJapan.DRAGONGeneStartFinderfromtheDRAGONGenomeExplorersite.2.Promoter2.0PredictionServer( HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/)Promoter2.0predictstranscriptionstartsitesofvertebratePolIIpromotersinDNAsequences.Ithasbeend