蛋白质组学的研究策略与应用

1、会计学1蛋白质组学的研究策略与应用蛋白质组学的研究策略与应用蛋白质组（蛋白质组（proteomeproteome）：）：一个基因组在一种细胞、组织或生物体表达的所一个基因组在一种细胞、组织或生物体表达的所有蛋白质构成的整体。有蛋白质构成的整体。蛋白质组学（蛋白质组学（proteomics)proteomics)：研究细胞、组织或生物体中蛋白质组组成、定位研究细胞、组织或生物体中蛋白质组组成、定位、变化及其相互作用规律的科学。、变化及其相互作用规律的科学。共享99基因30000-40000个基因30000个基因蚕和蚕蛾的基因组相同，但表型却完全不同蛋白质组的差异所致。100 ug E. coli

2、 lysate. IEF, pH 5-8;250 V, 升压, 20 min; 8000 V 线性升压, 2.5 hrs; 8000 V, 25,000 Vhrs.SDS PAGE 4-20% 线性梯度, 200V,1 hr. Bio-Safe Coomassie 染色.50 mM Tris100 mM Tris合适的离子强度E.coli cell lysates spiked with 1% SDS采用TCA/丙酮沉淀法处理未处理 特定或目标蛋白质组分离分析技术生物质谱生物质谱 基质辅助激光解吸电离基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱飞行时间质谱 电喷雾电离质谱电喷雾电离质谱 串联质谱串联质谱生

3、物质谱的分类生物质谱的分类NebulizerGasHeatHeatSolutionMakeup GasHigh V oltagePower SupplyIonsSamplingOrifice3)4)3) Field Evaporation4) Coulomb Explosion1) Desolvation2) Charge Accumulation120Barrier Gas Flow(Differential Pumping)ESIESI源示意图源示意图 蛋白质结构预测主要有两大类方法：蛋白质结构预测主要有两大类方法：1、理论分析方法或从头算方法（Abinitio）：2、统计方法：该类方法对

4、已知结构的蛋白质进行统计分析，建立序列到结构的映射模型，进而对未知结构的蛋白质根据映射模型直接从氨基酸序列预测结构。经验性方法结构规律提取方法同源模型化方法同源模型化方法 25-30%同源序列， 相似的空间结构通过相似序列的数据库比对确定功能 确定序列特性：疏水性、跨膜螺旋等 通过序列模体数据库等的比对确定功能规模化发现蛋白质相互作用技术规模化发现蛋白质相互作用技术酵母双杂交基于质谱的蛋白质复合体研究蛋白质芯片蛋白质相互作用验证技术蛋白质相互作用验证技术 免疫共沉淀 GST-pull down 荧光共定位 荧光共振能量转移（FRET) 体外表达蛋白质结构预测主要有两大类方法：蛋白质结构预测主要有两大类方法：1、理论分析方法或从头算方法（Abinitio）：2、统计方法：该类方法对已知结构的蛋白质进行统计分析，建立序列到结构的映射模型，进而对未知结构的蛋白