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文档简介
1、DNA存储 DNA存储信息突破极限DNA是个生物数据库,存储着我们体内的海量基因代码。科学家发现,它的这种能力其实还可以用来存储外部信息, 一克 DNA即能储存上千亿个千兆字节,相当于 1000 亿张 DVD光盘的内容。近日,哈佛大学维斯生物工程研究所的研究人员将一本大约有5.34 万个单词的书籍编码到不到一沙克( 亿万分之一克 ) 的 DNA(脱氧核糖核酸)微芯片中,连同文字一起的还有11 张图片和一段Java 程序。这是迄今为止人类使用DNA遗传物质储存数据量最大的一次实验,被刊登在最新科学期刊上。团队负责人乔治丘齐 (George Church)表示,“今后,拇指大小的设备或许就能存下整
2、个互联网的信息。”DNA存储的“野心”“利用 DNA来存储数据并不是一个新的概念。事实上,自从生物学确定了 DNA结构,就有研究人员尝试将其用于存储和运算”,北京华大基因研究中心医学事业部主任甄二真告诉记者。他介绍, DNA由 4 种碱基组成,分别为 A(腺嘌呤)、 C(胞嘧啶)、 G(鸟嘌呤)及 T (胸腺嘧啶),它们两两互补成对出现,共同构成了相互缠绕的双链螺旋结构。 DNA可以被视为四位运算存储方式,存储量比二位运算存储大得多。“目前通用的存储模式都是二位运算的。为了存储更多数据,早已有科学家尝试过使用物理方法实现四位运算。但是技术上难以实现,只能出现 有、无、中间 三种状态,也就是三位
3、运算,无法实际操作”,甄二真说,与之相比,DNA是天然的四位运算,有四个不同状态,与二位运算相比存储量大、运算速度也快得多。处于信息爆炸的时代,很多科学家尝试以 DNA存储数据。比如今年初, _ 立清华大学和德国卡尔斯鲁厄技术研究所以三文鱼的 DNA 作为基础,制造出单次写入多次读取的存储器。不过,这个 DNA存储器的有效时长只有 30 小时。甄二真表示,这些 DNA无法长期存储数据是因为研究人员使用的是活细胞的基因组,这些细胞不仅会死亡,而且还会分裂复制,对其中存储的数据有致命性打击。合成 DNA:改变存储模式为了排除细胞会死亡、分裂、变异而使数据内容发生改变的危险,丘奇率领的团队避免使用活
4、细胞, 而是采用人工合成的 DNA片段,并将片段用喷墨打印机嵌入到芯片上。这一次,丘奇选择存储在合成DNA片段上的信息是他的著作 再生:合成生物学将如何改变未来的自然和自己。首先,他把书中的图片、文字、程序转化为HTML格式的文件,再将其编译为由0 和 1组成的电脑能够读懂的二进制数据。随后,这些二进制数据被转化为四种碱基,即把 0 转为 A 或 C,把 1 转成 G或者 T,并将其建立在 DNA双链螺旋结构上来。至于读取数据的过程其实就是测序,通过 DNA测序仪将 DNA序列中的编码按顺序排列,还原为二进制格式的数据,用电脑“读”出来。尽管听起来很复杂,甄二真表示其中重要一步就是将二进制数据
5、转化为 4 位运算数据( A、C、G、T),做成 DNA链结构,这可以使存储量按级数增长。 而以经化学反应得到的合成DNA取代活细胞使得这项研究成果更符合现实意义。 此前以细胞内 DNA来存储信息一直无法取得技术突破,只能在短期内保证数据安全, 此次转换思路是被科学认可的关键。突破传统存储的极限与目前流行的存储方式相比, DNA存储的最大优势就是单位存储量大。北京邮电大学信息与通信工程学院副教授陈光表示, 现在使用的光介质和磁介质在存储量上都几乎达到了极限, 这就需要研究其他存储方式,比如 DNA存储这样的生物介质。他告诉记者,磁介质包括磁带、磁盘、硬盘等。硬盘的存储量可达上百 G,但由于现在
6、硬盘数据存储密度提升的空间已经有限,基本不太可能出现单碟1000G的硬盘,所以如果硬盘体积不变, 容量难以实现大幅突破。而CD、DVD等光介质存储对表面积的要求更大,磁介质可以分几层存储数据, 光介质只能单层平铺保存信息,单位存储量更小。DNA可以很好地解决这一存储量的问题。甄二真表示,这不仅与四位运算的特性有关, 也与 DNA特有的双链螺旋结构有关。 这一结构可以把 DNA序列压缩得足够小, 整个立体空间都可以利用, 比磁介质和光介质的平面存储更具优势。按照哈佛团队给出的数据, “一克DNA即能储存上千亿个千兆字节, 相当于 1000亿张 DVD光盘的内容”。此外,合成 DNA的稳定性也很优
7、秀。陈光介绍,磁介质是建立在电磁的基础上,工作环境受到限制,容易出现消磁等现象;而光介质受环境影响小一些,但耐久性不理想。与这两者相比,合成DNA不存在细胞死亡、变异等影响,在室温下很稳定,甚至可以存放数万年而不变。尚难大范围应用对于 DNA存储的前景,此项目另一位负责人瑟里拉姆库苏里 (Sriram Kosuri) 表示,随着 DNA合成、测序价格的不断下降,这或许将成为长期存储数据的一种选择。 而现阶段,它距离商业化还很远。甄二真表示,不仅是成本问题,DNA存储还存在控制难点。与二进制存储相比较,磁介质0、1 之间的转换只需加磁、消磁即可实现,而光介质可以通过刻录机将数据以“平地”或“坑洼”的形式烧写在光盘上,这些都比较容易实现。而将数据“写”入DNA则困难得多,难以做到“即时写”,因此目前只有数据归档等用途。同样的,合成 DNA相当费时。甄二真介绍,目前已经有自动合成仪可以将碱基连接起来,形成 DNA序列,但是一般只能连接 20 到30 对碱基,再长就难以实现了。此次哈佛团队采用的也是短DNA序列来编码数据。与写入数据费时费力相比,利用测序仪来读取 DNA存储数据虽然速度也不快, 但是甄二真认为, 未来测序速度大幅提高相对容易实现,也就是 DNA存储有可能做到“即时读”。在陈光
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