生物信息学序列分析

1、1BioinformaticsREVIEWSREVIEWShttp:/www.bio-http:/www.bio-以SRZ1基因序列为例/ Motif Scan: http:/hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCANhttp:/hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCANhttp:/smart.embl-heidelberg.de/http:/Softberry的不足：不能给出信号肽的（裂解）位置和核定位的不足：不能给出信号肽的（裂解）位置和核定位信号等序列的特征信号等序列的特征因此：我们还采用因此：我们还采用

2、SignalP和和Predict NLS等程序进行预测等程序进行预测http:/genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP/查找核定位信号：查找核定位信号：NLSTSSATGTATApromoter方法一方法一: 用用FGENESH预测预测.TTATAAAAAGGATTGACATTTGTATTCCATTGTTAhttp:/方法二方法二: 用用Fruitfly网站的网站的promoter预测程序预测预测程序预测.方法二方法二: 用用Fruitfly网站的网站的promoter预测程序预测预测程序预测.方法三方法三: 用全长用全长cDNA比对预测比对预测. (搜索搜索nr

3、数据库数据库)ggctgcacgc ctttccgcga 与与fruitfly网站的预测结果非常接近网站的预测结果非常接近!方法四方法四: 搜索搜索dbEST方法四方法四: 搜索搜索dbESTWe care?方法四方法四: 搜索搜索dbESTatcgctgcacgcctttccgcgatttcgtca 与与fruitfly的结果几乎一致的结果几乎一致. 因此因此,我们初步认为我们初步认为ATC.为为TSS确定确定TSS后的实验验证也是很重要的后的实验验证也是很重要的.可以选择推测的可以选择推测的TSS之前之前, 之后的序列设计引物之后的序列设计引物, 进行进行RT-PCR扩增扩增, 初步确定初

4、步确定TSS. (该步骤也可以不做该步骤也可以不做)下一步下一步: 选择选择TSS(or ATG)之前的之前的2000bp左右的序列左右的序列, 通过通过MatInspector程序进行分析程序进行分析.1、BLAST检索NR或基因组数据库， 打开检索结果，选取基因起始部分拷贝至BioXM软件，手工查找；2、自动搜索：适合于水稻等基因组公布的作物,而且一般只限定于查找ATG上游序列。Select more than 2000bp sequence and copy it into BioXM注意是否需要将序列反向互补？查找SRZ1基因的起始序列蓝色部分即为启动子序列可以直接将结果放在论文里发表可以直接将结果放在论文里发表. EMBOSS 6.3.1: tfscan1. Search for rice ZFP252 protein sequence, predict the MW and pI(BioXM);2. Subcellular localization prediction for ZFP252(ProtCOMP);3. Motif(Motif Scan) prediction for ZFP252;4. Extract the ZFP252 promoter sequence(1800bp upstream sequence)(BLAST)