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文档简介
ICS07.080
B20/39
中华人民共和国国家标准
GB/TXXXXX—2017
核酸适体活性评价标准操作规范
Generaltechniquerulesforactivityevaluationofaptamer
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(工作组讨论稿)
-XX-XX发布XXXX-XX-XX实施
GB/TXXXXX—2017
核酸适体活性评价标准操作规范
1范围
本标准规定了核酸适配体与靶标结合的亲和力和特异性的评价,确立核酸适配体与靶标结合的专一
性和选择性的方法验证,建立性能评价的技术通则。
本标准适用于针对细胞,大分子,小分子,复杂靶标等不同层次靶标体系的核酸适配体。
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅所注日期的版本适用于本文
件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法
SN/T1193基因检验实验室技术要求
3术语和定义
3.1核酸适配体(Aptamer)
能够与多种目标物(蛋白、药物、金属离子、无机或有机分子、细胞、组织)发生高亲和性和特异
性结合的一类单链核苷酸(DNA或RNA)分子。
3.2平衡解离常数(disocciationconstant,Kd)
是靶标物质被核酸配体结合一半时靶标物质的浓度常数。
4操作步骤
4.1核酸适配体与靶标的结合能力分析方法
测定筛选获得核酸适配体与靶标结合的平衡解离常数(Kd),Kd值越小表明两者相互作用越强。
Kd常用测定方法:
4.1.1荧光光谱法:适用于细胞,大分子,小分子,复杂靶标等。对核酸适配体进行荧光标记,稀释
到不同浓度,与相同浓度的靶标共混并在合适的条件下孵育,将结合后的靶标与未结合的核酸适配体分
离,使用荧光光谱仪测定核酸-靶标复合物的荧光强度,绘制荧光强度与核酸适配体浓度的关系图,拟
合η=Bmax/(1+Kd/[Aptamer]),获得Kd值。
4.1.2流式细胞术:适用于细胞、大分子、小分子等。对核酸适配体进行荧光标记,释到不同浓度;
与相同浓度的靶标共混并在合适的条件下孵育,将核酸-靶标复合物通过流式细胞仪,测定带有荧光标
记的核酸-靶标复合物的数量,绘制其与核酸适配体浓度的关系图,拟合η=Bmax/(1+Kd/[Aptamer]),
获得Kd值。
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GB/TXXXXX—2017
4.1.3表面等离子共振法:适用于细胞、大分子、小分子等。将核酸适配体固定于芯片上,稀释靶标
到不同浓度,加入不同浓度梯度的靶标在合适的条件下孵育后清洗,通过表面等离子共振法设备测定核
酸适配体结合的靶标的数量,绘制其与靶标浓度的关系图,拟合η=Bmax/(1+Kd/[Target]),获得Kd
值。
4.1.4等温滴定微量热法:适用于大分子、小分子等,将核酸适配体和靶标进行透析处理,选择适宜
的样品浓度,脱气处理后,进行核酸适配体-靶标滴定试验,同时进行对照实验(滴水试验,样品滴定
缓冲溶液试验),所得数据经过软件分析即可得到Kd值。
4.1.5酶联适配体分析法:适用于细胞等,将核酸适配体固定于基板上,洗脱后加入不同浓度梯度的
靶标,孵育后冲洗,再加入带有荧光标记的核酸适配体孵育后洗脱,通过荧光分析仪获得荧光强度,绘
制荧光强度与靶标浓度的关系图,拟合η=Bmax/(1+Kd/[Target]),获得Kd值。
4.1.6DNA捕获元件法:适用于细胞、大分子、小分子等。将标记荧光集团和淬灭集团的核酸适配体
与不同的浓度靶标混合,孵育后,检测荧光强度。绘制荧光强度与靶标浓度的关系图。拟合η
=Bmax/(1+Kd/[Target]),获得Kd值。
4.1.7生物膜干涉法:适用于:细胞、大分子、小分子等。将核酸适配体固定于芯片上与不同的浓度
靶标混合,孵育后清洗,利用生物膜干涉设备测定与核酸适配体结合的靶标数量,绘制其与靶标浓度的
关系图,拟合η=Bmax/(1+Kd/[Target]),获得Kd值。
4.1.8超滤法:适用于细胞、大分子等。对核酸适配体进行荧光标记,释到不同浓度;与相同浓度的
靶标共混并在合适的条件下孵育,使用超滤膜过滤,使用荧光光谱仪测定核酸-靶标复合物的荧光强度,
绘制荧光强度与核酸适配体浓度的关系图,拟合η=Bmax/(1+Kd/[Aptamer]),获得Kd值。
4.2核酸适配体与靶标结合特异性验证
基于4.1的结果选择亲和力最高(即Kd值最低)的核酸适配体进行特异性验证。选择靶标和几种靶
标的结构类似物进行测试,使用4.1中介绍的方法分别测量核酸适配体与靶标以及几种结构类似物的亲
和力(即Kd值)并进行比较,获得特异性结果。
5防污染措施
检测过程中防止交叉污染的措施按照GB/T27403中的规定执行。
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