用SHELXTL程序进行晶体结构分析的方法-2

1、TEMP 25TEMP 25EADP EADP CL1CL1 CL1CL1EXYZ EXYZ CL1CL1 CL1CL1WGHT 0.000000WGHT 0.000000FVAR 0.09096 FVAR 0.09096 0.50.5CR1 5 0.113174 0.216284 0.628141 11.00 0.03132 0.04649 =CR1 5 0.113174 0.216284 0.628141 11.00 0.03132 0.04649 = 0.03455 0.00095 0.00183 0.00118 0.03455 0.00095 0.00183 0.00118CL1CL1

2、 3 3 0.118366 0.241830 0.483154 0.118366 0.241830 0.483154 21.0021.00 0.02696 0.03867 = 0.02696 0.03867 = 0.03287 -0.00084 0.00065 0.00346 0.03287 -0.00084 0.00065 0.00346CL1CL1 4 4 0.118366 0.241830 0.483154 0.118366 0.241830 0.483154 -21.00-21.00 0.02696 0.03867 = 0.02696 0.03867 = 0.03287 -0.0008

3、4 0.00065 0.00346 0.03287 -0.00084 0.00065 0.00346A A 不同原子在同一位置的固定不同原子在同一位置的固定 强制性精修（固定）强制性精修（固定）B B 刚性基团的固定刚性基团的固定 C5 1 0.783982 0.389310 0.472723 11.00 0.056310C5 1 0.783982 0.389310 0.472723 11.00 0.056310AFIX 66AFIX 66C6 1 0.670845 0.385330 0.475554 11.00 0.037930C6 1 0.670845 0.385330 0.475554

4、11.00 0.037930C7 1 0.623140 0.384059 0.522099 11.00 0.038030C7 1 0.623140 0.384059 0.522099 11.00 0.038030C8 1 0.132871 0.107389 0.616281 11.00 0.070930C8 1 0.132871 0.107389 0.616281 11.00 0.070930C9 1 0.187310 0.112700 0.566092 11.00 0.052710C9 1 0.187310 0.112700 0.566092 11.00 0.052710C10 1 0.30

5、1438 0.113657 0.561510 11.00 0.036590C10 1 0.301438 0.113657 0.561510 11.00 0.036590C11 1 0.350699 0.112192 0.515138 11.00 0.035930C11 1 0.350699 0.112192 0.515138 11.00 0.035930AFIX 0AFIX 0C12 1 0.284100 0.110708 0.472513 11.00 0.043900C12 1 0.284100 0.110708 0.472513 11.00 0.043900苯环的固定苯环的固定( (第一种

6、方法第一种方法) )苯环的固定苯环的固定( (第二种方法第二种方法) )DFIX 1.39 0.02 C1 C2 C2 C3 C3 C4 C4 C5 C5 C6 C6 C2 （六条边）（六条边）DFIX 2.78 0.02 C1 C4 C2 C5 C3 C6 （三条对角线）（三条对角线）茂环的固定茂环的固定C5 1 0.783982 0.389310 0.472723 11.000000 0.056310AFIX 59C6 1 0.670845 0.385330 0.475554 11.000000 0.037930C7 1 0.623140 0.384059 0.522099 11.0000

7、00 0.038030C8 1 0.670845 0.385330 0.475554 11.000000 0.037930C9 1 0.623140 0.384059 0.522099 11.000000 0.038030C10 1 0.301438 0.113657 0.561510 11.000000 0.036590AFIX 0C11 1 0.350699 0.112192 0.515138 11.000000 0.035930C12 1 0.284100 0.110708 0.472513 11.000000 0.043900DFIX 1.37 0.02 C1 C2 C2 C3 C3

8、C4 C4 C5 C5 C1 （六条边）（六条边）DFIX 2.20 0.02 C1 C3 C1 C4 C2 C5 C2 C4 C3 C5 （五条对角线）（五条对角线）( (第一种方法第一种方法) )( (第二种方法第二种方法) )C C 限制性精修限制性精修 FMAP 2FMAP 2PLAN 20PLAN 20dfix dfix 1.501.50 0.0 0.01 1 C1 C2 C3 C4C1 C2 C3 C4TEMP 25TEMP 25a 键长的限制键长的限制b 同类键键长相近的限制同类键键长相近的限制FMAP 2FMAP 2PLAN 20PLAN 20SADI 0.02 o1 h1 o

9、1 h2 o2 h3 o2 h4 o3 h5 o3 h6SADI 0.02 o1 h1 o1 h2 o2 h3 o2 h4 o3 h5 o3 h6SADI 0.02 h1 h2 h3 h4 h5 h6 h7 h8SADI 0.02 h1 h2 h3 h4 h5 h6 h7 h8TEMP 25TEMP 25常见化学键的键长常见化学键的键长表表a 限制指定原子具有相近的位移参数限制指定原子具有相近的位移参数PLAN 20LIST 4DELU 0.02 0.01 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 c9 c10 WGHT 0.083400 0.000000 c 共平面限制共平面限制PLAN 2

10、0LIST 4FLAT 0.1 c11 c12 c13 c14 c15 WGHT 0.083400 0.000000 PLAN 20LIST 4SIMU 0.04 0.08 1.7 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 c9 c10 WGHT 0.083400 0.000000 b 限制在一定范围内的原子具有相近的位移参数限制在一定范围内的原子具有相近的位移参数D D 对温度因子的限定对温度因子的限定E 阻尼控制阻尼控制 当结构难以进行最小二乘精修，特别是当结当结构难以进行最小二乘精修，特别是当结构模型明显偏离最优化结构时，易发生精修参数构模型明显偏离最优化结构时，易发生精修参数的大幅度移

11、动的大幅度移动( (shift) )，造成最小二乘精修不收敛造成最小二乘精修不收敛 可用阻尼因子加以控制。在可用阻尼因子加以控制。在SHELXL中，可中，可赋予阻尼参数赋予阻尼参数DAMP一个一个2002000之间的数值之间的数值 d 限制各向异性位移参数具有类似各向同性位移参数的性限制各向异性位移参数具有类似各向同性位移参数的性质质PLAN 20LIST 4ISOR 0.01 c3 c4 c13 c14 WGHT 0.083400 0.000000 C 无序结构无序结构 当一物质大部分结构大部分有序，仅小部分无当一物质大部分结构大部分有序，仅小部分无序时，可用通常的方法解析。但无序部分可能出

12、现序时，可用通常的方法解析。但无序部分可能出现原子位移参数太大，其结构在化学上不合理的情况原子位移参数太大，其结构在化学上不合理的情况 无序的种类有多种，常见的有：无序的种类有多种，常见的有： a 位置占有率无序位置占有率无序 即同一位置被两种或多种原子占据即同一位置被两种或多种原子占据b 位置无序和取向无序位置无序和取向无序 晶体中分子的部分基团，甚至整个分子按统计晶体中分子的部分基团，甚至整个分子按统计方式分布在两个或多个位置上的现象，叫方式分布在两个或多个位置上的现象，叫位置无序位置无序。如果部分基团，甚至整个分子位于旋转轴、镜面、如果部分基团，甚至整个分子位于旋转轴、镜面、对称中心上，

13、分布在两个相互联系的方向上的现象，对称中心上，分布在两个相互联系的方向上的现象，称为称为取向无序取向无序，球形基团常发生这种现象，球形基团常发生这种现象 对于这一问题，对于这一问题，有的结构，可直接由有的结构，可直接由差值差值Fourier电子密电子密度图定出不同方向的度图定出不同方向的排列。例如，排列。例如，ClO4-经常是这样处理的经常是这样处理的（O和和O的占有率都的占有率都改为改为0.5)。 很多结构却无法这样处理很多结构却无法这样处理。则对于无序程度轻则对于无序程度轻的，可用限定（即用的，可用限定（即用ISORISOR指令）的方法。也可把无指令）的方法。也可把无序原子裂分为两个原子，

14、方法是：序原子裂分为两个原子，方法是： ClOOOOOOOO 0.0862 0.0389 0.0343 N1 0.1283 0.0659 0.0400 N2 0.3904 0.1447 0.0431 O1 may be split into 0.6986 0.4252 0.6507 and 0.6922 0.3560 0.6522 0.0879 0.0723 0.0349 O2 WGHT 0.045200 0.000000 FVAR 0.286910 0.5N1 3 0.338342 0.110671 0.424071 11.00 0.072990 0.046510 = 0.040170 0.

15、003320 0.008270 0.021590part 1O1 4 0.6986 0.4252 0.6507 21.00 0.05part 2O1 4 0.6922 0.3560 0.6522 -21.00 0.05part 0O2 4 0.529357 0.400370 0.615937 11.00 0.053290 0.087650 = 0.054980 -0.001990 0.019860 0.002700.lst.ins先在先在Edit-.lst文件中找到裂分的原子坐标然后在文件中找到裂分的原子坐标然后在Edit-.ins文件中文件中做如下处理：做如下处理：高氯酸根无序高氯酸根无序W

16、GHT 0.045200 0.000000 FVAR 0.286910 0.5Cl1 5 PART 1O1 4 x y z 21.000 0.05O2 4 x y z 21.000 0.05O3 4 x y z 21.000 0.05O4 4 x y z 21.000 0.05PART 2O1 4 x y z -21.000 0.05O2 4 x y z -21.000 0.05O3 4 x y z -21.000 0.05O4 4 x y z -21.000 0.05PART 0DFIX 1.44 0.01 cl1 o1 cl1 o2 cl1 o3 cl1 o4 cl1 o1 cl1 o2

17、cl1 o3 cl1 o4DFIX 2.35 0.02 o1 o2 o1 o3 o1 o4 o2 o3 o2 o4 o3 o4 o1 o2 o1 o3 o1 o4 o2 o3 o2 o4 o3 o4EXYZ CL1 CL1EADP CL1 CL1 高氯酸根键长的固定高氯酸根键长的固定苯环与吡唑环无序苯环与吡唑环无序WGHT 0.045200 0.000000 FVAR 0.286910 0.5Cl1 5 PART 1C1 4 x y z 21.000 0.05C2 4 x y z 21.000 0.05C3 4 x y z 21.000 0.05C4 4 x y z 21.000 0.05C5 4 x y z 21.000 0.05C6 4 x y z 21.000 0.05PART 2C1 4 x y z -21.000 0.05C2 4 x y z -21.000 0.05C3 4 x y z -21.000 0.05C4 4 x y z -21.000 0.05C5 4 x y z 21.000 0.05C6 4 x y z 21.0