凝胶电泳技术.ppt

1、凝胶电泳技术 电泳（电泳（electrophoresis）：带电物质在电场中向相反）：带电物质在电场中向相反 电极移动的现象电极移动的现象 。 电泳技术就是利用在电场的作用下，由于待分离样电泳技术就是利用在电场的作用下，由于待分离样 品中各种分子带电性质以及分子本身大小、形状等品中各种分子带电性质以及分子本身大小、形状等 性质的差异，使带电分子产生不同的迁移速度，从性质的差异，使带电分子产生不同的迁移速度，从 而对样品进行分离、鉴定或提纯的技术。而对样品进行分离、鉴定或提纯的技术。 电泳一般分为自由界面电泳和区带电泳两大类。电泳一般分为自由界面电泳和区带电泳两大类。 自由界面电泳没有固定支持介

2、质，所以扩散和自由界面电泳没有固定支持介质，所以扩散和 对流都比较强，影响分离效果。于是出现了固定支对流都比较强，影响分离效果。于是出现了固定支 持介质的电泳，样品在固定的介质中进行电泳过程，持介质的电泳，样品在固定的介质中进行电泳过程， 减少了扩散和对流等干扰作用。减少了扩散和对流等干扰作用。 凝胶作为支持介质的引入大大促进了电泳技术凝胶作为支持介质的引入大大促进了电泳技术 的发展，使电泳技术成为分析蛋白质、核酸等生物的发展，使电泳技术成为分析蛋白质、核酸等生物 大分子的重要手段之一。最初使用的凝胶是淀粉凝大分子的重要手段之一。最初使用的凝胶是淀粉凝 胶，但目前使用得最多的是琼脂糖凝胶和聚丙

3、烯酰胶，但目前使用得最多的是琼脂糖凝胶和聚丙烯酰 胺凝胶。蛋白质电泳主要使用聚丙烯酰胺凝胶。胺凝胶。蛋白质电泳主要使用聚丙烯酰胺凝胶。 电泳的基本原理：电泳的基本原理： 在电场中，推动带电质点运动的力（在电场中，推动带电质点运动的力（f）等于质点）等于质点 所带净电荷量（所带净电荷量（q）与电场强度（）与电场强度（e）的乘积，即）的乘积，即f qe。质点的前移同样要受到阻力（。质点的前移同样要受到阻力（f）的影响，对于一）的影响，对于一 个球形质点，服从个球形质点，服从stoke定律，即：定律，即：f6r式中式中r为为 质点半径，质点半径，为介质粘度，为介质粘度，为质点移动速度，当质点在为质点

4、移动速度，当质点在 电场中作稳定运动时：电场中作稳定运动时：ff即即qe6r 球形质点的迁移率，首先取决于自身状态，即与所球形质点的迁移率，首先取决于自身状态，即与所 带电量成正比，与其半径及介质粘度成反比。除了自身带电量成正比，与其半径及介质粘度成反比。除了自身 状态的因素外，电泳体系中其它因素也影响质点的电泳状态的因素外，电泳体系中其它因素也影响质点的电泳 迁移率。迁移率。 电泳迁移率（电泳迁移率（m, electrophoretic mobility ）是指）是指 在单位电场强度（在单位电场强度（1v/cm）时带电分子的迁移速）时带电分子的迁移速 度度 迁移率与带电分子所带净电荷成正比，

5、与分子迁移率与带电分子所带净电荷成正比，与分子 的大小和缓冲液的粘度成反比。的大小和缓冲液的粘度成反比。 dna分子在碱性缓冲液中带负电荷，在外加电场分子在碱性缓冲液中带负电荷，在外加电场 作用下向正极泳动。作用下向正极泳动。 dna分子在凝胶中泳动时，有电荷效应与分子筛分子在凝胶中泳动时，有电荷效应与分子筛 效应。不同效应。不同dna的分子量大小及构型不同，电泳时的的分子量大小及构型不同，电泳时的 泳动率就不同，从而分出不同的区带。泳动率就不同，从而分出不同的区带。 为了获得好的电泳结果，应尽量减少电荷效应，为了获得好的电泳结果，应尽量减少电荷效应， 增加分子筛效应。增加分子筛效应。 常用的

6、凝胶电泳有两类常用的凝胶电泳有两类 ： 琼脂糖凝胶电泳：分辨率稍低，适于较大分琼脂糖凝胶电泳：分辨率稍低，适于较大分 子子 。 聚丙烯酰胺凝胶电泳：分辨率高，适于较小聚丙烯酰胺凝胶电泳：分辨率高，适于较小 分子。分子。 一、影响凝胶电泳迁移率的因素一、影响凝胶电泳迁移率的因素 （一）样品的物理性质（一）样品的物理性质 1、分子大小、分子大小 线状双链线状双链dna分子长度（碱基对数目分子长度（碱基对数目bp）的对数）的对数 （log10）与迁移距离成反比，以此来测定）与迁移距离成反比，以此来测定dna片段片段 （线性双链）的分子量准确且方便。（线性双链）的分子量准确且方便。 eb嵌合使迁移率下

7、降嵌合使迁移率下降15%。 当当dna分子大小超过分子大小超过20kb时，普通琼脂糖凝胶就时，普通琼脂糖凝胶就 很难将它们分开。此时电泳的迁移率不再依赖于分子很难将它们分开。此时电泳的迁移率不再依赖于分子 大小，因此，用琼脂糖凝胶电泳分离大小，因此，用琼脂糖凝胶电泳分离dna时，分子大时，分子大 小不宜超过此值。小不宜超过此值。 2、分子的空间构型：即使分子量相同，构型不同，、分子的空间构型：即使分子量相同，构型不同， 其迁移率也不同。其迁移率也不同。 dna分子的空间构型分子的空间构型对泳动率的影响很大，比对泳动率的影响很大，比 如质粒分子，泳动率的大小顺序为：共价闭合环状如质粒分子，泳动率

8、的大小顺序为：共价闭合环状 dna（covalently close circular dna，ccc dna， 超螺旋超螺旋构型构型） ldna（linear form，线型，线型，质粒质粒 的两条链均断裂；线性分子）的两条链均断裂；线性分子）ocdna（开环（开环dna， open circular dna, ocdna，它的双链中的一条保，它的双链中的一条保 持完整的环状结构，另一条单链上有一到几个切持完整的环状结构，另一条单链上有一到几个切 口）。口）。 但是由于琼脂糖浓度、电场强度、离子强度和但是由于琼脂糖浓度、电场强度、离子强度和 溴化乙锭等的影响，会出现相反的情况。溴化乙锭等的影

9、响，会出现相反的情况。 3、带电量：核酸分子是两性解离分子，、带电量：核酸分子是两性解离分子，ph3.5时分子时分子 带正电，在电场中向负极泳动；而带正电，在电场中向负极泳动；而ph8.0-8.3时核酸分时核酸分 子带负电，在电场中向正极泳动。不同的核酸分子的子带负电，在电场中向正极泳动。不同的核酸分子的 电荷密度大致相同，因此对泳动速度影响不大。电荷密度大致相同，因此对泳动速度影响不大。 4、碱基组成：、碱基组成： 对迁移率影响不明显，单链对迁移率影响不明显，单链dna形成形成 发夹结构，影响迁移率，单链（发夹结构，影响迁移率，单链（1kb）小于双链）小于双链dna （1kb）。）。 (二二

10、)支持物介质（种类和浓度）支持物介质（种类和浓度） 核酸核酸电泳电泳通常使用琼脂糖凝胶和聚丙烯酰胺凝胶两种介质。通常使用琼脂糖凝胶和聚丙烯酰胺凝胶两种介质。 琼脂糖是一种线性多聚体大分子。含有不同浓度的琼脂糖琼脂糖是一种线性多聚体大分子。含有不同浓度的琼脂糖 的凝胶构成的分子筛的网孔大小不同，适于分离不同浓度范围的凝胶构成的分子筛的网孔大小不同，适于分离不同浓度范围 的核酸分子。的核酸分子。 聚丙烯酰胺凝胶是由单体丙烯酰胺聚丙烯酰胺凝胶是由单体丙烯酰胺(acrylamide(acrylamide，简称，简称acr)acr) 和和n,n-n,n-甲叉双丙烯酰胺甲叉双丙烯酰胺(n(n，n nmet

11、hylene-bisacylamidemethylene-bisacylamide，简称，简称 bis)bis)在交联剂在交联剂n n，n n，n n ，n n 四甲基乙二胺四甲基乙二胺(n(n，n n，n n ，n n tetramethyl ethylenediaminetetramethyl ethylenediamine，简称，简称temed)temed)和催化剂过硫酸铵和催化剂过硫酸铵 (ammonium persulfate (nh(ammonium persulfate (nh4 4) )2 2s s2 2o o8 8，简称，简称ap)ap)的作用下聚合交联的作用下聚合交联 成三

12、维网状结构的凝胶，成三维网状结构的凝胶，其网孔的大小由其网孔的大小由acr与与bis的相对比例决的相对比例决 定，定，以此凝胶为支持物的电泳称为聚丙烯酰胺凝胶电泳以此凝胶为支持物的电泳称为聚丙烯酰胺凝胶电泳 (polyacrylamide gel electrophoresis(polyacrylamide gel electrophoresis，简称，简称page)page) 。 凝胶浓度越小，孔径越大；浓度越大，孔径越小凝胶浓度越小，孔径越大；浓度越大，孔径越小 。 不同浓度琼脂糖凝胶的有效分离范围不同浓度琼脂糖凝胶的有效分离范围 浓度浓度% %（w/vw/v） 线状线状dnadna分子的

13、有效分分子的有效分 离范围（离范围（kbkb） 0.3560 0.6120 0.70.810 0.90.57 1.20.46 1.51.23 2.00.12 dna在聚丙烯酰胺凝胶中的有效分离范围在聚丙烯酰胺凝胶中的有效分离范围 聚丙烯酰胺聚丙烯酰胺 浓度浓度 有效分离范围（有效分离范围（bp） 二甲苯青二甲苯青ff 溴酚蓝溴酚蓝 3.5 10002000 460 100 5.0 80500 260 65 8.0 60400 16045 12.0 40200 70 20 15.0 25150 6015 20.0 6100 4512 （三）电场强度（三）电场强度 电场强度是指单位长度（电场强度是

14、指单位长度（cm）的电位降，也称电势梯）的电位降，也称电势梯 度。度。 1-5v/cm低压时，线性低压时，线性dna迁移率与电压成正比，而对迁移率与电压成正比，而对 于大片段电泳，甚至用于大片段电泳，甚至用0.5-1.0v/cm电泳过夜。电泳过夜。 电场强度愈大，带点颗粒的泳动越快。但凝胶的有效分电场强度愈大，带点颗粒的泳动越快。但凝胶的有效分 离范围随着电压增大而减小。离范围随着电压增大而减小。 高电压影响凝胶的分离范围，使分辨率下降：因为高电压影响凝胶的分离范围，使分辨率下降：因为 随电压上升，不同长度随电压上升，不同长度dna泳动的增加程度不同，泳动的增加程度不同， 凝胶有效分离范围随电

15、压上升而下降凝胶有效分离范围随电压上升而下降 。 高压电泳（高压电泳（20-600v/cm20-600v/cm（电场强度）（电场强度）,1000-2000v,1000-2000v （电压）（电压）, ,必须用必须用pagpag作介质。作介质。 （四）电泳缓冲液（种类、（四）电泳缓冲液（种类、ph、离子强度）、离子强度） 1、ph值：决定带电颗粒的解离程度，缓冲液值：决定带电颗粒的解离程度，缓冲液ph常偏常偏 碱性或中性，此时核酸分子带负电，向正极移动。碱性或中性，此时核酸分子带负电，向正极移动。 2、离子强度：离子强度小，溶液的导电性小，带电、离子强度：离子强度小，溶液的导电性小，带电 颗粒泳

16、动慢颗粒泳动慢 ；离子强度大，溶液的导电性高，带电颗；离子强度大，溶液的导电性高，带电颗 粒泳动快（过高，产生大量热，胶熔化，或使粒泳动快（过高，产生大量热，胶熔化，或使dna变变 性）。性）。 3、种类、种类 ： tae（tris、醋酸、醋酸、edta）：缓冲能力差，电流大，易）：缓冲能力差，电流大，易 发热，长时间使用阴极为碱性发热，长时间使用阴极为碱性 ，阳极为酸性，阳极为酸性 ，需要循环，需要循环 使两极的使两极的ph一致；但价格便宜，分离大片段一致；但价格便宜，分离大片段dna效果较效果较 好。好。 tbe（tris、硼酸硼酸、edta）：缓冲能力强，首选）：缓冲能力强，首选tbe。

17、 tpe（tris 、磷酸，、磷酸，edta）：缓冲能力强，但回收）：缓冲能力强，但回收dna 易与易与dna一起沉淀，影响酶反应。一起沉淀，影响酶反应。 tne（tris 、醋酸钠，、醋酸钠，edta）：电流大，适合于长时间）：电流大，适合于长时间 低压电泳，分辨率高。低压电泳，分辨率高。 在缓冲液中加入在缓冲液中加入edtaedta，可以鳌合二价离子，抑制，可以鳌合二价离子，抑制dnasednase， 保护保护dnadna。 tbe一般配一般配10 或或5 的的贮存液，都以贮存液，都以1tbe作作 为使用液进行琼脂糖凝胶电泳。但为使用液进行琼脂糖凝胶电泳。但0.5的使用液已具的使用液已具

18、备足够的缓冲容量；进行聚丙烯酰胺凝胶垂直槽的缓备足够的缓冲容量；进行聚丙烯酰胺凝胶垂直槽的缓 冲液槽较小，冲液槽较小， 故通过缓冲液的电流量通常较大，需要故通过缓冲液的电流量通常较大，需要 使用使用1tbe以提供足够的缓冲容量。以提供足够的缓冲容量。 tbe溶液长时间存放后会形成沉淀物，为避免这一溶液长时间存放后会形成沉淀物，为避免这一 问题，可在室温下用玻璃瓶保存问题，可在室温下用玻璃瓶保存5溶液或高压灭菌。溶液或高压灭菌。 dna电泳条带模糊的原因（电泳条带模糊的原因（smear，涂抹状）：，涂抹状）： 1) dna降解，应避免核酸酶污染。降解，应避免核酸酶污染。 2) 电泳缓冲液陈旧：电

19、泳缓冲液多次使用后，离子电泳缓冲液陈旧：电泳缓冲液多次使用后，离子 强度降低，强度降低，ph值上升，缓冲能力减弱，从而影响值上升，缓冲能力减弱，从而影响 电泳效果；建议经常更换电泳缓冲液。电泳效果；建议经常更换电泳缓冲液。 3) 所用电泳条件不合适：电泳时电压不应超过所用电泳条件不合适：电泳时电压不应超过 20v/cm，温度，温度30；巨大；巨大dna链电泳，温度应链电泳，温度应 15；核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲；核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲 能力。能力。 4) dna上样量过多：减少凝胶中上样量过多：减少凝胶中dna上样量。上样量。 5) dna样品含盐过高：电泳前通过乙醇沉淀

20、去除过多的样品含盐过高：电泳前通过乙醇沉淀去除过多的 盐。盐。 6) 有蛋白污染：电泳前酚抽提去除蛋白。有蛋白污染：电泳前酚抽提去除蛋白。 7) dna变性：电泳前勿加热，用变性：电泳前勿加热，用20mm nacl缓冲液稀释缓冲液稀释 dna。 二、核酸电泳的指示剂与染色剂二、核酸电泳的指示剂与染色剂 （一）指示剂（一）指示剂 核酸电泳常用的指示剂有两种，溴酚蓝（核酸电泳常用的指示剂有两种，溴酚蓝（bromophenol blue, bb）呈蓝紫色；二甲苯青（）呈蓝紫色；二甲苯青（xylene cyanol, xc） 呈蓝色，它携带的电荷量比溴酚蓝少，在凝胶中的迁呈蓝色，它携带的电荷量比溴酚蓝

21、少，在凝胶中的迁 移率比溴酚蓝慢。移率比溴酚蓝慢。 在在0.6%、1%、1.4%和和2%琼脂糖凝胶电泳中，溴酚蓝琼脂糖凝胶电泳中，溴酚蓝 的迁移率分别与的迁移率分别与1kb、 0.6kb、0.2kb和和0.15kb的双链线的双链线 性性dna片段大致相同。片段大致相同。 在在 1%和和1.4%琼脂糖中电泳时，琼脂糖中电泳时， 二甲苯青的迁移速率分别与二甲苯青的迁移速率分别与2kb和和1.6kb的双链线性的双链线性 dna大致相似。大致相似。 指示剂一般与蔗糖、甘油或聚蔗糖指示剂一般与蔗糖、甘油或聚蔗糖400组成载样缓冲液组成载样缓冲液 （loading buffer）。）。 载样缓冲液的作用：

22、载样缓冲液的作用： 增加样品密度，使其比重增加，以确保增加样品密度，使其比重增加，以确保dna均匀沉均匀沉 入加样孔内；入加样孔内； 在电泳中形成肉眼可见的指在电泳中形成肉眼可见的指 示带，可预测核酸电泳示带，可预测核酸电泳 的速度和位置；的速度和位置； 使样品呈色，加样操作更方便。使样品呈色，加样操作更方便。 配方：配方： 将将0.25%0.25%溴酚蓝、溴酚蓝、0.25%0.25%二甲苯青二甲苯青ffff或分别，或分别，或同时加或同时加 入入30%30%甘油水溶液，或甘油水溶液，或40%40%（w/vw/v）蔗糖水溶液，或）蔗糖水溶液，或15%15% 聚蔗糖聚蔗糖(ficoll400)(f

23、icoll400)中。用甘油和蔗糖配制的一般要中。用甘油和蔗糖配制的一般要4 4 度保存。度保存。 （二）染色剂（二）染色剂 核酸电泳后，需经染色后才能显现出带型，最常用的是核酸电泳后，需经染色后才能显现出带型，最常用的是 溴化乙锭染色法，其次是银染，目前还有其他安全的染溴化乙锭染色法，其次是银染，目前还有其他安全的染 色剂。色剂。 溴化乙锭含有一个可以嵌入溴化乙锭含有一个可以嵌入dnadna堆积碱基之间的一堆积碱基之间的一 个三环平面基团。它与个三环平面基团。它与dnadna的结合几乎没有碱基序列特的结合几乎没有碱基序列特 异性。在高离子强度的饱和溶液中，大约每异性。在高离子强度的饱和溶液中

24、，大约每2.52.5个碱基个碱基 插入一个溴化乙锭分子。当染料分子插入后，其平面基插入一个溴化乙锭分子。当染料分子插入后，其平面基 团与螺旋的轴线垂直并通过范德华力与上下碱基相互作团与螺旋的轴线垂直并通过范德华力与上下碱基相互作 用。这个基团的固定位置及其与碱基的密切接近，导致用。这个基团的固定位置及其与碱基的密切接近，导致 与与dnadna结合的染料呈现荧光，其荧光产率比游离溶液中结合的染料呈现荧光，其荧光产率比游离溶液中 染料有所增加。染料有所增加。 dnadna吸收吸收254nm254nm处的紫外辐射并传递给染料，而被结处的紫外辐射并传递给染料，而被结 合的染料本身吸收合的染料本身吸收3

25、02nm302nm和和366nm366nm的光辐射。这两种情况的光辐射。这两种情况 下，被吸收的能量在可见光谱红橙区的下，被吸收的能量在可见光谱红橙区的590nm590nm处重新发处重新发 射出来。射出来。 由于溴化乙锭由于溴化乙锭-dna-dna复合物的荧光产率比没有结合复合物的荧光产率比没有结合 dnadna的染料高出的染料高出20-3020-30倍，所以当凝胶中含有游离的溴倍，所以当凝胶中含有游离的溴 化乙锭（化乙锭（0.5ug/ml0.5ug/ml）时，可以检测到少至）时，可以检测到少至10ng10ng的的dnadna条条 带。带。 溴化乙锭可以用来检测单链或双链核酸（溴化乙锭可以用来

26、检测单链或双链核酸（dnadna或或 rnarna）。但是染料对单链核酸的亲和力相对较小，所以）。但是染料对单链核酸的亲和力相对较小，所以 其荧光产率也相对较低。其荧光产率也相对较低。 染色完毕后，通常不需要脱色。但是在检测小量染色完毕后，通常不需要脱色。但是在检测小量 dna（小于（小于10ng）片段时，通常要将染色后的凝胶进）片段时，通常要将染色后的凝胶进 行脱色。行脱色。 eb存在的情况下，线状存在的情况下，线状dna的电泳迁移率约降低的电泳迁移率约降低 15%，因此，当需要知道，因此，当需要知道dna片段的准确大小（如片段的准确大小（如 dna限制酶酶切图谱的鉴定），凝胶应该在无限制酶

27、酶切图谱的鉴定），凝胶应该在无eb情况情况 下电泳，电泳结束后用下电泳，电泳结束后用eb染色。染色。 eb在凝胶或染色液中的浓度为在凝胶或染色液中的浓度为0.5 u ug/ml或或0.1u ug/ml。 注意：注意： eb见光见光易分解，应存棕色试剂瓶中于易分解，应存棕色试剂瓶中于4下保存。下保存。 溴化乙锭可以嵌入碱基分子中，导致错配。溴化乙锭溴化乙锭可以嵌入碱基分子中，导致错配。溴化乙锭 是强诱变剂，具有高致癌性！是强诱变剂，具有高致癌性！ 核酸吸收核酸吸收260nm紫外线紫外线 ，导致，导致dna的断裂，因此回收的断裂，因此回收 dna应在长波紫外线下观察较好，以减少对应在长波紫外线下观

28、察较好，以减少对dna的损的损 伤伤 。 荧光易淬灭，注意观察的时期，不要反复在紫外下照荧光易淬灭，注意观察的时期，不要反复在紫外下照 射。射。 由于溴化乙锭具有一定的毒性，实验结束后，应对含由于溴化乙锭具有一定的毒性，实验结束后，应对含 eb的溶液进行净化处理再行弃置，以避免污染环境和的溶液进行净化处理再行弃置，以避免污染环境和 危害人体健康。危害人体健康。 (1) 对于对于eb含量大于含量大于0.5mg/ml的溶液，可如下处理：的溶液，可如下处理： 将将eb溶液用水稀释至浓度低于溶液用水稀释至浓度低于0.5mg/ml； 加入一倍体积的加入一倍体积的0.5mol/l kmno4，混匀，再加入

29、等，混匀，再加入等 量的量的2.5mol/l hcl，混匀，置室温数小时；，混匀，置室温数小时； 加入一倍体积的加入一倍体积的2.5mol/l naoh，混匀并废弃。，混匀并废弃。 （2）eb含量小于含量小于0.5mg/ml的溶液可如下处理：的溶液可如下处理： 按按1mg/ml的量加入活性炭，不时轻摇混匀，室温的量加入活性炭，不时轻摇混匀，室温 放置放置1小时；小时； 用滤纸过滤并将活性碳与滤纸密封后丢弃。用滤纸过滤并将活性碳与滤纸密封后丢弃。 银染：银染： 银染色液中的银离子银染色液中的银离子(ag+ )可与核酸形成稳定的可与核酸形成稳定的 复合物，然后用还原剂如甲醛复合物，然后用还原剂如甲

30、醛 使使ag+ 还原成银颗粒，还原成银颗粒， 可把核酸电泳带染成黑褐色。主要用于聚丙烯酰胺可把核酸电泳带染成黑褐色。主要用于聚丙烯酰胺 凝胶电泳染色，也用于琼脂糖凝胶染色。其灵敏度凝胶电泳染色，也用于琼脂糖凝胶染色。其灵敏度 比比eb高高200倍。但银染色后，倍。但银染色后，dna不易回收。不易回收。 eb的替代物：的替代物： goldview dna染料是一种可代替溴化乙锭（染料是一种可代替溴化乙锭（eb）的）的 新型新型dna染料，使用方法与之完全相同。采用琼脂糖染料，使用方法与之完全相同。采用琼脂糖 凝胶电泳检测凝胶电泳检测dna时，时，goldview与核酸结合后能产生与核酸结合后能产

31、生 很强的荧光信号，其灵敏度与很强的荧光信号，其灵敏度与eb相当，在某些波段甚相当，在某些波段甚 至超过至超过eb。在。在100ml琼脂糖胶溶液中加入琼脂糖胶溶液中加入5l goldview 即可，亦可在电泳缓冲液中以同样比例稀释后直接使即可，亦可在电泳缓冲液中以同样比例稀释后直接使 用。在紫外灯下双链用。在紫外灯下双链dna呈现绿色荧光，而单链多聚呈现绿色荧光，而单链多聚 核酸链呈红色荧光。因此，核酸链呈红色荧光。因此，goldview不仅能染双链不仅能染双链 dna，也可用于染，也可用于染rna和单链和单链dna。goldview dna 染料在不同的波长下灵敏度有一定影响，建议使用染料在

32、不同的波长下灵敏度有一定影响，建议使用 312nm波长。波长。 弱点是它的荧光基团在紫外灯下非常容易淬灭，一般弱点是它的荧光基团在紫外灯下非常容易淬灭，一般 5-10min条带就会消失。条带就会消失。 genefinder具有安全、灵敏等突出优点，可以代具有安全、灵敏等突出优点，可以代 替溴化乙锭替溴化乙锭(eb)作为各种核酸电泳的染色剂。作为各种核酸电泳的染色剂。 与强致癌性的与强致癌性的eb不同，不同，genefinder属于花青类染属于花青类染 料，毒性很低，使用安全料，毒性很低，使用安全,可有效保护实验操作者和环可有效保护实验操作者和环 境。境。 genefinder与与dsdna 结

33、合荧光信号可增强结合荧光信号可增强800 1000倍，其检测核酸的灵敏度比倍，其检测核酸的灵敏度比eb染色法平均高染色法平均高10倍倍 左右，与美国左右，与美国molecular probe公司的公司的sybr green i染染 料的灵敏度相当。料的灵敏度相当。genefinder染料最大吸收峰为染料最大吸收峰为 470nm，与该染料结合的核酸呈现绿色荧光。，与该染料结合的核酸呈现绿色荧光。 gelred tm 是美国是美国 biotium 公最新研制的一种出色的公最新研制的一种出色的 红色荧光核酸染色剂，适用电泳前凝胶染色和电泳后红色荧光核酸染色剂，适用电泳前凝胶染色和电泳后 凝胶染色。与

34、其它核酸染色剂不同，它具备高灵敏度，凝胶染色。与其它核酸染色剂不同，它具备高灵敏度， 高稳定性，低毒性和多功能等特性。高稳定性，低毒性和多功能等特性。 这种染色剂不仅有出色的灵敏度，而且表现出高稳定这种染色剂不仅有出色的灵敏度，而且表现出高稳定 性和广泛的适应性和广泛的适应 性，可用于电泳前染色和电泳后染色性，可用于电泳前染色和电泳后染色 。 使用紫外透视器在使用紫外透视器在 300nm 附近可得到最佳激发效果，附近可得到最佳激发效果， 在在 595nm 附近附近 显示红色发射光谱显示红色发射光谱 。因此，这种染色。因此，这种染色 剂可使用普遍使用的剂可使用普遍使用的 300nm 紫外透视器得

35、到最佳的激紫外透视器得到最佳的激 发光谱。发光谱。 与与 eb 预制凝胶不同的是，预制凝胶不同的是， gelred tm 预制凝胶预制凝胶 实质上并没有本底荧光，并且对低分子量的实质上并没有本底荧光，并且对低分子量的 dna 片片 段也具有极高的灵段也具有极高的灵 敏度。敏度。 和和 eb 一样，使用一样，使用 gelred tm 制作的预制胶可以制作的预制胶可以 长时间贮存确不会降低性能。而长时间贮存确不会降低性能。而 sybrgreen 1 和和 sybr gold 染色剂染色剂 却不具备这种特性。当却不具备这种特性。当 gelred tm 用于后制凝胶染色剂时，可以在用于后制凝胶染色剂时

36、，可以在 30 分钟内完全着色，分钟内完全着色， 而且因为没有本底色而免去再进行一次脱色或冲洗而且因为没有本底色而免去再进行一次脱色或冲洗 的的 过程。另外，由于过程。另外，由于 gelred tm 的酸碱水解稳定性好，的酸碱水解稳定性好， 其染色剂可以批量制备以便日后使用。其染色剂可以批量制备以便日后使用。 gelred tm 的另一个重要特性是它比的另一个重要特性是它比 eb 更安全，更安全， 但是价格昂贵。但是价格昂贵。 三、凝胶电泳的种类三、凝胶电泳的种类 （一）琼脂糖凝胶（一）琼脂糖凝胶 （agarose gel） 琼脂糖是从琼脂（琼脂糖是从琼脂（agar)中分离得到，由中分离得到，

37、由1，3连接连接 的吡喃型的吡喃型 -d-半乳糖和半乳糖和1，4连接的连接的3，6脱水脱水 -l-半乳半乳 呋喃糖组成。琼脂糖加热熔解后分子呈随机线团状分呋喃糖组成。琼脂糖加热熔解后分子呈随机线团状分 布，当温度降低时链间糖分子上的羟基通过氢键作用布，当温度降低时链间糖分子上的羟基通过氢键作用 相连接，形成孔径结构，而随着琼脂糖浓度不同形成相连接，形成孔径结构，而随着琼脂糖浓度不同形成 不同大小的孔径。不同大小的孔径。 由于琼脂糖凝胶是通过氢键的作用，因此过酸由于琼脂糖凝胶是通过氢键的作用，因此过酸 或过碱等破坏氢键形成的方法常用于凝胶的再溶化，或过碱等破坏氢键形成的方法常用于凝胶的再溶化，

38、象高氯酸钠（象高氯酸钠（naclonaclo4 4）能用于凝胶的裂解，一般的）能用于凝胶的裂解，一般的 凝胶回收试剂盒利用的也是这一原理。凝胶回收试剂盒利用的也是这一原理。 随着实验技术的发展，也针对不同用途开发了各种类型随着实验技术的发展，也针对不同用途开发了各种类型 的琼脂糖凝胶：的琼脂糖凝胶： （1）低熔点琼脂糖凝胶，用于）低熔点琼脂糖凝胶，用于dna片段的回收，且由片段的回收，且由 于该种凝胶中无抑制酶，可在胶中进行酶切、连接等；于该种凝胶中无抑制酶，可在胶中进行酶切、连接等； （2）高熔点凝胶，可分离小于）高熔点凝胶，可分离小于1kb的的dna片段，专用于片段，专用于 pcr产物的分

39、析；产物的分析； （3）快速凝胶，电泳速度比普通凝胶快一倍，可节省）快速凝胶，电泳速度比普通凝胶快一倍，可节省 实验时间；实验时间； （4）其它类型：各生产商还开发很多类型的凝胶，可）其它类型：各生产商还开发很多类型的凝胶，可 根据实验要求选择不同类型的，选择原则是考虑合适的根据实验要求选择不同类型的，选择原则是考虑合适的 机械强度和熔点。机械强度和熔点。 琼琼脂脂糖糖/ 标标准准 高高强强度度 低低熔熔点点 低低粘粘度度低低熔熔 点点 0.3 0.5 700bp25kb 0.8 500bp15kb 800bp10kb 800bp10kb 1.0 250bp12kb 400bp8kb 400b

40、p8kb 1.2 150bp6kb 300bp7kb 300bp7kb 1.5 80bp4kb 200bp4kb 200bp4kb 2.0 100bp3kb 100bp3kb 3.0 500bp1kb 500bp1kb 4.0 100bp500bp 6.0 10bp100bp （二）聚丙烯酰胺凝胶电泳（二）聚丙烯酰胺凝胶电泳 聚丙烯酰胺凝胶电泳（聚丙烯酰胺凝胶电泳（polyacrylamide gel electrophoresis，page）宜分离鉴定低分子量蛋白质、）宜分离鉴定低分子量蛋白质、 小于小于1kb的的dna片段和片段和dna序列分析。其装载的样品序列分析。其装载的样品 量大，回

41、收量大，回收dna纯度高。长度仅相差纯度高。长度仅相差0.2%(即即500bp中中 的的1bp)的核苷酸的核苷酸 分子即能分离。分子即能分离。 1、非变性聚丙烯酰胺凝胶：、非变性聚丙烯酰胺凝胶： 在不含变性剂的中性聚丙烯酰胺凝胶中电泳时，在不含变性剂的中性聚丙烯酰胺凝胶中电泳时， dna单链的迁移率除与单链的迁移率除与dna链的长短有关外，更主链的长短有关外，更主 要的是取决于要的是取决于dna单链所形成的构象。在非变性条件单链所形成的构象。在非变性条件 下，下，dna单链可自身折叠形成具有一定空间结构的构单链可自身折叠形成具有一定空间结构的构 象。这种构象由象。这种构象由dna单链碱基决定，

42、其稳定性靠分子单链碱基决定，其稳定性靠分子 内局部顺序的相互作用（主要为氢键）来维持。相同内局部顺序的相互作用（主要为氢键）来维持。相同 长度的长度的dna单链其顺序不同，甚至单个碱基不同，所单链其顺序不同，甚至单个碱基不同，所 形成的构象不同，电泳迁移率也不同。形成的构象不同，电泳迁移率也不同。 同等大小的同等大小的dna间的迁移率，由于空间结构影响间的迁移率，由于空间结构影响 可相差可相差10%，不能用未变性的聚丙烯胺凝胶电泳判断，不能用未变性的聚丙烯胺凝胶电泳判断 dna的大小。的大小。 单链构象多态性分析（single strand conformation polymorphism analysis , sscp) 2、变性聚丙烯胺凝胶电泳、变性聚丙烯胺凝胶电泳 dna变性：加热、极端变性：加热、极端ph、有机溶剂（尿素或甲酰胺、有机溶剂（尿素或甲酰胺 导致导致dna解链）。解链）。 电泳凝胶中进入变性剂：电泳凝胶中进入变性剂：5m的尿素，使的尿素，使dna为单链线为单链线 性，变性性，变性