ChemDraw用法

1、1化学绘图软件化学绘图软件 ChemDraw ChemWindow ISIS Draw ChemSketch 主要功能：绘制二维和三维化学结构式、主要功能：绘制二维和三维化学结构式、化学反应方程式、化工流程图、实验装置化学反应方程式、化工流程图、实验装置图以及相关文本的编辑图以及相关文本的编辑 商业软件 免费软件 一一. 概述概述2 ChemDraw：当前最常用的结构式编辑软件，当前最常用的结构式编辑软件，除了以上所述的一般功能外，其ultra版本还可以预测分子的常见物理化学性质如：熔点、生成热等；对结构按IUPAC原则命名；预测质子及碳13化学位移等。 ChemWindow：最突出的特点是与

2、光谱结合最突出的特点是与光谱结合，它的6.5 Spectroscopy 版本包括了一个约五万张13C NMR 的数据库(达250兆)，因而其预测更加精确；除了根据化合物的结构预测13C NMR化学位移外，还能预测红外图谱、质谱等，更可以读入标准格式的NMR、IR、Raman、UV及色谱图。 3 ChemSketch：功能没有功能没有ChemDraw和ChemWindow强大，但操作方便、界面友善。 ISIS Draw：老牌绘图软件。界面简单，老牌绘图软件。界面简单，操作方便。操作方便。4软件选择 简单化学结构-4个软件都能满足需要 复杂化学结构- ChemDraw或 ChemSketch 处理

3、光谱和色谱-DrawIt或ChemWindow 3D模型- ChemDraw+ Chem3D ChemOffice功能强大 ChemSketch部分版本免费5美国美国CambridgeSoft公司的重要产品之一公司的重要产品之一专业的集成化学桌面办公软件专业的集成化学桌面办公软件标准界面的菜单简明，易于操作；方便快捷标准界面的菜单简明，易于操作；方便快捷具有化学计算、化学分析和化学建模等实用功具有化学计算、化学分析和化学建模等实用功能能二二. ChemOffice (1)ChemDraw是一个化学结构绘图软件，可绘制和编辑高质量的化学结构图，识别和显示立体结构，将结构和名称进行转换。 (2)c

4、hem3D是一个用于设计化学模型的应用软件，可将二维平面的有机分子结构图形转化成三维的空间结构，可辅助计算分子半径的几何构象和单个点的能量以及相关的性质，例如优化模型、构象搜索、分子动力学和计算分子的单点能量等。 (3)ChemInfo是基于国际互联网络技术开发的智能型数据管理系统。可以建立分子结构的数据库。 (4)chemFinder是一个化学信息管理系统，可以用它来管理化学信息。7ChemOffiee的安装的安装 89Chemdraw 简介简介 Chemdraw是一个方便快捷的化学绘图工具，可以迅速画出各种各样的化学结构及化学反应式，以及与化学有关的其它图形表示。 具有多种输入输出功能，可

5、以直接将所绘制的图片等以常见的格式输出,可由word等文字处理器识别的，便于一般的文档处理10Chemdraw 简介简介 具有计算1H NMR和13C NMR(核磁共振)谱图的功能，不仅可以生成图谱，还可以直接计算出各个峰的位置和面积(高度)，为化学研究带来了极大的方便。 CheroDraw已经成为化学工作者撰稿和进行学术交流公认的化学结构输入软件。 化学软件的泰斗 11 ChemDraw Ultra 80(超级版) ChemDraw Pro 80(标准版) ChemDraw Std 80(专业版) ChemDraw Ltd 8.0 （受限版） 四种版本功能由强到弱。 12ChemDraw 起

6、始界面13图形工具板状态/信息栏编辑区滚动栏菜单栏工具栏1415套索实键双键虚键切割键切割楔键黑体键黑体楔键空心楔键波浪键表格长链环丙烷环环戊烷环环庚烷环环己烷椅式环戊二烯环蓬罩橡皮文本笔箭头轨道绘图元素基元化学符号弧形原子反应模板环丁烷环环己烷环环辛烷环环己烷椅式苯环1617键工具模板工具箭头工具轨道工具画图工具基元工具符号工具弧形工具原子反应工具18具体用法为：用鼠标左键点中所选择的工具箱中的工具，具体用法为：用鼠标左键点中所选择的工具箱中的工具，然后在右边用鼠标拖动，至到画出你所需要的碳链然后在右边用鼠标拖动，至到画出你所需要的碳链画碳链19便捷地画出各种各样的环状结构便捷地画出各种各样

7、的环状结构20模板按钮模板按钮氨基酸氨基酸(Amino Acids)， 芳族芳族(Aromatics)，双环双环(Bicyclics)， 生物与胶体生物与胶体(Bioart)，仪器仪器1(Clipware, part 1) 仪器仪器2(Clipaware, part 2)构型构型(Conformers)， 五元环五元环(Cp Rings)，环烃环烃(Cycloalkanes)， DNA(Templates)，功能团功能团(Functional Groups)， 杂环杂环(Hexoses)，苯环苯环(Ph Rings)， 多方体多方体(Polyhedra)，RNA(Templates)， 立体异

8、构体立体异构体(Stereocenters)，超分子超分子( Supramolecules ) 21模板工具氨基酸模板工具17类22模板工具芳香化合物模板工具23模板工具双环模板工具24模板工具生物模板工具25模板工具玻璃仪器模板工具(I)26模板工具玻璃仪器模板工具(II)27模板工具构象异构体模板工具28模板工具环戊二烯模板工具29模板工具脂环模板工具30模板工具DNA模板工具31模板工具官能团模板工具32模板工具己糖模板工具33模板工具苯环模板工具34模板工具多面体模板工具35模板工具RNA模板工具36模板工具特殊符号模板工具立体中心模板工具3738394041424344快捷键命令灰色

9、表示命令未激活小三角表示子菜单省略号表示新对话框45文档设置页面规划46页眉页脚47绘图48标题49原子标记NOH50颜色设置背景颜色51优选项52优选项显示设置错误警告53优选项打开/存盘默认路径默认打开文件格式默认存盘文件格式54国外化学刊物默认文档格式55元素周期表5657符号窗口58符号窗口59打开文件不同文件格式60文件格式介绍1 CD Template(*.ctp, *.ctr)用于保存模板文档2 ChemDraw (*.cdx)ChemDraw原本格式，是一个公共标记 的文件格式，易被其它程序建立和解释。常用格式常用格式3 ChemDraw Steyl Sheet(*.cds)用

10、于存储文件设置和其它物体4 Connection Table(*.ct)一种实例格式，存储关于原子与元素、 系列编号、X和Y轴、键序、键类型等的连接和联系的列表。是 用于多类应用程序间互换信息的通用格式615 DARC-F1 (*.fld)Questel DARC系统中存储结构的原本文件 格式7 ISIS Reaction(*.rxn)MDL开发的格式，用于存储元素反应信息8 ISIS Sketch(*.skc)在Windows或Macintosh环境下，存储并传输 到另外的ISIS应用程序中6 DARC-F1 Query(*.flq)Questel DARC系统中存储查询的原本 文件格式62

11、9 MDL MolFile (*.mol)MDL(分子设计有限公司) MolFile文件 格式用于其它一些在Windows、Macintosh和Unix环境下的化学 数据库和绘画应用软件11 Jcamp Spectra(*.jdx，*.dx)图谱文件格式，可读入紫外、 质谱、红外、核磁等数据文件12 MSI ChemNote(*.msm)一种ASCII文本文件，可以用于像 ChemNote一类的应用程序10 Galactic Spectra(*.spc)银河图谱文件格式6313 SMD 4.2 (*.smd)ASCII文本文件，一般用于检索化学文摘 数据库14 Windows Metafile

12、(*.wmf)图片文件格式，可以将ChemDraw 图片传输到其它应用程序中，如Word。WMF 文件格式含有中 ChemDraw的结构信息，可被ChemDraw早期版本编辑64点位：移动鼠标直到鼠标的光标放到所要进行操作的位置， 如果选择的位置在图形结构中的键、原子、线等的上面， 一般出现黑方块，称之为光标块，选择块或操作块。 光标块常用术语65单击：快速按下鼠标键(左或右键)，然后快速抬起；双击：快速操作两次单击；拖动：由三部分动作组成按下鼠标左键选择对象， 移动鼠标，将被选的对象移动到指定位置后抬起鼠标；选择：用鼠标的光标选中某种选择，使对象产生光标。选择对 象并不意味着动作，只是标记要

13、操作的对象和点位；66“键单击”：按下特殊的键和单击鼠标键同时进行。 如，“Shift单击”意思是按下”Shift”键和单击鼠标键；“键拖动”：按下特殊的键和鼠标键，移动鼠标。 如，“Shift拖动”意思是按下”Shift”键和拖动鼠标光标。67示例1：阿司匹林的结构OOHOO68 优化结构Clean Up Structure； 旋转和缩放； 图形存盘；粘贴至word 或ppt； 检查结构错误Check StructureOOHOO69示例2：根据化合物名称得到结构式 Structure/Convert Name to Structure-Insert Structure 输入：阿司匹林可输入

14、2-acetoxybenzoic acid 或 aspirin EDTA; 吗啡morphine70示例3：根据结构得出化合物命名 绘制肾上腺素的结构式， 选中结构，执行【sturucture】/【convert structure to name】HOHOOHNH4-(1-hydroxy-2-(methylamino)ethyl)benzene-1,2-diol71将名称转化成结构72NNH HNOOOO2-(1,3-dioxo-1,7a-dihydro-1H-isoindol-2(7aH)-yl)-N1,N3-diphenylmalonamide示例： 三肽分子的绘制73示例4：预测核磁共

15、振化学位移 ONHOH1-(isopropylamino)-3-(naphthalen-1-yloxy)propan-2-ol心得安结构式741HNMR预测1HNMR位移751HNMR预测结果76预测结果Protocol of the H-1 NMR Prediction:Node Shift Base + Inc. Comment (ppm rel. to TMS) CH2 3.12 1.37 methylene 0.63 1 alpha -C=C 1.12 1 alpha -C(=O)-C CH2 3.71 1.37 methylene 1.22 1 alpha -1:C*C*C*C*C*

16、C*1 1.12 1 alpha -C(=O)-C CH 7.06 7.26 1-benzene -0.20 1 -C CH 7.14 7.26 1-benzene -0.12 1 -C CH 7.07 7.26 1-benzene -0.19 1 -C CH 7.14 7.26 1-benzene -0.12 1 -C CH 7.06 7.26 1-benzene -0.20 1 -C CH3 3.76 0.86 methyl 2.90 1 alpha -OC(=O)-C=C H 5.97 5.25 1-ethylene 0.80 1 -C(=O)O-R gem -0.08 1 -CC=O

17、cis H 7.12 5.25 1-ethylene 1.18 1 -C(=O)O-R cis 0.69 1 -CC=O gem7713CNMR预测13CNMR位移7813CNMR预测结果79部分预测结果80ONHOH7.357.367.668.177.297.236.644.22;3.973.962.83;2.582.02.971.052.01.05ChemNMR H-1 EstimationEstimation Quality: blue = good, magenta = medium, red = roughProtocol of the H-1 NMR Prediction:Node

18、 Shift Base + Inc. Comment (ppm rel. to TMS) CH 7.35 7.32 1-naphthalene 0.03 1 -OC CH 7.36 7.32 1-naphthalene 0.04 1 -OC CH 7.66 7.67 1-naphthalene -0.01 1 -OC CH 8.17 7.67 1-naphthalene 0.50 1 -OC CH 7.29 7.67 1-naphthalene -0.38 1 -OC CH 7.23 7.32 1-naphthalene -0.09 1 -OC CH 6.64 7.32 1-naphthale

19、ne -0.68 1 -OC CH2 4.22;3.97 1.37 methylene 2.61 1 alpha -O-1:C*C*C*C*C*C*1 0.15 1 beta -O -0.04 1 beta -C CH 3.96 1.50 methine 1.73 1 alpha -O 0.50 1 beta -O-1:C*C*C*C*C*C*1 0.23 1 beta -N CH2 2.83;2.58 1.37 methylene 1.22 1 alpha -N-C 0.15 1 beta -O -0.04 1 beta -C NH 2.0 2.00 amine CH 2.97 1.50 m

20、ethine 0.34 2 alpha -C 1.13 1 alpha -N CH3 1.05 0.86 methyl 0.14 1 beta -N 0.05 1 beta -C OH 2.0 2.00 alcohol CH3 1.05 0.86 methyl 0.14 1 beta -N 0.05 1 beta -C012345678PPMONHO H1 2 5 . 41 2 6 . 61 2 7 . 61 3 4 . 51 2 7 . 41 2 2 . 21 2 0 . 41 2 6 . 11 0 4 . 31 5 6 . 87 1 . 76 9 . 44 9 . 74 9 . 02 3

21、. 82 3 . 8C h e m N M R C - 1 3 E s t i m a t i o nE s t im a t io n Q u a lit y : b lu e = g o o d , m a g e n t a = m e d iu m , r e d = r o u g hP r o t o c o l o f t h e C - 1 3 N M R P r e d i c t i o n :N o d e S h i f t B a s e + I n c . C o m m e n t ( p p m r e l . t o T M S ) C H 1 2 5 . 4

22、 1 2 5 . 9 1 - n a p h t h a l e n e - 0 . 9 1 - O - C 0 . 4 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 2 6 . 6 1 2 5 . 9 1 - n a p h t h a l e n e 0 . 3 1 - O - C 0 . 4 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 2 7 . 6 1 2 8 . 0 1 - n a p h t h a l e n e - 0 . 7 1 - O - C 0 . 3 g e n e r a l c o r r

23、 e c t i o n s C 1 3 4 . 5 1 3 3 . 6 1 - n a p h t h a l e n e 0 . 8 1 - O - C 0 . 1 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C 1 2 7 . 4 1 3 3 . 6 1 - n a p h t h a l e n e - 8 . 1 1 - O - C 1 . 9 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 2 2 . 2 1 2 8 . 0 1 - n a p h t h a l e n e - 6 . 1 1 - O - C 0 .

24、 3 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 2 0 . 4 1 2 8 . 0 1 - n a p h t h a l e n e - 7 . 9 1 - O - C 0 . 3 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 2 6 . 1 1 2 5 . 9 1 - n a p h t h a l e n e - 0 . 2 1 - O - C 0 . 4 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 0 4 . 3 1 2 5 . 9 1 - n a p h t h a

25、 l e n e - 2 2 . 3 1 - O - C 0 . 7 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C 1 5 6 . 8 1 2 8 . 0 1 - n a p h t h a l e n e 2 7 . 3 1 - O - C 1 . 5 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 2 7 1 . 7 - 2 . 3 a l i p h a t i c 9 . 1 1 a l p h a - C 4 9 . 0 1 a l p h a - O 9 . 3 1 b e t a - 1 : C * C * C * C

26、 * C * C * 1 9 . 4 1 b e t a - C 1 0 . 1 1 b e t a - O - 5 . 1 1 g a m m a - N 0 . 4 1 d e l t a - C * C 0 . 3 1 d e l t a - C - 8 . 5 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 6 9 . 4 - 2 . 3 a l i p h a t i c 1 8 . 2 2 a l p h a - C 4 9 . 0 1 a l p h a - O 1 0 . 1 1 b e t a - O 1 1 . 3 1 b e t a - N

27、 - 2 . 6 1 g a m m a - 1 : C * C * C * C * C * C * 1 - 2 . 5 1 g a m m a - C 0 . 6 2 d e l t a - C - 1 2 . 4 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 2 4 9 . 7 - 2 . 3 a l i p h a t i c 9 . 1 1 a l p h a - C 2 8 . 3 1 a l p h a - N 1 8 . 8 2 b e t a - C 1 0 . 1 1 b e t a - O - 5 . 0 2 g a m m a - C -

28、 6 . 2 1 g a m m a - O 0 . 3 1 d e l t a - 1 : C * C * C * C * C * C * 1 - 3 . 4 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 4 9 . 0 - 2 . 3 a l i p h a t i c 1 8 . 2 2 a l p h a - C 2 8 . 3 1 a l p h a - N 9 . 4 1 b e t a - C - 2 . 5 1 g a m m a - C 0 . 3 1 d e l t a - C 0 . 3 1 d e l t a - O - 2 . 7 g

29、 e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 3 2 3 . 8 - 2 . 3 a l i p h a t i c 9 . 1 1 a l p h a - C 9 . 4 1 b e t a - C 1 1 . 3 1 b e t a - N - 2 . 5 1 g a m m a - C 0 . 3 1 d e l t a - C - 1 . 5 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 3 2 3 . 8 - 2 . 3 a l i p h a t i c 9 . 1 1 a l p h a - C 9 . 4 1 b

30、 e t a - C 1 1 . 3 1 b e t a - N - 2 . 5 1 g a m m a - C 0 . 3 1 d e l t a - C - 1 . 5 g e n e r a l c o r r e c t i o n s020406080100120140160PPMH-NMRC-NMR81示例5：分析结构估计性质8283分析结果窗口分子式精确质量分子量质谱分析元素分析结果粘贴两位小数质谱图84示例6：显示分子化学性质8586“View/Show Chemical Properties Window” 菜单菜单87OOHOOH2-propanone2mol4-Hydro

31、xy-4-methyl-pentan-2-one1mol示例6：反应方程式88选择点位拖动定位单击单击定位单击生成双键拖动生成双键反应方程式89双击生成文本框输入字母按Ctrl键拖动复制反应方程式90反应方程式定位单击生成一单键再定位连续单击生成三单键定位双击后输入OH91反应方程式用套索或蓬罩进行部分选择92反应方程式按Ctrl键拖动复制生成独立的两个分子93反应方程式选择反应箭头在两个分子中单击生成一反应箭头94反应方程式箭头上方建立文本框输入反应条件95反应方程式选择电荷定位添加负电荷96反应方程式选择居中分子下方建立文本框97反应方程式依次输入文本信息98反应方程式选择阴影框将反应方程

32、式全部罩上99OHNH2OHNH2COONaOHNH2COOHNaHCO3,CO2H2SO430C练习：绘制化学反应式100OOH示例7：绘制中间体结构101绘制中间体结构选择环己烷以建立六员环模型选择橡皮，擦去六员环一部102绘制中间体结构选择单键定位连续单击生成新的单键单击单键中央，生成双键103绘制中间体结构在原子上定位建立标记104绘制中间体结构选择笔工具在曲线菜单中选择箭头位于末端105绘制中间体结构定位拖动鼠标左键定位单击生成曲线箭按Esc键退出绘制模式106单击箭头绘制中间体结构用小手形光标移动造另一虚线107小手形光标选中虚线柄绘制中间体结构拖动改变虚线箭形状按Esc键108C

33、HO示例8：复杂环结构109示例8：复杂环结构选择环己烷；并添加第一个环添加第二个环110复杂环结构橡皮擦去多余部分111复杂环结构选择键工具；单击生成新的单双键112复杂环结构在原子上定位建立标记113示例9：Fischer葡萄糖结构图CHOCH2OHOHHHHOHOHHOH114Fischer葡萄糖结构图选择键工具；连续单击生成五连键115Fischer葡萄糖结构图建立与五连键垂直的水平键116Fischer葡萄糖结构图在原子上定位建立标记117OOHOHOHOHCH2OH示例10：透视图形118透视图形选择环己烷旋转环己烷在原子上定位建立标记旋转指示箭头119透视图形添加垂直键按Alt键，任意键长120透视图形选择套索工具，阴影右下脚按Shift键向上按动，垂直压缩50121透视图形在原子上定位建立标记122透视图形选择黑体楔键单击下部两侧键的中央123透视图形选择黑体键单击底键的中央124六、Newman结构125六、Newman结构选择键工具；连续单击生成三键对称结构按Ctrl键拖动复制126六、Newman结构选择键工具；按住Alt键，连接两