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文档简介

R语言在物种进化分析中的应用,中国疾病预防控制中心张雯,1、生物信息学对R语言的需求2、R语言对生物学的“友好”3、R语言在物种进化分析中的应用4、R语言与Perl语言,生物学的“新时代”,生物信息学Bioinformatics,运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法，对生物实验数据进行分析，确定数据所含的生物学意义，并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科。,极易上手,极其友好,物种进化分析,生物进化：生物的演化过程对进化进行研究的意义：了解过去：我是谁？人是如何出现的？明了现在：地球上的物种多样性预测未来：物种灭绝、世界的末日,进化树,构建进化树是清晰明了的表示物种进化关系的最好方法。,程序包Package,Ape:物种进化关系分析包/web/packages/ape功能涵盖专业数据的读取、格式转化、存储、画图和计算等。最重要的是：可构建多种模式的进化关系树,使用方法,Rscritps,更多分析命令,基本信息：Summary()细节放大：Zoom()距离矩阵：cophenetic.phylo()点击获得细节信息：identify.phylo()两个树的比较：cophyloplot(),Braching.times()ervals()ervals()Gmyc()其它高级分析：祖先状态重建、物种分化速率、物种鉴定等等,R的兼容性,R与Perl,如何使用？,利用Perl调用R：system(Rtes
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