利用addgene查找质粒图谱

1、利用addgene查找质粒载体图谱生物工程杨翔2012718026摘要：现如今的生物实验研究中，细菌质粒是重组DNA技术中常用的载体。在天然质粒的基础上，为了适应实验室操作而进行人工构建质粒载体。与天然质粒相比，质粒载体通常带有一个或一个 以上的选择性标记基因（如抗生素抗性基因）和一个人工合成的含有多个限制性内切酶识别位点 的多克隆位点（MCS序列，并去掉了大部分非必需序列，使分子量尽可能减少，以便于基因工程 操作。做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，然而如何准确 迅速的查找到所需要的质粒图谱，是实验研究的基础工作，这里简单介绍一下应用addgene网站查找质粒

2、图谱的方法。关键词：质粒图谱， addge neAddgene 简介Addgenen是一个全球科学家质粒共享非盈利组织。它作为一个公益性组织，负责保存和提供质粒。 科学家发表文章如果涉及到质粒，会发一份到 Addge ne保存，其他科学家如果需要这个质粒，也 可以向Addgene索取二网站首页界面Search fcr/点击此网址，进入 addgene首页，可以看到如下界面。Addgene is a non-pr(rfit plasrrid reposilory dedicated fio helping sciertisls- around the w

3、orld share high-cjuahty plasmicfc.Find PlasmidsDeposit PlasmidsWliyOpoitOaddgeneA b启tt&r way to share plasmidsMumuDeposit PlasrnKisFind Ptsnlidsto OlderAbout AddgeneTALEN Kits菜单栏包括了： Home（首页），Deposit Plasmids（储存质粒），Fi nd Plasmids（查找质粒），How to Order （如何构建），Plasmid Refere nee（质粒引用）以及最后一个About Addge ne

4、 （关于 Addgene）三查找方法1.我们以常见的 pRS质粒为列，点击菜单栏的Plasmid Referenee ，进入以下界面L旳in | New U理Oaddge neA better way ta snare plasmidsHomsAbout AddgenePlasmid Guide0e忖 ovaigm3D $曲：嬉皿：亡s别广劭09亡11亡iiOHitQ0ertBacterial ResistanceMpKJlIin 畑nainyfincniiwarnDhEri 比 clHyvomyti n且怕chJdSDechriomYtiinSelectable Markerrieoniyc

5、iriURA3PiKomytlnLW2Hyqiwnyci 口TRFnZei 崗pRSiiOPUnspecifiMAmptcillvnAddgerWaORS415火吟吹Straragenee-RworfeJ 财PJRS4曲UnspecifiedATCC0.AdenOhViiptRS420Yeasl EspresscflAmpcllhnAddgene$t RHAjC：LucrtBse 歯田SET百Bactenal Eip常猶ionAnipcillvninrrfrogen阳 4矶站回 1閱臨问.Unwcffed 驹Uns吟吹AmpciiiinInvflrchgienePJR 合 ET&AUnspec

6、rhed.Nwmscn 崗酿空304TRP1Am pc illsAddgeiw科Li RjrCTTon |.0J叫 r |1|.Zscii 1|URA3Am pic HimJddgeneopRS324TRP1AmpKilliitAddgene.Bta&:.cdn |Dnaia. n _二LJ Genlsmicn |0jpRS质粒的信息4.我们可以看到搜索结果中显示了，数据库中的所有 菜单栏中分别注明了，Name（质粒名称）Vector Type （质粒类型）Resista nee Marker（抗药性标记）Bacterial Resistance（细菌抗药性）Source （来源）Sequen

7、ee （质粒的序列）。如下图。5.以以下三种pRS为列，可以发现这三种pRS质粒的类型分别为未注明载体类别,菌质粒。pRS428和pRSET-B质粒的抗药性为氨苄。这三种质粒的来源分别为： 菌种集 American Type Culture Collection ），Addgene 公司以及美国 Invitrogen酵母质粒和细ATCC（美国型培养 生物公司。UnspecifiedDRS428Yeast ExpressionAmpicillinATCCAddgenepRSET-BBacterialAmpic illinInvitroqen6.而最右侧的 Referenee中,表示此质粒没有序列

8、,表示可以查看详细序列7.我们以质粒pRS413举例，点击进入，出现以下界面Browse Steven Haase Chee et al pRSII13Gene/inseri nareNoneVeclor backboneA”ail盹 1己 tq scadtemk and Don-prains onlyvnanufidurerVector type甘戦如 lyp?3r seqjenelffig phmeBacterial resi&tarKe(s)Growtlri stfam(s)IPRS41X*已口0Dai 曰血5 旳AmStgeneBackbone： ize (bp)Modincalion

9、s to BackbanrePramoler5* seqjentiing primerIM 13 ReverseAmpicillinEWH&alpha显示的界面中包括了此种质粒的很多信息。包括了常用的,Vector type other (载体类型)：Yeast cen tromere vectorBacterial resista nce(s)(纟田菌抗药性)：Ampicilli nGrowth strain(s)(生长菌株)：DH5alphaGrowth temperature (C )(培养温度)：37High or low copy （高拷贝还是低拷贝）：High Copy8.再往下拉

10、，可以看到此质粒的详细图谱，如下。可以得知此质粒全场4969bp,氨苄抗性的位置，启动子位置，以及MCS中各种酶切位点的位置等等。如下，如 Ampicillin9.继续拉到页面底部，可以看到图谱中具体的基因位于此质粒中的何处位点,抗性基因位于从第4256个碱基到第3396个碱基。同时也有所有酶切位点的位置Feature NameStartEndORFpGEX_3_pnmer512SORF frame 1HISS (arianlM51164ORF Trame 3n_ongm1B651550lZ_a2Q371094M13_pUC_fiwi_pnmer20082030Ml3_forward20_pn

11、ffler20232039T7_promolfif20492067pBMescr|pKam昶 * Ch&e et al 口民5；11跖3 SequencespRSII413: Sequences (4)AnoiyiB Swiiwig#n VClick on map visualize and analyze sequeme3EqunEcic fronn Deptysitnig | 刚口。亡re S皂qurKin# ResLjrls (3)Sequence from Depositing Scientistpl?GII413 sequence 499 bpst u亀匸号匸日 111亡”吕匸可勺

12、t i-aaaaciztic taizAcatc-agctd=c：9igaGACGGTCAC.GCTTGTCTGTfiACKSGATGCCCAGCAGACWGCCCCTCAGGGCGCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCTGG CTTAACT 血 TGCQSCATCA站GCA 尅 TTGTACT&MAGTGCACCATAAATTCOCGTTTTAAGAGCTTGCM AGOAGGrrCAjCTGCCjUKT4TCCm：TGAACACGGCATTA.GTC4GGGAAGTCiTAACACAGTCCTrT LLCGLfiiAT7TTCTTTTTLTATTALTCTTGK 匚 丁

13、亡匚丁fT AGTACACTCTiTATrTTrTTftT&ZCTCGGTAA TTTTTCATTTTTTTTTrTOCACCTAGCCKATGACTCTTTTTTTTTCTTiGCGATTGGCATTATC*C*T AATCA.ATTATACATTATATAIiGTAATGTGATTTCTTCGAAGAATATACTAAAAAATGAGCAGGCAAGAT AAACGAAGGCAiAGATGACAGAiGCAGAAAQCCCTAGTAiAGCGTATTACAAATCAACCAAGJLTTCAGAT TGCGATCTCTTTAAiGGGTCGTCCCCTJiG 匚 GA 丁 AGHGC 况 T

14、CGATCTTCCUikGAAA&AgGGCH皿孔：孔 GTAGCAGAlCAGGCCACACAitTCGCAAGTGITTiACGTCCACICjtGGTiLTAGGGTTTCTGGAC 匚4T 血丁GA TACATcXTCTQKCAAGCATTCCOKTMTCAATCCGAGTKAmiACTTICACATAGAQGA CCATCACACxZACTGAJhGA.CTfSCGGGiTTGCTCTCGGTCAAGCA.TTTAAiGiGGCCCTAGGGGCCGTGCG.T GGiaGTftAAi&A>TTGGi?LTCi!：GiTTTZKLTTrG3ATGAu&ZALTTT-ZLAGAKG

15、GTGGTAGA.TirTTT CGlACAGGTCGTACGCACTTCTCGAACTTGGTTTGC4AAGGGJkGAUGTJhGGAGATCTCTCTTGreAGAT GAT：COXATTTTCTTGA AArTTreCAGAGGCTAGCAGA ATTHCCTOCAOGTTGATTGTCTQCGAGX AAGAATGATCATCACCGTAGTGiGAGTGCGTTCAGGCTCTTGCGGTTGCCATAAGAGiSiAGCCACCTCGC LCfiATTACAlACGATGTTCC 匚 丁匚匚 A匚匚壮AGGTGTT 匚丁TJTTGTAGTG占匚 A匚匚 GAT TATTTAA4

16、GTTGC AGCATACGATATATJkTACATCTGTATATATGTOACCrATCAJkTCTCACTAAGTATGTATACGAJkCACTA TGATACTGAAGATGACAAGTfcATGCATCmCTATACCmSTCATTCTGAAOGAGGCiMXTTTOCTTTTAddgenes Sequencing Results在序列框中，我们就可以复制质粒的全部碱基序列，进行后续分析点击右侧的Analyze Sequenee。我们可以对此质粒进行更深入的查看。Analyze SequenceClicK on map to visualize and analyze seque

17、nce.11. 点击进入后会显示以下界面Analyze Sequence： pR$H413Sesrati1tcgcgcgtttegg 七ggtgaaaaccrtctgacneatgcagctcrccg5 口51CACTTGTCTGTAAGCWATGCCWGACAGACAAUCCCG100101tcasggcgcgTCA曲试阳TGTTGwill 站 &hown.尅BLAST finds regions of similarily between biological sequences. Click on rhe buttons below to BLAST your sequence Results will appear in a neuv window.Fntgr Qugiy SequenceEiiitai diccflSMon minqbenlsfor FASTA seqiiemcesl yHuman genamic + Iranscript Mouse genomic + tranBcripl Othens (rtr eta.)Align two or more s-eqiieikees。进行相似序列的分析。四