gromacs命令(最新整理)

1、1 generating topologies and coordinates 生成拓扑和坐标文件1-1 pdb2gmx pdb 文件转换到拓扑文件(.top)和坐标文件(.gro)1-2 g_x2top从坐标文件(.gro)生成一个原始拓扑文件(.top)1-3 editconf编辑盒子及写入子组（subgroups）1-4 genbox体系溶剂化1-5 genion加入抗衡离子1-6 genconf增加一个随机方向的构象1-7 genrestr生成索引组的位置限制或距离限制1-8 g_protonate 质子化结构？2 running a simulation模拟运行2-1 grompp生

2、成一个运行输入文件2-2 tpbconv从一个停止的运行生成一个重新运行的输入文件2-3 mdrun执行模拟、正态分析及能量最小化3 viewing trajectories轨迹查看3-1 ngmx显示一条轨迹3-2 g_highwayx window system 小工具，用于 highway 模拟3-3 g_nmtraj从一个本征矢量 eigenvector 生成一个虚拟轨迹4 processing energies能量处理4-1 g_energy 将能量写入 xvg 文件并显示平均值4-2 g_enemat 从能量文件中提取能量矩阵4-3 mdrun-rerun（重新）计算轨迹帧的能量5

3、 converting files文件转换5-1 editconf转换和编辑结构文件5-2 trjconv转换和编辑轨迹文件5-3 trjcat连接轨迹文件5-4 eneconv转换能量文件5-5 xpm2ps5-6 g_sigeps6 tools工具6-1 make_ndx制作索引文件6-2 mk_angndx 生成索引文件，用于 g_ angle 6-3 gmxcheck检查并比较文件6-4 gmxdump生成人可读的二进制文件6-5 g_traj从轨迹文件中绘制选定的原子或组的 x、v、f 6-5 g_analyze分析数据集6-6 trjorder根据与一个组的距离定义分子序数6-7

4、g_filter轨迹频率过滤，制平滑的动画6-8 g_lie线性拟合自由能评估6-9 g_dyndom内插和外推结构旋转6-10 g_morph线性内插构象6-11 g_wham伞形抽样后加权直方分析6-12 xpm2psconvert xpm (xpixelmap) file to postscript 6-13 g_sham读/写 xmgr 和 xvgr 数据集6-14 g_spatial计算空间分布函数6-15 g_selectselects groups of atoms based on flexible textual selections 6-16 g_tune_pmetime

5、mdrun as a function of pme nodes to optimize settings7 distances between structures结构间的差距7-1 g_rms计算与参考结构之间的均方根偏差及其矩阵7-2 g_confrms 叠合两个结构，并计算其 rmsd 7-3 g_cluster 团簇结构7-4 g_rmsf计算原子波动值8 distances in structures over time随时间变化，结构间差距8-1 g_mindist 计算两组间的最小距离8-2 g_dist计算两组之间的质量中心的距离8-3 g_bond计算原子间的距离8-4 g

6、_mdmat计算残留联系地图 contact maps 8-5 g_polystat 计算聚合物的静态属性8-6 g_rmsdistcalculates atom pair distances averaged with power -2, -3 or -69 mass distribution properties over time随时间变化，质量分布性质9-1 g_trajplots x, v, f, box, temperature and rotational energy 9-2 g_gyrate计算回转半径9-3 g_msd计算均方位移9-4 g_polystat 计算聚合物的静

7、态属性9-5 g_rotacf计算分子转动的相关函数9-6 g_rdf径向分布函数的计算9-7 g_rotmat根据参考结构绘制旋转矩阵图9-8 g_vanhove计算凡霍夫位移函数10 analyzing bonded interactions分析键相互作用10-1 g_bond计算键长分布10-2 mk_angndx 生成索引文件 g_angle10-3 g_angle计算角度和二面角的分布及相关性10-4 g_dih二面角转换分析11 structural properties结构特性11-1 g_hbond 计算和分析氢键11-2 g_saltbr 计算盐桥11-3 g_sas计算溶剂

8、可及表面面积11-4 g_ordercomputes the order parameter per atom for carbon tails 11-5 g_principal 计算一组原子惯性轴11-6 g_rdf 计算径向分布函数11-7 g_sgangle 计算两组间的角度和距离11-8 g_sorient 分析溶质周围溶剂取向11-9 g_spol分析溶质周围溶剂偶极取向和极化11-10 g_bundle 分析捆轴，如螺旋11-11 g_disre分析距离限制11-12 g_clustsize 计算原子团簇尺寸分布11-13 g_anadockcluster structures f

9、rom autodock runs12 kinetic properties动力学性质12-1 g_traj plots x, v, f, box, temperature and rotational energy 12-2 g_velacc计算速度自相关函数12-3 g_tcaf计算液体粘度12-4 g_bar通过 bennetts acceptance ratio 接受率计算估计自由能差12-5 g_current 计算当前系统的自相关函数12-6 g_vanhove 计算凡霍夫相关函数12-7 g_principal calculate principal axes of inerti

10、on for a group of atoms13 electrostatic properties静电性质13-1 genion 添加带电离子13-2 g_potential 计算盒子中的静电势13-3 g_dipoles 计算总偶极波动13-4 g_dielectric 根据介电常数计算频率13-5 g_current根据电荷计算体系介电常数13-6 g_spol分析溶质周围的偶极子14 protein specific analysis 蛋白质特殊分析14-1 do_dssp 计算分配二级结构和溶剂可及表面面积14-2 g_chi计算所有需要的 chi 和其他二面角14-3 g_heli

11、x 计算 螺旋结构的基本性质14-4 g_helixorient 计算本地 pitch/弯曲/旋转/内螺旋方向14-5 g_ramacomputes ramachandran plots14-6 g_xramashows animated ramachandran plots 14-7 g_wheelplots helical wheels15 interfaces 界 面15-1 g_potential 计算盒子静电势15-2 g_density 计算体系密度15-3 g_densmap 计算二维平面或轴向-径向密度图15-4 g_ordercomputes the order parame

12、ter per atom for carbon tails 15-5 g_h2order计算水分子的方向15-6 g_bundle分析捆轴，如跨膜螺旋15-7 g_membed蛋白质嵌入脂双层16 covariance analysis 协方差分析16-1 g_covar计算和对角化协方差矩阵16-2 g_anaeig 分析特征向量16-3 make_edi 生成输入文件用于本质动力学抽样17 normal modes正态模式17-1 grompp 生成运行输入文件17-2 mdrun发现一个潜在的能量最低17-3 mdrun计 算 hessian 17-4 g_nmeig 对角化 hessi

13、an17-5 g_nmtraj 产生本征模的振荡轨迹17-6 g_anaeig 正态模式分析17-7 g_nmens 从正常模式生成的结构合奏分析命令1 groups in analysis1-1 make_ndx to generate an index file consisting of a series of atom numbers 1-2 mk_angndx to generate an index file with angles or dihedralsdefault groups selections1-3 g_select2 looking at trajectory 2-

14、1 ngmx3 general properties3-1 g_energy3-2 g_traj“”“”at the end, xiao bian gives you a passage. minand once said, people who learn to learn are very happy people. in every wonderful life, learning is an eternal theme. as a professional clerical and teaching position, i understand the importance of continuous learning, life is diligent, nothing can be gained, only continuous learning can achieve better self. only by constantly learning and mastering the latest relevant knowledge, can employees from all walks of life kee