lammps使用手册-中文简版

\h\h\h一\h1\h2\h\h二\h1\h2\h\h四一\h\h\hVMD:amolecularvisualizationprogramfordisplaying,animating,andanalyzinglargebiomolecularsystemsusing3-Dgraphicsandbuilt-inscripting.\hXCrySDen:acrystallineandmolecularstructurevisualisationprogramaimingatdisplayofisosurfacesandcontours,whichcanbesuperimposedoncrystallinestructuresandinteractivelyrotatedandmanipulated.ItcanrunonmostUNIXplatforms,withoutanyspecialhardwarerequirements.MD&\hLAMMPS:Apowerful,efficient,parallelized,welldocumented,easyextendableandopensourceMDcode.\hGromacs:AnothernicefreeMD\hDL-POLY:ageneralpurposeclassicalmoleculardynamics(MD)simulationsoftware.opensource.\hNAMD:aparallelmoleculardynamicscodedesignedforhigh-performancesimulationoflargebiomolecularsystems.Abinitio\h:\hQuantum-Espresso:Anice,freeDFT\hAbinit:AnotherpopularopensourceDFT\hSIESTA:alinearscalingDFT\h二\hxyz\h\h\h\h\h\h\h\h三\h\h\h\h\h四\hPotentials:AcollectionofEAMpotentialsforsomemetaland\hPotfit:Acodetofitatomicpotentialsfromabinitio\h\h\h2012515日||3,050LAMMPSLAMMPS相关的文件及LAMMPS相关的文件可以分为用于LAMMPS的文件和LAMMPS输出的文件，下面分别介绍。\h\h\h\h1\h2\h3\h\h1\h2\h3\h输入到LAMMPS主要包括三类，分别是输入脚本（inputscript），数据文件（datafile）inputscript脚本”in作为这个文件的前缀，所以也常常被称作“in文件”scriptLAMMPS的命令。LAMMPS运LAMMPS进行计算模拟的时候，一个很重（虽然不是很多）datafile我们知道要进行一个模拟计算，必须有一个初始构型，那么这个数据文件（datafile）就是用来存放要模拟体系的初始构型的。简单一点的，里面就包含原子的坐FCC等，可以直接LAMMPS提供的命令进行创建。一般，只有当模型比较复杂时，才会使用这A-B-C三段组成的计算任务，BA最终状态为初态开始，CBArestart文BBrestartC的时BA；重CA-B。从LAMMPSlog：LAMMPS在运行过程中，默认会产生日志文件，用于记录命令执行的情况。log.lammps。LAMMPSsnapshot，即“快照”），dump命令输出。cfg格式，xyz格式，lammps格式，图像格式等。restartrestart文LAMMPS中有几个命令可以实现将模拟中定义的某些变量以一定的格式输出到文\h\h2012516日||5,327LAMMPS常用的建模方法进行总结（我平\h\h\h\h\hdatafile\hdatafileLAMMPS提供的命令建立模型。这种方法主要用于构建比较简4LAMMPS的内置命令，就建立了很复杂的#modelofFCC-Cu, #modelofFCC-Cu, pp fccboxblock06060 1 1box **1allcfg1a*.cfgidtypexsys 1element08~11行即为建模部分。这里使用的命令参数很简单，不做过多介绍。datafiledatafileLAMMPS读入，而建立模型。datafileread_data命令完成datafiledatafile最基本的格式，只包含原子坐标，而不包含键datafiledatafile的格式类似于上面（不包括注释），就可以LAMMPS读入，而不管你是采用什么途径。datafile的文件格datafile文件格式还比较简单，所以还是比较容易获得的。MaterialStudio，具有强大的建模功能，而且支持很多种文件格式datafile格式。使用建模软件完成建模后，导出xyz文件格式（xyzdatafile格式比较相近，比较容易修改）；datafilexyz文件，主要matlab脚本，可以完成这种格式转换：【\hxyz2lmpxyz格式转成\hlammpsdatafile】够在网上找到现成的代码，Youarelucky!）。xyz2lmpxyzlammpsdataxyzlammps目前，程序只适用于合金体系，即不考虑力场参数（我的体系都属于这方面）xyzlammpsdatafile文件是需要晶胞信息xyz文件的注释行，也就是第二行，才可以完成转换，不然程序会system_namexloxhiyloyhizloxyztest.xyz只是为了测试程序，结构没有实际意义Cu010001000Cu Cu Fe Cu Fe Cu Cu Au Cu Au Cu >>lmpConvertedfrom.xyzto.lmp@04-May-2012 atom0.000000 xlo0.000000 ylo0.000000 zlo xyz2lmp%Thisscriptconverts.xyzfiletolammpsdata% f_xyz:nameoftheinput.xyz% %NOTE:Thesecondlinemustbeinspecifiedformat PdAuxloxhiyloyhizlo%PoweedbyXianbao%Email:\h%Website:\h%openthe.xyzfilefidin=fopen(f_xyz,'r');iffidin==-1error('Failedtoopenthefile.Please%numberofalltheatomsatom_num_a=fscanf(fidin,'%d');%comment=textscan(fidin,'%s%f%f%f%f%f%f',1);xlo=comment{2};xhi=comment{3};ylo=comment{4};yhi=comment{5};zlo=comment{6};zhi=comment{7};%coordinatesoftheatoms=textscan(fidin,'%s%f%f%f',atom_num_a);%type_name= %namesof atom_num(1)= %atomnumberofeach%sorttheatomsaccordingtotheirfori=2:flag=forj=ifstrcmp(atoms{1}(i),type_name(j))==atom_num(j)=atom_num(j)+flag=ifflag==type_name(end+1)=atom_num(end+1)=type_num=%writethelammpsoutfilename=strrep(f_xyz,'.xyz','.lmp');fidout=fopen(outfilename,'w');new_comment=['Convertedfrom.xyzto.lmp@',datestr(now)];fprintf(fidout,'%d\t%s\n',atom_num_a,'atoms');fprintf(fidout,'%d\t%s\n',type_num,'atomtypes');fprintf(fidout,'%f%f\t%s\n',xlo,xhi,'xloxhi');fprintf(fidout,'%f%f\t%s\n',ylo,yhi,'yloyhi');fprintf(fidout,'%f%f\t%s\n\n',zlo,zhi,'zlozhi');%thefori=1:length(atoms{1})forj=1:type_numifstrcmp(atoms{1}(i),type_name(j))==1fprintf(fidout,'%d\t%d\t%f\t%f\t%f\n',...程序创建datafiledatafiledatafiledatafile的格式，并lammpslammps提供的命令也能很方便的创建合金结构，当然可能仅限于一些比较规则的latticecreate_box,create_atoms，这里只是强调在合金体 custom$xa11.00.00.0a20.01.00.0a30.00.01.0 0.00.00.0basisbasis0.50.0 basis0.00.00.5basis0.00.5 boxblock03030 2 2boxbasis11basis21basis31basis41 52basis62basis72basis8lattice第一行为晶格矢量，其中$xB184Na，4Clregioncreate_box2create_atomslatticebasis有两个参数，12.lattice:\h\h\h\h\h2013428日||2,645MS（materialsstudio）lammps中。参考：\hMaterialsStudiolammps？lammpsMSlammpsdump命令输出的数据文件格式有三种：dump格式、xyzcfgdumplammps自己定义的，并不具有通用性，是很难转换成其他通用格式cfg格式也不是一种通用格式，但因为有一些现成的程序可以帮助转换，所以使用起cfg格式作为桥梁，进行格式转换的。总的思路是：lammpscfgpdbms建模\h\h\h\h\h\h一lammpscfgdumpdump1allcfg100dump.snap.*.cfgidtypexsys二pdbcfgcfgpdb的脚本（非开源）linux版下载地址：\hcfg2pdb|\h$$cfg2pdbinput.cfg三导入MSpdbMS打开即可完成建模。如果看到模型有点不对，可能buildcrystal操作，如下图所示。lammpsMS\h\h2013423日||4,031“MSlammps？”等等。以前也没有很好的办法，分子模拟论坛msi2lmp的小程序可以实现，但我自己没有搞成功。不过我自己\h\h\h1.\h\h\hMS（MaterialsStudio）完成模型的建立。需要特别注意，模型中必须包括cifbuild–crsytals–buildcrystals命令为没有晶胞的模型创建晶胞。导出cif选择菜单【File】–【Exportcif格式，导出。如下图所vaspVESTAcif格式的文件，选择菜单【File】–【ExportDatavasp格式，导出。如下图所示。\hlammpsvasplinuxposcar2lammps脚本lammps格式。\h\h\h2012816日||2,757浏LAMMPSHCP的原胞已经latticehcpStylehcphasa1=100,a2=0sqrt(3)0,anda3=00sqrt(8/3)…Ahcplatticehas4basisatoms,twointhez=0planeand2inthez=0.5plane.x-yx-y2个原子，整4个原子。这样的盒子的周期性是很容易理解的。另外，有些人可能会有疑问：HCP的晶格常数有两个：ac，为什么这里提到了a？\h\h201253日||6,045\h\h\hrestart\hrestart\hrestart\h\h\hrestartrestartlammpslammps计算。这样可以省restartrestartrestart文件，在这个文件中记录某个状态restart文件是二进制文件。restartrestart相关的命令有三个：restart,write_restart,read_restart。还有一个相关的datafileread_data读入。restartwrite_restart命令是用来写重启动文件的，区别是前者用来周期性restart文件，而后者则是写出该命令使用前的系统状toolsrestart2datacpp#FENEbeadspringunitsljatom_stylebondspecial_bondsfeneread_dataneighbor0.4neigh_modifyevery1delaybond_stylebond_coeff130.01.51.0pair_stylelj/cut1.12pair_modifyshiftyespair_coeff111.01.01.12fix1allfix2alllangevin1.01.010.0thermotimesteprestart50tmp.restart#writerestartfileperiodicllyrun100#write_restarttmp*.restart#writerestartfileofthecurrentrestartwrite_restartrestart命令，tmp.restart.50,tmp.restart.100.restart$g++restart2data.cpp-orestart2data文件，cpbench目录下，转tmp50.restart文件。restart2datatmp50.restartbenchdata.tmp50restartin.chainin.chain.restartrestartrestart文件 0.4 every1delay 1all 2alllangevin1.01.010.0 timestep50参考：\hrestart\hwrite_restart\hread_restart\hrestart2data\hRestartinga【格式转换】vaspposcarlammps\h\h2013222日||2,638VASPPOSCAR/CONTCARlammpsdatafile文件的转换。\h\h\h\h\h\h)VASP-poscar2lammps.awk下载下来，拷贝到你的当前目录（或者添加到系统路径中），修改权限为可执行（chmod+x）VASP-poscar2lammps.awkVASP-poscar2lammps.awkf.POSCAR>其中，VASP-poscar2lammps.awk为转换脚本名称，f.POSCARVASPPOSCAR结构的文件的文件名，f.lammpsLAMMPS结构文件的文件地址：\hawkawk必须先在目录/bin下，如果在其他目录下，需要修\hatomeyelammps的模拟结果做成视频动\h\h2013923日||1,937lammps分子动力学模拟的过程制作成动画，这样展示起来atomeyelammps的模拟结果做成视频atomeye软件，这里就不做过多介绍，不了解的可以翻看我之前写过的博\h\h\h\h\h\h输出cfglammpsdumpcfgcfgdump2innercfg10dump.snap.*.cfgidtypexsyscfg文件转jpgatomeyecfg文件中的第一个，调整构型到一个合适的姿态，然后按‘y’，atomeye就会以相同的姿态，依次输出各个构型的jpg图片。将jpgmovgeargif动态图片。网上很容\h\h2012528日||3,552浏平衡晶格常数（equilibriumlatticeconstant）对应的体系能量是最低的，因此只#Thisinputscriptisusedtocalculate#thelatticeconstantofdiamond#PoweredbyXianbao#Email:\h#Website:\h ppp iloop xequal xequal#buildthe diamond boxblock0100100 1 1#specifythepotential **SiC.tersoffC 112 nequal Pequal vequal #minimizethetotal 1.0e-121.0e-121000 "@$x#loop loglog$grep^@log.lammps>greplinuxlog.lammps文件中以@开始的行输出lat.vs.Ecoh.step1文件中。3.51-3.52-3.53-3.54-3.55-3.56-3.57-3.58-3.59-3.6-3.61-3.62-3.63-3.64-3.65-3.66-3.67-3.68-3.69-3.7-\hMATLAB计算平衡晶格常数晶格常数表可以参考：\h所有元素的晶格常数查询表\h\h2012528日||4,029\h体积模量（BulkModulus）是材料很常用的一个属性，下面是维基百科里的解Thebulkmodulus(K)ofasubstancemeasuresthesubstance’sresistancetouniformcompression.Itisdefinedasthepressureincreaseneededtodecreasethevolumebyafactorof1/e. (Fromwikipedia:\hBulkModulus)上式中，E是晶胞总能量，M是晶胞中的原子数，a是晶格常数。a0M很容易得到，平衡晶格常数在前面的文章已d2E/da2|a0只是在计算平衡晶格常数时进一步求二次导数就下面接着\h计算平衡晶格常数的计算，进一步计算体积模量，仍然以金刚石为例。daod8=。仍然使用\h\h格常数中的晶格常数-结合能数据。MATLAB%%calcuatethebulkmodulusaccordingto"lat_constcohesive%%%N:.orderofthepolynomial%M:numberofatomsintheunit%sc: bcc:M=2;fcc:M=4;dc:%inFileNmae:ofthefilestoring"lat_constcohesive%%%%%Create:2012-1- Complete:2012-1-%PoweedbyXianbaoDuan@Lab.ofAdvancedMaterial%Email:Xianbao.dat%functionfunctioncvt_factor=%convertthemodulusfromeV/A^2todata=load(inFileName,'-%readindatafromthex=data(:,1);y=%[xy]=textread(inFileName,'%f%f');bindEnergy=polyfit(x,y,N); %polynomialfittingdbindEnergy=polyder(bindEnergy);%derivationofthepolynomialequationzero_points=roots(dbindEnergy); %solvethezeropointsfori=1:length(zero_points)ifisreal(zero_points(i))ifzero_points(i)>ifzero_points(i)<x(end)lat_const=zero_points(i)coh_energy=spline(x,y,lat_const)d2=polyder(dbindEnergy);d2_da=polyval(d2,lat_const);bulk_modulus=4阶拟合（N=4），得到金刚石的体积模量为：425.7265GPa，实验442GPa。\h\h2012530日||3,582热容(HeatCapacityorthermalcapacity)，单位质量或体积的物质温度升高或降低1K时吸收或放出的热量。Wikipedia里热容的定义：Heatcapacity(usuallydenotedbyacapitalC,oftenwithsubscripts),orthermalcapacity,isthemeasurablephysicalquantitythatcharacterizestheamountofheatrequiredtochangeasubstance’stemperaturebyagivenamount.(link:\hHeatcapacity)(SpecificHeat)和体积热容(VolumetricHeatCapacity，分别是以单位质量和单位体积的物质定义的。这里Wikipedia里体积热容的定义：Volumetricheatcapacity(VHC),alsotermedvolume-specificheatcapacity,describestheabilityofagivenvolumeofasubstancetostoreinternalenergywhileundergoingagiventemperaturechange,butwithoutundergoingaphasechange.(link:\hVolumetricheatcapacity)NVT系综。能。E-T曲线的斜率应该就与体积热容有一个直接的对应关系了。#Thisinputscriptisusedtocalculate#thespecificheatofcopper.#PoweredbyXianbao#Email:\h#Website:\h ppp xequal fcc boxblock08080create_box1 1 11 Nequal Etotalequal Tequal Vequal allcreate$x825577dist extraallprint100"${N}${V}${T}${Etotal}"file 1allnvttemp$x2000 34~35NVT2.5K一直升2000K120000步。dataorigin0.53975ΔE/ΔT=0.53975eV/K。计算过程中保持恒定V=24288.21914A3。Cv=3.56J/(cm3K。实验值为：3.45J/(cm3K)。(其中用到了单位换算：1eV=1.60217646×10-19J,1A=10-8cm)体积热容表可以参考：\h\h\h201268日||5,136热膨胀系数（thermalexpansioncoefficent）是物质因温度改变时，体积发生变化维基百科的定义：Thermalexpansionisthetendencyofmattertochangeinvolumeinresponsetoachangeintemperature.(Link:\hthermalexpansion)β=ΔV/(V*ΔT)α=ΔL/(L*ΔT)ΔL/ΔT了。所以，在模拟NPTNPT系综之NVT系综进行平衡一定的步数。#Thisinputscriptis#Thisinputscriptisusedtocalculate#thethermalexpansionofcopper.#PoweredbyXianbao#Email:\h#Website:\hpp variableiloopxequalfccboxblock080801 1 11 Nequalstep poteequalpe Etotalequaletotal Tequaltemp Pressequalpress Vequalvol allcreate2.5825577disttimestep 1allnvttemp2.52.5 2allnpttemp2.5$x0.2iso00 extraallprint100"${N}${T}${V}${pote}${Etotal}${Press}"append3allnvttemp$x$x3i12x34-352.5KNVTNPT39-40NPT44appendfile，46-47NVT下进行适当平衡，在这个过程中输出了有关data文件即为结果数据。将其中的温度和体积复制出来列表，绘图，如下6.89444e-5ΔL/ΔT6.89444e-5A/K。又初始的晶格常数3.6346Aα=ΔL/(L*ΔT)=18.9710-6K-1。17.510-6K-1材料的热膨胀系数可以参考：\h\hatom_style,\hboundary,\hdimension,\hnewton,processors,\h\hcreate_atoms,create_box,lattice,read_data,read_dump,\hread_restart,\hregion,pair_coeff,pair_modify,pair_style,\hcommunicate,group,\hmass,min_modify,\hmin_style,neigh_modify,neighbor,\hreset_timestep,run_style,set,\htimestep,velocity\hfix,\hfix_modify,\h\hcompute,\hcompute_modify,\hdump,dumpimage,dump_modify,\hrestart,\hthermo,thermo_modify,thermo_style,undump,write_data,\hwrite_restart\hdelete_atoms,delete_bonds,displace_atoms,change_box,\hminimize,neb,prd,rerun,run,temper\hclear,\hecho,\hif,\hinclude,\hjump,\hlabel,\hlog,\hnext,\hprint,\hshell,\h\h2012527日||3,233浏以下是元素的热膨胀系数，来自维基百科：\hthermalexpansioncoefficientsCRCLNGWEL等代表不同的数据来源，一般没有区别，或区别很小。（发×10−6m·m−1·3Li\h4Be\h5B\h66C\h11Na\h12Mg\h13Al\h14Si\h19K\h20Ca\h21Sc\h(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)(roomtemperature)(alpha,amorphous)(roomtemperature)(alpha,crystalline)(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)22Ti\h23V\h24Cr\h25Mn\h26Fe\h27Co\h28Ni\h29Cu\h30Zn\h31Ga\h\h(>30C)(liquid)(>30C)(liquid)32Ge\h634Se\h(amorphous)(amorphous)38Sr\h39Y\h(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)(roomtemperature)(alpha,amorphous)(roomtemperature)(alpha,crystalline)(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)40Zr\h41Nb\h42Mo\h44Ru\h45Rh\h46Pd\h47Ag\h48Cd\h49In\h50Sn\h51Sb\h55Cs\h56Ba\h57La\h(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)(roomtemperature)(alpha,amorphous)(roomtemperature)(alpha,crystalline)(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)58Ce\h(roomtemperature)(gamma,polycrystalline)(roomtemperature)(gamma,amorphous)(roomtemperature)(gamma,polycrystalline)59Pr\h(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)(roomtemperature)(alpha,amorphous)(roomtemperature)(alpha,crystalline)(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)60Nd\h(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)(roomtemperature)(alpha,amorphous)(roomtemperature)(alpha,crystalline)(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)61Pm\h(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)est.est.(roomtemperature)(alpha,amorphous)est.(roomtemperature)(alpha,crystalline)est.(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)est.est.62Sm\h(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)(roomtemperature)(alpha,amorphous)(roomtemperature)(alpha,crystalline)(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)63Eu\h(roomtemperature)(polycrystalline)(roomtemperature)(amorphous)(roomtemperature)(polycrystalline)64Gd\h(100°C)(alpha,polycrystalline)(100°C)(100°C)(alpha,amorphous)(100°C)(alpha,crystalline)(100°C)(alpha,polycrystalline)(100°C)65Tb\h(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)(roomtemperature)(alpha,amorphous)(roomtemperature)(alpha,crystalline)(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)66Dy\h(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)(roomtemperature)(alpha,amorphous)(roomtemperature)(alpha,crystalline)(roomtemperature)(alpha,polycrystalline)67Ho\h(roomtemperature)(polycrystalline)(roomtemperature)(amorphous)(roomtemperature)(crystalline)(roomtemperature)(polycrystalline)68Er\h(roomtemperature)(polycrystalline)(roomtemperature)(amorphous)(roomtemperature)(crystalline)(roomtemperature)(polycrystalline)69Tm\h(roomtemperature)(polycrystalline)(roomtemperature)(amorphous)(roomtemperature)(crystalline)(roomtemperature)(polycrystalline)70Yb\h(roomtemperature)(beta,polycrystalline)(roomtemperature)(beta,amorphous)(roomtemperature)(beta,polycrystalline)71Lu\h(roomtemperature)(polycrystalline)(roomtemperature)(amorphous)(roomtemperature)(crystalline)(roomtemperature)(polycrystalline)72Hf\h73Ta\h74W\h75Re\h76Os\h77Ir\h78Pt\h79Au\h80Hg\h81Tl\h82Pb\h83Bi\h84Po\h90Th\h92U\h94Pu\h\h\h2012526日||5,449浏Volumetricheatcapacity一列为体积热容量。数据来自维基百科：\hheatcapacity。Tableofspecific\hincapacitiesat25\hof\h(298K)\hotherwisecpor\h\hAir(Sealevel,0°C(273.15~1.25Airroom~1.25\h2.91\h3.21\hAnimal\h(incl.\h\h3.03\h1.50\h2.96\h1.97Tableofspecific\hincapacitiesat25\hof\h(298K)\hotherwisecpor\h\h\h3.09\h3.13\hCarbon\h1.14\h2.81\h2.94\h0.74\h1.50\h1.05\h\h\h3.05\h\hTableofspecific\hincapacitiesat25\hof\h(298K)\hotherwisecpor\h\h1.03\h1.50\h1.23\h\h\h1.05\h3.02\h3.18\h2.98\hLithiumat181\h3.65\h2.99\h3.36Tableofspecific\hincapacitiesat25\hof\h(298K)\hotherwisecpor\h\hMethaneat20.66\hMethanol(298\h1.38\h1.25\h1.50\h1.26\hParaffin1.41\h\h\h\h\hSilica1.69Tableofspecific\hincapacitiesat25\hof\h(298K)\hotherwisecpor\h\h\h2.99\h3.39\h3.26\h3.13\h\h2.98\h3.33\hWaterat1001.12\hWaterat253.02\hWaterat1003.02\hWaterat−10\h1.53Tableofspecific\hincapacitiesat25\hof\h(298K)\hotherwisecpor\h\h\h3.03Notableminimaandmaximaareshownin\h\h2012514日||3,223浏\hPerPer4103272642657.74285.3183320210 11811217871141777.613539542433638529431717981.0400271372368621302243107 ',亨亨亨亨亨亨4.253.392.732.75三0.0802.961.903.322.18三5.811.221.161.847.374.320.8041.404.10严4.393.493.99D,ts「3.043.291.860.844.142.813.85竺3.816.443.14血2.52迎1.11血,6.94An- CohesiveEnergyClick.,tosee 亨亨曹，亨亨曹，亨另外一种格式的表格（点击看大图\h\h2012514日||11,462浏WebElements:\h/copper/crystal_structure.htmlPeriodicTable:\h/Properties/A/LatticeConstants.\h\h\h2012825日||1,591浏体积模量，bulkThebulkmodulus(K)ofasubstancemeasuresthesubstance’sresistancetouniformcompression.Itisdefinedasthepressureincreaseneededtodecreasethevolumebyafactorof1/e.(Fromwikipedia:BulkModulus)\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\h\hLAMMPS下常用体系的原子间势函数的下载。持续更新。\h\h\h一\h\h\h四\h五一Ag：\heam/alloy|\hAl：\heam/fs-1|\heam/fs-2|\heam|\hAu：\heam/alloy|\h\hCu：\heam/fs-1|\heam/fs-2|\heam/fs-3|\heam/alloy-1|\heam/alloy-\hmishin1|\heam/alloy-zhou|\heam-smf7|\heam-u3|\heam-u6Fe：\heam/fs-1|\heam/fs-2|\heam/fs-3|\heam/fs-Mg：\heam/fs|\heam/fs-\h\hNi：\heam/fs-1|\heam/fs-2|\heam/alloy|\heam-smf7|\heam-\h\h\hSi：\hsw|\h\h\h\hW：\heam/fs|\hZr：\heam/fs-1|\heam/fs-2|\heam/fs-3|\heam/fs-二Ag-Cu：\heam/alloy-1|\heam/alloy-\hAl-Cu：\heam/alloy-1|\heam/alloy-Al-Fe：\heam/fs-1|\heam/fs-\hAl-Mg：\heam/fs|\hAl-Ni：\heam/alloy-1|\heam/alloy-2|\heam/alloy-3|\heam/alloy|\heam/fs-\h\h\h\hC-Si：\htersoff|\htersoff-zbl|\h\h\h\h\hCu-Zr：\heam/fs-1|\heam/fs-2|\heam/fs-\hFe-P：\heam/fs|\hFe-V：\heam/fs|\heam/fs-Ga-N：\hsw|\h\h\h\h三\hAl-Ni-H：\heam/alloy-1|\heam/alloy-2|\heam/fs-\h\h四pair_coeff时选择Cu-Fe-NiCu-FeFe-Ni等。五\h:\h\h\h\h2012915日||5,376\h\h\h1VESTA\h2VESTA\h3VESTA\h4VESTA\h5VESTAVESTAVESTAVisualizationforElectronicandSTructuralAnalysis的简称，直接翻译,VESTA官网：\h/vesta/en/VESTADealwithmultiplestructuralmodels,volumetricdata,andcrystalmorphologiesinthesamewindow.SupportmultipletabscorrespondingtoSupportmultiplewindowswithmorethantwotabsinthesameDealwithvirtuallyunlimitednumberofobjectssuchasatoms,bondspolyhedra,andpolygonsonisosurfaces(theoreticallimiton32bitoperatingsystemisSupportlatticetransformationfromconventionaltonon-conventionallatticebyusingmatrix.ThetransformationmatrixisalsousedtocreatesuperlatticeandVisualizeinteratomicdistancesandbondanglesthatarerestrainedinRietveldanalysiswithRIETAN-FP.TransparentisosurfacescanbeoverlapwithstructuralIsosurfacecanbecoloredonthebasisofanotherphysicalArithmeticoperationsamongmultiplevolumetricdataHighqualitysmoothrenderingofisosurfacesandExporthigh-resolutiongraphicimagesexceedingVideocardVESTAVASPPOSCAR，电荷密度等，VASP使用者的福音。VESTAVESTA提供了一个很详细的文档，具体介绍如何使用，但是在我看来完全没有必VESTA\hwindows\h32位|\h64linux\h32位|\h64\h\h201253日||9,788atomeye（据说是其博士期\h\h\h1atomeye\h2atomeye\h3atomeye\h4atomeye\h5atomeyeatomeyeatomeyeatomeye目前只支持两种文件格式：CFG格式（CFGCFG格式）PDB格式。CFGCFGatomeye\h\hi686\hAlphaLinux\hSgi\hSgi\hSun\hHP\hWindowswith\hCygwin/\hX\h\hAlphaTru64MacOSX(\hv10.4andbefore,\hv10.5“Leopard”)with\hDarwin(see\hA,\hB,\hCforbuttonatomeyeatomeyeA.i686atomeye，更直观：atomeye可执行属性。$$mvA.i686$chmod+xatomeye添加到系统路径，这样就可以在任意目录下均可以直接使atomeye命令调用。linux系统（linux终端），atomeye装-Yssh，那么你可以实现在终端上atomeye。$ssh$ssh-Y$atomeyeatomeyeBDFIJjpgKLOPpngQUY,\h建模：MSlammps建模(msi2lmp转换MSlammpslammps以及很多其他开源的模拟软件在易用性上做得modelbuildervisualizer。即使可以联用VMD，由于软件间的接口设计或者模拟软件输出格式等问题，也是极为不方便（VMDlammps输出的朋友都有体会吧）。这只是牢骚话，下MSbuilder没得说，lammps也有附加工具“msi2lmpMS支持的文件格式转car/mdf组合。*.car文件记录了原子坐标，mdf文件记录了键接方式。使MSlammps建模的工作流程是：MSmsi2lmpcvffcff91MS中一定要为原子discoversetup对话框，energycvffcff91typing选项卡，type即可。如果你不对于某些力场不支持的原子类型（有的时候支持的也会分析错，哈哈），typying过程中carexportmsi2lmp.execvff.frccff91.frccar/mdf文件的目录中，执行msi2lmplammps可以使用的数据文件了（×××就是你的×××.car文件没有后缀的名称）。msi2lmpcvffcff91msi2lmp的帮助信息。最后说明一下，msi2lmp对有些模型会报告不能为某些键角或者两面角找到相关的力场sp23个原子所形成的平面improper都需要显示表达的。如果遇到这些警告，你会发现lammps0.000。你要注意检查并确认这些项的确是无关紧要的。最后你运行你的模拟时，你还有可能遇到“Incorrectsignargfordihedralcoefficientsmsi2lmp为上述零参数相互作用项生成的数据有关。你只要在lammps10，符号项MaterialStudioMS3D结构，但是绝对不会纠正严重的结构错误。看结构画得好ICSD\hSpaceGroupFd3mSMSMS中是UnitCell8.458.458.4590.90.90.BUILDCrystalLattice第二页要填写的对应Atom#OXxyzHNi1+28a000Mn1+316d O1-232e AtomMSAddAtom操作中为建好的格子里面加原子的，这些参数依次Vol603.35properties浏览窗中看到的。Typing0。 中，将会显示这个原子的相关属性，并告诉你这个原子的元素种类（Al吧），然Al，将出现一个元素周期表，选择你要掺杂得原子，确定就可以了！MS-CASTEP模块下做模拟计算的,这个问题最后是这样解决的:建立完没有掺杂的晶胞后,supercell,然后再选择要替换的原子,进行掺杂.supercellP1吧，supercell不是晶胞的对称性。）Dmol3做反应历程探寻，如果是为了考察amorphouscell。后者要加一个盒子，那个盒子叫周期性边界条MS不是虚拟化学反应实验模拟，所以我只能给你讲述到这里。MS的主要功用还是服务于计算化学的。（Gaussian软件）MS中二者是截然不同的。画苯环最简单的方法是：Alt+六元环画笔。第二种方法就是先画Shiftpartialdoublebond。Modifychargecalculate按钮。这help。ForsiteToolsGeometryOptimizationDiscoverSETUP的参数设置。很多动力学相关模块都仰仗DiscoverSETUPTYPING！我这里只是告诉大家一个纠错的fragmentbuildpolymerframent优化一buildpolymerfragment建了长链，能量有可能高的离谱，那COMPASSPCFFCVFFDREIDINGCOMPASS力场：COMPASS力场。其他的力场用在纯有机物研究，或生命药物研究方COMPASS力场结合的最好（最广的覆盖度和较为准确的价态元素定义）。其它的力场在DNA方面有着很高的准确性，但是元素覆盖较少。这里我就不具体介绍其他universalCOMPASSDISCOVER里看看有答：buildcharges-calculatediscovermd时间足够长电荷自动就XYZ方向上自由?Build->Surfaces->Cleavesurface，切割晶体，得到一个二维（u,v）的平面——只有二维周Build->Crystals->BuildVacuumSlab，在表面上方建立一个真空层。\h\h2013102日||2,305\h\h\h\h\h\h\h\hatom_styleatom_stylestyleangleoratomicorbodyorbondorchargeordipoleorelectronorellipsoidorfullorlinemesoormolecularorperiorsphereortrioratom_styleatom_styleatomicatom_stylebondatom_stylefullatom_stylebodynparticle210atom_stylehybridchargeatom_stylehybridchargebodynparticle2盒子（\hread_data\hread_restart\hcreate_box）之前使用。bond类型，原子没有\hread_data读入的性质。bondsandbead-springpolymerswithonlythedefaultcoarse-grainliquids,bondsandbead-springpolymerswithonlythedefaultcoarse-grainliquids,solids,mass,inertiamoments,quaternion,angularmomentumarbitraryatomicsystemwithchargeanddipolesystemwithdipolarchargeandspinandelectronicforceshape,quaternion,angularmolecular+endpoints,angularrigidrho,e,SPHbonds,angles,dihedrals,mass,mesocopicPeridynamicdiameter,mass,angulargranularcornerpoints,angularrigidcharge,spin,eradius,etag,cs_re,fixproperty/atom，了解更多细节和例子。sphereellipsoidelectronperiwavepacketlinetri,andbody定义的是有限尺寸粒子，其他的类型定义的都是点粒子。0，它是一个点粒子（pointparticle）。lipoi：粒子是椭球体，每个粒子存有一个标记，用来区分该粒子是有限尺寸的椭球还是点粒子。如果是椭球，那么每个粒子就存有形状矢量，这个矢量包括椭球体的三个直径和一个代表其方位的四维矢量。electron：theparticlesrepresentingelectronsare3dGaussianswithaspecifiedpositionandbandwidthoruncertaintyinposition,whichisrepresentedbytheeradius=electronsize.wavepacketelectron类似，buttheelectronsmayconsistofseveralGaussianwavepacketssummedupwithcoefficientscscs_re,cs_imEachofthewavepacketsistreatedasaseparateparticleinLAMMPS,wavepacketsbelongingtothesameelectronmusthaveidenticaletagvalues.line：theparticlesareidealizedlinesegmentsandeachstoresaper-particleandlengthandorientation(i.e.theendpointsofthelinetri：theparticlesareplanartrianglesandeachstoresaper-particlemassandsizeandorientation(i.e.thecornerpointsofthetriangle).body：theparticlesarearbitrarybodieswithinternalattributesdefinedby“style”ofthebodies,whichisspecifiedbythebstyleargument.Bodyparticlescanrepresentcomplexentities,suchassurfacemeshesofdiscretepoints,collectionsofsub-particles,deformableobjects,etc.charge；如bond。hybrid的情况是没有任何一种类型包括了所有需要的性质。比atom_stylehybridspheredipolehybrid，那么原子就会储存由这\h\hangle/bond/full/molecularMOLECULARline/tri是ASPHEREbodyBODYdipoleDIPOLEperiPERIelectronUSER-EFF包的一mesoUSER-SPH包的一部分；wavepacketUSER-AWPMD包LAMMPS编译的时候把相应的包编译进去了，这些类型才可以\h\hatom_styleatom_style\h\h20131028日||3,480\h\h\h\h\h\h\h\h\hboundaryboundaryxyx,y,zp/s/f/mboundaryppfboundaryboundaryppfboundarypfspboundarysf\h\h\hp代表周期性边界条件，就是说原子在跨越模拟盒子的边界时，会从盒子的另外一\h\hf/s/m都将模拟盒子定义为非周期边界条件，就是说原子在穿越边界时不会再从盒f是将所对应的面设置为固定的。如果原子从这个面移动出去了，那么这个原子就丢s是将所对应的面设置为浮动的，不论原子在那个方向上移动到哪里，都会通过调整ms的基础上定义的，虽然包覆原子的行为会发生，但却被限制在一定的范围\hcreate_box设置的。举例说z50.0z的正方向50.0小，z50.0或者其上的位置上。对于非正交模拟盒子，如果倾斜因子的第二个维度（xyy方向）型的（sm），xyxloxhi面就是沿着+y方向进行倾斜的面。这些倾斜x方向的范围，原子也是被包覆在这些倾斜面内。[译注：本\h\h\h\h\hchange_box介绍如何改变模拟盒子的边界条件。对于二维模拟来说，z必须设置为周期性。\hboundaryboundarypp\h\h2013103日||790\h\h\h\h\h\h\h\hdimensiondimensionN：2ordimensiondimension该命令用来定义模拟的维度。默认情况下，LAMMPS运行三维模拟。如果要运行二维的模拟，需要在建立模拟盒子（\hcreate_box\hread_data）之前，howto注意：LAMMPS中的有些模型将粒子作为有限尺寸的球体或椭球体对待，而不是\h\hfixdimensiondimension\h\h20131029日||918newton\h\h\h\h\h\h\h\hnewtonflagnewtonnewtonflagnewtonflag1flag2newtonoffnewtonnewtonoffnewtononoff2倍及以上计算量的做法。具体flagoff，那么如果相互作用的两个原子在不同的处理器flagoff，那么如果键、角、二面角或不2个或更多的处理器上，这些相互作用会被每个处理器分别计newtonflag设置成什么，LAMMPS计算出来的结果都是一样\hrun_stylerespa，如果最内层时间步只计算键相互作用，那么将键相互作用\h模拟盒子定义（\hread_data\hcreate_box）以后，newton键设置就不能再改\hrun_stylenewtonnewton\h\h2013101日||2,007units命令用来定义模拟过程中使用的单位类型，它决定了所有输入脚本、数据文dump文件中物理量的单位。\h\h\h\h\h\hLJ\hreal\hmetal\hsi\hcgs\h\h\hunitsunitsunitsunitsmetalunitsljdump文件中物理量的单位。一般来说，该命令用在lj\hLJlj类型，所有的物理量都是没有单位的。不失一般性，LAMMPS将基本量mass、sigma、epsilon1。你所指定的质量、距离、能量就是lj模拟无单位量转换为正常的物理量。mass=massordistance=sigma,wherex*=x/time=tau,wheretau=t*=t(epsilon/m/energy=epsilon,whereE*=E/velocity=sigma/tau,wherev*=vtau/for