广西鸭圆环病毒遗传变异分析及Cap蛋白的原核表达的开题报告_第1页
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广西鸭圆环病毒遗传变异分析及Cap蛋白的原核表达的开题报告一、研究背景及意义广西鸭圆环病毒是一种常见的家禽疫病，该病毒可引起鸭随着季节的变化，安静地发生和爆发。广西鸭圆环病毒的流行严重威胁着我国广西鸭类养殖业的发展，对农业生产和社会经济产生了不利影响。因此，对广西鸭圆环病毒的变异情况和Cap蛋白原核表达进行深入研究，有助于我们深入了解该病毒的流行规律和危害特点，为实现病毒的有效防治提供了重要的理论和实践基础。二、研究目的及内容本研究旨在从遗传变异和分子生物学两个角度入手，探讨广西鸭圆环病毒的遗传变异情况及Cap蛋白的原核表达，并进一步探讨它们对病毒生物学特性的影响。具体内容如下：（1）收集广西鸭圆环病毒病例标本，提取病毒RNA，构建文库，通过下一代测序技术，分析广西鸭圆环病毒的遗传变异情况。（2）挑选不同变异情况的广西鸭圆环病毒Cap蛋白的开放阅读框序列，进行分子克隆和原核表达，利用Westernblotting技术进行鉴定。（3）通过计算机模拟等手段，探讨不同变异的Cap蛋白在构象、空间结构和亲和性方面的差异。三、研究方法及步骤（1）标本收集及RNA提取：收集广西地区鸭圆环病毒感染的病死动物组织标本，提取其中的病毒RNA，并通过反转录技术制备cDNA。（2）文库构建及测序：将cDNA片段通过PCR扩增，构建成文库，利用IlluminaHiSeq2500测序仪进行测序。（3）数据分析：采用Trimmomatic软件清理测序数据，利用SOAPdenovo2软件拼接成完整的基因组序列，采用基因组注释工具软件对基因进行注释，进一步分析鸭圆环病毒的遗传变异情况。（4）Cap蛋白分子克隆及原核表达：从文库中挑选Cap蛋白序列，进行分子克隆及原核表达，利用Ni-NTA柱纯化蛋白。（5）分子鉴定：利用Westernblotting技术鉴定蛋白表达情况。（6）计算机模拟：通过生物信息学、分子模拟等手段，分析不同变异的Cap蛋白在构象、空间结构和亲和性方面的差异。四、预期研究成果（1）通过遗传变异分析，得到广西鸭圆环病毒的遗传变异情况及分类特点。（2）成功分子克隆了广西鸭圆环病毒的Cap蛋白，并进行原核表达，证明其可表达。（3）利用Westernblotting技术能鉴定Cap蛋白表达情况，为后续实验提供保障。（4）通过计算机模拟预测出不同变异的Cap蛋白在构象、空间结构和亲和性方面的差异，为深入研究其生物学特性提供理论基础。五、研究进度计划预计研究时间为两年，贯穿2019年至2021年。其中，各阶段的工作安排如下：（1）2019年6月至2019年12月：文库构建及测序，遗传变异分析。（2）2020年1月至2020年6月：Cap蛋白分子克隆及原核表达。（3）2020

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