常见系统发育软件使用

1、常见系统发育软件使用方法Xie Lei BJFU1 Paup MP 流程: Mac准备nex文件（in terleave和nonin terleave均可） 存入新建文件夹 拖入 paup或用 paup打开execute log file cstatus tstatus hsearch define outgroup roottrees savetrees describetrees contree（save to file） save pict bootstrap（save tree file）print bootstrap tree save pict.stop log.PC版操作，可将附

2、录批处理文件容粘贴至nex文件后面，execute即可。2 Paup ML 流程： Mac准备nex文件（in terleave和nonin terleave均可） 存入新建文件夹 拖入 paup或 用paup打开execute 从 modeltest软件中打开paupblock运算检测模型生成 score file f开modeltest中的bin读取score数据生成结果文档存档并打开 此文档AIC将begin paup的运算模块贴至原nex数据文件后面重新将其拖 入 paup运行选择 ML 运算模式hsearch 打印树图save pict. bootstrap.PC版操作，可将附录5批

3、处理文件容粘贴至nex文件后面，execute即可。3 Garli 运算 ML 流程：准备 nex 文件 （interleave） 存入新建文件夹 拖入 paup 或用 paup 打开execute 输出nonin terleave文档（若直接是nonin terleave上述过程省略，又如果是PC机paup,无菜单操作，可在paup命令行中输入附录1*的命令回车即可生成 nonin terleave 数据）。使用nonin terleave文档（数据中类群名称不得有单引号，空格，所有方括号中容 删除）新建文件夹存入按照流程 2 进行 modeltest 在苹果机上打开 Garli 导入数据f

4、把model定好f run（切记此处不要激bootstrap选项）将上次运算数据拷贝至一新建文件夹 f导入苹果版Garli f激活bootstrap选项f 定好 modelfrun所有结果用 paup 软件打开 f save pict f 丁开 bootstrap树f 做 50% majority rule contree fsave pict.注：Garli苹果和PC版都有，但是操作不同。数据格式：和算PAUP一样的nexus格式，但是这个格式有很多注意事项，一些常 见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题：1 一定要noninterleave!的数据，否则软件无法运算2 虽然在mrb

5、ayes和paup中不成问题但是在garli中有影响，里面容在算之前全部 删除为好。3 taxon名称中可以有下划线但是不得有空格，逗号句点等，否则无法运行。Mac版GUI的菜单界面，只要有上述正确的nexus格式的数据文件即可运算。PC版Nex format plus a command file 每次使用时拷贝一个软件的文件夹，将此文件夹重新命名（尽量清楚易查询）。将正确的数据文件拷贝到此文件夹下（与garli运行程序在同一目录下）。编辑命 令文档（名称是garli），进行参数设置。完成后双击garli运行程序图标即可运算。4 Bayes 流程Nonin terleave文件f贴运算程序到

6、文件后面（见附录）f将其拷贝至MrBayes 文件夹下f打开运行程序f execute文件名.扩展名f运算结束后用paup运行源 文件 f从.t 文件中取树 f bur nin f做 50% majority rule con tree f save pict.5 r8s 流程按照流程2进行modeltest f按照流程2进行ML运算f运算结束print tree检查这棵带枝长的树是否有分支长度为 0的分支f如果有在restore和delete taxa中将 这些类群去除一存储带枝长的树到file（nex格式）f将树的taxa名称更换为实际 类群名称f将树文件贴至运算模版（见附录）f首先进行第

7、一步cross validate f得到smooth值f替换smooth值再算一遍即可。注：r8s:该软件与BEAST不同，是对已存在的树进行操作，校订分子钟。算法为PL法。先选择模型算出一个ML树（要带枝长），注意如果要用这个树算r8s要保证该树 各个分支清晰，有较高的分辨率，没有 0枝长分枝和 polytomy。在这个树的tre的 nexus文件上面编辑各种命令，然后输入r8s进行运算。一定要固定 root， ingroup 最好有一个以上的 constraints.运算两次，第一次为cross-validation得出smooth value，第二次再设置这个值算 出最终结果。6 BEA

8、ST 流程Noninterleave文档 f BEAUTI打开f 定义节点f基本设置f化石点标定f生成xml文档f BEAST打开运算f 运算完成 f Tacer打开log文件f TreeAnnotator 打开树文件f生成out文件f Figtree打开out文件。7 DIVA在数据文件中确定树形，标注分布区，然后运算1 open DIVA2 proc filename.txt;3 optimize;Batch: optimize maxareas=8 weight=0.5 bound=200 hold=10000;8 Haplotype network 简明流程：1、NETWORK 4.5

9、用DNASP软件打开fas或者nex文件 另存为Roehl File Format文件（rdf格式）用NETWORK打开进行编辑（更改名称、连续的gap合并、添加删 除序列等）后保存 选择 Median Joining 进行 calculate network 在新出现的 窗口中导入rdf文件（也可以在这一步直接导入 nonin terleave的nex文件而省去 以上步骤，但是不能重新编辑） 设置参数后进行计算，生成 out 格式的输出 文件选择draw network，在新窗口中导入out文件按照提示就可以生成 network图，保存fdi文件或可另存为bmp或者pdf文件。2、TCS 1

10、.21准备 nonin terleave 的 nex 或者 phy 文件导入 TCS 设置 Parsim ony Limit或 Fix connection Limit ，并定义 gap 后点击 run 运行完成后就会自动生成 network图，编辑后保存GML文件或可另存为postscript或者PICT文件。9推荐使用：Mega 5. 全能系统发育分析软件，从序列校对到系统发育分析、分子钟、性状演 化、居群分析全能做。Mesquite 2.7 也很全能，但是主要还是做性状演化分析。 McClade 是其收费版。TNT是原来的Hennig86，做系统发育分析。PAST十分强大的统计软件，居群

11、分析，分类学的morphometric分析很好。S-DIVA 川大开发的带统计功能的地理分析软件。建议访问： 附录 1.最大简约法分析批处理文件1.begin PAUP;log file=hsearch1.log;set autoclose=yes;set maxtrees=100 increase=auto;hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yesnchuck=200 chuckscore=1;sa

12、vetrees file=hsearch1.all.tre brlens=yes;filter best=yes permdel=yes;savetrees file=hsearch1.best.tre;gettrees file=hsearch1.best.tre;contree all/majrule=yes treefile=contree.tre;log stop;end;2.begin PAUP;log file=hsearch1.log;set autoclose=yes;set maxtrees=100 increase=auto;hsearch start=stepwise a

13、ddseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes;savetrees file=hsearch1.all.tre brlens=yes;filter best=yes permdel=yes;savetrees file=hsearch1.best.tre;gettrees file=hsearch1.best.tre;contree all/majrule=yes treefile=contree.tre;log stop;end;2的策略较好，是hse

14、arch中首选，而如果此程序运算时间太长则用上面一个程序。本实用方法只提供hsearch而branch and bound和exhaustive方法省略。附录1*export format=n exus in terleaved=no file=temp.txt （此为生成 nonin terleave文 件命令）附录 2. ILD 分析endblock;charpartition dna=ITS:1-848,trnLF:849-3051;begin paup;set criterion=parsimony;log file=iscap.hom;hompart part=dna nreps=1

15、00/addseq=random;hsearch swap=tbr;endblock;附录 3. Bayes 分析1. 单一模型begin mrbayes;lset nst=6 rates=gamma;mcmcp ngen=2000000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 savebrlens=yes filename=P_combined;mcmc;sumt filename=P_combined.t burnin=2000;end;Begin mrbayes;2. 多模型begin mrbayes;charset its=1-622;chars

16、et trnlf=623-1696;charset matk=1697-3221;charset chs=3222-4406;charset psbm2trnd=4407-5506;charset psbm=5507-6279;charset gpd=6280-6972;charset LFY=6973-8426; partition Names = 8: its, trnlf, matk, chs, psbm2trnd, psbm, gpd, LFY;end;begin mrbayes;The following lines set up a model in which all four

17、genes have their unique GTR + gamma+ propinv modelset partition=Names;prset ratepr=variable;lset applyto=(1,2,3,4,5,6,7) nst=6;lset applyto=(8) nst=2 rates=gamma;unlink shape=(all) pinvar=(all);end;begin mrbayes;mcmcp ngen=100000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 savebrlens=yes filename=solms8

18、mys;mcmc;sumt filename=solms8.t burnin=3000; end;3. 带支长con tree的运算batchbegin mrbayes;log start filename=cp.log;mcmc filename=cp ngen=2000000 samplefreq=100;sump burnin=5000 filename=cp printtofile=yes outputname=cp.sump;sumt burnin=5000 filename=cp contype=allcompat;log stop;end;附录 4. bootstrap 分析begin paup;log file=bootstrap.log;set maxtrees=100 increase=auto;set criterion=parsimony;set root=outgroup;outgroup 56 57;bootstrap nreps=1000 conlevel=50 treefile=bootstrap.tre keepall=yes cutoffpct=50/star