严超赣的静息态数据处理DataProcessing

1、1resting-state fmri:data processing严超赣严超赣 ph. d. c北京师范大学认知神经科学与学习国家重点实验室北京师范大学认知神经科学与学习国家重点实验室2008 sklcnl2outline 预处理预处理 alff, reho, fc 计算计算 统计统计 结果呈现结果呈现 文献管理文献管理3预处理预处理 数据整理数据整理 dicom - nifti 去前去前10个时间点个时间点 slice timing realign normalize smooth 去线性漂移去线性漂移 filter: 0.01-0.084数据整理数据整理被试信息整理被试信息整理5数据整

2、理数据整理被试信息整理被试信息整理6数据整理数据整理被试信息整理被试信息整理原始数据整理原始数据整理静息功能数据静息功能数据结构数据结构数据dti数据数据7数据整理数据整理被试信息整理被试信息整理原始数据整理原始数据整理静息功能数据静息功能数据结构数据结构数据dti数据数据8预处理预处理 数据整理数据整理 dicom - nifti 去前去前10个时间点个时间点 slice timing realign normalize smooth 去线性漂移去线性漂移 filter: 0.01-0.089dicom-niftimricrons dcm2niiguispm5s dicom import10

3、预处理预处理 数据整理数据整理 dicom - nifti 去前去前10个时间点个时间点 slice timing realign normalize smooth 去线性漂移去线性漂移 filter: 0.01-0.0811预处理预处理 数据整理数据整理 dicom - nifti 去前去前10个时间点个时间点 slice timing realign normalize smooth 去线性漂移去线性漂移 filter: 0.01-0.0812slice timingwhy?13slice timingwhy?huettel et al., 200414slice timing1:2:33

4、,2:2:32332 2-(2/33)3315slice timing16预处理预处理 数据整理数据整理 dicom - nifti 去前去前10个时间点个时间点 slice timing realign normalize smooth 去线性漂移去线性漂移 filter: 0.01-0.0817realignwhy?18realign19realign检查头动检查头动?b=load(rp_name.txt);c=max(abs(b);c(4:6)=c(4:6)*180/pi;20预处理预处理 数据整理数据整理 dicom - nifti 去前去前10个时间点个时间点 slice timin

5、g realign normalize smooth 去线性漂移去线性漂移 filter: 0.01-0.0821normalizewhy?huettel et al., 200422mean_name.imgr*.imgepi.nii-90 -126 -72; 90 90 1083 3 323normalize24预处理预处理 数据整理数据整理 dicom - nifti 去前去前10个时间点个时间点 slice timing realign normalize smooth 去线性漂移去线性漂移 filter: 0.01-0.0825smoothwhy?减少被试间的空间结构差异；减少被试间

6、的空间结构差异；有利统计检验的有效性有利统计检验的有效性;26w*.img平滑核平滑核smooth27预处理预处理 数据整理数据整理 dicom - nifti 去前去前10个时间点个时间点 slice timing realign normalize smooth 去线性漂移去线性漂移 filter: 0.01-0.0828去线性漂移去线性漂移29预处理预处理 数据整理数据整理 dicom - nifti 去前去前10个时间点个时间点 slice timing realign normalize smooth 去线性漂移去线性漂移 filter: 0.01-0.0830滤波滤波why?关心低

7、频的活动关心低频的活动31滤波滤波32outline 预处理预处理 alff, reho, fc 计算计算 统计统计 结果呈现结果呈现 文献管理文献管理33alffzang et al., 200734alff35reho注意：预处理时不做平滑，计算完注意：预处理时不做平滑，计算完reho后再进行平滑。后再进行平滑。zang et al., 200436reho37功能连接功能连接提取协变量提取协变量 头动参数头动参数: rp_name.txt 全脑信号、脑脊液、白质信号全脑信号、脑脊液、白质信号38提取协变量提取协变量39提取协变量提取协变量40提取协变量提取协变量41提取协变量提取协变量4

8、2提取协变量提取协变量43提取协变量提取协变量44提取协变量提取协变量45功能连接功能连接提取协变量提取协变量 头动参数头动参数: rp_name.txt 全脑信号、脑脊液、白质信号全脑信号、脑脊液、白质信号 协变量组合：协变量组合：v rpcov=load(rp_name.txt);v bcwcov=load(roi_fcmap_name.txt);v cov=rpcov,bcwcov;v save(cov.txt, cov, -ascii, -double,-tabs);46功能连接功能连接voxel-wiseroi-wiser=0.3647voxel-wise48voxel-wise49

9、voxel-wise50voxel-wise51voxel-wise52voxel-wise53voxel-wise1 by 1cov.txt54roi-wise55roi-wise56roi-wise1 by 1cov.txt57outline 预处理预处理 alff, reho, fc 计算计算 统计统计 结果呈现结果呈现 文献管理文献管理58统计统计单样本单样本t检验检验双样本双样本t检验检验59单样本单样本t检验检验统计准备统计准备 alff: malff reho: smreho fc: zfc60单样本单样本t检验检验malff-1, smreho-1m图像图像1by 1i1-16

10、1单样本单样本t检验检验m*-1图像图像; zfc图像图像存放存放spm.mat的目录的目录62单样本单样本t检验检验上一步生成的上一步生成的spm.mat63单样本单样本t检验检验上一步生成的上一步生成的spm.mat164单样本单样本t检验检验heightthresholdt = 2.687659 p0pd_1t.imgcon_1t.imgmask_2t.imgi1+i2067双样本双样本t检验检验两组的两组的m*图像图像; zfc图像图像存放存放spm.mat的目录的目录mask_2t.img68双样本双样本t检验检验上一步生成的上一步生成的spm.mat69双样本双样本t检验检验上一步

11、生成的上一步生成的spm.mat1 -170双样本双样本t检验检验heightthresholdt = inf p0.05(fdr)extentthresholdk = 0 voxelsspmt_0001.img71outline 预处理预处理 alff, reho, fc 计算计算 统计统计 结果呈现结果呈现 文献管理文献管理72结果呈现结果呈现 spm5 xjview rest_sliceviewer mricron73结果呈现结果呈现spm574结果呈现结果呈现spm575结果呈现结果呈现xjview76结果呈现结果呈现xjview77结果呈现结果呈现rest_sliceviewer78结果呈现结果呈现mricron79结果呈现结果呈现mricron80outline 预处理预处理 alff, reho, fc 计算计算 统计统计 结果呈现结果呈现 文献管理文献管理81文献管理文献管理82文献管理文献管理83文献管理文献管理84文献管理文献管