人类疾病基因数据库专家讲座

人类复杂疾病HumanComplexDisease人类疾病基因数据库第1页引言人类常见病，包含肿瘤、心脑血管病、代谢系统疾病、神经系统疾病、精神和行为异常等绝大多数都是复杂性疾病。复杂疾病与单基因缺点性遗传病不一样，不符合孟德尔定律，疾病发生发展包括复杂生物学过程，是21世纪生物医学重大挑战之一。人类疾病基因数据库第2页疾病遗传物质变异（内因）染色体异常基因突变单核苷酸多态和插入缺失多态拷贝数变异DNA修饰和核小体修饰等外界环境改变（外因）感染损伤环境情绪和情感教育和社会遗传病人类疾病基因数据库第3页人类遗传病分类单基因遗传病多基因遗传病染色体异常遗传病各种遗传病发病率线粒体遗传病基因病取得性基因病人类疾病基因数据库第4页1.孟德尔遗传疾病由单一基因缺点或由主基因缺点而引发遗传疾病，叫做孟德尔遗传疾病。孟德尔遗传疾病遗传模式基本满足孟德尔遗传定律。?人类疾病基因数据库第5页2.复杂疾病包括多基因和蛋白复杂疾病（complexdisease）,又称多基因病（ploygenicdisorder）性状或疾病遗传方式取决于两个以上微效基因累加作用，还受环境因子影响，所以这类性状或疾病称为复杂性状或复杂疾病。人类疾病基因数据库第6页复杂疾病数据库本节将对OMIM、GAD复杂疾病数据库内容及使用方法进行简明介绍这些数据库主要基于文件、关联分析结果，统计了疾病表型、相关染色体区域、候选基因等多方面信息。人类疾病基因数据库第7页一、在线人类孟德尔遗传疾病数据库OMIMMIM(MendelianInheritanceinMan)和OMIM

是关于人类基因和遗传疾病分类数据库电子版。OMIM数据库访问http://www.ncbi./omimOMIM无偿向全球全部用户开放。人类疾病基因数据库第8页在线人类孟德尔遗传疾病数据库OMIMOMIM是大型、更新及时人类基因和失调数据库系统，主要提供关于人类各染色体基因、性状和失调信息。focusesontherelationshipbetweenphenotypeandgenotype向用户提供已发表相关某特定基因、性状或失调科学研究，并能够链接到原文文件上。经过OMIM，对于失调和性状，能确定相关基因：对于各个基因，能了解其正常生物学功效以及基因发生何种突变会影响功效发挥。人类疾病基因数据库第9页OMIM主页(/omim)人类疾病基因数据库第10页人类疾病基因数据库第11页MIM编号范围遗传方式100000-199999常染色体显性遗传或表型（于1994年5月15号创建）00-299999常染色体隐性遗传或表型（于1994年5月15号创建）300000-399999X连锁位点或表型400000-499999Y连锁位点或表型500000-599999线粒体位点或表型600000-染色体位点或表型（于1994年5月15号创建）OMIM编号代表遗传方式人类疾病基因数据库第12页OMIM号前特殊符号代表含义：

“*”代表已知致病基因描述，如序列信息等；

“+”表示这个统计包含基因和表型信息；“#”表示这种表型能够由两个或者多个基因中一个发生突变而引发；

“%”表示统计中描述了一个已知孟德尔表型，不过对其潜在分子机制还不清楚；

“^”表示该统计已不存在或者被其它统计所代替。人类疾病基因数据库第13页搜索方式人类疾病基因数据库第14页（1）ＯＭＩＭ/

人类疾病基因数据库第15页OMIMAdvancedSearch:①②③Alzheimerdisease人类疾病基因数据库第16页人类疾病基因数据库第17页Full-textsummariesofageneorphenotype人类疾病基因数据库第18页#104300---Title人类疾病基因数据库第19页#104300---PhenotypeGeneRelationships人类疾病基因数据库第20页*104311人类疾病基因数据库第21页*104311---Title人类疾病基因数据库第22页#104311---PhenotypeGeneRelationships人类疾病基因数据库第23页OMIMExampleSearches人类疾病基因数据库第24页AwidenumberofexternalidentifiersareindexedinOMIM

ReferencesinOMIM

GeneSymbol:

NCBIGeneID:

Restrictingsearchestospecificprefixesisdoneasfollows:

/help/search#2.1人类疾病基因数据库第25页（1）ＯＭＩＭ/

人类疾病基因数据库第26页人类疾病基因数据库第27页（1）ＯＭＩＭ/

人类疾病基因数据库第28页GeneMapGeneMap含有被报道和被许多定位方法确定基因细胞遗传位点。GeneMap每个检索入口都与OMIM特定基因条目相连接。但并不是全部OMIM条目都会在GeneMap中出现，只有那些在文件中被报道基因相关条目才会出现人类疾病基因数据库第29页1p36人类疾病基因数据库第30页1p36人类疾病基因数据库第31页人类疾病基因数据库第32页OMIM

下载omim.txt.Z

AcompressedfileoftheOMIMtext.genemap.key

Afiledescribingtheformatofthegenemapandthemorbidmapfiles.morbidmap

Afield-delimitedfileofOMIM'sSynopsisoftheHumanGeneMap(sameasgenemapbelow)sortedalphabeticallybydisorder.genemap

Thisincludesthemorbidmapinformationsortedbychromosomelocation.mim2gene.txt

Afield-delimitedfilelinkingMIMnumberstoNCBIGeneIDsandHGNCApprovedGeneSymbols.人类疾病基因数据库第33页OMIM数据下载人类疾病基因数据库第34页二、遗传关联数据库GAD(GeneticAssociationDatabase)对当前已经有关联分析结果搜集和整理allowtheusertorapidlyidentifymedicallyrelevantpolymorphism数据库中信息是以基因为关键允许全部用户查看和提交统计

由美国国立卫生研究院（NationalInstitutesofHealth，NIH）开发和维护能够经过/

访问该数据库人类疾病基因数据库第35页截止到当前，数据库中统计数已经到达了39930条，包括到了2673个基因，5636种疾病表型，555种影响疾病环境原因人类疾病基因数据库第36页人类疾病基因数据库第37页GAD数据库主要提供三部分功效：

数据视图部分

数据查询部分

数据资源部分用户能够在线查询某种特定遗传病相关基因或某个兴趣基因相关疾病信息，也能够在无偿注册账户后对整个数据库中数据进行下载。人类疾病基因数据库第38页用户能够选择不一样角度包含疾病角度、基因角度、染色体角度、参考文件等方面对数据表进行查询“All”同时从多个角度对数据库中相关信息进行查询。人类疾病基因数据库第39页例子BRCA2人类疾病基因数据库第40页人类疾病基因数据库第41页疾病分类EachrecordinGADiscategorizedintooneof24generaldiseaseclassescorrespondingtobroadMeSHdiseaseordiseasephenotypicgroupings.人类疾病基因数据库第42页GAD支持对大量基因批量查询。用户能够选择“PositiveOnly”以筛选得到疾病与基因间存在显著关联统计。人类疾病基因数据库第43页GAD使用方法用户还能够经过“AddRecord”页面实现向数据库中提交统计；经过“Download”页面实现对数据库中数据下载。人类疾病基因数据库第44页人类疾病基因数据库第45页TheHumanDiseaseNetwork二分网络人类疾病基因数据库第46页假如一个人类疾病有不一样而且唯一遗传原因，那么HDN对应是不连通孤立点。516个疾病形成一大类人类疾病基因数据库第47页diseasesthatsharegenesorthatinvolveproteinsthatinteractwitheachothershowelevatedcomorbidity,demonstratingcorrelationsbetweenthestructureofcellularnetworksanddiseasepatternsinthepopulation.人类疾病基因数据库第48页网络结构分析HDNDGN人类疾病基因数据库第49页人类疾病基因数据库第50页在DGN中，1377个疾病基因连接到其它基因，903个基因属于一个巨大网络。包括各种疾病基因数目急剧降低人类疾病基因数据库第51页人类疾病基因数据库第52页JiguangWang等结合OMIM和