lammps初学者in文件中文解析

1、lammps初学者in文件中文解析（1）初始化units :一iunits宿务是101我元强以而欣予兆瓦一一一一一“一一一“一一一“1 i ： iunits style （lammps现在提供的有 style=lj、real、metal、si、cgs、electron） ilj是硬球模型ireal是真实的原子模型|metal是金属原子模型isi是硅（半导体）原子模型iicgs ielectron是电子模型jdimension :一”6濡/江彳希务画家 康极欣而而11族次卜箴 e三s二一”一一一一”一”一j !dimension n （n=2, 3）jboundary :boundary命令是用

2、来设定模拟的边界条件。|iboundary x y z （x, y, z=p, s, f, m四种类型中的一种或者两种） |p是周期性边界条件|is是自由边界条件（但是具有收缩性）iif是固定边界条件1i i m是具有最小值的自由边界条件（但是具有收缩性）|atom-style :atom-style定义了模拟体系中的原子属性。delete-atoms :pair-style :一pair-style 一而乙“柞定知|函明一一而扬肃!一”一一(2)原子定义1、read-data/read-restart :read-dat read-restart为从data或restart文件中读取内容来定

3、义原子。2、lattice :lattice是用来原子类型构建模型品格结构。lattice style scale keyword values.style 表示点阵类型，点阵类型有 none sc、bcc、fcc、hcp、diamond、sq、sq2、hex、custom。scale表示构建的点阵类型的单位长度keyword表示后面可以追加0个或者多个关键字，关键字有origin、orient、spacing a1、a2、a3、basis各关键字意思为:lregion:create-box :i create-box命务用于左region box命务孑旨定而区领内创还一下模手以而盒 | ii

4、：；i子。i!i!create_box n region-idiiiin为使用该原子类型进行模拟iiiiiia|region-id为使用区域的id使用模拟域|create-atoms :；create-atoms用于在所创建的模拟的盒子中填充某种原子。tl1iiiiiiiii| create_atoms type style args keyword values .1ii1i i(3)设定：力场系数pair-coeff ：模拟参数neighbor|neighbor是定义ii!neighbor skin styleiiiskin 为iistyle 可取 bin、nsq、multijneighb

5、or-modify :group：timestep :timestep是定义模拟的时间步长!timestep dt1iidt为时间步长（时间单位），默认为ips!reset-timestep :fix： fix为定殳后部分潺符素综而in吊。：iiiij/doc/fix.htmlifix id group-id style args1iiid二指定的操作名称编号（如1、2、3.），igroup-id=制定操作范围的原子（如all）ii!style啾作内容，如何操作!j人0$=相关操作内容的相关操作参数fix-nvt:恒定n （原子数量）、v （体积）

6、、t （温度）对时间积分fix-npt:恒定n、p、t对时间积分unfix :compute/compute-modify :输出选项thermo :ithermo命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。，jthermo ni每隔n个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者 log文件ithermo_style :thermo_style命令主要是用来说明采样的内容，即输出到屏幕或者log 1| 文件事的内容。 (/doc/thermo_style.htmij ! thermo_style style argsi一i i style=ona mul

7、ti、customj args特定的参数列表 ione args=nonei ；!multi args=nonei !custom args=list of attributesi1 ij possible attributes=step elaosed elaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpu iatoms、temp、press pe、ke、otatal、enthalpy、evdwl、ecoul、epair、ebonck eangla ediheck eimp、 iemol、elong、etail、 iivol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、

8、ii ixy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、fmax、fnorm、icella、cellb、cellc、cellalpha、cellbeta、cellgamma、i!c_id、c_idi、c_idij、i|f_id、f_idi、f_idij、iv_namedump :i dump命令主要是用来输出计算后单个原子的相关信息的。dump id group-id style n file argsi id:自己给这个dump命令定义的一个代号（自定义） !i group-id:那些信息需要被输出的原子群（预先定义好group）istyle：

9、类型jn:每经过多少时间步输出信息ifile：输出名称i!args：相关参数（每个类型不同）restart:（4）运行run：minimize :例一units metal # 单位为 lammps 中的 metel 类型boundary p p p #周期性边界条件atom_style atomic # 原子模式lattice fcc 3.61 # cu 的晶格常数 3.61region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小create_box 1 box #将上述区域指定为模拟的盒子create_atoms 1 box #将原子按

10、品格填满盒子pair_style eam #选取 cu的eam 势作为模型pair_coeff * * cu_u3.eam # eam 势文件名称run 0 #运行0步，仅为启动lammps的热力学数据计算variable e equal pe #定义变量 e为系统总势能variable n equal atoms #定义变量 n为系统总原子数print the number of atoms & system energy now are $n $e #打印信息create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 #在该位置插入一个原子min_style sd # 能量最

11、小化模式， sdminimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 #能量最小化参数， 指数越大最小化程度越深print interstitial introduced, minimized: $n atoms, energy is $efix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系综，原子数、体积和温度保持不变;t=100ktimestep 0.005 # 步长 0.005fsrun 1000 # 运行 1000 步print nvt performed, temperature up: $n atoms, total energy i

12、s $efix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系综，温度由 100k 到 0.0001krun 1000 # 运行 1000 步print nvt performed, temperature down: $n atoms, total energy is $ecompute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能compute 5 all coord/atom 3.0 # 计算每个原子的近邻原子数dump 1 all custom 1 dump.atom id xs

13、 ys zs c_3 c_4 c_5 #将信息写入dump.atommin_style sdminimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 #再次能量最小化print the final state: $n atoms, total energy is $e # 打印信息 例二boundary p s s# 边界条件，拉伸方向是周期性， 其余是自由边界； 如果是薄膜拉伸则是两个周期性， 块体则是三个周期性units metal#单位制定义为 metalregion 2 block 29 inf inf inf inf infatom_style atomicneigh

14、bor 2.0 binneigh_modifydelay 1 check yes#create geometrylattice fcc 3.61格常数 3.61aregion box block 0 30 0 3 0 330，宽和高是3create_box 1 boxcreate_atoms 1 boxmass 1 63.546是 63.546# potentialspair_style eampair_coef * * cu_u3.eam#define groupsregion 1 block inf 1 inf inf inf inf1 的区域groupleft#定义此区域里的原子叫lef

15、t叫 2 的区域groupright region 2定义此区域里的原子叫 rightgroupboundary union left rightright = boundary#原子类型自动#截断半径相关的东西# 邻近原子列表更新速度# 定义晶胞为fcc ，晶#定义一个长方体区域叫box,长#创建了这样一个box#在 box 里创建了一种原子#定义这种原子的质量# 定义势函数是eam#势所需要的参数在此文件里# 定义了一个叫region1#定义了一个#定义 left+mobile subtract all leftgroupmobile= all - left# initialvelocit

16、iesvelocity left set 0.0 0.0 0.0原子初速度为 0computep all pressure thermo_tempvariablepressx equal c_p1的意思是 p 里第一个值variable pressy equal c_p2的意思是p 里第二个值variable pressz equal c_p3的意思是p 里第三个值# 定义# 设置# 计算应力，计算结果记为 p#定义变量pressx=c_p1,c_p1#定义变量pressy=c_p2,c_p2#定义变量pressz=c_p3,c_p3thermo_style custom step temp

17、etotal press v_pressx v_pressy v_pressz voldump 1 all atom 1000 dump.tensile# 输出结果到dump.tensileminimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000# 驰豫fix 1 left setforce 0.0 null null#固定左边的原子fix 2 all npt 1.0 1.0 1.0 aniso 0.0 0.0 null null null null 10.0 drag 1.0thermo 1000#每 1000 步输出一次结果timestep 0.002#时间步长0.002psrun10000#运行10000 步unfix2fix 3 all nvefix4 all temp/rescale 100 1.0 1.0 5 1.0fix5 all deform 1000 x erate 0.002 units box #设置沿x 方向拉伸， 应变率为 0.002(1/ps)#计算每个原子上#将 s 里第一个值求和，计# 定义变量 stressa=computes all stress/atom的应力，计算结果记为 scomputestrea all reduce sum