分子马达的研究与应用前景

1、分子马达的研究与应用前景 于丽娜生命在于运动，机体的一切活动，从肌肉收缩、细胞内部的运输、遗传物质 (DNA) 的复制、一直到细胞的分裂等等，追踪到分子水平，都是来源于具有马达功能的蛋白质大分子做功推动的结果因此它们被称为分子马达或蛋白质马达和蛋白质机器等到目前为止，已有百种以上的分子马达被确定，它们在机体内执行着各种各样的生物功能分子马达都是沿着相应的蛋白丝作定向运动16这些蛋白丝起着“轨道”的作用，它们都是有极性的，因而也是有方向性的这些分子马达可高效率地将贮藏在腺苷三磷酸 (ATP) 分子中的化学能直接转换为机械能，产生协调的定向运动而做功迄今为止，人类尚无由化学能直接转换为机械能做功的

2、任何应用记载那么由生物体反映出的这一独特的能量转换形式不仅对于生命活动是至关重要的，而且可以使人类从新的角度去认识、研究和利用这一能量转换的分子机制因此分子马达定向运动机制、做功原理及能量转换机制已成为分子生物学、物理学、生物化学等诸多学科中最引人注目的问题之一，并会在相当长时间里成为多学科所共同面临的一个极具挑战性的科学研究领域对于真核细胞，最常见的为肌球蛋白马达 (Myosin)，动蛋白马达 (Kinesin) 和力蛋白马达 (Dynein)3 大家族系肌球蛋白马达与肌动蛋白丝 ( Actin filament ) 合在一起称为肌球动蛋白 ( actomyosin )当肌肉收缩时，肌球蛋白

3、马达沿着肌动蛋白丝滑动，而动蛋白马达和力蛋白马达都是沿着微管(microtubule)运载囊泡 ( Vesicles ) 与细胞器 ( organelles ) 等作定向运动肌肉的肌球蛋白马达和常规的动蛋白马达是迄今为止研究得最多且最具有代表性的两个系统它们的大小尺度都是几十纳米 (nm) 量级近来，利用高分辨率电子显微镜观察到这两种蛋白马达的头部的结合区，发现它们大小虽不相同，且肌球蛋白是动蛋白的 3 倍，但包含着十分相似的蛋白质折叠结构，甚至连在功能催化活性部位 ( CD ) 的残基都是同源的这本该意味着它们的功能也应是相似的，然而在 ATP 作用下一个肌球蛋白马达沿着肌动蛋白丝作跳跃式的

4、运动，马达与轨道之间的结合只是瞬时的，只有大量肌球蛋白马达在一起才有可能作连续性运动而单个动蛋白马达却可以使负载沿着微管运行相当长的距离而不“脱轨”，作前进式运动用所谓“负载比”( duty ratio) ( 马达与轨道结合在一起的时间与整个过程的时间之比值 ) 来表征这两个系统的运动情况，前者的负载比几乎为零，而后者则近乎百分之百这种在结构上相似而在功能上存在巨大差异的问题一直令人十分困惑这实际上是涉及如何统一认识众多种类的分子马达在结构与功能上所显示出来的多样性这一难题1布朗马达模型分子马达的运动具有 3 个基本特征首先，分子马达的几何尺度很小，一般在 10nm 左右，分子量在几万到几十万

5、道尔顿实验表明，马达与轨道之间的结合能具有 的量级 ( 为玻尔兹曼常数， 为热力学温度 )，热运动的影响不容忽略，必须考虑内噪声的影响因而分子马达布朗运动的特征非常明显其次，在生物体内的马达蛋白还是一个高度非平衡的体系ATP 的浓度远高于平衡态的浓度，ATP的水解反应是单向进行的水解所释放的能量为系统提供了一种非平衡的驱动力源除此以外，分子马达总是沿着微丝或微管作轨道运动，构成这些轨道的蛋白亚基顺序排列，形成非对称的周期性结构即使是旋转马达的转动也可以看作是沿周期性轨道的运动总的说来，分子马达是一种具有很大噪声但尺寸很小的机器人们将分子马达的这类基于布朗运动动力学理论的物理模型概括为布朗马达分

6、子马达的布朗运动的理论最近几年取得了长足的进展711所解决的首要问题就是在没有宏观力的情况，分子马达如何能够通过水解 ATP 产生宏观的定向运动，如何能够拖动负载产生定向力，ATP 的水解与定向运动的关系如何，即 ATP 水解的化学过程与力和运动产生的力学过程是如何耦合的宏观的定向运动一般的条件是什么目前看来不满足广义涨落耗散定理的噪声 ( 即所谓外噪声 ) 的存在是一个重要的判据7第 2 方面的问题是如何解决分子马达定向运动方向的反转的问题这一问题的实际意义在于在同样的轨道上运动的分子马达即使分子结构非常类似，仍然可能沿相反的方向定向运动第3 方面的问题是分子马达的效率问题这一问题的重要性在

7、于实际的分子马达的效率是很高的，在离体实验中，效率一般在 60 %以上，有的可接近 100%我们知道马达蛋白受到周围环境的影响而使热耗散不可避免如何在存在热涨落的情况下产生如此高的效率，能量转化的机制是什么按照非平衡噪声的来源的不同，分子马达的布朗运动的理论大致可以分为两种基本类型：1) 摇摆力模型 ( rocking ratchet )1216，非平衡涨落力是对时间平均为零且在两个值之间变化的周期力；2) 闪烁势模型 (flashing ratchet)17 21，非对称周期势场随时间周期性地或随机地在两态或多态之间跃迁前者是把周期力整流而产生定向运动，后者则是通过对噪声的整流得到定向运动应

8、当特别指出，这两种机制所产生的定向运动的方向是相反的人们在此基础上还构造了一些新的模型，这些模型有各自的特点，所解决的问题也有差异，但归根到底可以看作是上述两种模型的推广或者是两者相结合的产物例如，考虑关联噪声和闪烁势可以讨论定向运动以及定向流的反转11，而考虑随时间变化的驱动力与白噪声的共同作用可以解释定向运动的梯跳特征研究进展应用非平衡输运理论研究马达蛋白的做功原理，即把 ATP 水解对马达提供的能量作为一种外部涨落(如高斯色噪声、乘性噪声、确定性周期力、势垒涨落及它们之间的耦合作用) 施于系统，破坏系统平衡特性，驱使马达定向运动近年来在以下几方面做了一些工作22 311）将过阻尼条件下的

9、非平衡输运理论推广到一般情况中，建立含惯性项、一般阻尼以及双源噪声的 Langevin 动力学模型，利用 Monte Carlo 数值模拟与极限下的解析结果相比较的方法，在无法严格解析该马尔可夫过程的情况下，给出了较精确的数值解，描述了各模型参数对非平衡驱动效应的影响，得到了一般阻尼条件下双噪声 Langevin 输运模型中阻尼、温度、色噪声关联时间以及乘性噪声等因素与几率流的关系；2）色噪声驱动下闪烁势或色噪声强度闪烁所诱导的定向运动及粒子流反转；而考虑随时间变化的驱动力与白噪声的共同作用可以解释定向运动的梯跳特征；3）多噪声的势垒闪烁（flashing ratchet）机制与几率流反转：非

10、对称周期势场随时间周期性地或随机地在两态或多态之间跃迁前者是把周期力整流而产生定向运动，后者则是通过对噪声的整流得到定向运动应当特别指出，这两种机制所产生的定向运动的方向是相反的；4）噪声强度多态变化机制，考虑到了多态的变化，这比起以往的模型更接近于真实的蛋白马达通过对马达蛋白结构与构像的变化过程的分析，可以得出多态的参数体系，概括出动力学特征；5）讨论空间非均匀性对于定向运动的影响，是为了处理一类马达运动中，轨道与马达之间相互作用势随位置的随机涨落所造成的物理效应总体效果是减少定向运动几率流，但在不同的参数空间效果不同，在有些范围甚至可以增强几率流；6）关注马达与轨道之间的相互作用，从蛋白马

11、达与其轨道 ( track ) 之间的相互作用的分析与研究中得出相互作用势的形式，提出反映分子马达更多结构信息的 Kinesin 与微管之间偶极偶极相互作用模型到目前为止，分子马达的动力学理论还只是在对分子马达进行了大量简化的基础上，采用极为简单的物理模型，对非常复杂的马达蛋白及其输运过程进行了初步的理论分析，揭示了一类由非平衡涨落诱发的非对称周期场中的定向运动，提出不满足广义涨落耗散定理的噪声可以诱发定向流的概念说明了定向流的产生与有效势的倾斜的关系，有些理论甚至可以解释分子马达的梯跳运动特征，许多理论与实验结果定性符合在分子马达能量转化效率的问题上也作了一些有益的尝试和探索比如费曼热机的效

12、率等等可以说，理论在解释分子马达的定向运动以及定向运动方向的改变等方面是成功的但是应该指出，理论本身还存在许多关键的问题尚待解决首先，在布朗马达模型中我们把分子马达看作点粒子，不能考虑构象变化，这与实际情况相差甚远而实际的分子马达，不同部位所起的作用非常独特，正是各部分的协调作用使马达蛋白对 ATP 水解起到催化作用并产生定向运动另外，布朗马达模型的效率普遍不高，这与实际的分子马达具有很高的效率的结果构成鲜明的对照总之，布朗马达的研究虽然取得了一定的成功，但是还是有一定的局限性，可以认为，对分子马达的动力学的研究才刚刚起步，正是由于一系列重大问题还没有得到解决，分子马达的运动规律还需要人们不断

13、地探索展望尽管有关分子马达的理论研究工作取得了一些成果，但这些研究是初步的，而且研究分子马达运动机制还有许多工作要做，存在着许多挑战性多学科的问题有待解决目前已经认识到的问题主要有以下几个方面3.1分子马达的分类实验及研究分子马达是生物进化的产物，许许多多结构各异、功能不同、各司其职的分子马达成为生命动力和活力的源泉而且实验研究不断取得新的进展，不断有新的分子马达被发现对其机理的研究使人们认识到分子马达一些新的运动模式最近，有关肌球蛋白 V (myosin V) 的很多实验结果32，33又为从理论上研究分子马达运动的机理提供了很好的契机为广大理论工作者提供了广阔天地3.2分子马达做功原理的研究

14、这是分子马达研究中的核心问题，其中蕴含人类尚未揭示的科学奥妙虽然这方面的研究已取得了一些进展，但距真正搞清楚这一能量转化机制还相差甚远这绝不是某一学科所能独立完成的事情，需要多学科有机融合、交叉研究来共同解决3.3分子马达做功效率的研究实验表明，分子马达效率在 50%以上，个别马达效率甚至接近 100%这种效率是任何人造机器都无法与之相比的这就是说，模型分析中要以效率作为判据之一而在现有的模型中计算得到的效率却是很低的，只有百分之几，这与实际情况相比存在数量级的差别，说明模型存在着实质性问题有待解决3.4模型的研究现有众多的模型与结果，大都是把分子马达抽象为布朗粒子，模型中没有体现分子马达的复

15、杂结构以及在运动过程中的构象变化在构象变化中，分子马达化学过程如何产生力学过程？力学过程又如何加速化学过程？构象变化如何传递运动？这些工作需要实验提供更多的定量分析，提供更多的数量化的依据模型研究应当考虑有多自由度的布朗马达，将原有低维运动模型推向多维，还应考虑处于多个中间状态时马达与微管 (丝) 之间的作用3.4分子马达的人工合成布朗马达的研究揭示出在噪声存在时诱导宏观定向运动的可能性这启发人们研制体积小、信息容量大、反应速度快的分子器件这种由化学方法合成的分子器件在外界因素激发时，运动具有可控性根据其能量转化的特点，这类器件也是一类分子马达分子马达的人工合成不论在理论上还是在应用上都有重大

16、意义，这方面的工作还有待于进一步深入开展近年来分子马达运动机制的研究已取得相当进展分子马达这一研究领域确实是一个广阔而又神奇的世界，正在日新月异地在向前发展分子马达的研究在国际上已引起极大的重视日、美等国在该领域已做了大量工作，而且发展很快，处于领先地位国内的研究工作虽然初见成效，但是还应当给予足够的重视，多做工作，尽快缩小差距，迎头赶上可以预期这一多学科极具挑战性领域必将在本世纪推动各个学科向更深层次探索，成为 21 世纪科学研究的焦点，其研究成果具有巨大的学术价值以及潜在的社会效益DNA(脱氧核糖核酸)是生物遗传物质的载体。DNA分子马达的优点是可以直接将生物体的生物化学能转换成机械能,而

17、不像通常意义上的马达需要电力。因此,从理论上说,DNA分子马达可以借助一些生物化学变化而进行药物和基因等的传递,比如说,将药物分子直接输送至癌细胞的细胞膜。人们已经利用多个DNA分子制造出了分子马达,但这些马达存在着效率不高、难以控制的缺陷,与多分子DNA马达相比,单DNA分子马达应用起来更为方便,两位旅美中国学者在分子马达研究领域取得新的突破,首次利用单个DNA分子制成了分子马达,这种分子马达在一种生物环境中处于紧凑状态,但在生物环境发生变化后,又会变得松弛。实验证实,采用这一原理制造出的单DNA分子马达具有非常强的工作能力,可以像一条虫子一样伸展和卷曲,实现生物反应能向机械能的转变。采用人

18、工合成的单DNA分子来制造分子马达还有一个好处,即可以根据不同要求而有针对性地设计出DNA分子,使制造出的马达具备各种性能,这些马达可以有不同的效率,可以设计成有很大的做功能力,也可以设计成能把物体搬运到更远的距离。现在还很难预测分子量级的马达什么时候能真正投入实用,下一步目标是要让单DNA分子马达真正移动一个微小物体,并进一步提高其工作效率。分子马达既然能把生物能转化为机械能,一旦被人类完美地控制,就可以完全充当纳米机器人的发动机。也可以把分子马达看成一个简单的纳米机器人,像一种长了两条“腿”的肌球蛋白分子马达,可以做线性推进运动,在人体内,它的一大作用是在细胞内搬运小泡等物质,理论上,如果

19、再给它装个筐,它也能运我们想运的东西。美国康乃尔大学纳米生物科技研究小组,已成功地制造出与病毒大小差不多的分子马达。该生物分子马达是以200nm长、80nm径宽的金属镍为轴,并以分子(F1 Adenos-ine triphosphate synthase 称为F1腺嘌呤核甘三磷酸合成酶素)作为马达,而以长750nm、直径为150nm的镍作为螺旋桨。据研究人员的观察, 该分子马达被浸泡至ATP溶液中后,利用生物分子细胞内的化学反应,以ATP作为能源,每秒转速可达8圈,并可连续转动2.5h。像这样的微型分子马达可当作是纳米机器人或其它纳米组件零件的一部分,它的潜在应用价值是非常之大的。也许,将来利

20、用该马达所做成的潜艇就可进入人类的血管之中,不必籍由传统的开刀方式,即可清除脑血管中的血块,清理血管壁上的沉积物质,以排除中风的危险。当分子马达技术足够成熟时,这一技术还可以为病毒检测提供新的途径,分子马达自重加大,转速就会变慢,如果寻找到办法能够使某一种病毒与分子马达特异性结合,根据这一原理,通过观察分子马达的转速就可以判断是否沾染病毒,从而检测出机体是否被病毒感染。例如唐氏综合症就是由于卵子细胞内的染色体分裂不正确而导致的,被认为与驱动蛋白的缺陷有关,如果能找到一种激活驱动蛋白的方法,就能治疗这类疾病了。3 结语科学家们正在使用更加先进的光钳以及光学探测器技术,来探索分子马达的更多秘密。目

21、前利用光钳技术1在体外无损的情况下直接观测单个分子马达的运动,得到了许多重要的结果2,3,与此同时,理论研究也成为分子生物学和统计物理研究中的热点之一4,5。基于分子马达对人类发展的重要性,我们正在致力于研究它的神秘能量转化机制,以便更大可能地把它应用于我们的生活中去。日本一研究小组利用分子马达开发出一种新技术,可以将微小颗粒经由生物芯片上的微细通道运送到指定地点,这一技术又称为“分子快递”技术。日本东京大学生产技术研究所藤田博之教授等组成的研究小组研制开发了这一技术。研究人员在生物芯片上设置宽0.5mm、长30mm的通道,并在里面铺设好微管“铁轨”。将用荧光物质标记的直径为0.32m的微粒附

22、着到驱动蛋白上后放入通道,研究人员观察到微粒以每秒1微米的速度沿“铁轨”运动。利用“分子快递”技术,可以将微小颗粒高效精确地搬运到目的地。这种“分子快递”技术将来可促进特定蛋白质和其他化学物质在芯片上发生高效反应。宾夕法尼亚大学医学院肌肉研究所YaleGoldman博士的实验室和Erika Holzbaur 实验室的研究人员发表了一组论文,这些论文综合起来证实了一种充当分子马达的蛋白质惊人地灵巧,并能在细胞内轻巧地越过障碍物。利用一种能够一次观察一个大分子的活动的特殊显微镜,研究组发现一种蛋白质马达能够沿着微管来回移动,而不是像之前推测的那样朝一个方向运动。这两种运动蛋白dynein和dyna

23、ctin是细胞的长途货车,它们能够合作从细胞外围将分子货物运送到细胞核。Holzbaur实验室发文章说他们发现dynactin的一种突变能导致运动神经元的降解运动神经元疾病的标志。这种突变使dynein-dynactin马达在细胞中运送“废物”的效率降低,并造成细胞中错误折叠的蛋白质的累积,从而导致神经元退化的发生。这些观察结果将有助于更好地治疗运动神经元疾病。由美国佛罗里达大学化学系华裔科学家谭蔚泓教授领导的一个研究小组,研制出了一种新型的由光子驱动的“分子纳米马达”,这种单分子马达将光能高效率地转变成机械力,不仅能将光能的利用率从过去的10%提高到25%以上,还没有人们所忧虑的在其过程中所

24、产生的环境污染问题。在紫外可见光的照射下,这个单分子纳米马达可以达到40%50%的开关转换效率,同时,在常温常压下,纳米马达就表现出良好的、规整的可控性,并具有无废料排除的特性。与其他多组分的DNA纳米马达相比,这种单分子马达由于其单组分特性,分子运动主要受独特的分子内相互作用的影响,从而可以减少分子间作用力的干涉,并表现为浓度非依赖性。若把这种马达用来吸收太阳能,相比传统的太阳能电池,能更有效地利用太阳能,目前主要的困难在于如何把这些马达由阳光照射所产生的分子级动力累积在一起,输出可用的动力,并且纳米马达产生的动力与其尺寸有关,纳米马达尺寸很小,目前这项技术离实用还有很远的距离。如果要用这种

25、马达来驱动汽车或其他大型设备,需要把大量的纳米马达装配在一起,目前尚有困难。纳米器件要投入使用,离不开能量的传递,也就是说需要分子数量级的微小马达DNA(脱氧核糖核酸)是生物遗传物质的载体。DNA分子马达的优点是可以直接将生物体的生物化学能转换成机械能,而不像通常意义上的马达需要电力。因此,从理论上说,DNA分子马达可以借助一些生物化学变化而进行药物和基因等的传递,比如说,将药物分子直接输送至癌细胞的细胞膜。人们已经利用多个DNA分子制造出了分子马达,但这些马达存在着效率不高、难以控制的缺陷,与多分子DNA马达相比,单DNA分子马达应用起来更为方便,两位旅美中国学者在分子马达研究领域取得新的突

26、破,首次利用单个DNA分子制成了分子马达,这种分子马达在一种生物环境中处于紧凑状态,但在生物环境发生变化后,又会变得松弛。实验证实,采用这一原理制造出的单DNA分子马达具有非常强的工作能力,可以像一条虫子一样伸展和卷曲,实现生物反应能向机械能的转变。采用人工合成的单DNA分子来制造分子马达还有一个好处,即可以根据不同要求而有针对性地设计出DNA分子,使制造出的马达具备各种性能,这些马达可以有不同的效率,可以设计成有很大的做功能力,也可以设计成能把物体搬运到更远的距离。现在还很难预测分子量级的马达什么时候能真正投入实用,下一步目标是要让单DNA分子马达真正移动一个微小物体,并进一步提高其工作效率

27、。分子马达既然能把生物能转化为机械能,一旦被人类完美地控制,就可以完全充当纳米机器人的发动机。也可以把分子马达看成一个简单的纳米机器人,像一种长了两条“腿”的肌球蛋白分子马达,可以做线性推进运动,在人体内,它的一大作用是在细胞内搬运小泡等物质,理论上,如果再给它装个筐,它也能运我们想运的东西。美国康乃尔大学纳米生物科技研究小组,已成功地制造出与病毒大小差不多的分子马达。该生物分子马达是以200nm长、80nm直径宽的金属镍为轴,并以分子(F1 Adenos-ine triphosphate synthase 称为F1腺嘌呤核甘三磷酸合成酶素)作为马达,而以长750nm、直径为150nm的镍作为

28、螺旋桨。据研究人员的观察, 该分子马达被浸泡至ATP溶液中后,利用生物分子细胞内的化学反应,以ATP作为能源,每秒转速可达8圈,并可连续转动2.5h。像这样的微型分子马达可当作是纳米机器人或其它纳米组件零件的一部分,它的潜在应用价值是非常之大的。也许,将来利用该马达所做成的潜艇就可进入人类的血管之中,不必籍由传统的开刀方式,即可清除脑血管中的血块,清理血管壁上的沉积物质,以排除中风的危险。当分子马达技术足够成熟时,这一技术还可以为病毒检测提供新的途径,分子马达自重加大,转速就会变慢,如果寻找到办法能够使某一种病毒与分子马达特异性结合,根据这一原理,通过观察分子马达的转速就可以判断是否沾染病毒,

29、从而检测出机体是否被病毒感染。例如唐氏综合症就是由于卵子细胞内的染色体分裂不正确而导致的,被认为与驱动蛋白的缺陷有关,如果能找到一种激活驱动蛋白的方法,就能治疗这类疾病了。3 结语科学家们正在使用更加先进的光钳以及光学探测器技术,来探索分子马达的更多秘密。目前利用光钳技术1在体外无损的情况下直接观测单个分子马达的运动,得到了许多重要的结果2,3,与此同时,理论研究也成为分子生物学和统计物理研究中的热点之一4,5。基于分子马达对人类发展的重要性,我们正在致力于研究它的神秘能量转化机制,以便更大可能地把它应用于我们的生活中去。参考文献：1 Rice SetalA structural change

30、 in the kinesin motor protein that drives motility JNature，1999，402：7782 Charles L，Asbury， Adrian N，et al Kinesin Moves by an Asymmetric Hand-Over-Hand Mechanism JScience，2003，302：2 1303 Ahmet Yildiz，Michio TomishigeKinesin Walks Hand-Over-Hand JScience，2004，303：6764 Gilbert S P，Moyer M l，Johonson K

31、 APathway of ATP Hydrolysis by Monomeric and Dimeric Kinesin JBiochem，1998， 37：800-8135 Fisher M E，Kolomeriky A BSimple Mechanochemistry Describes the Dynamics of Kinesin Molecules JProc Natl Acad Sci，2001，98：7 748-7 7536 Mandelkow E，Hoenger AStructuresof kinesin and kinesin-microtubule interactions

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34、2002，19：1 248-1 24813 Zhao Tong -jun， Zhuo Yi-zhong ，Zhan Yong，et al Two-dimensional ratchets with non-conservative impulsive force mod JPhy Lett2002 ，B16：999-1 00614 Tongjun Zhao，Tian guang Cao，Yong Zhan， Rocking ratchets with stochastic potentials JPhysica ，A 2003 A312 109-11815 Zhao Tongjun，Zhan

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