与甘蓝中心柱长相关联的EST-SSR标记分析

1、园 艺 学 报 2014，41（7）：13441354 http: / www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao 收稿日期：20140310；修回日期：20140604 基金项目：国家重点基础研究发展计划（973）项目（2012CB1139）；国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-25）；国家863计划课题（2012AA100101，2012AA100202）；农业部园艺作物生物学与种质创制重点实验室项目 * 通信作者 Author for correspondence（E-mail：jwcgy

2、q，zhuangmu） 与甘蓝中心柱长相关联的EST-SSR标记分析 孙朋朋1,2，刘基生2，张扬勇2，方智远2，刘玉梅2，杨丽梅2，龚义勤1,*，柳李旺1，李占省2，庄 木2,* （1南京农业大学园艺学院，南京 210095；2中国农业科学院蔬菜花卉研究所，北京 100081） 摘 要：利用40个EST-SSR标记，对100份甘蓝自交系组成的自然群体进行遗传结构分析，采用TASSEL3.0软件的GLM（general linear model）和MLM（mixed linear model）模型，对甘蓝中心柱长和中心柱长/球高比值性状进行关联分析。结果显示供试材料可分为3个亚群；EST-SS

3、R位点间有较高的多态性和一定程度的连锁不平衡；以GLM模型分析，共检测出5个标记的7个位点与中心柱长性状相关联，2个标记的3个位点与中心柱长/球高性状相关联，其中2个位点同时与两个性状相关联；以MLM模型分析，共检测出3个标记的4个位点与中心柱长性状相关联，1个标记的2个位点与中心柱长/球高性状相关联，其中2个位点同时与两个性状相关联。GLM和MLM两种模型同时检测到了与中心柱长/球高相关联的1个标记的2个位点以及与中心柱长相关联的3个标记的4个位点。 关键词：甘蓝；EST-SSR；遗传多样性；群体结构；关联分析 中图分类号：S 635.1 文献标志码：A 文章编号：0513-353X（201

4、4）07-1344-11 Analysis on EST-SSR Markers Associated with Core Length in Cabbage SUN Peng-peng1,2，LIU Ji-sheng2，ZHANG Yang-yong2，FANG Zhi-yuan2，LIU Yu-mei2，YANG Li-mei2，GONG Yi-qin1,*，LIU Li-wang1，LI Zhan-sheng2，and ZHUANG Mu2,* （1College of Horticulture，Nanjing Agricultural University，Nanjing 210095

5、，China；2Institute of Vegetables and Flowers，Chinese Academy of Agricultural Sciences，Beijing 100081，China） Abstract：Forty EST-SSR markers were applied for the genetic structure analysis of a natural population comprised 100 cabbage inbred lines，and association analysis between markers and two agrono

6、mic traits on core length were subsequently performed using GLM（general linear model）and MLM（mixed linear model）programs of TASSEL3.0 software in this study. Population genetic structure analysis showed that 100 cabbage accessions were composed of 3 subpopulations，and high polymorphism and various d

7、egree of linkage disequilibrium were detected among EST-SSR loci. There were 7 alleles of 5 markers associated with core length，and 3 alleles of 2 markers associated with core length/vertical diameter of head，and 2 alleles associated simultaneously with two observed traits under GLM program. There w

8、ere 4 alleles of 3 markers associated with core length，and 2 alleles of 1 marker associated with core length/vertical diameter of head，and 2 alleles associated simultaneously with two observed traits under MLM program. Furthermore，2 alleles of 1 marker associated with core length/vertical diameter o

9、f 7期 孙朋朋等：与甘蓝中心柱长相关联的EST-SSR标记分析 1345 head and 4 alleles of 3 markers associated with core length were determined under GLM and MLM programs. Key words：cabbage；EST-SSR；genetic diversity；population structure；association analysis 关联分析（Association analysis）又称连锁不平衡作图（Linkage disequilibrium mapping）或关联作图

10、（Association mapping），是一种以连锁不平衡为基础，鉴定某一群体内目标性状与遗传标记或候选基因关系的分析方法（Flint-Garcia et al.，2003；Myles et al.，2009）。Thornsberry等（2001）首次将关联分析方法引入植物研究领域，以92份玉米自交系作为试材，经过关联分析发现dwarf8基因序列多态性与花期性状呈显著相关。随后关联分析相继应用在玉米（Wilson et al.，2004；Szalma et al.，2005；Tracy et al.，2006；Salvi et al.，2007；Belo et al.，2008）、水稻（B

11、ao et al.，2006；Agrama et al.，2007）、大豆（Jun et al.，2008；文自翔 等，2008；张军 等，2008）、小麦（Breseghello & Sorrells，2006；Tommasini et al.，2007）、棉花（Abdurakhmonov et al.，2008；Kantartzi & Stewart，2008）、马铃薯（Gebhardt et al.，2004；Simko et al.，2006）、甜菜（Hansen et al.，2001）等重要作物中。在蔬菜中，Zhao等（2007）运用AFLP技术，通过关联分析获得与

12、白菜类作物开花时间相关的11个分子标记；翟文等（2011）利用207个InDel标记，对160份白菜类作物通过关联分析，获得了4个与氮利用效率相关的标记；高颖等（2012）利用57个SSR和InDel标记对80份大白菜自交系及110份F1杂交种的抽薹开花时间进行关联分析，获得了13个标记的17个位点与抽薹开花时间相关。 甘蓝（Brassica oleracea var. capitata L.）的中心柱长度是其重要的品质性状之一，国内外的相关研究主要集中在遗传方面（Dickson & Carruth，1967；Chiang，1969；雷建军 等，1994；张恩慧 等，1998；陈锦秀

13、等，2007；方荣 等，2011）。本试验中利用40个EST-SSR标记对100份甘蓝自交系的中心柱长及中心柱长/球高性状进行关联分析，明确群体不同基因型所携带等位基因的种类及不同等位基因对目标性状的贡献率。 1 材料与方法 1.1 试验材料 供试材料为不同球形、不同成熟期、不同原始来源的甘蓝高代自交系共100份（表1），定植于中国农业科学院蔬菜花卉研究所试验农场。 1.2 田间试验及性状调查 田间试验在中国农业科学院蔬菜花卉研究所北京南口实验农场进行。采用间比法试验设计，每份参试自交系种在1个小区，每小区种植30株。在甘蓝成熟期将叶球纵剖后测量中心柱长及球高（李锡香和方智远，2008），每小

14、区随机选5株，计算平均值。 1.3 SSR标记分析 利用改良的CTAB法提取幼嫩叶片基因组DNA，用1%的琼脂糖凝胶电泳检测其纯度及浓度。基于NCBI数据库（http：//dbEST）公开报道的62 567条（截止2008年6月）甘蓝的EST，开发出分布于甘蓝9条染色体上的978对引物（陈琛 等，2010），以及补充合成的35对EST-SSR引物，从1 013对引物中选出相对均匀分布的标记300个，随机抽取8份材料筛选出多态性好、稳定性高的40个标记（表2）用于关联分析。 1346 园 艺 学 报 41卷 PCR反应总体积20 L，含10 ×

15、Buffer（25 mmol · L-1 MgCl2）2.0 L，dNTPs（2.5 mmol · L-1）1.6 L，2.5 U · mL-1 Taq DNA聚合酶0.6 L，Primer F（5 mmol · mL-1）和Primer R（5 mmol · mL-1）引物各0.8 L，30 ng · L-1模板DNA 4 L，高压灭菌ddH2O 10.2 L。PCR扩增先在94 下预变性4 min，再进行35个循环的变性（94 ，30 s）、退火（58 ，30 s）、延伸（72 ，60 s）步骤，然后在72 下继续延伸7 min，

16、最后慢慢冷却至10 。PCR扩增产物在8%聚丙烯酰胺凝胶上电泳，银染显色。 1.4 数据处理与统计分析 1.4.1 SSR位点遗传多样性 多态信息含量（polymorphism information content，PIC）是表示微卫星DNA变异程度高低的指标。利用EST-SSR位点的分子标记数据，计算多态信息含量，PIC = 1Pi2，其中Pi表示第i个标记的等位位点频率。用40个标记的平均值表示每条染色体或整个基因组的遗传多样性。标记的 PIC 0.5，为高度多态性信息标记；0.25 PIC < 0.5，为中度多态性信息标记；PIC < 0.25，为低度多态性信息标记（Bot

17、stein et al.，1980）。 1.4.2 群体结构分析 使用STRUCTURE 2.2（Pritchard & Wen，2003）软件进行群体结构的分析，即基于数学模型对群体划分亚群，计算材料相应的Q值（材料归属某1个群体的概率）。首先假定群体存在K个等位变异频率特征类型数（即服从Hardy-Weinberger平衡的亚群，K未知），每一类群SSR位点由一套等位变异频率表征，将样本中的各材料归为第K个亚群，使得位点频率都遵循同一Hardy-Weinberger平衡（文自翔 等，2008）。把K的取值范围设为1 10，将MCMC（Markov Chain Monte Carlo

18、）开始时的不作数迭代（length of burn-in period）设为10 000次，再将不作数迭代后的MCMC设为100 000次，其它选项为软件默认值，若发现lnP（D）的值（MCMC不作数迭代后所得的对数似然值）持续增大，没有拐点，则用K来确定K值，K取得最大值时K值所对应的模型后验概率最大（Evanno et al.，2005），因此K取得最大值时对应的K值即为群体的亚群数。以SPAGeDi-1.3d处理基因型数据获得个体间亲缘关系Kinship矩阵。 1.4.3 LD的衡量 连锁不平衡（Linkage disequilibrium，LD），又称等位基因关联，是指同一条染色体上两

19、个等位基因的非随机相关。即当位于同一条染色体的两个等位基因同时存在的概率大于群体中因随机分布而同时出现的概率时，就称这两个位点处于LD状态。所有LD统计的是实际观测到的位点间的单倍型频率与期望单倍型频率之间的差异（D）。LD的度量是对D进行归一化后，用LD系数D和r2进行检验（Flint-Garcia et al.，2003）。 D是一个与频率无关的量，完全LD或两位点间无重组时D= 1；无LD或连锁平衡时D= 0。 r2是与频率有关的量，r2 = 1时说明两位点无重组；r2 = 0与D= 0意义相同。使用TASSEL3.0软件估算所用样本内成对SSR位点的D，用该统计量度量位点间LD的大小（

20、Zhu et al.，2008）。 1.4.4 关联分析 利用TASSEL3.0软件一般线性模型（general linear model，GLM）和混合线性模型（mixed linear model，MLM），分别把群体结构矩阵（Q值和Q + K值）作为协变量，对所有标记位点与中心柱长和中心柱长/球高两个农艺性状进行回归分析和关联作图，并计算标记对表型变异的贡献率。贡献率表示标记位点对关联性状变异的解释程度，关联效应大的位点具有较高的贡献率。 7期 孙朋朋等：与甘蓝中心柱长相关联的EST-SSR标记分析 1347 表1 100份甘蓝自交系 Table 1 100 inbred lines o

21、f cabbage 代号 Code 田间编号 Field No. 球形 Head shape 成熟期 Mature time 来源 Source 代号Code田间编号Field No.球形 Head shape 成熟期 Mature time 来源 Source 1 12-408 圆Round 早熟Early 印度India 51 12-372 扁圆Plat 晚熟Late 日本Japan 2 12-409 圆Round 中早熟Mid-early 印度India 52 12-375 圆Round 早熟Early 中国China 3 12-412 圆Round 早熟Early 印度India 53

22、 12-388 圆Round 早熟Early 加拿大Canada 4 12-420 圆Round 中早熟Mid-early 印度India 54 12-396 圆Round 早熟Early 荷兰Netherlands5 12-428 圆Round 中早熟Mid-early 印度India 55 12-403 圆Round 早熟Early 德国Germany 6 12-515 圆Round 早熟Early 韩国South Korea 56 12-473 扁圆Plat 中熟Mid 日本Japan 7 12-522 圆Round 早熟Early 韩国South Korea 57 12-482 扁圆P

23、lat 中晚熟Mid-late 日本Japan 8 12-523 圆Round 早熟Early 韩国South Korea 58 12-519 扁圆Plat 极晚熟Very late 日本Japan 9 12-200 扁圆Plat 晚熟Late 中国China 59 12-524 扁圆Plat 极晚熟Very late 日本Japan 10 12-201 扁圆Plat 晚熟Late 中国China 60 12-533 圆Round 中熟Mid 俄罗斯Russia 11 12-203 扁圆Plat 中晚熟Mid-late 中国China 61 12-534 圆Round 晚熟Late 俄罗斯Ru

24、ssia 12 12-204 扁圆Plat 中熟Mid 日本Japan 62 12-537 圆Round 极晚熟Very late 俄罗斯Russia 13 12-205 扁圆Plat 中熟Mid 中国China 63 12-543 圆Round 中熟Mid 荷兰Netherlands14 12-209 扁圆Plat 中熟Mid 中国China 64 12-570 近圆Nearly round晚熟Late 荷兰Netherlands15 12-210 扁圆Plat 晚熟Late 中国China 65 12-580 近圆Nearly round晚熟Late 荷兰Netherlands16 12-

25、211 扁圆Plat 中熟Mid 泰国Thailand 66 12-587 近圆Nearly round晚熟Late 日本Japan 17 12-212 扁圆Plat 中熟Mid 日本Japan 67 12-621 近圆Nearly round中晚熟Mid-late 荷兰Netherlands18 12-217 扁圆Plat 中晚熟Mid-late 中国China 68 12-730 圆Round 早熟Early 日本Japan 19 12-222 扁圆Plat 晚熟Late 日本Japan 69 12-731 圆Round 早熟Early 日本Japan 20 12-226 扁圆Plat 晚

26、熟Late 日本Japan 70 12-733 圆Round 早熟Early 日本Japan 21 12-227 扁圆Plat 晚熟Late 日本Japan 71 12-737 圆Round 早熟Early 日本Japan 22 12-228 尖Pointed 中早熟Mid-early 中国China 72 12-738 圆Round 早熟Early 日本Japan 23 12-229 尖Pointed 中早熟Mid-early 中国China 73 12-741 圆Round 早熟Early 日本Japan 24 12-230 扁圆Plat 中晚熟Mid-late 日本Japan 74 12

27、-746 圆Round 早熟Early 日本Japan 25 12-235 扁圆Plat 中熟Mid 日本Japan 75 12-750 圆Round 早熟Early 日本Japan 26 12-236 扁圆Plat 中熟Mid 日本Japan 76 12-752 圆Round 早熟Early 日本Japan 27 12-237 扁圆Plat 中晚熟Mid-late 日本Japan 77 12-754 圆Round 早熟Early 日本Japan 28 12-240 扁圆Plat 中熟Mid 日本Japan 78 12-756 圆Round 早熟Early 日本Japan 29 12-241

28、尖Pointed 中早熟Mid-early 荷兰Netherlands 79 12-760 圆Round 早熟Early 日本Japan 30 12-242 尖Pointed 中早熟Mid-early 赞比亚Zambia 80 12-762 圆Round 中早熟Mid-early 韩国South Korea31 12-243 圆Round 中早熟Mid-early 保加利亚Bulgaria 81 12-773 圆Round 早熟Early 日本Japan 32 12-258 扁圆Plat 中晚熟Mid-late 日本Japan 82 12-775 圆Round 早熟Early 日本Japan

29、33 12-264 扁圆Plat 中晚熟Mid-late 日本Japan 83 12-777 圆Round 早熟Early 日本Japan 34 12-279 扁圆Plat 中熟Mid 中国China 84 12-780 圆Round 早熟Early 日本Japan 35 12-280 扁圆Plat 中早熟Mid-early 中国China 85 12-786 圆Round 中早熟Mid-early 韩国South Korea36 12-285 扁圆Plat 晚熟Late 日本Japan 86 12-790 圆Round 中早熟Mid-early 韩国South Korea37 12-292

30、扁圆Plat 晚熟Late 中国China 87 12-794 近圆Nearly round晚熟Late 荷兰Netherlands38 12-293 扁圆Plat 中熟Mid 日本Japan 88 12-795 扁圆Plat 晚熟Late 荷兰Netherlands39 12-298 扁圆Plat 晚熟Late 日本Japan 89 12-796 近圆Nearly round中熟Mid 丹麦Denmark 40 12-300 扁圆Plat 晚熟Late 日本Japan 90 12-797 近圆Nearly round中早熟Mid-early 日本Japan 41 12-303 扁圆Plat

31、中晚熟Mid-late 日本Japan 91 12-800 近圆Nearly round中熟Mid 日本Japan 42 12-320 扁圆Plat 晚熟Late 荷兰Netherlands 92 12-805 圆Round 中早熟Mid-early 韩国South Korea43 12-328 扁圆Plat 晚熟Late 日本Japan 93 12-808 圆Round 早熟Early 意大利Italy 44 12-343 扁圆Plat 中晚熟Mid-late 日本Japan 94 12-832 圆Round 早熟Early 韩国South Korea45 12-347 扁圆Plat 中晚熟

32、Mid-late 日本Japan 95 12-845 圆Round 早熟Early 日本Japan 46 12-352 扁圆Plat 晚熟Late 日本Japan 96 12-872 圆Round 早熟Early 丹麦Denmark 47 12-356 扁圆Plat 晚熟Late 日本Japan 97 12-873 圆Round 中早熟Mid-early 荷兰Netherlands48 12-364 扁圆Plat 中晚熟Mid-late 日本Japan 98 12-874 近圆Nearly round早熟Early 荷兰Netherlands49 12-365 扁圆Plat 极晚熟Very l

33、ate 日本Japan 99 12-875 圆Round 中早熟Mid-early 中国China 50 12-370 扁圆Plat 中晚熟Mid-late 日本Japan 100 12-878 圆Round 中早熟Mid-early 荷兰Netherlands 1348 园 艺 学 报 41卷 2 结果与分析 2.1 SSR标记分析 用40个EST-SSR标记对100份甘蓝自交系进行多样性分析，共检测到了111个等位变异。表2表明，多态性标记变幅为2 9个，平均每个标记为2.775个，多态性信息含量（PIC）值变化范围为0.0274 0.9172，均值为0.351058。其中，7个标记PIC

34、 0.5，为高度多态性信息标记，21个标记0.25 PIC < 0.5，为中度多态性信息标记，12个标记PIC < 0.25，为低度多态性信息标记。标记BoE590检测到的等位变异最多为9个，其PIC为0.9172。等位变异数为2的标记最多，占总标记的55%。综合分析各个参数，说明获得的SSR标记遗传多样性丰富，为与表型性状关联分析提供了良好基础。 表2 试验选用的40个EST-SSR标记及其遗传多样性 Table 2 Forty EST-SSR markers selected for this research and genetic diversity of them 染色体

35、 Chr ID SSR标记 Marker 物理距离/bp Physical position 等位基 因数 Alleles number多态信 息含量 PIC 染色体Chr ID SSR标记 Marker 物理距离/bp Physical position 等位基 因数 Alleles number 多态信息含量 PIC C01 BoE016 9 398 104 9 398 586 3 0.1458 C05BoE3965 777 6635 778 092 4 0.4835 BoE027 31 981 029 31 981 234 2 0.2046BoE74118 843 23218 843 4

36、32 4 0.1102 BoE188 10 755 727 10 755 973 2 0.3630C06BoE1266 802 7176 803 220 2 0.0579 BoE213 1 208 9291 209 203 2 0.4635BoE3161 640 6951 640 850 2 0.3599 BoE750 17 790 189 17 790 430 3 0.0274BoE44518 968 57318 969 014 2 0.4200 BoE925 5 158 934 5 159 276 3 0.5224C07BoE09332 417 56532 417 737 2 0.4355

37、C02 BoE020 40 734 894 40 735 062 3 0.2491BoE10535 177 10935 177 344 2 0.3078 BoE132 1 167 349 1 167 516 3 0.4516BoE6766 509 7526 509 994 2 0.5059 BoE315 2 499 055 2 499 265 2 0.4094BoE72329 104 46329 314 230 3 0.5286 BoE372 6 572 050 6 572 311 3 0.4298C08BoE1348 025 3118 025 534 2 0.4382 BoE590 15 9

38、85 812 15 986 031 9 0.9172BoE39028 177 11228 177 369 3 0.6114C03 BoE023 19 130 575 19 130 963 2 0.4475BoE51222 919 59822 919 876 2 0.0320 BoE088 19 296 584 19 296 771 2 0.4427BoE9161 216 2331 216 388 3 0.5802 BoE418 11 546 10411 546 419 5 0.1635BoE97435 913 29735 913 456 3 0.5347 BoE579 43 631 827 4

39、3 632 026 2 0.1347C09BoE11517 504 47717 504 712 3 0.3100 BoE718 7 702 627 7 702 815 4 0.1858BoE24923 655 05423 655 327 2 0.0748C04 BoE002 15 679 572 15 679 855 4 0.2947BoE38918 477 11518 477 351 4 0.3418 BoE129 16 210 158 16 210 381 2 0.2998BoE69137 680 40337 680 630 2 0.4636 BoE142 16 210 11216 210

40、 348 2 0.3432BoE84130 393 22230 393 566 2 0.3699 BoE149 16 210 109 16 210 348 2 0.3432BoE100930 400 02830 400 314 2 0.23752.2 群体遗传结构分析 由图1可以看出，群体等位变异频率特征类型数K持续增大，依据Evanno等（2005）通过K来确定K值的方法，K在K = 3时出现拐点，表明等位变异频率特征类型数K = 3（即服从Hardy-Weinberger平衡的亚群数为3）时其模型后验概率最大。由此判断100份甘蓝可分为3个亚群，分别命名为POP1、POP2和POP3。这3

41、个亚群分别包含18、54和28份材料，其中POP1亚群以圆球早熟材料为主，包含2份选自国外引种的尖球材料（12-241和12-242）；POP2亚群以扁球晚熟材料为主（74%），包含12份圆球材料和2份国内尖球材料（12-228和12-229），POP3亚群以圆球中早熟或早熟材料为主。原始地理来源相同的自交系多数聚在一起，例如来源于日本的50份材料主要被划分到POP2（29份）和POP3（19份）亚群，来源于中国的18份材料主要被划分到了POP2亚群（14份），这表明分子水平亚群的划分与原始地理来源具有一定的关联；但来源于荷兰的12份材料分布于3个亚群（4份属POP1亚群，6份属POP2亚群，

42、2份属POP3亚群），来源于韩国的87期 孙朋朋等：与甘蓝中心柱长相关联的EST-SSR标记分析 1349 份材料被均分到POP1（4份）和POP3（4份）亚群，则表明在这些材料中，与球形、成熟期性状相比，地理来源这种关联相对较弱。 图1 K值与lnP(D)值、K值的折线图 Fig. 1 Lines chart of K with lnP(D) and K 图2 基于EST-SSR标记的100份甘蓝自交系群体遗传结构 红、绿、蓝色分别表示不同基因型个体占POP1、POP2、POP3的比例，所占比例越大， 材料被划分到相应组群的可能性越大。材料代号具体见表1。 Fig. 2 Population

43、 structure of 100 cabbage inbred lines based on EST-SSR markers Red，green and blue represent the individuals estimated membership fractions of POP1，POP2 and POP3. The classification of codes is based on the ratio of different colors. The codes are showed in Table 1. 2.3 中心柱长相关性状在3个亚群中的变异分析 在POP1亚群中心

44、柱长2.01 5.00 cm和5.01 8.00 cm的材料数量较多，分别为38.9%和44.4%；POP2亚群中心柱长5.01 8.00 cm的材料所占比例最大（为66%），其次为2.01 5.00 cm和8.01 11.00 cm的材料，分别占18.9%和13.2%；POP3亚群中心柱长5.01 8.00 cm的材料比例最大（为57.1%），其次为8.01 11.00 cm的材料，占35.8%，但11.01 14.00 cm的材料为零（图3，A）。 在甘蓝遗传育种实践中，中心柱长/球高比单一的中心柱长性状更有意义。POP1亚群中心柱长/球高为0.351 0.500的材料所占比例为77.8%

45、，而0.201 0.350和0.501 0.650的材料所占比例均为11.1%，不包含0.651 0.800的材料，以短中心柱（中心柱长/球高 < 0.500）材料为主（88.9%）；POP2亚群中心柱长/球高为0.201 0.350、0.351 0.500和0.501 0.650的材料所占比例分别为13%、48.1%和35.2%，结合中心柱长结果，可见此亚群材料中心柱长/球高的变异范围广泛，遗传背景相对丰富；POP3亚群中心柱长/球高0.351 0.500和0.501 0.650的材料所占比例分别为60.7%和1350 园 艺 学 报 41卷 32.1%，虽然没有中心柱长11.01 1

46、4.00 cm的材料，但长中心柱（中心柱长/球高 0.50）材料所占比例达39.3%，与POP1相比，POP3亚群材料中心柱长/球高的变异范围比较广泛，遗传背景比较丰富（图3，B）。由此可知，甘蓝自交系中心柱长相关性状（尤其是中心柱长/球高）变异特点与分子水平的分类具有一定的关联。 图3 不同亚群中心柱长（A）和中心柱长/球高（B）的变异分析 Fig. 3 Variation analysis of core length（A）and core length/vertical diameter of head（B） 2.4 群体EST-SSR标记获得的位点间连锁不平衡分析 40个标记共扩增出的

47、111个位点，连锁不平衡程度分析表明，111个位点的6 105种组合中，统计概率P < 0.01支持的不平衡成对位点个数为347个，所占比例为5.68%，其D平均值为0.6628，并且在D= 0.8 1.0区间内所含的成对位点最多，其次为D= 0.4 0.6，说明虽然统计概率P < 0.01支持LD成对组合数所占比例较少，但是这些成对组合具有较高的连锁不平衡程度（D> 0.5）。 2.5 EST-SSR标记位点与中心柱长相关性状的关联分析 为减少群体结构对关联分析结果的影响，在GLM和MLM模型中进行性状与标记位点关联分析时，把各个个体相应的Q值和Q + K值作为协变量。GL

48、M分析结果（表3）显示，在所检测的40个标记所得的111个位点中，有3个位点（BoE974-2、BoE841-1和BoE974-3）与中心柱长/球高 表3 与农艺性状相关的EST-SSR标记的贡献率 Table 3 EST-SSR markers associated with agronomic traits and their explained phenotypic variation P值 P value 贡献率/% Explained phenotypic variation 分析模型 Analysis modle 标记 Marker 染色体 Chr ID 位点 Alleles 中心

49、柱长 Core length 中心柱长/球高 Core length/ vertical diameter of head 中心柱长 Core length 中心柱长/球高 Core length/ vertical diameter of head BoE974-2 0.0067* 3.56E05* 6.96 14.18 BoE974 C08 BoE974-3 0.0035* 0.0052* 8.00 6.83 BoE841 C09 BoE841-1 0.0080* 8.51 BoE691-1 4.24E04* 11.45 BoE691 C09 BoE691-2 0.0011* 9.90 B

50、oE723 C07 BoE723-3 0.0020* 9.00 BoE579 C03 BoE579-2 0.0055* 7.05 GLM BoE396 C05 BoE396-2 0.0083* 6.39 MLM BoE974 C08 BoE974-2 0.0068* 6.20E05* 7.48 13.92 BoE974-3 0.0020* 0.0073* 9.75 7.73 BoE691 C09 BoE691-1 0.0085* 7.44 BoE579 C03 BoE579-2 0.0083* 7.30 注：*代表P值小于0.001，* P值大于0.001且小于0.01。 Note：The P

51、 value that less than 0.001 is indicated with“*”. The P value that less than 0.01 and more than 0.001 is indicated with“*”. 7期 孙朋朋等：与甘蓝中心柱长相关联的EST-SSR标记分析 1351 在P < 0.01水平上相关，其贡献率分别为14.18%、8.51%和6.83%，其中关联程度最高的是BoE974-2，P值等于3.56E05；有7个位点与中心柱长在P < 0.01水平上相关，其中BoE691-1的关联程度最高，P值等于4.24E04，其贡献率为11

52、.45%。 MLM分析结果（表3）显示，共有2个和4个位点分别与中心柱长/球高和中心柱长在P < 0.01水平上相关，且5个位点的贡献率大小也与GLM分析的近似，其中与中心柱/球高关联程度最高的是BoE974-2，P值等于6.20E05，其贡献率为13.92%。 2.6 自交系中GLM和MLM共有关联标记位点的分布及其与中心柱长相关性状的一致性分析 GLM和MLM共有的与中心柱长关联标记的位点为BoE974-2、BoE974-3、BoE691-1和BoE579-2（表3）。由表4可知：在100份甘蓝自交系中，中心柱长 5.00 cm和 8.01 cm的自交系分别为19个和21个；在含有B

53、oE974-2位点的48个自交系中，中心柱长 5.00 cm的自交系为5个， 8.01 cm的为17个，这表明中心柱较长的自交系多含有BoE974-2位点；近似地，中心柱较长的自交系也多含有BoE579-2位点；含有BoE974-3位点的45个自交系中，中心柱长 5.00 cm的自交系为16个， 8.01 cm的为3个，这表明中心柱较短的自交系多含有BoE974-3位点；类似地，中心柱较短的自交系也多含有BoE691-1位点。 GLM和MLM共有的与中心柱长/球高关联标记的位点为BoE974-2和BoE974-3（表3）。由表4可知：在100份甘蓝自交系中，中心柱长/球高 0.350和 0.6

54、51的自交系分别为9个和4个；在含有BoE974-2位点的48个自交系中，中心柱长/球高 0.350的自交系为1个， 0.651的为4个，这表明长中心柱自交系多含有BoE974-2位点；含有BoE974-3位点的45自交系中，中心柱/球高 0.350的自交系8个， 0.651的为1个，这表明短中心柱自交系多含有BoE974-3位点。 表4 GLM和MLM共有关联标记位点与相应中心柱长相关性状的自交系的分布 Table 4 The distribution of cabbage inbred lines with two traits of core length and associated alleles detected simultaneously using GLM and MLM 含标记位点的自交系株数 Number of inbred lines with associated al