如何在CANOCO45中进行数据分析

1、沈会涛,2010,年,基于,CANOCO,的数据统计分析,Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO,E-mail: ,1,一,群落的排序,二,Canoco,软件简介,三,数据分析,内容,2,一,群落的排序,群落排序：就是把一个地区内所调查的群,落样地（物种），按照相似度来排定各样,地的位序，从而分析各样地（物种）之间,及其与环境之间的相互关系,3,排序的目的：通过排序把多维空间压缩成,低维空间，并且使降低维数引起的信息损,失尽量少，实体按其相似关系重新排列,让人可以理解。同时，必须用统计手段来,检验排序轴到底是否真能代表环境因子

2、的,梯度,4,排序类别,in CANOCO,间接排序,Indirect Gradient Analysis,在特定的梯,度上（环境轴）上探讨物种的变化情况,PCA,Principal components analysis,CA,Correspondence analysis,DCA,Detrended Correspondence Analysis,直接排序,Direct Gradient Analysis,寻求潜在的或,在间接的环境梯度来解释物种数据的变化,RDA,Redundance analysis,CCA,Canonical correspondence analysis,DCCA,

3、Detrended Canonical,Correspondence,Analysis,5,梯度分析,间接排序,直接排序,RDA,CCA,PCA,CA,DCCA,DCA,6,梯度分析,直接排序,单峰模型,线性模型,间接排序,直接排序,间接排序,RDA,PCA,CCA,CA,DCCA,DCA,7,Canoco,简介,8,Ter Braak,Canonical Community ordination,Petr,9,参考资料与网站,Introduction on Canoco for windows,Multivariate Analysis of Ecological Data using,CA

4、NOCO,http:/,普兰塔,数量生态学,张金屯,著,10,软件模块,1,CANOCO for Window 4.5,CANOCO,的核心,CANOCO for Window,带有,比较全面的排序方法。其核心部分是基于线性模,型的,PCA,和,RDA,基于单峰的模型的,CA,DCA,和,CCA,在这些基本排序方法基础上,CANOCO,也,可以做,CV,A,典范变量分析,PCoA,主坐标分,析）。但,NMDS,并没有被包括，因为的确用得很,少,11,PCA CA DCA,pPCA pCA pDCA,RDA CCA DCCA,pRDA pCCA pDCCA,不进入分析，但显示,主动,被动,12,

5、2,WCanoImp,这个程序的功能是,构建数据,但这个程序,用法受到了,window,的剪贴板和电子表格文件的,限制。比如在,Excel2003,以前的版本，列数仅,有,256,列，这就意味着样方数或物种数不能两,个同时超过,256,个，否则需要分割。当然行数,宽松点，但不能超过,65536,行。如果你的数据,超过这个限制，你可以将你的数据分割为几个,部分，经过,WCanoImp,转化后，再用,CanoMerge,程序拼接起来,13,3,CanoMerge,1,首要的任务是连接两个或多个包含相同样方,但不同变量的数据文件,2,可以用来将您的数据文件输出带制表符分隔,的,ASCII,文本）文件

6、,3,最后一个功能是可以过滤掉一些低频率的物,种,4,CanoDraw for Windows,用来做排序图的程序,14,分析流程,15,三,数据分析,1,数据的整理,物种数据,环境数据,列：采样点,列：采样点,行：生物数据,行：环境因子,注：数据（物种和环境数据）之间差别较大，如数,量级之间的差别，需进行,lg,X+1,转换,pH,不需要进行,lg,转换,16,2,操作步骤,a,程序,Canoco for WindowsWCanoImp,在,save in,condensed format,的选线前面打上对勾,如图,17,b,打开,CANOCO,数据,xls,选择要分析的数据,将要分析的数据

7、（不要多选择空格）选中后,复制，在图,1,的界面点击,Save,自己对其命名,后缀名为,dta,如,species.dta,同样，对,环境因子选择后保存为,env.dta,这时可以关,掉图对话框,这样就得到一个,spe.dta,的文件和一个,env.dta,的文件,18,对数据分析之前，先对物种数据进行,DCA,分析，来选择,RDA,分析或者,CCA,分析,19,20,21,22,23,24,25,先用,species-sample,资料做,DCA,分析，看分,析结果中,Lengths of gradient,的第一轴的大小,如果大于,4.0,就应该选,CCA,如果,3.0-4.0,之间,选,RDA,和,CCA,均可，如果小于,3.0, RDA,的结果要,好于,CCA,26,RDA,排序,27,28,29,30,蒙特卡洛检验值,P,31,32,小结：排序的步骤,1,原始数据的整理：样