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1、荧光定量PCR之绝对定量分析标准曲线的绘制Time:2010-05-17 PM 21:15Author:bioerHits:1. 绝对定量定义 绝对定量是用已知浓度的标准品绘制标准曲线来推算未知样品的量。 将标准品稀释至不同浓度,作为模板进行PCR反应。以标准品拷贝数的对数值为横坐标,以测得的CT值为纵坐标,绘制标准曲线,对未知样品进行定量时,根据未知样品的CT值,即可在标准曲线中得到样品的拷贝数。*Log(起始浓度)与循环数呈线性关系,通过已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线,即得到该扩增反应存在的线性关系*由样品CT值,就可以计算出样品中所含的模板量2. 绝对定量标准品标准品的一些标准*必
2、须用与扩增目的基因相同的引物进行扩增,并且扩增效率相同*标准品必须是经过准确定量的(我们通常用的是ASP-3700紫外光/可见光微量分光光度计)* 标准品必须是标准化的(例如,同一化的细胞数)* 在每组实验时,必须用相同的阈值设定来确定CT值标准品可以是含有目的基因的线性化的质粒DNA,也可以是比扩增片段长的纯化后的PCR产物,当然也可以是基因组DNA,甚至cDNA,但前提是所有的作为标准品的核酸都必须保证稳定。3. 标准品的制备 一般一条标准曲线取四到五个点,浓度范围要能覆盖样品的浓度区间,以保证定量的准确性。一般一个点重复三至五次,对于常期稳定使用的标准品可以适当减少重复的次数。 倍比梯度
3、稀释方法:1v原液(标准品i)+9v稀释缓冲液,得标准品ii1v标准品ii+9v稀释缓冲液,得标准品iii1v标准品iii+9v稀释缓冲液,得标准品iv1v标准品iv+9v稀释缓冲液,得标准品v依次倍比稀释拷贝数的计算:详见核酸拷贝数的计算4. 实例标准品的制作:将标准品依次进行10倍稀释,ASP-3700 测得其拷贝数1.55108copy /ul 标准曲线的绘制(1cycle=1min)设置对照:浓度为1.55107、1.55106、1.55105、1.55104、1.55103、1.55102、1.55101的标准样品各一个,设空白对照PCR反应:以不同浓度标准品作为模板 标准品的扩增曲线 标准品的溶解曲线标准品的标准曲线图 XLog7654 321 YCT值12.01 14.8917.92 21.1824.5627.89 31.25扩增效率(E)计算E=10-1/斜率=10-1/-3.23=2.04,E%=(2.04-1)100%=104% 若未知样本的CT值为19.11,将CT值代入线性方程:即19.11=34.29-3.23X,所以X=(19.11-
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