OLEX高级使用教程拓扑螺旋轴画通道

1、 OLEX软件软件 使用小结使用小结一般文件 cif, res, cry 的打开方法mercury, OLEX, xp，wingx（ Platon)等软件等软件 用途一用途一 OLEX软件软件进行进行拓扑拓扑分析分析打开res文件的软件 mercury, OLEX, xp，wingx要使整个结构进一步拓展的话，要使整个结构进一步拓展的话，游离的客体分子可以删去，游离的客体分子可以删去，删减原子一定要在删减原子一定要在BS状态下。状态下。根据a,b,c 的轴长选择合适的数字再点Fragments按钮下拉框,选generate钮,出现如上图勾上link changeA from 最后边一个数可以选

2、大点(如3or 4) 也可以选上remove hydrogens-OK再点network-construct net出现如上图再点structure-hide bond出现如上图对软件得到的初步分析进行进一步化简。对软件得到的初步分析进行进一步化简。进行拓扑分析时，要注意把给出的拓扑图不必要的键删除，使简化合理。进行拓扑分析时，要注意把给出的拓扑图不必要的键删除，使简化合理。点击点击Evulate Topology。建立一个新的文本文档或者Word文档，点击右键粘贴。得到如上图所示的文件。对于有穿插结构拓扑图都出来了, 几重几重穿插呢?再点show structure navigator(像一

3、本摊开的书的形状的那个按钮)再看框里头atoms:之后的数字之后的数字,如果数字相近且都很大的,就都选上,数字小的不要选,选上选上几个就说明有几重穿插几个就说明有几重穿插)从结构里先选一个键再点fragments-properties-出现上图;再monochromatic处选一种自己喜欢的颜色除了原来的红色还有粉红色的了-再从没有选过的键中再选一个键,如上方法,给其选另一种颜色从上图中可以看出有三种三种颜色,就知道是三重穿插三重穿插了。对原子标注的修改方法所得文件的保存类型所得文件的保存类型 （类型一软件打开模式：（类型一软件打开模式： cry，res 等等 ）（类型二图形文件：（类型二图形

4、文件： jpg，bmp等等）文件保存类型（文件保存类型（cry，res，ins）文件输出类型（jpg，Bmp等） 用途二用途二 OLEX软件软件 画画螺旋轴螺旋轴及及通道通道 示意图示意图沿不同的轴向选择合适的片段沿不同的轴向选择合适的片段画图重点-添加中心记录中心原子坐标-转180,方法相同双击添加的中心原子，进行命名。不要与文件中原子重名。保存文件-res把res文件用记事本打开，添加原子名称，个数，及坐标。原子坐标添加方法如下，完毕后保存。用OLEX打开保存的res文件修改分子间距，使添加的两个原子连接起来结果如下图所示，通过改变原子和键的大小，得到合适的比例结果保存为cry和jpg格式

5、如何添加通道？方法与添加螺旋轴类似记录添加原子坐标保存为res格式把res文件用记事本打开，添加原子名称，个数，及坐标。为了使构筑通道，我们必须添加多个原子，通过添加更多的均一的原子坐标，方法与前面类似，再调节原子大小，得到所需的图片。人有了知识，就会具备各种分析能力，人有了知识，就会具备各种分析能力，明辨是非的能力。明辨是非的能力。所以我们要勤恳读书，广泛阅读，所以我们要勤恳读书，广泛阅读，古人说古人说“书中自有黄金屋。书中自有黄金屋。”通过阅读科技书籍，我们能丰富知识，通过阅读科技书籍，我们能丰富知识，培养逻辑思维能力；培养逻辑思维能力；通过阅读文学作品，我们能提高文学鉴赏水平，通过阅读文学作品，我们能提高文学鉴赏水平，培养文学情趣；培养文学情趣；通过阅读报刊，我们能增长见识，扩大自己的知识面。通过阅读报刊，我们能增