第4章 WebLabViewer.ppt

1、第四章 WebLabViewer工具软件,WebLab Viewer 是由美国Molecular Simulations Inc (MSI)公司开发的一个显示分子结构和化学信息的化学专业软件。它可以用于构建、显示分子三维空间构型 ,表现生物分子和晶体结构的能力也比较强。,WebLab ViewerPro安装与启动: 在WebLab Viewer文件夹中找到名称为4.0的文件夹，双击后将该文件夹打开。可以直接双击WebLab ViewerPro的快捷方式 。,1. 不同的三维风格展示化合物模型,棍状图(Stick) 球棍(ball and stick) CPK 多面体(Polyhedron) 图

2、4-1 WebLab Viewer显示维生素E的不同方式,WebLab ViewerPro在化学教育中的应用 :,2. 显现生物分子结构,蛋白质(Porin),胰岛素(Insulin),3. 构建简单的分子结构,4. 手动查询、修改、编辑、设定分子结构的一系列参数,5. 构建晶体结构,6. 提供分子结构的参数信息,WebLab ViewerPro使用基础: WebLab ViewerPro界面结构 工具栏的调用 菜单View(视图) /Tool Bar（工具栏） 基本的工具栏包含： Main Tools（主要工具栏） (教材表41) Tools Palette（工具调色板） (表42) Bui

3、lder Tools（结构工具栏） (表43),WebLab ViewerPro的文件操作 文件的打开 : Open Location（打开位置）命令 -可打开网上的文件 文件的存储: 提供了12种不同的存储格式，默认格式为*.msv。 在Office和其他绘图软件中进行调用:先用*.msv的格式进行存储，再用.bmp、.jpg、.gif格式进行保存 。,视图功能的使用 : 打开观察范例文件,其他视图功能的选择 View(视图)菜单Fit to Screen（适合屏幕） 或者在 Main Tools（主要工具栏）中选择按钮 View(视图)菜单Spin（连续旋转）命令 View(视图)菜单/O

4、ptions(改变背景颜色）,View（视图）菜单/Display Style（显示风格）命令 或者在Main Tools中选择风格设置按钮,View（视图）菜单的简介 :,风格设置：,Atom Display Styles（原子显示风格）,Label Display Styles（标签显示风格） 注：先选Tools（工具）/Labels（标签）/Add（添加）命令,Protein Display Styles（蛋白质显示风格）,DNA/RNA Display Styles（DNA/RNA显示风格）,基本化学分子结构的绘制 链状分子绘制:调色板工具栏 (Tool Palltte) 画笔(Ske

5、tch)工具和链(Chain)工具:,加氢工具(add hydorgens),优化工具(Clean Structure),设置键的类型 : 菜单modify（命令）/Bond（键） 或者在Builder Tools工具栏中选择 环状分子的绘制 画环工具,按Ctrl键则画芳香键,Modify(命令)菜单/Element（元素）/Table（表格） 或者在Builder Tools工具栏中 或者鼠标右键/Change Element,设置原子类型,文本的使用,注解工具的使用 文本框 文本插图编号,Tools Palette（工具调色板）:,注:文本输入只支持英文.,文本修改： 鼠标右键/,手动检查

6、及调整结构,Tools（工具） /Monitors（监视）/Distance（距离） 测量: 任何两个相邻的原子-键长 任意两个原子之间的距离 (先按住shift键选择 ),Tools（工具）/ Monitors（监视）/Angle（角度） 测量:键角(先按住shift键选择任何三个相邻的原子),去掉显示出的角度、距离等:Tools（工具）/Monitors（监视）/Remove（撤消）,显示键长：选取一个键 若出现Torsion（扭转）的角度,先去掉显示出的角度、距离等Tools（工具）/Monitors（监视）/Remove（撤消）,再选取Monitors（监视）/Distance 显示键

7、角：选取两个相连的键,或:Measure（测量工具）(Main Tools),显示扭转角度： 菜单栏选择Tools（工具）/Monitors（监视）/Torsion（扭转） 或 工具栏点击选取一个键并拖动鼠标。,例：乳酸(羟基丙酸),课后练习：怎样构建乳酸手性分子结构？怎样利用WebLabViewer软件 显示乳酸分子的手性？,手性分子，是化学中结构上镜像对称而又不能完全重合的分子。这两种分子互为同分异构体，这种异构的形式成为手性异构，有R型和S型两类。 R/S标记法是根据手性碳原子上所连的四个原子或原子团在空间的排列方式来标记的。 R拉丁字Rectus（右）； S 拉丁字Sinister（左

8、）,显示手性：Tools（工具）/Monitors（监视）/Chirality（手性）,显示氢键: Tools（工具） /Monitors（监视）/H Bond（氢键）,【例】请显示水分子中的氢键。,思考题：怎样利用WebLabViewer软件 确定水分子的氢键数？,晶体结构的绘制,菜单 Tools（工具）/Crystal Cell（晶胞） Cell Builder（晶体构建参数）窗口:包括Cell Parameters（晶胞参数）、Space Groups（空间组群标签）和Preference（可选项）,绘制晶体模型的基本方法,CsCl,NaCl,BuckyBall,Bucky tube碳纳米管；巴基管,Diamond,窗口菜单的使用,New Hierarchy Window（