PubMed2013教程_如何使用好PubMed

1、认识认识PubMed 让它融入您的科研让它融入您的科研学科馆员：周成效学科馆员：周成效认识PubMed让它融入您的科研主要内容主要内容一、 认识认识PubMed二、 PubMed 检索入门检索入门三、PubMed高级检索高级检索四、PubMed医学主题词表检索医学主题词表检索五、PubMed其他功能其他功能六、PubMed个性化服务个性化服务认识PubMed让它融入您的科研Web of Science您的选择？您的选择？Google ScholarPubMedScopusScirus一、认识一、认识PubMed认识PubMed让它融入您的科研

2、/guide/一、认识一、认识PubMedPubMed与与NCBI数据库的关系图数据库的关系图一、认识一、认识PubMed认识PubMed让它融入您的科研认识PubMed让它融入您的科研标引质量高标引质量高更新速度快更新速度快信息量大信息量大使用方便使用方便选择选择PubMedPubMed的的n n个理由个理由一、认识一、认识PubMed认识PubMed让它融入您的科研PubMedABDCMedlineOldMedlineInProcessCitationsRecordsuppliedbypublisher一、认识一、认识PubMed认识PubMed让它融入您的科研OLDMEDLINE:收录了

3、收录了1950195019651965年间的美国医学索引（年间的美国医学索引（IMIM）中的题中的题录。录。In Process Citations :是临时性的数据库，收录准备进行标引的题录和是临时性的数据库，收录准备进行标引的题录和文摘信息，每天都在接受新的数据，进行文献的标引和加工，每周把文摘信息，每天都在接受新的数据，进行文献的标引和加工，每周把加工好的数据加入到加工好的数据加入到MedlineMedline中，同时从中，同时从In Process CitationsIn Process Citations库中库中删除。删除。In Process CitationsIn Process

4、 Citations中的记录标有中的记录标有 PubMed - in processPubMed - in process的标记。的标记。Record supplied by publisher：出版商将期刊文献信息电子版提供给出版商将期刊文献信息电子版提供给PubMedPubMed后，每条记录都标有后，每条记录都标有 PubMed-as supplied by publisherPubMed-as supplied by publisher的标的标记，这些记录每天都在不停地向记，这些记录每天都在不停地向In Process CitationsIn Process Citations库中传送，

5、加库中传送，加入到入到In Process CitationsIn Process Citations后，原有的标记将改为后，原有的标记将改为 PubMed- in PubMed- in processprocess的标记。的标记。Medline：是美国国立医学图书馆（是美国国立医学图书馆（U.S.National Library of U.S.National Library of MedicineMedicine）最重要的书目文摘数据库，内容涉及医学、护理学、牙科最重要的书目文摘数据库，内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。收录了全世界学、兽医学、卫生保健和基础医学。收

6、录了全世界7070多个国家和地区多个国家和地区的的50005000余种生物医学期刊，书目文摘条目余种生物医学期刊，书目文摘条目15001500万余条，时间起自万余条，时间起自19661966年。标有年。标有 PubMed - indexed for MEDLINEPubMed - indexed for MEDLINE的标记的标记一、认识一、认识PubMed认识PubMed让它融入您的科研/pubmed/检索提问区检索提问区文献匹配文献匹配临床咨询临床咨询特定主题咨询特定主题咨询期刊检索期刊检索主题检索主题检索高级检索高级检索一、认识一、认识

7、PubMed认识PubMed让它融入您的科研2.1 单著者检索单著者检索2.1.1键入著者姓氏全称和名字的首字母全写或缩写键入著者姓氏全称和名字的首字母全写或缩写 如如: Alving c Fauci as koltilil s Geneau Wong julia s Ryan, james2.1.2 利用高级检索中的利用高级检索中的“Author”检索检索,选下拉选项定位选下拉选项定位二、二、PubMed检索入门检索入门认识PubMed让它融入您的科研2.3.1直接输入您所要检索的关键词或主题词直接输入您所要检索的关键词或主题词,英文单词英文单词或短语（大写或小写均可）或短语（大写或小写均可

8、）,词汇自动转换功能进行检索，词汇自动转换功能进行检索，并将检索结果直接显示在主页下方。并将检索结果直接显示在主页下方。 如: sleep walking cause2.2 著者与主题联合检索著者与主题联合检索2.2.1 直接输入作者姓名与主题词直接输入作者姓名与主题词, , 不用不用AND 如如: : dodick dw migraine2.3 单主题检索单主题检索二、二、PubMed检索入门检索入门认识PubMed让它融入您的科研2.4 期刊检索期刊检索2.4.1 输入期刊名输入期刊名，ISSN，Medline jounal title abbreviation如如: molecular

9、biology of the cell cellta 1087-0156 2.4.2 用用single citation matcher中的期刊名称检索中的期刊名称检索2.4.3 用用journal database检索检索二、二、PubMed检索入门检索入门认识PubMed让它融入您的科研2.5 日期或日期范围检索日期或日期范围检索2.5.1 日期的录入格式为日期的录入格式为YYYY/MM/DD2.6 检索期刊子集（辑）检索期刊子集（辑）2.6.1 检索词检索词AND jsubset 数据库首字母。可供检索的期数据库首字母。可供检索的期刊子库有刊子库有3 3种，分别使用进行限定。种，分别使用

10、进行限定。l Abridged Index Medicus(有有120种重要核心医学期刊种重要核心医学期刊)l Dentall Nursing l如：如：neoplasms AND jsubseta二、二、PubMed检索入门检索入门认识PubMed让它融入您的科研2.7 检索带文摘的记录检索带文摘的记录2.7.1 检索词检索词AND has abstract, , 要注意的是在要注意的是在19751975年前年前出版的文章，其出版的文章，其MEDLINE记记录中没有文摘录中没有文摘 如如: : liver cancer AND has abstract二、二、PubMed检索入门检索入门认识

11、PubMed让它融入您的科研2.8.1 布尔逻辑运算符布尔逻辑运算符(AND, OR, NOT) 如：如：Oncology AND (treatment OR research )2.8.2 截词符截词符( * ) 如如: : bacter*2.8.3 词组检索词组检索 ( “ ”) 如如: : “Single cell”2.8.4 通配符通配符( ? ) 如如: : “en?oblast”2.8 组配组配/截词截词/短语检索短语检索二、二、PubMed检索入门检索入门认识PubMed让它融入您的科研字段标识字段名称简要说明ADAffiliation第一责任者的工作单位、地址，合同号ALLAl

12、l Fields全字段AUAuthor Name著者姓名EDATEntrez Date录入PubMed系统数据库的日期IPIssue期刊的期号TAJournal Title期刊名称或ISSN号LALanguage语言文种MHDAMeSH Date标引MeSH主题词的日期MAJRMeSH Major Topic主要MeSH主题词MHMeSH Terms全部MeSH主题词PGPage Number期刊页码DPPublication Date文献出版日期PTPublication Type文献类型包括综述、临床试验、信件等TWText Words题名词和文摘词TITitle words题名词VIVo

13、lume期刊卷号2.9 PubMed检检索字段标识索字段标识二、二、PubMed检索入门检索入门认识PubMed让它融入您的科研1默认SUMMARY（简要格式）显示2可标记后点击Display Settings键3默认每页显示20条4最多一次可保存10000条记录5可用浏览器的打印功能2.10 PubMed检索结果显示及处理检索结果显示及处理 二、二、PubMed检索入门检索入门认识PubMed让它融入您的科研二、二、PubMed检索入门检索入门认识PubMed让它融入您的科研2.11 PubMed基本检索基本检索举例举例Clinical cancer research 2009diabete

14、 AND jsubsetn“embryonic stem cell*”swine flu* OR swine influ* OR H1N1 OR SIV二、二、PubMed检索入门检索入门认识PubMed让它融入您的科研 1 1明确所要检索的内容。明确所要检索的内容。 先分析这一问题中的关键词语，主要由先分析这一问题中的关键词语，主要由 维生素维生素CC，和和 普通感冒普通感冒 构构成。即成。即 VITAMIN CVITAMIN C和和 COMMON COLDCOMMON COLD。 2 2分析所要检索的两个相关词语的关系。分析所要检索的两个相关词语的关系。 根据我们的日常生活经验，可以将两个

15、关键词之间的关系定义为根据我们的日常生活经验，可以将两个关键词之间的关系定义为“AND”,AND”, 在检索框内键入在检索框内键入“VITAMIN C” AND COMMON COLDVITAMIN C” AND COMMON COLD2.12 PubMed基本检索演示基本检索演示u检索课题一检索课题一 维生素维生素C C对于普通感冒的防治作用对于普通感冒的防治作用二、二、PubMed检索入门检索入门认识PubMed让它融入您的科研u检索课题二检索课题二 检索检索2000-20052000-2005年以后有关年以后有关Crohn病药物治疗研究的文献病药物治疗研究的文献Crohn Disease

16、mhAND drug therapy sh AND 2000：2005 edat二、二、PubMed检索入门检索入门2.12 PubMed基本检索演示基本检索演示认识PubMed让它融入您的科研君欲善其事必先利其器三、PubMed高级检索高级检索认识PubMed让它融入您的科研检索事半功倍检索事半功倍Clipboard HistoryFilterDetails检索框三、PubMed高级检索高级检索认识PubMed让它融入您的科研明确你所要检索明确你所要检索的关键概念及词的关键概念及词语，即关键字语，即关键字考虑到关键字的考虑到关键字的类似说法，即有类似说法，即有可能出现的同义可能出现的同义词词

17、通过限定等，精通过限定等，精炼你的检索范围炼你的检索范围通过布尔通过布尔（BOOLEAN）运算来提高你的运算来提高你的效率效率多向有经验的人多向有经验的人求教求教PubMed三、PubMed高级检索高级检索认识PubMed让它融入您的科研 3.1 3.1 Filter在这里可以进行以下设定：在这里可以进行以下设定： 将搜索范围设定在一个特定的域。将搜索范围设定在一个特定的域。 将搜索范围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学范围。将搜索范围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学范围。 也可以将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型也可以将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型,

18、 ,如综述如综述 设定只搜索包含摘要的文献。设定只搜索包含摘要的文献。 设定搜索设定搜索EntrezEntrez数据库或数据库或PublicationPublication数据库。数据库。 设定搜索范围为设定搜索范围为PubMedPubMed数据库的某一子数据库（如数据库的某一子数据库（如Abridged Index Abridged Index Medicus Medicus 或或AIDSAIDS相关的条目）。相关的条目）。 需要注意的是：限制了出版物类型、年龄、人或动物、性别中的任何一项，检索将只在需要注意的是：限制了出版物类型、年龄、人或动物、性别中的任何一项，检索将只在Medline中

19、进行检索（因为这些特征限制只有中进行检索（因为这些特征限制只有Medline中才有）中才有）。三、PubMed高级检索高级检索认识PubMed让它融入您的科研人或动物实验选择性别选择语种选择期刊分类选择： 核心临床医学牙科期刊护理期刊 Medline期刊年龄选择出版物类型选择认识PubMed让它融入您的科研认识PubMed让它融入您的科研看到最近100次的查询结果。如果两次查询内容相同，PubMed会将头一次的去除。当点击 Clear History可以将History中的所有内容清除3.2 History三、PubMed高级检索高级检索认识PubMed让它融入您的科研3.3 Clipboar

20、d 贴板可以帮助你保存或查看在一个或多个查询中选择的条目。贴板可以帮助你保存或查看在一个或多个查询中选择的条目。l可以打印、保存、订购剪贴板中的内容。可以打印、保存、订购剪贴板中的内容。l条目复选框选中，单击条目复选框选中，单击“send to clipboard”就可以将其加入剪贴板中。就可以将其加入剪贴板中。l剪贴板中最大的储存数是剪贴板中最大的储存数是500500条。条。l剪贴板中的内容在剪贴板中的内容在8 8小时内没有任何操作，将会自动消失。小时内没有任何操作，将会自动消失。三、PubMed高级检索高级检索认识PubMed让它融入您的科研 3.4 Details3.4 Details

21、即在提问框中键入的检索词被即在提问框中键入的检索词被PubMedPubMed自动地转换成了哪些自动地转换成了哪些词，并使用了什么样的检索规则和检索语法。词，并使用了什么样的检索规则和检索语法。三、PubMed高级检索高级检索认识PubMed让它融入您的科研Result区显示检索结果的记录区显示检索结果的记录总数，点击这个数字，可回到总数，点击这个数字，可回到检索结果显示屏检索结果显示屏Translation区显示检索词转换区显示检索词转换的详细情况的详细情况Database区显示检索的数据库区显示检索的数据库UserQuery区显示用户键入区显示用户键入的检索词或检索式的检索词或检索式对检索策

22、略进行编辑对检索策略进行编辑三、PubMed高级检索高级检索认识PubMed让它融入您的科研文献太多，如何保证查全和查准？四、四、PubMed医学主题词表检索医学主题词表检索v何为何为MeSH？vMeSH是是Medical Subject Headings的缩略词，即医学主的缩略词，即医学主题词，是用规范化的医学术语来描述生物医学概念。题词，是用规范化的医学术语来描述生物医学概念。q论述文献中心的主题词称主要主题词论述文献中心的主题词称主要主题词q论述主题某一方面的内容的词称为副主题词论述主题某一方面的内容的词称为副主题词 Mesh词表帮助您！4.1 MeSH Database的运用的运用认识

23、PubMed让它融入您的科研四、四、PubMed医学主题词表检索医学主题词表检索认识PubMed让它融入您的科研词义解释词义解释四、四、PubMed医学主题词表检索医学主题词表检索认识PubMed让它融入您的科研副主题词四、四、PubMed医学主题词表检索医学主题词表检索认识PubMed让它融入您的科研四、四、PubMed医学主题词表检索医学主题词表检索四、四、PubMed医学主题词表检索医学主题词表检索主题词的逻辑匹配检索四、四、PubMed医学主题词表检索医学主题词表检索认识PubMed让它融入您的科研检出结果限定在主要主题词可提高查准率限制扩展检索，只需检索单个主题词四、四、PubMed

24、医学主题词表检索医学主题词表检索认识PubMed让它融入您的科研在 MeSH Database 中查找关键词 ?如何联合检索两个 MeSH Terms ?如何在 MeSH Database 中利用副主题检索 ?4.2 MeSH检索实例演示检索实例演示四、四、PubMed医学主题词表检索医学主题词表检索认识PubMed让它融入您的科研4.2 MeSH检检索实例演示索实例演示nosebleedmeasles outbreaksmeasles outbreaks statistics四、四、PubMed医学主题词表检索医学主题词表检索认识PubMed让它融入您的科研五、五、PubMed其他功能其他功

25、能实现单篇文章的一对一检索实现多篇文章的一次性检索一次最多可检索PubMed中100条文献纪录, 获得文献的PMID认识PubMed让它融入您的科研选择相应类别选择检索范围检索结果更加贴近临床的需要五、五、PubMed其他功能其他功能认识PubMed让它融入您的科研限定于各类不同的医学临床主题进行检索五、五、PubMed其他功能其他功能认识PubMed让它融入您的科研实现实现PubMedPubMed与核酸和蛋白与核酸和蛋白质序列数据库、基因组数质序列数据库、基因组数据库、分类学数据、图书据库、分类学数据、图书等数据库之间的多向链接等数据库之间的多向链接, ,多向查询多向查询五、五、PubMed

26、其他功能其他功能认识PubMed让它融入您的科研与PubMed建立联系的网站，如某篇文献所对应期刊的出版商，文献全文、相关数据库及网站等。五、五、PubMed其他功能其他功能认识PubMed让它融入您的科研五、五、PubMed其他功能其他功能认识PubMed让它融入您的科研eUtils(Entrez Programming Utilities) l通过通过eUtils eUtils 这个程序设计模块这个程序设计模块, , 可以通过我们自己设计可以通过我们自己设计的应用程序平台的应用程序平台, , 获取获取NCBI NCBI 数据库的数据数据库的数据, , 从而实现这从而实现这些数据资源的深度开

27、发使用。些数据资源的深度开发使用。l实现自动化的大批量的从实现自动化的大批量的从EntrezEntrez数据库下载数据。并且提数据库下载数据。并且提供了几种常用的语言以供选择，像供了几种常用的语言以供选择，像Perl, Python, Java, Perl, Python, Java, 和和 C+C+等。等。五、五、PubMed其他功能其他功能认识PubMed让它融入您的科研免费期刊的获取免费期刊的获取pPubMedPubMed提供了免费全文期刊网址提供了免费全文期刊网址 Pubmed Central /pmc/journals/ /p向作者

28、索要向作者索要p作者主页作者主页五、五、PubMed其他功能其他功能认识PubMed让它融入您的科研六、六、PubMed的个性化服务的个性化服务认识PubMed让它融入您的科研保存检索式(生成URL或HTML实现共享)检索结果的分类过滤特定功能的参数设置六、六、PubMed的个性化服务的个性化服务书目管理设置认识PubMed让它融入您的科研经由2000多位专家学者的评价推荐，提供目前世界上最重要的生物学论文资讯及研究趋势。特色是收录每篇具有科学价值的文献，而考虑这些文献在哪在些期刊里发表PubMed里检索出最核心的文献Faculty of 1000与pubmed的完美结合六、六、PubMed的个性化服务的个性化服务认识PubMed让它融入您的科研PubMed快速检索功快速检索功能的实现能的实现NCBI Search ToolkitNCBI Search Toolkit安装NCBI Search Toolkit划词右击直接进行pubmed检索六、六、PubMed的个性化服务的个性化服务认识PubMed让它融入您的科研Pub