B.1.617突变株及印度疫情

1、正文目录 HYPERLINK l _TOC_250006 B.1.617 突变株简介 3 HYPERLINK l _TOC_250005 B.1.617 突变株结构分析 3 HYPERLINK l _TOC_250004 B.1.617 传播能力 5 HYPERLINK l _TOC_250003 B.1.617 对疫苗效力的影响 6B.1.617 是否直接导致印度疫情高速增长 7图表目录图表 1：B.1.617 突变株分国家数据 3图表 2：B.1.617 突变株突变情况 4图表 3：刺突蛋白结构图 5图表 4：刺突蛋白上的酶切位点（用箭头标记） 5图表 5：2020 年以来印度已测序不同新

2、冠突变病毒株的比例 6 HYPERLINK l _TOC_250002 图表 6：不同疫苗对各类突变株有效性对比 6图表 7：印度每日新发病例数及R 值 7 HYPERLINK l _TOC_250001 图表 8：印度每日新增检测数及检测阳性率 7 HYPERLINK l _TOC_250000 图表 9：印度疫苗接种情况 8B.1.617 突变株简介B.1.617 突变株近期成为关注热点，但该变体已存在一段时间。最早的B.1.617 基因组测序结构于 2020 年 10 月 5 日从印度提交到全球共享流感数据倡议组织(GISAID)数据库。根据数据库信息，B.1.617 于 2021 年

3、2 月 22 日在英国首次发现，2021 年 2 月 23 日在美国首次发现。截至 2021 年 4 月 19 日， B.1.617 已从 21 个国家提交的基因组数据中被确认。目前印度提交的B.1.617基因组样本最多，其次是英国和美国。图表 1：B.1.617 突变株分国家数据国家B.1.617 样本数（GISAID 数据库）B.1.617 样本数（PANGO lineages 数据库）首次发现时间印度7867642020/10/5英国3342722021/2/22美国1131042021/2/23新加坡67672021/2/26澳大利亚30302021/3/16巴林22222021/4/

4、5新西兰11112021/3/9德国1592021/3/1以色列-2021/4/16全球（21 国）14041272-资料来源：GISAID，PANGO lineages，B.1.617 突变株结构分析B.1.617 拥有共计 13 个突变，其中位于编码刺突蛋白的S 基因上的突变共计 5 个，需要重点关注的主要为 484、452 和 681 位点的变化。目前常见的 “双突变突变株”以及“三突变突变株”主要指代 484、452 位点或 484、452和 681 位点的突变，但该种说法并不准确，应当避免使用。图表 2：B.1.617 突变株突变情况基因编码氨基酸实际核苷酸序列备注orf1ab-C3

5、457Tnsp3T1567IC4965Tnsp3:T749IT3646AA11201Gnsp6:T77AM5753IG17523Tnsp13:M429IK6711RA20396Gnsp15:K259RS 基因-T21895CE154KG22022AL452RT22917GE484QG23012CP681RC23604GORF3aS26LC25469TORF7aV82AT27638CN 基因R203MG28881T资料来源：英国公共卫生局（PHE）， 484 位点：484 位点此前已被发现存在于三个受到关注的突变株序列当中，分别为B.1.1.7（英国）、B.1.351（南非）以及 P.1（巴西）

6、。此前存在的突变为E484K，B.1.617 中为 E484Q。根据 COVID-19 基因组学英国协会（COG-UK）报道，目前存在有限的证据显示E484Q 可能具有一定的免疫逃逸特性，可以轻微地导致刺突蛋白与 ACE2 受体的结合亲和力增加，部分自然感染过携带该突变位点 SARS-CoV-2 病毒的患者的康复期血浆样本的中和作用降低。 452 位点：452 位点此前也存在于多个突变株序列中，包括 B.1.427/429（加利福尼亚），该突变也显示了有限的免疫逃逸特性，并可能提高新冠病毒的传播能力。已感染 SARS-CoV-2 病毒的患者恢复期血浆或实验室实验中的一些单克隆抗体对该突变株的中

7、和作用存在一定减弱。 681 位点：681 位点突变也广泛存在于多个变体，包括B.1.1.7（英 国）、B1.318、A.23.1/E484K。P681R 突变位于刺突蛋白Furin 酶切位点附近。刺突蛋白由两个亚单位组成：N 端S1 亚单位，含有受体结合域，与ACE2 相互作用并诱导构象变化；而 C 端S2 亚单位，含有融合肽，负责融合病毒和人类细胞的膜。为了正常运作，刺突蛋白需要被宿主蛋白酶裂解以分离两个亚单位，而 S1/S2 处的酶切会对刺突蛋白的致病性产生影响，这可能意味着刺突蛋白的变化或其他变化。但目前仍然需要更多的证据来了解B.1.617 中存在的特定突变组合所导致的病毒变化。图表

8、 3：刺突蛋白结构图资料来源：Stem Cell Research，Science Direct，图表 4：刺突蛋白上的酶切位点（用箭头标记）资料来源：Stem Cell Research，Science Direct，B.1.617 传播能力考虑到 L452R 和E484Q 的突变情况，B.1.617 突变株可能具有更强的传播能力。但根据目前为止的数据，尚未有明确证据表明 B.1.617 突变株传播能力强于 B.1.1.7（英国）、B.1.351（南非）以及 P.1（巴西）等突变株。B.1.617 突变株的基因序列在印度提供的病毒序列中占比快速提升与印度新一波疫情同时出现，但相同的上升趋势并

9、不能直接说明B.1.617 突变株在多大程度上推动了新一波疫情的传播。到目前为止，在新一波的近 500 万个病例中，只有大约 1000 个来自印度的序列被公布，尽管 B.1.617 占印度提交给 GISAID 的基因组比例较高，但与感染病例总数相比仍然极小。且印度大多数测序样本来自马哈拉施特拉邦和西孟加拉邦，数据可能会受到各地不均衡测序的影响。此外，由于 B.1.617 突变株在 2020 年 10 月首次被测序，其占比并未迅速提升，且近期上升幅度并未明显高于其他突变株。假如印度新一轮疫情快速传播由B.1.617 突变株推动，考虑到较长的间隔时间，B.1.617 突变株的传播性可能仍然比B.1

10、.1.7（英国）突变株要低。图表 5：2020 年以来印度已测序不同新冠突变病毒株的比例资料来源：，B.1.617 对疫苗效力的影响目前主要已上市品种对 B.1.1.7（英国）、B.1.351（南非）、P.1（巴西）变种病毒基本有效。对B.1.427/429（加州）的变种病毒保护效力降低相对较多，不过鉴于该毒株流行度较低，我们认为整体影响有限。并且，即使对部分变种保护效力降低，但疫苗对造成入院、需要补充氧气和死亡等重症仍然有较好保护力。图表 6：不同疫苗对各类突变株有效性对比生产厂商ModernaBioNtech/辉瑞阿斯利康/牛津强生Novavax国药科兴疫苗类型

11、mRNAmRNA腺病毒载体腺病毒载体重组蛋白灭活灭活未变异毒株有效性94%95%76%72%95.60%79.34%50.7%B.1.1.7（英国）突变株有效性抗体滴度下降 2倍，仍然有效抗体滴度微降，仍然有效-85%-B.1.351（南非）突变株有效性抗体滴度下降 6倍，仍然有效抗体滴度下降，仍然有效抗体滴度下降9 倍64%60%-P.1（巴西）突变株有效性-抗体滴度下降 3倍，仍然有效抗体滴度下降3 倍，仍有效-B.1.427/429（加州）突变株有效性有效率减半有效率减半-资料来源：目前已上市疫苗对B.1.617 突变株保护效力的研究较少。根据印度 Bharat Biotech 和印度医

12、学研究理事会（ICMR）公布的数据，印度产灭活新冠疫苗 COVAXIN 在 III 期临床中显示了对于当前印度流行毒株的较好保护效力； COVAXIN III 期临床合计入组 25800 人，保护效力 78%，对重症保护效力达 100%。同时，印度医学研究理事会（ICMR）与 Bharat Biotech 于 4 月 23 日发布论文，主要阐述了COVAXIN 疫苗接种者血清对 B.1.617 突变株的中和效果。这项研究发现B.1.617 突变株的中和能力下降，但几何平均滴度（GMT）的下降仅限于 1.95 倍，与之相比，B.1.1.7 突变株几何平均滴度（GMT）的下降为1.84 倍，并且在

13、对接种 BioNTech/辉瑞 BNT162b2 疫苗接种者的血清中也观察到了类似的结果。结果显示，现有疫苗很可能对 B.1.617 存在于 B.1.1.7 相近的保护效力，防护效果仍然较好。B.1.617 是否直接导致印度疫情爆发印度近期 COVID-19 病例的明显激增。但新一波疫情是与 B.1.617 突变株还是与人类行为有关（如大型集会，缺乏包括洗手、戴口罩和保持社交距离等预防措施），或者两者均相关，尚无直接证据。根据 Our World In Data，印度目前疫情 R 值约为 1.5，较 3 月相对上升。印度 3 月初的每日新发病例数约为 1.5 万人，而 4 月 25 日-27

14、日期间的每日新增高达约 32 万人。假设潜伏期为 5-7 天，大约为 8-11 个潜伏期，这符合大约1.5 的R 值（每个感染者在一个潜伏期后会产生 1.5 个新的感染者），与英国2021 年 1 月初的 R 值类似。图表 7：印度每日新增病例数及 R 值万人新发病例R值（右轴）35302520151052.521.510.502020/1/302020/3/302020/5/30资料来源：Our world in data，2020/7/302020/9/302020/11/302021/1/3102021/3/31印度的检测阳性率很高，目前已超过 20%，远高于世界卫生组织（WHO）规定的

15、 10%，表明由于缺乏检测能力和及时报告，很多阳性病例被遗漏。图表 8：印度每日新增检测数及检测阳性率万人每日检测数阳性率（右轴）1801601401201008060402002020/1/302020/3/302020/5/302020/7/302020/9/302020/11/302021/1/312021/3/31资料来源：Our world in data，25%20%15%10%5%0%疫苗注射方面，截止 2021 年 4 月 27 日，印度已经接种疫苗近 1.4 亿剂（大约每 10 人 1 剂），且这些疫苗接种者可能没有均匀分布，考虑到疫苗有效率并不是 100%（尤其针对是一些新的突变株），这样的接种进展难以冲淡总人口中的易感者人数。印度国内人口仍然在很大程度上没有免疫力。即使纳入印度国内已感染人数（截止 4 月 27 日确诊 1763 万人），由于过高的检测阳性率（超过 20%），对已感染人数给予较高的估计值（最高不可超过 3500 万人），印度疫苗和自然免疫力的总体水平约为 10-12%，表明约 90%的人口仍然对该病毒易感。图表 9：印度疫苗接种情况百万剂总注射剂数至少一针占比(右轴）完成接种占比(右轴）20018016014012010080604020010%9%8%7%6%5%4%3%2%1%0%2021/1/162021/1/302021/2/