分子模拟towhee软件介绍

1、Towhee Towhee 软件介绍软件介绍Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee软件的使用报告内容 Towhee input 文件 模拟过程的关键点 下一步工作计划Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee软件的使用v 编译编译 右键打开终端，键入 ./configure cd Sourcemake towhee v 运行运行 右键打开终端，键入 sudo ln towhee_dir/Source/towhee /usr/bin/ 这样每次直接输入towhee就可运行 Tankertanker

2、 DesignTankertanker Design Towhee input 文件inputformat Towhee #字符型参数都要使用单引号randomseed1302002random_luxlevel #使用默认3random_allow_restart #一般使用默认，使模拟可以重复TTankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件 ensemblenpttemperature298.0d0 #单位 Kpressure101.325d0 #单位 kPanmolty #分子类型数1nmolectyp #每类分子个数90nu

3、mboxes #盒子数1stepstyle #时间步类型cycles #每一步移动N次，N为分子数nstep 1Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件pdb_output_freq ，1 loutdft #是否输出用于Tramonto的文件.false. loutlammps #是否输出用于lammps的文件.false.printfreq1000 blocksize 2000moviefreq100000backupfreq 1000runoutput #输出信息。full #full代表输出所有信息Tankertanke

4、r DesignTankertanker Design Towhee input 文件 pressurefreq 20trmaxdispfreq #平动和转动最大位移更新频率。频繁一些可能会加速模拟。1000volmaxdispfreq #体积最大位移更新频率。更新最大位移会使移动接受概率接近设定值。1000Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件potentialstyleinternal #内置力场ffnumber #力场种类数1ff_filename #力场路径和名称towhee_ff_Charmm22classical

5、_potential #VDW势Lennard-Jones classical_mixrule Lorentz-Berthelotlshift #截断处是否为零.false. ltailc #截断后是否使用尾部矫正.true.rmin #内截断，两原子的距离不允许小于rmin1.0d0rcut #vdw 截断10.0d0rcutin #用于CBMC的双截断10.0d0 electrostatic_form #静电作用coulombcoulombstyle #库仑作用统计方法ewald_fixed_kmax kalp 5.6d0kmax5dielect #介电常数1.0d0nfield #外部势

6、0Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件 linit #是否需要生成初始构型，若有towhee_initial文件，则选.false. .false. initboxtype #盒子类型dimensions #定义盒子的向量initstyle #生成初始构型的方法。full cbmc #使用cbmc自动生成initlattice #初始格子的类型simple cubic initmol #初始分子数90 inix iniy iniz #每个方向初始分子数8 8 5 hmatrix #三个方向向量22.6d0 0.0d0 0.

7、0d00.0d0 22.6d0 0.0d00.0d0 0.0d0 22.6d0 Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件pmvol #体积改变0.01d0 #尝试概率 pmvlpr #特定盒子的体积改变 1.0d0 rmvol #初始位移，单位埃。一般以rm-开头都代表初始- 0.1d0 tavol #目标接受概率。一般以ta-开头代表目标-（target）。 0.5d0Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件input_style #输入类型basic co

8、nnectivity map nunit #分子中的原子数9nmaxcbmc #与nunit相同最好。9lpdbnames #是否输入PDB名称Fforcefield #力场名称Charmm22charge_assignment #电荷定义manualunit ntype qqatom #依次是：原子标识，力场类型，电荷1 CT3 -0.27d0vibration #成键4 #键连数2 5 6 7 #键连原子improper torsion #非正常二面角个数0Tankertanker DesignTankertanker Design模拟过程的关键点input文件的格式比较严格区分大小写，各

9、个参数的顺序也是固定的，所以一般运行都是改写例子中的文件。各种移动的接受概率不能太高也不能太低，否则效率都是不高的，需多次尝试主要有全原子力场和联合力场。采用联合力场模拟过程的关键点Tankertanker DesignTankertanker Design非键作用参数非键作用参数成键作用参数成键作用参数键角参数键角参数键扭转参数键扭转参数 Towhee 力场文件Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee 力场文件 carbonyl oxygen carbonyl carbon ethers n-alkanes n-alkanesTankertanker DesignTankertanker Design模拟过程的关键点模拟