水稻瘤矮病毒

1、水稻瘤矮病毒Rice gall dwarf Virus (RGDV) 生物信息学分析搜索感兴趣的基因1找出自己想要的基因片段2CONTENTS目录LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET1LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET2LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET3LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET4找出FASTA格式的基因序列，复制下来，保存在文本文档中3CONTENTS目录LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET1LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET2LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET

2、3LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET6LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET4LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET5搜索对应的蛋白质序列4CONSECTETURADIPISICINGELITProparam软件分析蛋白质理化性质4氨基酸数目相对分子质量理论pI值氨基酸组成不稳定系数从分析结果可知：RGDV p8 各个氨基酸所占的比重，如上图。分子质量为47422da，氨基酸数目为426，正负电荷残基总数30/30，分子式为C2126H3316O623S15，在M-1 cm-1单位在280 海里的水里测量的消光系数为48610和48360，脂肪指数

3、为92.68，组氨酸His (H)最少为0.5%，丝氨酸含量最多Ser (S) 9.9%。疏水性分析5氨基酸的疏水性=各种氨基酸的疏水性甘氨酸的疏水性疏水性氨基酸在蛋白质的内部，由于其疏水性的像相互作用，在保持蛋白质三级结构的形成和稳定中起着重要的作用。由图可知在P8蛋白C端位置有一个典型的疏水区域。对RGDV P8蛋白使用TMHMM的跨膜区域分析6膜蛋白是一类结构独特的蛋白质，执行着重要的细胞生物学功能。蛋白质序列含有跨膜区，提示他可能作为膜受体起作用，也可能定位在膜上的锚定蛋白或离子通道蛋白。对膜蛋白的跨膜螺旋进行预测是生物信息学的重要应用。SED DO EIUSMOD TEMPOR IN

4、CIDIDUNTLOREM通过ProtParam软件预测得知,P8蛋白的理论等电点pI为7.62,溶解度为86%,属于不可溶蛋白,根据Guruprasad等的方法确定P8蛋白的不稳定 指数为41.90,表明P8蛋白不稳定。分析P8蛋白序列组成可知,P8蛋白近C端约20个氨基酸长度的肽段组成典型的疏水段特征,表明此肽段可能是跨膜区。依据TMHMM2.0预测结果显示,P8蛋白的1403位氨基酸位于细胞膜表面,404425位氨基酸之间形成典型的跨膜螺旋区(TM),表明P8蛋白可能是一个与细胞信号传导有关的膜受体蛋白。水稻瘤矮病发生与危害 水稻瘤矮病于1976年在广东湛江地区发现，局部县市危害严重，近年在两广陆续有此病危害的报告，且有逐年加重的趋势，我国广东茂名地区曾大面积发生危害，近年在福建福州以南的一些县零星发生。病原及发病条件 为水稻瘤矮病毒Rice gall dwarf Virus (RGDV)。病毒粒体球状，直径65nm，由单一粒体组分和十二个片段的双链RNA组成。此病可由电光叶蝉、二条黑尾叶蝉；二点黑尾叶蝉、黑尾叶蝉和马