生物信息学考试重点

1、Made by Kim 2008 级基础医学1在进行序列局部比对的时候，能不能在同一位置插入双gap?为什么？不能，因为如果能在同一位置插入双 gap 的话，就能在两条序列的任何位置插入双gap，得出的对比结果都是一样的，没有统计学意义。2解释生物信息名词 BLAST CDS（ GBFF格式中的特性关键词）、NCBI、UPGMA EBI。BLAST：Basic Local Alignment Search Tool基本局部相似性对比搜索工具；CDS：Coding sequence 蛋白编码区信息；NCBI ：National Center of Biotechnology Informatio

2、n美国国立生物技术信息中心；UPGMA： unweighted pair group method with arithmetic mean非加权算术平均组对法；EBI ：European Bioinformatics Institute欧洲生物信息学中心。， tblastx ，请分别说明每个程序解决的问题。用核酸序列搜索核算数据库； 用蛋白质序列搜索蛋白质数据库；：用核酸序列搜索蛋白质数据可库 （先将核酸序列按 6 个可读框翻译成蛋白质序列）：用蛋白质序列搜索核算数据库 （先将核酸数据库的序列按 6 个可读框翻译成蛋白3 NCBI 的 BLAST工具有 5 个基本程序，分别为nucleoti

3、deblast ，proteinblast，blastx，tblastnBlastn:Blastp:BlastxTblastn质序列）；Tblastx: 将查询序列和数据库里的核酸序列都按 6个可读框翻译成蛋白质序列再对比,每 两条序列进行 36 次对比。4如果我们想知道一个基因组DNA数据库中是否有某个蛋白的直系同源物，该采用什么样的序列分析工具。采用 tblastn 序列分析工具。5通过BLAST比对，发现两个序列相似度是90%能不能认定两个序列同源性是90%为什么。而相似性或者一致性是一个序列不能，因为同源性是序列同源或者不同源的一种论断， 相关性的量化，是两个不同的概念。5在NCBI中

4、检索的时候，在检索框中输入“AAO41714ACCN”能返回一个怎样的结果?返回唯一一条序列号为 AA41714的相关信息。6对核酸序列进行 BLAST的时候，选择的字（WORD越长精度越高还是越短精度越高，为什 么？搜索速度跟字长有什么关系？字越长精度越高。 因为 blast 程序在进行序列数据库相似性搜索时， 查询序列可选择过滤 掉低复杂度的区域，然后按字长参数（ DNA序列一般为11,蛋白质一般为3）将序列分解成 小的字串。 然后程序再找出查询序列和目标序列间所有单个或多个连续匹配的字串。字串越长,所要求匹配的序列越长,所要求序列的匹配度越高,所以越精确。增加字长可以提高搜索的特异性和速

5、度。7 这是某蛋白质的一个 pattern ：GXWYFEAIVLM ，请说明其含义 。 Gly-any-Trp-Tyr or Phe-Glu or Ala-Ile or Val or Leu or Metbut Glu or AspPA AC-x-V-x(4)-ED： Ala or Cys-any-Val-any-any-any-any-anyPA gi|24646620|ref|NM_057587.3| Droso phila mela nogaster RNA-bi nding p rotein4CG9654-RA,tran scri ptvaria ntA(Rb p4), mRNAGG

6、ATTTTCTTGCCTGTCATTCAATTTGTGGTTGGCTTCACCTGAGTGCTGTAGT? A. DNA序列? C.蛋白质序列B. RNA序列D.基因27、 ExPASy上的工具软件ProtParam提供的是哪种类型的服务？(蛋白质三级结构分析蛋白质序列理化性质预测蛋白质二级结构分析跨膜结构分析A.B.C.D.28、假如你有两条远相关的蛋白，为了比较它们，最好使用下列哪个记分矩阵(A. BLOSUM45 或 PAM25B. BLOSUM45或 PAM1C. BLOSUM80或 PAM250 D. BLOSUM10 或 PAM1构建系统发生树，应使用A. BLASTB. FAST

7、AC. UP GMAD. Entrez30、下面这段蛋白质序列是什么格式？()? gi|4506183|ref|NP_002779.1|p roteasomealp ha329、Homosa pie nsMSSIGTGYDLSASTFS PDGRVFQVEYAMKAVENSSTAIGIRCKDGWFGVEKLVLSKLYEEGSNKRLFNVDRHVGMAVAGLLADARSLADIAREEASNFRSNFGYNIPLKHLADRVAMYVHAYTLYSAVR PF GCSFMLGS o o o o o? A. GBFF B. TEXT? C. PDBD. FASTA31、直系同源物定义为（）不同物种中具有共同祖先的同源序列 具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源序列 同一物种中由基因复制产生的同源序列 同一物种中具有相似的并且通常是冗余功能的同源序列ABCD32、美国NIH维护提供的DNA序列数据库是：A. GenBankB. ProteinC. dbEST D. dbSNP33、高分配对片段的英文缩写为（A. HSPB. HMPC. HCPD. HDPBLAST比对结果报告中有一统计数值A. 值越小说明匹配度越低B. 值越小说明匹配度越高C. 两者无内在关系D. 以上说法都不对34、 NCBI 提供了大量的序列分析工具，其中用来寻找是：（）? A. OR