OR值的意义和计算公式和95CI

1、OR值的意义和计算公式，和95%CI (2008-11-18 09:04:51)转载标签：杂谈分类：统计遗传概念OR值的全称是odd ratio, 又称比值比，对于发病率很低的疾病来说，它是OR值即是相对危险度的精确估计值。计算公式如下：Odd ratio, 95% CI假定我们要鉴别一个基因（或者标记位点SNP）有两个等位基因（等位）:记为Allele 1Allele 2Allele 1Allele 2病例AB对照CDodds 值在病例和对照可以计算如下：病例Allele 1Odds=A (A + B)/B (A + B)=A/B对照Allele 1Odds=C (C + D)/D (C +

2、 D)=C/D那么在这一点Allele 1的OR值可以计算如下：Odds Ratio =(A / B)/(C / D)=A D/B C同样的，95% Confidence Intervals (CIs) 值可以计算如下：95% CI of ln(OR) = ln(OR)1.96(1/A+1/B+1/C+1/D)0.595% CI of OR = e95% CI of ln(OR)、logistic回归中，OR值=1，表示该因素对疾病的发生不起作用OR值大于1，表示该因素是一个危险因素OR值小于1，表示该因素是一个保护因素同时最好要算出它的95%CIOR为比值比，也称优势比当我们已知疾病的发生状

3、况，比较疾病组与非疾病组危险因素暴露的情况差异时（即回顾性研究时），用OR进行定量描述。OR是否有意义还要看其P值，一般95%CI 上限小于1时说明可能是保护因素，相反如果下限大于1则说明可能是危险因素。ln(OR)近似服从正态分布，因此在计算OR值置信区间的时候都是先计算ln(OR)置信区间，再计算OR置信区间（参考：/pmc/articles/PMC/， /bt/products/bio_epi/scripts/mod12.pdf，/faculty/g

4、erstman/StatPrimer/case-control.pdf）参考资料1（维基）：/wiki/Odds_ratio#定义：Definition in terms of group-wise oddsIf the probabilities of the event in each of the groups arep1(first group) andp2(second group), then the odds ratio is:whereqx=1px. An odds ratio of 1 indicates that the cond

5、ition or event under study is equally likely to occur in both groups.参考资料2：/snp-tools-excel/例子1：例子2：参考资料3：blackwell出版社/specialarticles/jcn_10_268.pdf参考资料4：/ebmreviews/odds.html参考资料5：/scehsc/pdfs

6、/D-1-3-3 lesson calculating odds.pdf参考资料6：/class/gene210/files/writeups/gwas-howto-2.pdf参考资料7:/help/exact_tests_on_counts/gart.htm （介绍了OR和RR区别和联系）OR值的全称是odds ratio、比值比，对于发病率很低的疾病来说，它是OR值即是相对危险度的精确估计值。OR值的意义：OR值等于1，表示该因素对疾病的发生不起作用；OR值大于1，表示该因素是危险因素；OR值小于1，表示

7、该因素是保护因素。计算公式如下：假定我们要鉴别因素（例如吸烟）是不是某个疾病的危险因素（例如肺癌）。形成如下四个表：OR值= AD/BC。95%的置信区间就不用公式了，下面用SPSS实现。SPSS不支持4格表，需要原始的阴性和阳性的数据，即，形式如下（一般情况下，1-是，0-否）。使用卡方检验，计算P值，同时可以计算OR值。SPSS里计算OR值的具体方法：菜单Analyze Descriptive Statistics Crosstabs，在弹出的Crosstabs里，Row和Column的框里分别添加吸烟和肺癌两个变量（行列可以相互交换，不影响OR的计算结果）。点击Statistics按钮，弹出对话框，勾选Chi-square和Risk，然后Continue。其他不用管，按下OK按钮进行运算。结果里产生了3个表格：第1个是数据是否确实等情况和4格表。第2个可以看到第1行卡方值和检验的P值。根据注释b，看有几个cell（四格表的格子）的预测值小于5，如果有1个（25%）及以上的cell的预测值小于5，则需要看Fishe