系统生物学课件

1、精选课件 1 Proteomics and its applications for food authentication and food-technology research Review 精选课件 2 Abstract 这篇文章是食品技术应用蛋白质组学研究进展中 的一个关键的概述，这可分为两大主题： （i）食品组分认证作为一种工具，必须符合食品 标签法规和政策; （ii）食品技术的研究，主要是针对开发快速， 可 靠的方法来检测和识别食品的变质情况或者病原 性微生物是否存在与食品中，同时也用于研究食 品经过加工后，食物的成分是否发生改变。 精选课件 3 Keywords Food au

2、thentication Foodomics Food processing Food technology High-intensity focused ultrasound (HIFU) Mass spectrometry (MS) Microorganism detection Pathogen Proteomics Selected MS/MS ion monitoring (SMIM) 精选课件4 Contents 1. Introduction . . . . 2. Proteomics . . . . . 2.1. Protein identification and chara

3、cterization . . . 2.2. Differential proteomics . . . 2.3. Functional proteomics. . . . 2.4. Proteomics workflows. . . . 2.5. MS analysis . . . . . . . . . . . . 3. Proteomics in food authenticity . . . . . . . 3.1. Discovery phase. . . . . . . . . 3.2. Target-driven phase . . . . . 4. Proteomics in

4、food technology . . . . . . . . 4.1. Proteomics in food spoilage and microbiology 4.2. Proteomics in food processing . . . . . . . . . . . . . 5. Concluding remarks and future direction. . . . . . . . . . . References . . . . . 精选课件5 1.介绍介绍 食品工业中的技术进步在全球粮食市场 中增加了消费者的利益。 现如今，学术界和 食品科学产业面临着 新的挑战： 安全安全

5、 维持机体的健康维持机体的健康 抵抗特定疾病因素的发展抵抗特定疾病因素的发展 精选课件6 2.蛋白质组学蛋白质组学 蛋白质组学（Proteomics）一词，源于蛋白质 （protein）与 基因组学（genomics）两个词的 组合，意指“一种基因组所表达的全套蛋一种基因组所表达的全套蛋 白质白质”，即包括一种细胞乃至一种生物所表 达的全部蛋白质。 蛋白质组本质上指的是在大规模水平上研究蛋 白质的特征，包括蛋白质的表达水平蛋白质的表达水平，翻译后翻译后 的修饰的修饰，蛋白与蛋白相互作用蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋 白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程 的整体而全面的认识， 精选课件7

6、2.1蛋白质鉴定和表征蛋白质鉴定和表征 质谱质谱（MS）是表征和鉴定蛋白质的首选方法 . 蛋白质组的分析通常依赖于随后的MS的一个 或多个分离步骤 进行分析。 在被称为肽质量指纹图谱的方法（PMF） 的技 术，如二维凝胶电泳（ 2 -DE ） ，是用于隔离 一个未知的蛋白质，然后将其酶促消化成肽， 并进行MS分析。 另一种方法中，通常被称为肽碎片指纹（ PFF ） ，用串联质谱（MS / MS ）,可以将肽的碎 片分离的更细，更明确地识别该蛋白。 精选课件8 2.2差异蛋白质组学差异蛋白质组学 它是通过寻找各种因素引起的蛋白 质表达差异，以解释细胞生理和病 理机制，即主要通过比较分析不同 状态

7、下或近似物种间蛋白质的表达 图谱，实现对体系内代谢调控的动 态监测，从而揭示机体对内外界环 境变化产生反应的本质规律 精选课件9 2.2差异蛋白质组学差异蛋白质组学 在蛋白质水平上的定量信息，例如在不 同的样品中对某一特定蛋白做相对定量 或者一种蛋白质的绝对定量，确定不同 条件之间的差异，是非常有用的。 相对定量可以用不同的方法来实现，可 被分类为基于凝胶的，基于标签和无标 签方法。 精选课件10 2.3功能蛋白质组学功能蛋白质组学 功能蛋白质组学研究解决不同的蛋白质 的功能性相互作用的综合分析。 精选课件11 2.4蛋白质组学工作流程蛋白质组学工作流程 精选课件12 精选课件13 2.5质谱

8、分析质谱分析 MS和生物信息学是已经彻底改变了蛋白质组 学研究的两个工具，在一个实验中，能够高通 量分析数千种蛋白质。简单地说，MS 由在离 子源电喷雾电离（ESI）或基质辅助激光解吸 电离（MALDI）处分析物的电离和被分析物 离子的分离组成，这种分离取决于它们的分离 质荷比（m / z）的在一个或几个质量分析器 四极杆（Q），离子阱（IT），飞行时间质谱 （TOF）或傅立叶变换离子回旋共振（FTICR ）中的偏转。随后，检测器寄存器从分析器 释放的离子电流，产生相应的质谱。 精选课件14 3.蛋白质组学在食品认证中的作用蛋白质组学在食品认证中的作用 食品认证是涉及食品质量和安全的主要 领域

9、之一。多项法规已实施以确保正确 的信息，和避免其他种类的替代品。食 品物种鉴定历来依靠形态学和解剖学分 析。对于亲缘关系近的的种类，特别是 对于那些加工过的食品。因此，对于快 速的可靠的分子检测方法有着强烈愿望 ，提供主管部门和食品行业需要遵守标 签和可追溯性要求的工具，从而保证产 品质量和保护消费者。 精选课件15 蛋白质组学方法最近已被提议作为有希望的战蛋白质组学方法最近已被提议作为有希望的战 略食品认证方法略食品认证方法。蛋白质组学工具利用MS的 高通量能力的优点达到对快速，稳固的和敏感 蛋白和肽的鉴定，检测和定量。这些方法可以 应用到数据库中没有特征在基因组物种，避免 了耗时的DNA扩

10、增和测序的步骤。此外，蛋白 质组学为基础的方法可以实现自动化，以产生 快速，可重复的结果，允许食品的高通量分析 。蛋白质组学为基础的研究的汇编应用于食品 品种的日期认证中。 精选课件16 3.1发现阶段发现阶段 发现阶段的目标是要全面地探索一个特 定的蛋白质组。使用的参考样本，以确 定潜在的物种特异性肽生物标志物。这 些诊断肽的鉴定和表征是常采用自下而 上的蛋白质组学来研究的。来自小白蛋 白（PRVB）和精氨酸激酶（AK）的种 特异性肽已被证明是对鱼和贝类进行分 别鉴定良好的标记。这些肽的生物标记 物的表征是对他们在下一个步骤中作为 敏感，诊断指标管道的第一步。 精选课件17 3.2目标驱动的

11、阶段目标驱动的阶段 一旦物种特异性肽被收集时，MS分析 仪集中于分析由SRM ，MRM或SMIM MS模式获得的的一个或几个肽链。 上述策略最近开始被用于食品掺杂物掺杂物的 定量。因此，通过高效液相色谱与质谱 的结合方式（LC-MS/MS）检测品种中 标准的稳定同位素合成肽（即AQUA 肽）被评估用于相对和绝对定量的肉混 合分析，如工业生产蟹30鸡肉。 精选课件18 精选课件19 4.1在食物腐败和食物中病原体的蛋在食物腐败和食物中病原体的蛋 白质组学白质组学 食物变质是由于微生物的活动而引起的 不同的生化过程变化。这些变化取决于 固有和非固有菌群及生长条件， 如温度 ，pH和活度。食品加工过

12、程中受到污染 会造成显著的经济损失。已知病原体超 过250种，主要是微生物及其毒素，会 导致食源性疾病。目前鉴定食品中的病 原微生物或者至腐微生物以及对微生物 的分类是基于形态学，生物化学和DNA 的方法学，蛋白质组学方法 精选课件20 新的快速平台：如实验室级芯片， nanoproteomics或蛋白质阵列的实施， 将是快速的非常有用的工具可以检测， 鉴定任何食品中微生物进行定量 精选课件21 4.2食品加工过程中的蛋白质组学食品加工过程中的蛋白质组学 经常有报道在已经经受热加工的食品中，氧化 修饰，如羰基，巯基氧化 和芳族羟基化，以及 美拉德糖基化（该反应使用AA侧链糖）是最 常见的修改蛋

13、白质的方法。然而，侧链的缩合 或肽主链分解也已被描述。 羰基化发生在一些AA侧链，是氧化成酮或醛 衍生物反应。这些蛋白质的羰基的化合物是蛋 白质氧化的标记物。 在肉蛋奶鱼的蛋白质中这 些氧化标记物位点的确定使用一个经典自下而 上蛋白质组学方法，以2-DE和MS / MS为基础 美拉德糖化是另一个最热研究，蛋白质的修改 和主要发生的加热和储存期间的牛奶和奶制品 中。美拉德糖基化是指蛋白质的氨基基团和还 原糖（乳糖）之间的非酶促反应，产生的糖缀 合物缩合产物。根据不同的蛋白质组学策略自 下而上的方法已被用于研究在乳及乳制品美拉 德反应。 精选课件22 5 结束语和未来发展方向结束语和未来发展方向 在这篇综述中，蛋白质组学的方法是越 发的利于解决食品认证和食品技术中面 临的主要挑战： （1）食物成分的鉴定; （2）食品技术的研究，主要是针对开 发快速 可靠的方法来检测和识别食品的变质情 况或者病原性微生物是否存在与食品中 （3）研究食品经过加工后，食物的成 分是否发生改变食物成分 精选课件23 5 结束语和未来发展方向结束语和未来发展方向 现在我们在实验室用的蛋白质组学管道 的连续两个阶段可以同时允许多个肽生 物标志物的鉴定和表征。这种新颖的针 对蛋白质组学方法可以让食物种类快速 明确，不