NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

1、NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST （Basic Local Alig nment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或 DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似 性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一 地同每条所查序列作一对一的序列比对。2、BLAST）是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（ 条核酸序列会被翻译成可能的六

2、条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同 所查序列作一对一地核酸序列比对。4、TBLAST是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与 BLAST）相反，它是将库中的 核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和 所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这 样每次比对会产生36种比对阵列。NCBI 的在线 BLAST /Blast.cgiF面是具体操作方法

3、 1,进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等）， 也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。 这里以常用的核酸库作为例子。BLAST Assembled GenomesChoose 常 species genome to search, or list all qenoinic BLAST databases一HumanMouseRatArai>idQDsis tfta阳rtaOryza 鈕iva口匸 tai/fu占D旳恺NqdDtvsop百lia irtel占nogssttF 口GaJ伽馆Hug 珀fsafe他螢

4、JWF亡旳&63Mis meP#相raBasic BLAST 昔酸库的BI抽为例Choose a BLASTprogram to run.nucleotide blastblastKSearch a nucleotide database using a nucleotide quer/AfgaHthm* blastn, niegablast, discontiguous megablastSearch protein database using a pratein queryAtgonthms blastp,卩si-blast,卩hi-blastSearch prMein data

5、base using translated nucleotide querySearch tianslawd nucleotide database using a 卩roteiin querySearch translated nucleotide database using a translated nucleotide query2,粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 - p IPIN 0I 旦 ni" r Hrv Bd 离t- c r II ' A- a-一 - i - :

6、l IT ， T* * -r *r"siT- 2 T. ' 一 _ rLFI 他VHIkw3, blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。Search database nr using Megablast (Opdrtiize far highly si milar sequences) 0Show results tn 划 new windowy Alqonthm pjhatrieters一 GonprM ParametieraMdIb: Parameter values that difh< max targ

7、et sequences w100 D、显示的最大结果数SaJecIthe-msiSinnufT? number of aligned seqtierces lai display 0Short queriesScaring Paramoters0 Ajtomitically adjust parimelers for short input sequences &E值M韻di/M诒m可忙h Scores 石ap CostsFilters and Maskin gFilterLaw compiGKity regions ySpecies-specific repeals for Hum

8、朗MaskMask far lookup twble only 藝Mask lower case letters 切点BLAST®行(LblSst3Search(1 atbase nr using lUlegablast (Optimize far highi/similarsequences) 0Show results in a new window4,注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。5, blast结果的图形显示。没啥好说的。Distribution of 160 Blast Hits on the Query Sequence 垃6, blast结果的描

9、述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。ClJ?-.7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect），致性（Identities），缺失或插入（Gap®。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Iden tities这一值，才匹配到1344bP,而输入的序列长度也是为1344bp （看上面的图），就说明比对到的序列要长一点。由Qurey （起始1）和Sbjct（起始35）的起始位置可知，5'端是是多了一段的。有时也要注意 3'端的。V Alignme

10、nts 匚| Select AllGet selected sequgnces Distgncg trws of rgsults Multiple 引iqnrnent这里是bl抑结果的详細比对的结果rlcTh IBC172 716.1 I ESynthetic construct Mus muscu丄us clone IMAcjE； 100059524, W(JC gene (963002512 iRihJ itiRWA., encodes>RIEEH cDHA 9630025121卷豔苗4能喙邑乩比对到的序列长度也是需要i主意的GETJE ID: ED8 0£? 963 OU

11、Z 5I2 iRik | RIKEN cDlJA 9630025121 gene Mum tnus cuius (10 or fewer FulxMed linXs)暂前 S已=2硼b山 也恂 &T： = 0-口啟洋专 仔列 X血= 13钊/13阳余吠垃;Eg = 口/4344 (皿)斗聂疋有 旦3trand=PiTis/Pliis-".Ouery在库里柱j说 比对至订 的序列5已"35 j£1AT(SfiAGSAAA.TeCT<STCCTTCCSGCATST&5CCATT(SATTTTTCT<!CAGAA(SAeA(SS-ACATGG

12、AGGAAA.TGCTGTCCTTCCGGGATGTG<；CCATTGATTTTTCTCCAGAAGAGAGGG-AC&094Stijct95TACCT«(i(TCCT(SCTC；X(ST(5CATCT(TACA5AAC(STCATCCT(i<SA(SAATTATA(CCACI I I I I I I I I I I I I I I I I I I II II I I 11 I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I II I ITACC TGG GTGC TGC TCAGT(5G

13、GAT GTSTACA GA&AC GTGATGG TGGAGAATTATA GC C AC120154Qmery121Sbjct155CTTSTGTTCCTdGGTCTTGCTGTTGCTAAGCCATACTTCGTAACATTTCTGGAGCAAAAC I I I I I I I I I I I I I I I I I I I II II I I H I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I II I I CTTGTGTTCCTGegJTTGCTGTTGCTA/GCCATACTTGGTAHCATTTCTG 碍 GGAAHACIBOQueryIGlCAAGGGTCTPCAGTGTGAJUlAGCCACGCACCAGCCACCArCCCAGiAACAACAGGCAAT2 40sbjct215CAAGGGTGTrCAGGTGTGAAAAGCCACeCAGCAGCC 魚 CCATCCCAG15AACAACAGGCAAT274Q