pubmed外文摘要信息获取

1、外文摘要信息获取外文摘要信息获取南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室 张政宝张政宝Tel:Tel:E-mail: E-mail: 南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室一、常用外文摘要数据库二、认识PubMed文献三、PubMed检索特点（重点）四、PubMed基本检索功能（重点）五、PubMed高级检索功能（重点）六、PubMed检索结果的处理七、PubMed主题词检索八、MyNCBI个性化服务 外文摘要信息获取外文摘要信息获取南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室一、常用外文摘要

2、数据库一、常用外文摘要数据库南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室常用外文摘要数据库常用外文摘要数据库PubMedEMBaseEngineering Village 2Web of ScienceScopusBIOSIS PreviewSciFinder Scholar南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室 PubMedPubMed概况概况网址： (com; org; net)由美国国立医学图书馆（National Library of Medicine - NLM）国家生物技术信息中心（National Center for

3、 Biotechnology Information - NCBI）向因特网用户提供免费MEDLINE检索服务(自1997-6-26起)南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室收录80多个国家5000多种生物医学期刊的题录与文摘，是世界上最权威的医学数据库。现有1865年以来的2000多万篇文献的记录(其中MEDLINE记录1830多万条)最近3年平均每年增加80余万条文献记录在全部记录中有78%的文献为英文；在2000年以来的记录中90%的文献为英文；收录中文刊60余种（我校学报被收录） 。 PubMedPubMed概况概况南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教

4、研室PubMedPubMed的外部链接功能的外部链接功能 提供NCBI开发的分子生物学数据库的链接，如Nucleotide、Protein、Genome、OMIN、Structure、Taxonomy等。提供美国国立医学图书馆多种资源的链接提供相关文献（RELATED ARTICLES）的链接提供其它外部资源的链接，如生物医学期刊网站全文链接、NCBI资源。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室外部链接南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室外部链接南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室二、认识二、认识PubMed文献文献南方医科大学医学情报

5、学教研室南方医科大学医学情报学教研室检索练习与演示检索练习与演示问题：砒霜是什么？有什么特点与作用？砒霜（三氧化二砷，白砷）：arsenic trioxide, white arsenic，As2O3利用PubMed数据库检索有关砒霜的文献南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室作者作者AU题名题名TI来源来源SOPubMed记录记录类型（状态）类型（状态） PubMedPubMed题录题录南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室 PubMedPubMed记录类型（状态）记录类型（状态）PubMed除了除了1966年以前的年以前的OldMedline，其余文献，

6、其余文献记录按处理过程分记录按处理过程分4种类型（或状态）种类型（或状态）PubMed - as supplied by publisher PubMed - in process PubMedPubMed - indexed for MEDLINE 属于属于Medline收录范围，建立收录范围，建立ti、au、ab等基本书目信息。等基本书目信息。不属于不属于Medline收录收录范围，但也建立范围，但也建立ti、au、ab等基本书目等基本书目信息。信息。赋予赋予MeSH、PT等字段并被等字段并被index。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室三、三、PubMedPubMe

7、d检索特点检索特点南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室 PubMedPubMed检索特点检索特点检索运算符AND、NOT、OR必须大写。(vitamin c OR zinc) AND common cold支持截词检索（*），但对词组无效。如bacter*, 可以检出以bacter为词干的单词bacteria、bacterium等最多600个单词。截词检索时，系统的自动词语匹配功能和MeSH自动扩展功能将不再被执行，如：heart attack* 将不映射到 MeSH 词 Myocardial Infarction。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室P

8、ubMedPubMed检索特点检索特点强制检索：双引号 或限定字段 endocrine disruption endocrine disruption注意：所有的 、*、 ( )、- 都必须是英文状态下输入。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室PubMedPubMed常用字段常用字段Affiliation AD （机构地址）（机构地址）Author AU（作者）（作者）：姚开泰（yao kai tai - yao kt, yao kaitai - yao k）； tan jau 与 tan jau 不同 Languag

9、e LA（文献语种）（文献语种）：chinese la 或 chi la （前3个字母） MeSH Terms MH（主题词）（主题词）：自动扩展下位主题词；如需关闭该功能，使用mh:noexp 南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室 PubMedPubMed常用字段常用字段Publication Date DP （出版日期）：（出版日期）：1998/03dp; 1998dp; 1996:1998dp; 1998/01:1998/04 dpPublication Type PT（文献类型）：（文献类型）：reviewptTitle TI （文献题名）（文献题名）Text Wo

10、rds TW （文本词）（文本词） ：包括Title, Abstract, MeSH Terms, MeSH Subheadings, Chemical Substance Names, Personal Name as Subject 等 字段Title/Abstract TIAB （题名与摘要）（题名与摘要）南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室检索练习检索练习检索珠江医院医护人员发表的论文检索珠江医院医护人员发表的论文 （zhujiang hospital; zhu jiang hospital ）检索珠江医院肝胆外科方驰华教授发表的论文检索珠江医院肝胆外科方驰华教授发

11、表的论文检索珠江医院医护人员检索珠江医院医护人员2005年以来发表的英文年以来发表的英文论文论文南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室四、四、PubMedPubMed基本检索功能基本检索功能南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室检索练习与演示检索练习与演示2000年10月4日美国食品药物管理局（FDA）批准以砒霜（三氧化二砷）治疗某种类型的白血病用砒霜治疗的白血病名称是：acute promyelocytic leukemia（APL，急性早幼粒细胞白血病）砒霜(三氧化二砷，白砷)：arsenic trioxide, white arsenic，As2O3利

12、用PubMed数据库检索有关砒霜治疗白血病的文献南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室自由词检索自由词检索在检索框中键入一到多个单词，如键入：vitamin c AND common cold hepatitis b AND (diagnosis OR therapy) 检索词可出现于PubMed各记录中的标题、摘要等全部可检索字段。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室自由词检索自由词检索南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室自由词检索自由词检索南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室检索细节（检索细节（Search De

13、tails）南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室转换后的检索式转换后的检索式可进行修改可进行修改南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室作者检索作者检索检索时姓用全称，名用首字母。检索时姓用全称，名用首字母。2002年以来年以来的文献可以用姓名全拼形式查找。的文献可以用姓名全拼形式查找。作者姓名书写格式作者姓名书写格式1. 西方人姓名书写格式：First name、Middle Name、Last name。美国肯尼迪总统名为： John Frank Kenedy，Kenedy为Last name（姓）。Frank为Middle name，比较少看到，多看到

14、 John F. Kenedy，中间名缩写了。如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定是姓。如： Kenedy, John F. 南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室作者检索作者检索作者姓名作者姓名书写格式书写格式2. 中国人姓名格式：Last name、First name。如：钟世镇，就有如下拼写形式可供检索：Shi-zhen Zhong； Shi zhen ZhongZhong shi-zhen； Zhong，shi zhenZhong，shi-zhen zhong szShizhen Zhong，zhong shizhenzhong s南方医科大学医学情报学教研室南方医

15、科大学医学情报学教研室期刊检索期刊检索检索时可输入期刊全名，如：molecular biology of the cell，系统自动转换为”mol biol cell” Journal Name；也可输入期刊标准缩写形式（如：mol biol cell）或期刊的ISSN（国际标准出版物编号，如：1059-1524）。 如果期刊名是一个单词或恰好是MeSH词表中的词，如Gene Therapy、Science、Cell等，则必须在刊名后加ta（期刊名称字段标识符），也可使用so。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室期刊检索期刊检索如果杂志全名中包括括弧或方括号，键入时应该予以

16、取消，例如杂志名为：J Hand Surg Am，检索时应转成：J Hand Surg Am。中文期刊，用汉语拼音：Nan fang yi ke da xue xue baoBeijing da xue xue baoZhonghua nei ke xue za zhi南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室限定检索（限定检索（LimitsLimits）文献类型（Type of Article）、语种（Languages）、文献子集限定（Subsets）研究对象：物种（Species）、性别（Sex） 、年龄（Ages）全文链接（Full Text 或 Free Full Te

17、xt）、有摘要（Abstracts）以上各种限定可以单独或组合进行。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室限限定定检检索索界界面面南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室五、五、 PubMedPubMed高级检索功能高级检索功能南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南

18、方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室检索举例检索举例姚开泰院士2001年以前发表的有关鼻咽癌（nasopharyngeal cancer）方面的文献分析 姚开泰， 2001年以前， nasopharyngeal cancer南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室点击点击“Limits”后显示限定检索后显示限定检索框框南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室各检索式之间可以各检索

19、式之间可以进行逻辑组配，可进行逻辑组配，可以以#n代替检索式。代替检索式。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室注意：限定检索结束注意：限定检索结束后，点击后，点击“Change”修改或修改或“Remove”取取消限定项。消限定项。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室为了验证检索结果是为了验证检索结果是否正确，需通过否正确，需通过Abstract格式查看作格式查看作者所在的机构名称。者所在的机构名称。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室六、六、PubMedPubMed检索结果的处理

20、检索结果的处理南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室检索结果的处理检索结果的处理显示格式 (Display Settings)结果排序 (Display Settings - Sort by)保存为本地文件（最多10000篇）(Send to File)临时存放至剪贴板 (Send to Clipboard)保存为个人资料集 (Send to Collections)发送至电子邮箱 (Send to E-mail)南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室（一）显示格式设置（一）显示格式设置（Display Settings）南方医科大学医学情报学教研室南方医科

21、大学医学情报学教研室题录格式：作者、题名、出处题录格式：作者、题名、出处显示格式显示格式Summary格式（默认）格式（默认）南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室显示格式显示格式Abstract格式格式南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室显示格式显示格式MEDLINE格式格式导入导入NoteExpress的必选格式的必选格式南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室（二）将检索结果保存为本地文件（二）将检索结果保存为本地文件南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室（三）检索结果临时存放至剪贴板（三）检索结果临时存放至剪贴板（

22、Clipboard）将每次选中的检索结果暂时保存至此最后集中处理（下载存盘或发E-mail）最多500条记录断开连接后仍可保存8小时南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室选取记录，将记录发送到选取记录，将记录发送到Clipboard南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室记录保存到记录保存到Clipboard后有提示信息后有提示信息南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室在在Clipboard中查看保存的记录中查看保存的记录南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室在检索历史中显示在检索历史中显示Clipboard操作历史操作历史

23、南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室（四）将检索结果发送到邮箱（四）将检索结果发送到邮箱南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室七、七、PubMedPubMed主题词检索南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室MeSH (Medical Subject Headings) PubMed记录中的医学主题词(MeSH)是由标引员为PubMed中的Medline文献所人工指定的词。 例：ascorbic acid是MeSH Terms，而vitamin c则不是。标引员使用能恰当描述文章内容的最相关MeSH词。通常一篇文章可有多个MeSH词。南方医

24、科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室PubMed能自动地为输入的检索词寻找相应的MeSH词用户利用一个MeSH词能找出所有有关该主题的文献 不同拼写：leukemia(s), leukaemia(s)leukemia同义词：tumor(s), tumour(s), cancer(s),neoplasm(s) neoplasmsMeSH (Medical Subject Headings) 南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室MeSHMeSH词独有特征词独有特征主要MeSH词(MAJOR TOPIC): MeSH term as main subject of

25、the article (*)次要MeSH词扩展(EXPLODE)：chosen MeSH term and all more specific underlying MeSH terms副主题词(SUBHEADINGS)南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室SubHeadingsSubHeadings 副主题词副主题词对一个主题词的多个方面进行修饰限定的词，又称限定词。目前有83个副主题词并非每个主题词都能和83个副主题词组配。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室主题词等级排列，检索时可以将包含其下

26、位词的文献都检索出来。一个主题词可以同时处在不同类目下。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室可选用的副主题词南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室检索有关糖尿病（检索有关糖尿病（Diabetes ）流行病学方面的文献。流行病学方面的文献。第一步：输入检索词。第一步：输入检索词。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室第二步：确定主题词第二步：确定主题词南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室第三步：确定副主题词第三步：确定副主题词南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室第四步：发送到检索框第四步：发送到检索框

27、并检索并检索南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室检索结束检索结束南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室八、八、MyNCBIMyNCBI个性化服务个性化服务南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室MyNCBIMyNCBI个性化服务个性化服务1.存储检索式，定期发送最新相关文献。2.设定检索过滤器，使检索结果更加个性化。3.存储检索结果文献。南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室注册注册My NCBIMy NCBI账号账号南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学

28、教研室注意大小写南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室1. 1. 存储检索式存储检索式南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室2. 2. 设定检索过滤器设定检索过滤器南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室每个账号可对每个账号可对PubMed设置设置15个过滤器，对其他数据个过滤器，