栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig验证研究的开题报告

栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig验证研究的开题报告一、研究背景及意义栉孔扇贝（Chlamysfarreri）是我国北方海域中的一种重要经济贝类，具有极高的经济价值和保护意义。近年来，随着分子生物学和基因工程技术的应用，对栉孔扇贝基因组的研究逐渐展开。根据前人研究结果，栉孔扇贝基因组大小约为1.69Gb，为典型的体细胞二倍体；目前已有约20条栉孔扇贝的单模板基因组测序reads数据。但是，由于栉孔扇贝的基因组结构复杂，存在重复序列和转座子等，因此目前在栉孔扇贝基因组组装、基因定位和克隆等方面仍存在诸多难点。本研究旨在通过对栉孔扇贝的BAC克隆进行共定位和物理图谱相关的contig验证，弥补栉孔扇贝基因组研究的空白，从而为栉孔扇贝的进一步研究提供基础资料和参考。二、研究内容及方法本研究将采用以下步骤进行：1.BAC克隆的筛选和纯化：通过PCR扩增栉孔扇贝基因组中的一些特定序列，筛选出具有代表性的BAC克隆，并利用DNA提取和染色体杂交等方法对BAC纯化。2.共定位：通过比对已有的栉孔扇贝基因组序列和基因序列，确定每个BAC克隆所对应的基因和基因组区域。3.物理图谱相关的contig验证：将已经确定的每个BAC克隆的物理位置和顺序进行验证，形成相应的物理图谱。4.验证结果的分析：通过分析验证结果，进一步认识栉孔扇贝基因组的组装结构及基因功能等方面的问题。三、研究意义及预期结果通过本研究，将进一步深入认识栉孔扇贝基因组的组装结构及基因功能等方面的问题，为栉孔扇贝的进一步研究提供基础资料和参考。预计获得的主要结果包括：1.确定栉孔扇贝基因和基因组序列的物理位置，形成相应的物理图谱。2.通过验证结果，对已有的栉孔扇贝基因组测序数据中的错误进行更正。3.分析已获得的结果，进一步认识栉孔扇贝基因组的组装结构及基因功能等方面的问题。4.为栉孔扇贝的进一步研究提供基础资料和参考，促进栉孔扇贝基因组研究的进展。四、研究难点及解决方案本研究中存在以下难点：1.栉孔扇贝基因组结构复杂，存在重复序列和转座子等问题，如何更好地组装基因组是一个难点。解决方案：本研究将使用多种策略，包括长reads测序、局部组装、比较基因组学方法等，以精确和完整的方式组装栉孔扇贝基因组。2.目前已有的栉孔扇贝基因组序列和基因序列仍存在不确定性，如何准确地进行共定位和物理图谱相关的contig验证也是一个难点。解决方案：本研究将通过多重途径，包括PCR验证、杂交验证等方法，细致地验证BAC克隆的物理位置和顺序，并对验证结果进行深入分析。五、研究进度安排本研究的具体进度安排如下：2019年1月-6月：栉孔扇贝BAC克隆的筛选和纯化；2019年7月-12月：共定位；2020年1月-6月：物理图谱相关的contig验证；2020年7月-12月：验证结果的分析及论文撰写。六、研究成果及应用前景通过本研究，将获得栉孔扇贝基因和基因组序列的物理位置，并形成相应的物理图谱。同时，本研究还将对已有的栉孔扇贝基因组测序数据中的错误进行更正，并通过分析验证结果，进一步认识栉孔扇贝基因组的组装结构及基因功能等方面的问题。这将对栉孔扇贝的进一步研究提供基础资料和参考，