miRNA目标位点预测工具介绍ppt课件

1、miRNA目的位点预测工具引见徐 辉.用于预测miRNA目的位点的工具TargetScanmiRandaPicTarMicrocosmmicroT-ANNmiRDBMirgen.一、TargetScan引见 2种运转方式： 本地运转 1、程序用Perl言语编写 2、程序和相关数据下载地址： /cgi-bin/targetscan/data_download.cgi?db=vert_50 网页接口 /.TargetScan本地运转版本引见1、需求2个输入文件1) 包含了miRNA seed sequences的tab-delimited文件

2、该文件包含了3列数据：Name of the miRNA family The 7 nucleotide long seed region sequenceSpecies ID of this miRNA family例子：let-7/98GAGGUAG10090let-7/98GAGGUAG10116let-7/98GAGGUAG9031let-7/98GAGGUAG9606let-7/98GAGGUAG9615.2) 包含了所需基因3 UTRs多重比对结果的tab-delimited文件该文件包含了3列数据：Gene symbol or transcript IDSpecies/taxon

3、omy ID Sequence 例子：CDC2L610090CCCACUCCCU-CU-.CDC2L69615CCG-CCACGG-.LPHN110090GGGGC-CUCAUGGACCCGA.ZNF1979606A-AGACACCACGAGAAACAG2、运转命令行targetscan_50.pl miR_Family_info_sample.txt UTR_Sequences_sample.txt TargetScan_50_output.txt.3、输出文件包含以下13列数据：GeneID、miRNA_family_ID、species_ID、MSA_start、MSA_end、UTR_

4、start、UTR_end、Group_ID、Site_type、miRNA in this species、Group_type、Species_in_this_group、Species_in_this_group_with_this_site_type实例如下：.TargetScan网页接口界面.TargetScan网页接口运转结果.在UCSC上显示TargetScan运转结果.二、miRanda Target Detection引见 2种运转方式： 本地运转 1、运转在linux环境下 2、程序和相关数据下载地址： /microrna/getDownloads.

5、do网页接口 /microrna/getGeneForm.do.miRanda Target Detection本地运转版本引见1、需求2个输入文件包含了miRNA序列的fasta文件包含了目的基因3UTR序列的fasta文件2、运转miRandamiranda file1 file2 options 常用参数：-sc score -en energy -go X -ge Y -out fileout -quiet -trim T.miRanda Target Detection本地运转结果实例.miRanda Target Detection网页接口界面miRNA s

6、earchTarget mRNA search.miRanda Target Detection查询结果界面.miRanda Target Detection结果概略界面.三、PicTar引见 pictar.mdc-berlin.de/.PicTar 用户界面一.PicTar 搜索结果界面一.PicTar 搜索结果界面二.PicTar 用户界面二.PicTar 搜索结果界面三.PicTar结果在UCSC上的数据展现.从UCSC批量下载PicTar结果.四、Microcosmebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/.Microcosm Search界面.Microcosm Enter界面.Microcosm Download界面.五、microT-ANNdiana.cslab.ece.ntua.gr/microT_v4/index.php.microT-ANN 结果界面.TarBase: miRNA目的基因的可靠数据库，数据有实验支持。diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/.六、miRDB/miRDB/.miRD