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文档简介

1、内含子和外显子的位置偶最近也在做 RT-PCRo也正在设计跨内含子的引物。在园子里看了些文献,也请教了一些 人。个人感觉主要是你找到这个基因的具体的内含子和外显子的位置后再设计引物一点也不 难。只要在跨越的引物中选取条件好的就行了。其中对于如何找到内含子和外显子,偶是用以下的方法。一、首先登录 Pubmed找到你的基因序列,这个应该很简单。偶不多说。二、如下图进入 Blastl界面,选取genomes中的相应物种。 IMUOeotKlBOLI口HLAb I 旧亚1门 Search for shortnearly exact matches Search trace archives wrth

2、mecabast or discontiQiJcus megablast Search the conserved domain daitabase (rpsblast) Protein hornolcgy by domain architecture (cdart)Translated Translated query 7S. protein database (blastx) Protein query vs, trarijlated database (t blast n) Translated quay vs, translated database (tblastx)Special&

3、#171; Search for gene expresaion data (GEO BLAST) Align two sequences fbl2seqj Screen for vector contamination(Vec Screen) ImmunDglabin BLAST 他配式) SNP BLASTGenomes Human, mouse, rat 匚him口 NEccWj m, doQj sheep,匚就 Chicken, puffer fish, zebrafish Environments samples Malaria injects, nematodejj plant5j

4、 furigij microbralgenomesj othier eukaryotic genomesMeta Retrieve results三将你的序列拷贝到查询框中,进行查询( Begin search)。然后点击format , 一路点下去,出 现下图样的对话框。点击genome viewresults ofBLASTV NCB1BLASTNAueO 10%二 GenomeF Zb: Li:47FS-55-215£1-91«16?4504i. ELI?TC:。姓2311二湃MX ML15"g MttNQneets 札引3北t,N5 m itvter*工工

5、 you XyX an,7 prcbjois 口c口叫 with the rtnultn of t北与 nuncChFua_su ref-ef ta t he E31JLW T FAQs Gwoww 喻* Show pcnfwm «flie B3JLST hirs mtiic hmntaii greotne 眦地g Ur EnireEliCMO J.etters)Disrributian of 23 &lat Hits on tht Query SequenceMoiitMWfo *w W *M ckelt to tlww sigwvtitil* r *,3 1a ant w

6、*4。qo-co 醺 TO即金gXJOT然后点击其相应的染色体号,我查的是 HIF基因,在14号染色体上。相应的染色体上会出现 红色的标记。Bl.ASI f FiurhlV hi-djtL£ft-hl G:SE iHE”J Fm-t et«F 川川,V打 工小幻I dirk r曲岷心 FHomo_iapi#fK g«nonn* viewHukld H I HatMaBLAST Miithitnilts. 1 BLASI bin fsud 出,到11 ID 'll 1475S753-215C7-3telfr!M5UI -HLASTQl".BLAST

7、 "谢好了,如下图。你可以看到右边的这些方框最后给的序列,就是外显子的序列。你可以对着此 来设计引物,找到哪些跨过内含子的引物。首先要明白:RT-PCR的引物之所以要跨内含子设计,主要原因就是为了避免再PCR过程中基因组DNA的影响。那么其实只要在提RNA时除去DNA也就没什么关系了。RNA沉淀之后,在 100ul反应体系中用 RNAse free的DNAseI37C处理0.5h ,然后直接用 100ul氯仿抽提,异丙醇(别忘了加1/10体积4M NaAc)再次沉淀后用适量DEPC水溶解即可。NCBI>GENE>基因名称搜索(Click the picture to se

8、e the source)louischen育aa育女Posts: 518Score: 43J 2004-07-30 06:57就地成所目小呕如岫点击基因名称进入左键击 NC_000019>GRAPHICSintron , extron的排列,可以点击进入粗划线为外显子,并有对应的 protein编码还在/也可以,在主页上输入基因的名字,找出该物种的基因序列,在transview和exonview上可以看到外显子和内含子,此网页简单,得到不同颜色标记的外显 子。扣卜 If ion 1 Intr(H)Chr$ti5d StartEnd Lc(wlh

9、5-ittrEFseqpuencE班克川久U, 9qtgaqmegeege gctea ejettccs tege tg耳quqg tGT口 匚r.gc«iggc-J33JS4222 332E4672 4S1 bp CTGQCTCAGCOCGO9Q0OaCOC!9sHMce冢GAOCGACCSQGMeQGtnOXTTCCCGJ 纪MF。肘。以;g亡住XJ*配口优。尤AfTW M,Ke。出白冢T” t>:OT'>TTC lOClTTC';仃CTODJOng配。郎叮独三,俗寅的0:81的口28一工A 冷:5作二XKH.LrvHMGG U;T: ;V!T.fiM

10、"AAAACE /TGCF KATTrn.'.rr 常却代 卡eg vrr拶£urr*E"的器心也骷门 ct F隔若1GbeAKMOA打聃 和自GB用口 K AD :好U璃机哈期UAJ-IfOA'.,Ci. JG JAMAO-JAJIC JAd. J J'JAbJO,.- JA'.:iJDJA2CAU'JflAJfJAAATJLC'JgJWEJQETAETOMTTUrCACC1 NkIntron 1-2设52829 332mL If 33 1t-crgggegtxflygtnyg ;t.yLtiBiigctixc-i

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