聚类分析软件操作流程

1、聚类分析软件操作流程 背景简介：在芯片数据聚类分析中,可用的软件有很多,其中最重要的软件就是cluster和它的相关树可视化软件treeview。软件下载：那如何获取这两款软件呢？以下为两款软件的获取地址：http:/bonsai.hgc.jp/mdehoon/software/cluster/ 选择cluster 3.0 for windows 和 java treeview 下载。软件安装：1. cluster 3.0的安装：cluster 3.0 for windows 的运行环境为windows系统，所以直接点击clustersetup.exe即安装成功。2. java treevie

2、w的安装：java treeview下载完成后，文件解压后如下图（图-1）所示，此时treeview.jar此时默认的是压缩文件，千万不要解压treeview.jar文件包。在windows系统中，按理说双击 setup.exe 文件能完成安装，但出于某些原因，有的电脑可能运行不了，那是因为缺少了一个java的运行环境，因此我们需要下载 jre（java runtime environment，java运行环境）。jre软件官方下载地址为/it/download/manual.jsp （for windows版本）。安装完jre软件后，treeview.ja

3、r文件会自动默认jre打开，如下图(图-2)所示，若没有自动默认,可右击选择默认打开程序选择java（tm）platform打开。 图-1 图-2软件使用：简单地说：1、cluster的作用是应用一定的公式对一定格式的数据进行过滤（filter data）、校准（adjust data）、分层聚类（hierarchical clustering）、k-均值聚类（k-means clustering）、自组织图谱som（self organizing map）、pca（principle-componet analysis）。最后输出cdt和gtr格式文件 ( cdt格式为treeview的默认

4、打开文件格式 ) 。 2、treeview的作用是对cluster输出的数据进行可视化显示。1. cluster 3.0的使用：(1)数据的载入：cluster所识别的文件格式为txt文本文件，文件格式如下图（图-3）所示，数据可由excel表格直接复制粘贴入文本文件。点击菜单栏file / open data file 选择相应文件即可。图-3 (2)数据的过滤：cluster的主界面如下图（图-4）所示，点击filter data标签，点击所有复选框，数据值默认，最后点击 apply filter按钮及accept filter按钮。此时数据过滤完成。图-4 (3)数据的校准：点击主界面的

5、adjust data标签如下图（图-5），选择对数转换数据（log transform data）、聚类基因（center genes）以及聚类列（center arrays）前的复选框，数据默认，点击apply按钮。图-5 (4)数据的分层聚类：点击主界面的hierarchical 标签如下图（图-6），需要解释的是genes区域是设定数据每一行即是否对各个基因进行聚类，arrays区域是设定数据每一列即是否对几个时期进行聚类。图-6 此处我们只对每行即各个基因进行聚类，所以将genes区域的cluster前复选框勾上，聚类标准（similarity metic）我们选择correlati

6、on（uncentered），聚类方法函数（clustering method）我们一般选择输出均值（average link age）。点击完average link age按钮则会在原始数据所在的文件夹自动生成两个文件，文件格式分别为cdt和gtr格式文件。(5)此时cluster软件的使命已经完成，接下来进入treeview进行图形输出。2. java treeview的使用：(1) 软件的运行：双击（图-2）中的treeview.jar文件。软件主界面如下图（图-7）所示。图-7(2) 文件的载入：同样，点击菜单栏file / open 选择cluster输出的dat文件，稍等片刻即如

7、下图（图-8）所示。图-8(3) 显示区域的选择：用鼠标左键按住在上图（图-8）中的彩图区域选择需要的显示区域，所选区域会在右边空白区显示如下图（图-9）所示。图-9(4)所选区域设置：基因色块大小颜色深浅均在菜单栏settings / pixelsettings里设置，设置界面如下图（图-10）所示。图-10global：是设置全局图片大小；zoom ：是设置每个基因色块的大小；contrast：是调节基因色块的对比度。其他，比如字体等等如有需要均可在菜单栏settings子目录下找到相应项进行设置，此处不再赘述。(5) 图像的输出：点击菜单栏 export / export to image ，设置菜单的数据默认（当然有需要也可作相应更改），点击save按钮，则输出如下图（图-11）所示的图片。图-11(6) colorbar的输出：点击菜单栏 export / export colorbar to image