比对 蛋白质序列 精确度论文

1、比对论文：基于谱的蛋白质序列比对方法研究【中文摘要】随着生物信息学的发展,大量的蛋白质需要进行分析。但对于许多蛋白质序列,人类并不清楚它们之间的进化关系,也不清楚它们所具有的生物学功能。这就需要对蛋白质进行序列比对以确定它们的进化关系,以及预测它们的生物学功能。本文首先介绍了在生物信息学中广泛应用的几种蛋白质序列比对方法,并对他们的特点进行了总结。然后给出了蛋白质序列比对的谱方法,并将谱方法和BLAST方法在比对精确度上进行了比较。在谱方法中,对于两条待比对的序列,首先根据它们各自的相关序列计算出两个谱；然后对这两个谱进行比较,得出一个关系矩阵；再根据关系矩阵,采用动态规划方法求出这两条序列的

2、比对结果；最后,根据比对结果评价这两条序列的相关性。实验数据表明,在待测蛋白质序列长度较长时,谱方法的比对精确度比BLAST方法有较明显的优势。【英文摘要】With the development of bioinformatics, a large number of proteins need for analysis. However for many protein sequences, the human is not clear evolutionary relationships between them, or the biological function. Protein

3、sequence alignment is useful for determining evolutionary relationships of protein, and forecasting the biological function.This paper introduces some protein sequence alignment methods which are widely used, and their characteristics are summarized. Then profile method is described. A.【关键词】比对 蛋白质序列

4、 精确度【英文关键词】Alignment Protein Sequence Accuracy【目录】基于谱的蛋白质序列比对方法研究摘要3-4Abstract4第一章 绪论7-131.1 背景介绍7-91.2 研究现状9-111.3 本文工作11-13第二章 相关算法13-172.1 现有算法概述13-142.2 BLAST算法14-15 BLAST概述14 计算过程14-152.3 其他算法15-16 FASTA算法15-16 隐马尔可夫模型162.4 本章小结16-17第三章 谱方法17-333.1 蛋白质序列的谱17-21 谱方法的思路17-18 得分矩阵18-19 计算谱的几种方法19-

5、213.2 GRIBSKOV的谱方法21-23 Gribskov谱的计算21-22 计算Dayhoff矩阵22-233.3 改进的谱方法23-25 Henikoff的谱方法23-24 谱方法的步骤24-253.4 构造探测序列集合253.5 计算谱25-283.6 计算关系矩阵28-30 比较谱的几种方法28-29 计算关系矩阵29-303.7 计算比对结果30-32 空位罚分函数30-31 初始化矩阵31 计算路径矩阵31-323.8 本章小结32-33第四章 对谱方法运算时间的优化33-374.1 并行计算序列的谱33-35 并行计算平台33 并行计算谱33-354.2 矩阵计算中的优化35-37第五章 实验结果分析37-435.1 比