Chem3D常用功能使用教程02751

1、1,Chem3D介绍,提供功能 制作结构： 立体旋转； 读取chemDraw结构； 进行结构优化计算进行量化结构； 并和数种量子化学软件结合在一起。,chem3D是一个三维分子结构演示软件,2,Chem3D起始界面,3,主界面,Chem3D起始界面,4,工具栏,模型窗口,模型类型,三维视图,ChemDraw切换,图标工具栏,模型数据窗口,扩大（缩小）窗口,消息窗口,状态栏,5,选择,轨迹球,单键,双键,三键,虚键,文本,橡皮,大小调整,6,显示设置,7,视频设置,模型显示设置,立体显示,弹出信息,配体显示,结构显示,原子标记,原子显示,色彩选项,8,显示设置属性,Model Type,线状模型

2、,棒状模型,球棍模型,圆柱键模型,比例模型,9,带状模型,10,结构不同显示方式,View/Setting/Model Dispaly 菜单或F6键：五种,Wire Frame,Sticks,Ball-Sticks,Cylindrical Bonds,Space Filling,11,带状模型常用于生物分子,12,代表用红蓝两种色彩的立体显示,代表用深色显示模型，就是对于模型的部分 按观察者的角度不同着色,代表显示两个立体结构完全相同的模型,代表模拟现实的角度观察模型，使模型更 接近真实,代表显示模型的时候将后面的部分以阴影 形式表示，这样模型的立体感更强。,13,14,选择【单键】工具，在模

3、型窗口向右按动,圆柱键模型,1. 利用键工具建立模型,建立3D模型,15,线状模型,16,棒状模型,17,球棍模型,18,比例模型,19,选择【轨迹球】工具，使分子模型 在模型窗口沿X、Y轴旋转,X、Y轴旋转指示,20,选择【轨迹球】工具并按“Alt”键， 使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转,Z轴旋转指示,21,模型结构信息,光标位于原子上， 自动显示原子信息,22,工具栏显示原子的符号和标号,23,光标位于键上， 自动显示键信息,模型结构信息,24,模型的进一步信息,显示键长变化,显示键角变化,显示二面角,显示所有没有相邻的原子的距离,25,模型的键长数据,26,模型的键长和键角数据,27,乙烯

4、模型中的双键信息,28,键级改动,29,显示氢及孤对电子,30,不显示氢及孤对电子的环己烷,原子名称及序数,31,选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号,32,隐藏或显示其它原子,居中 移动到 色彩调节 显示元素符号 显示元素编号 显示实心球 显示点阵表面,调整键长 破坏键 调整键级 就近结合 添加质心 颠倒 调整矩阵,隐藏所选部分 隐藏非选部分 显示所有原子 显示邻近原子 显示背面 定义基团,33,利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】,34,环己烷的椅式构象,35,使用【文本】工具输入结构式,2. 利用文本工具建立模型,36,按【Enter】自动转化为模型,37,括

5、号表示支链,38,39,整理结构,40,简单优化 观察分子变化,41,4-甲基-2-戊醇模型,42,建立1，2-双甲基环戊烷模型,43,44,整理结构,45,建立Ibuprofen(布洛芬)模型,46,47,建立十肽菌素模型,48,49,建立十二丙氨酸醇分子模型,50,51,改变显示方式,模型类型窗口：,52,设为线状模型,53,54,设为带状模型,55,a-螺旋模型,56,使用子结构建立模型,3. 利用子结构建立模型,57,子结构模型库,58,选择所需的子结构，然后复制,59,粘贴复制结果,60,在子结构上进行编辑,61,4. 使用模板建立模型,62,63,ChemDraw中 画出的分子结构

6、,复制粘贴到Chem3D中,5. ChemDraw和Chem3D信息转换,64,Chem3D中 画出的分子模型,复制粘贴到 ChemDraw中,65,（1）查找原子的范德瓦尔斯半径 【View】【Atom Types.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径,计算功能演示,66,67,68,（2）观察分子的大小 建立苯模型。执行【View】【Connolly Molecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为100,69,70,71,72,73,View/Solvent Accessible 菜单 甲苯结构,74,

7、（3）计算分子体积 建立苯模型。执行【Analyze】【Compute Properties】在【Available Properties】选框中双击【Connolly Solvent-Excluded Volume SVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【Selected Properties】框中。单击ok，,75,76,77,78,79,80,(4) 检查结构能量,81,模型旋转,对位交叉,82,总能量计算,83,空间位阻能：0.977kcal/mol,计算结果,84,模型的二面角数据,85,数据与模型对应,86,显示原子符号及序号,87,按动旋转,数据相应改变,88,(5)

8、分子轨道(HOMO及LUMO),首先用双键 画出乙烯分子,89,显示轨道时必须选择,90,选择分子轨道,91,选择HOMO轨道,HOMO轨道显示,轨道选项 HOMO和LUMO各6个,能量随所选轨道不同而不同,实心显示 （丝网显示 圆点显示 半透明显示）,92,乙烯分子的HOMO轨道,93,选择LUMO轨道,LUMO轨道显示,94,乙烯分子的LUMO轨道,95,96,97,98,99,100,101,102,其他计算,从头算程序：Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序。 半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3) 计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析,103,模型的输入和输出：以NaCl晶体为例： 【File】【Template】选择【NaCl Crystal.C3T】选择以【Space filling】显示模型。可保存多种格式，默认格式.c3t。可存为jpg等。 还有动画显示功能，可让其绕x轴、y轴、z轴转动，这样可以