生物信息学（上海海洋大学）智慧树知到期末考试答案章节答案2024年上海海洋大学

生物信息学（上海海洋大学）智慧树知到期末考试答案+章节答案2024年上海海洋大学CLUSTAL多序列比对算法是一种渐进式的算法，它首先需要进行两两之间序列比对来构建距离矩阵。

答案:对在仿射空位罚分体系中，起始空位的罚分一般远远大于延伸空位的罚分。

答案:对最大简约法构建进化树的前提假设是生物演化应该遵循简约的原则。

答案:对在物种数目N（N>2）相同的情况下，可能的有根数的数目大于可能的无根树的数目。

答案:对全基因组重亚硫酸盐测序是研究全基因组甲基化修饰的金标准。

答案:对进行单细胞测序研究时首先就要进行单细胞的分离，即从异质性的细胞群体中分离出某种类型的细胞。

答案:对Rfam是DNA分子的数据库

答案:错TMPRED是预测跨膜结构域的软件

答案:对MirBase可以用来预测miRNA的家族答案

答案:对序列相似的基因一定是同源基因

答案:错采用从totalRNA中去除rRNA的方式来获取样品后，剩余的RNA样品中，同时包含了mRNA以及除rRNA外的非编码RNA。

答案:对RNA的二级结构包括：

答案:不配对结构（loop）###配对结构（stem）基因组DNA序列主要______________等部分组成。

答案:基因组的结构性序列###重复序列或（逆）转座元件###基因序列以下哪种方法能用于蛋白质的特征描述（）

答案:通过指纹fingerprint描述不同结构单元的组合###建立蛋白质家族的轮廓profile###通过正则表达式描述单个模体motif基因结构包括_____________等基本结构（或元件）

答案:上游调控区###基因主体区（外显子和内含子）###下游调控区NCBI的核酸序列数据库可以用哪些格式下载？（）

答案:GENBANK###FASTA转录组数据分析时的主要目标，是寻找不同时空条件下，基因表达在RNA水平上的，差异性与相关性。

答案:对蛋白质空间三级结构预测的方法有哪些。

答案:同源建模法###折叠法###从头预测法蛋白质结构实验测定的方法有哪些？

答案:光学显微镜###核磁共振技术###X光衍射技术我们对一些编码蛋白质的基因计算非同义替换的速率对同义替换的速率的比值w，结果如下，这些结果中，哪些基因是处在负选择下？

答案:0.001###0.51两次诺贝尔奖获得者Sanger对于生物信息学发展的重要贡献是什么？

答案:发明DNA测序的方法###发明蛋白质测序的方法转录组测序可以研究的内容有____

答案:基因的可变剪切###新的转录本鉴定###基因的差异表达下列属于非编码基因的是______________________。

答案:mir-RNA###snoRNA###snRNA###rRNADNA的表达产物不包括什么？

答案:DNA查询序列是蛋白质

要搜索的数据库是蛋白质数据库，应该使用以下哪个BLAST程序（）

答案:TBLASTN血红蛋白参与血液中氧气的运输，在一些生活中氧气浓度较低的生物中，这些蛋白质运输氧气的能力比其他近缘物种更强，如果在这个物种的进化过程中，外界环境的氧气含量增加，这些蛋白质运输氧气的能力也随之逐渐下降。那么这些基因受到了那种选择作用？

答案:放松性选择以下哪个成就不是被称为“生物信息学之母”的Dayhoff所取得的？

答案:创建了第一个蛋白质数据库###第一个通过计算机程序构建了进化树###构建了第一个氨基酸替换模型以下哪些技能是称为一名优秀的生物信息学工作者所必备的：

答案:编程###生物信息学###统计学fasta序列文件保存的序列名字和其他注释信息的那一行是以____________开头的

答案:>在进行进化树构建时，一般来说，以下哪种进化方法计算量最大？

答案:最大似然法BUSCO软件最主要是用于检测基因组组装质量的_____________。

答案:完整性

答案:①基因所在的序列名②序列上基因所在位置的起点③基因的编码方向④基因名fastq序列记录的每条序列的信息由四行内容组成，其中以@开头的那行内容是_____。

答案:序列名哪种蛋白质，三级结构预测的方法最准确。

答案:同源建模法以下哪个进化树的构建方法是基于概率模型？

答案:最大似然法分子钟学说的提出者是哪位？

答案:泡林通过InterProScan，我们可以得到很多蛋白质相关信息，如果我们希望得到蛋白质家族相关的信息，我们应该关注下面哪个方面的信息？

答案:Familyfastq序列记录的每条序列的信息由四行内容组成，其中真正的序列行在第______行。

答案:2二代测序文库构建过程中，接头引物中的index序列的作用为__

答案:区分不同的样品的标签序列ab1序列文件由____①____产生，fastq序列文件由___②___产生

答案:①第一代测序仪

②第二代测序仪无法使用R语言来进行聚类分析

答案:错可以用来对转录组测序数据的质量进行检查的工具是：

答案:FastQC转录组注释可以使用的方法有：

答案:根据已知的基因结构预测（预测ORF）###同源查询若希望通过聚类分析，将究对象按照相似性用树形图进行呈现，通常选用哪种聚类：

答案:层次聚类受到基因长度不同和测序深度不同的影响，不能直接使用RNAseq结果中的原始的基因counts数目，来衡量转录组测序的基因表达量。

答案:对同一样品内，两基因的FPKM的比值与TPM的比值相等。

答案:对常用的收录高质量参考基因组序列的数据库包括：（）

答案:Ensembl###NCBI可以用来寻找样品间的差异表达基因的工具有：

答案:edgrR关于R语言的描述，不正确的是：

答案:只能安装在大型服务器上用于转录组检测的技术包括：

答案:微阵列(microarray)技术###转录组测序水稻的“垃圾DNA”多位于编码基因序列之内。

答案:错在不同的物种间，造成基因组大小差异的主要原因来自于基因间隔区。

答案:对K-Mer长度一般取原始测序读长序列的一半。

答案:错关于基因共线性分析意义的描述，下列哪一项不正确_____

答案:判断基因是否受到正选择基因组大小的差异主要来自______

答案:基因的数量BUSCO检验用于检测______

答案:基因组的保守性和完整性______年开始，国际人类基因组计划启动。

答案:1990下面哪个是进行非编码RNA预测的软件_____

答案:Infernal处理或者计算后的序列一般保存为_______格式

答案:Fasta与第一代测序技术比较，第二代测序技术的优势在于_______

答案:通量高###单碱基费用低N50长度比平均长度更能反映一个序列组装的实际质量。

答案:对草鱼的基因组遗传图谱一共有_____条染色体。

答案:24条SMART技术的核心是利用SMARTScribe逆转录酶具有自动模板转换的功能，在一个反应内就可以完成带有接头序列的第一链cDNA合成

答案:对10xGenomicsChromium单细胞建库系统无需根据细胞表面标志物对细胞进行分离。

答案:对下列哪项不是illumina二代测序文库构建的目的：

答案:给待测DNA模板添加带荧光标记的dNTP下面哪项全基因组甲基化研究方法在检测前引入了碱基突变：

答案:重亚硫酸盐转化全基因组测序法下列哪项测序技术没有用到荧光标记的脱氧核糖核苷酸？

答案:第三代OxfordNanopore测序技术与第二代illumina比较，第三代Pacbio测序技术的优点是：

答案:测序读长较长下面关于泛基因组的描述错误的是：

答案:进行泛基因组研究时需要对每个个体都精确测序SiRNA的作用方式为与靶基因严格互补配对，而miRNA在植物中通常允许1-2个碱基的错配。

答案:对第一代测序的发明者是：

答案:Sanger在进行真核mRNA转录组建库时，我们是利用了mRNA哪项特征对其进行捕获：

答案:3’polyA尾根据我们对于基因的适应性进化评估方法，如果一个基因的dn/ds=1，该基因受到哪种选择压力？

答案:中性进化不同基因的进化速率是一样的。

答案:对系统发育学，就是指研究物种之间计划关系的一门学科。它是通过比较物种的特征的相似度来确定物种之间的亲缘关系。

答案:对进化树构建包括以下哪些步骤？

答案:选择合适的同源基因序列###序列比对###评估进化树###选择合适的方法构建进化树由于环境的变化，原本受到进化压力比较小的基因受到了更大的进化压力。我们称这个基因受到了（）

答案:强化性选择分子进化的中性学说认为，在生物的演化过程中，主要的突变类型是（）

答案:中性突变关于物种树，以下哪些论述是正确的？

答案:代表的是物种的进化历史###一般是通过综合多个基因的数据的分析结果而产生的达尔文的物种起源有哪些重要的论述？

答案:物竞天择，适者生存。###世界上所有的生命都起源于一个共同的祖先分子钟假说是由哪位科学家提出来的？

答案:泡林BLOSUM矩阵。后边的数字越大，就说明他的序列一致性更高，它们的亲缘关系越近，这样的得分矩阵适合应用在亲缘关系较近的蛋白质序列分析中。

答案:对常见的蛋白质得分矩阵有

答案:PAM矩阵###BLOSUM矩阵进行序列比对需要的两个要素是

答案:得分矩阵###比对算法如果查询序列是蛋白质，数据库是核酸序列，应该用哪种BLAST程序？

答案:TBLASTN如果我们要研究亲缘关系比较近的一些蛋白质，我们就需要用PAM后面数字()的这种矩阵

答案:小空位罚分的方法中，哪种是更有生物学意义的罚分方法？

答案:仿射罚分以下哪些选项可以体现序列比对的重要意义？

答案:序列比对可以用来寻找和确定同源基因，以及帮助确定基因的功能###序列比对可以用来调查基因的基因的多态性情况###我们可以通过同源基因之间相似度的差异，来进行推断它们的亲缘关系，构建这些同源基因演化的历史###我们可以通过多个序列的比对，来了解这样一个同源基因家族，他们所具备的共同特征以下哪些结构属于RNA的二级结构？

答案:环状结构(loop）###茎状结构（stem）以下哪种蛋白质三维结构预测方法是最准确的？

答案:同源建模法PSIPRED是用于蛋白质二级结构预测的软件。

答案:对以下哪些方法可以用于三级结构预测？

答案:引线法（穿线法）###同源建模法###从头预测法以下哪种结构单元不属于蛋白质的二级结构？

答案:茎（stem）结构在同源建模法预测蛋白质三维结构过程中包括以下哪些步骤？

答案:目的蛋白质跟蛋白质结构数据库中的蛋白质进行同源序列比对###选取合适的模板###构建三维结构以下哪个蛋白质的理化性质是ProtParam无法提供的？

答案:二级结构从头预测法是已知蛋白质三维结构预测中计算量最小的一种。

答案:错在二级结构预测中，往往要求预测二级结构的置信度要达到5以上，预测的结果才是比较可信的。

答案:对蛋白质跨膜区主要是有亲水性氨基酸组成的。

答案:错在线生物大分子数据库，不可以通过以下哪种方式进行数据查询？

答案:电话查询以下哪个数据库不是NCBI的子数据库？

答案:genecardPDB是一个基于功能域进行分类的蛋白质序列数据库。

答案:错以下哪些数据库属于一级结构数据库？

答案:PDB###GenbankUniprotKB数据库包括以下哪些数据库（）

答案:TrEMBL###Swiss-Prot蛋白质的profile描述的是具有多个motif的蛋白质家族中，它们具有哪些Motif，以及这些motif的空间分布

答案:错KEGG包括以下几类子数据库（）

答案:chemicalinformation###genomicinformation###healthinfromation###systeminformationENSEMBL中的genetree，收集的是同源基因序列

答案:对蛋白质三级结构的实验测定方法包括()

答案:电子显微镜###X光衍射###核磁共振在对基因进行查询的时候，如果我们查询的是“celldivision[GO]”，我们是通过一下哪种信息对基因进行查询？

答案:基因的功能中心法则论述的是遗传信息的流动法则，是指生物大分子的序列决定结构，结构决定功能。

答案:错以下哪些观点不是达尔文的《物种起源》提出来的？

答案:上帝创造万物数据是经过加工的信息