肿瘤基因检测必须知道的十问十答

肿瘤基因检测必须知道的十问十答！肿瘤基因检测，对于业内人士来说，从来就不是什么“高大尚”的技术；但是，对于医生或患者来说，那可就真的是“既熟悉又陌生”的高科技技术！如何能让医生或患者通俗易懂的了解肿瘤基因检测，那可真是一门技术活，毕竟市场的教育还不够！今天，小编先跟大家分享关于肿瘤基因检测的十个问题，希望能对大家有所帮助！1，大家经常说肿瘤基因检测，那么什么是肿瘤基因检测呢？基因Talks:肿瘤基因检测，顾名思义，就是针对与肿瘤相关的基因进行检测的一门技术。目前的市场上，肿瘤基因检测的产品方向主要有以下几种:1，肿瘤易感基因检测:主要检测遗传多态性，这类产品的特点是频率高，致病性低，通常不直接致病，而是增加患病的风险；2，遗传性肿瘤基因检测:主要检测胚系突变，这类产品的特点是频率低，致病性高，一旦携带有这种突变，则得病的概率非常高，可能在50%以上，甚至于100%；3，肿瘤精准用药基因检测:主要包括化疗、靶向及免疫等药物。化疗药物基因检测比较简单，主要检测人体正常细胞的基因多态性（除了肿瘤组织的基因表达量），而不是测肿瘤细胞的基因突变，所以化疗药物基因检测还不能算是完全意义上的精准医疗，因为没有涉及对肿瘤细胞基因突变的分析；靶向药物基因检测通常会检测肿瘤信号通路中特定基因的点突变/插入缺失/拷贝数变异/融合（结构变异）情况，从而找到对特定患者有效的药物或方案，算是真正意义上的精准医疗；免疫药物基因检测主要还是检测与免疫治疗相关的生物标志物，比如TMB，PD-L1，MSI，MMR，HLA等，以期指导免疫治疗；4，肿瘤早期筛查基因检测：通过液体活检技术对ctDNA（甲基化）进行检测，在肿瘤早期或超早期的时候就能够发现基因水平的变化，从而达到早筛查，早发现，早诊断及早治疗的目的；5，肿瘤预后预测、疗效评估等基因检测...2，说到肿瘤基因检测，大家必定会说到panel，那么panel到底是个啥东西？基因Talks:Panel其实是NGS(二代测序，高通量测序技术)技术发展起来的一个词语，主要指同时检测多个基因、多个位点。基因检测的Panel官方称之为“基因包”，也可以称之为“基因组合”，商业化的市场习惯称之为“基因套餐”。就基因Panel本身来说，其实并没有指明所检测的基因数目应该是多少。几个基因可以是一个Panel，几十个基因也可以是一个Panel，几百上千个基因也可以是一个Panel。就Panel大小来说，不仅需要看检测基因的数目，还需要看基因所覆盖的区域大小。3，说到肿瘤基因检测Panel，通常都会提及测序覆盖度、测序深度、有效测序深度、灵敏度、特异性、检测限，这些到底是个啥？基因Talks:测序覆盖度指测序获得的序列占整个panel基因组size比例。由于Panel基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域，这部分没有获得的区域就称为Gap。比如一个肿瘤panel测序，覆盖度是99%的话，那么还有1%的序列区域是没有通过测序获得的，Gap就是1%。测序深度指测序得到的总碱基数/待测基因组大小，它是评价测序量的指标之一。假设一个panel的size为2.0M，测序深度为500X，那么获得的总数据量为1.0G。它的测序深度二总数据量1.0G/panel大小2.0M=500X)。有效测序深度:不等同于测序深度，是指可信的去除重复序列(dup)后目标区域的平均深度。比如2.0M的PanelSize，下机数据量1.0G，有50%数据落在目标区域(ontarget)，50%为重复序列，那么其测序深度为500X(1.0G/2.0M)，有效深度仅为125X(1G*50%*50%/2.0M)。灵敏度(sensitivity):指患者中试验阳性者所占比例。对应假阴性率。计算公式:灵敏度(Sen)=a/(a+c)%。特异度(specificity):指没有患病的人中试验阴性者所占比例。对应假阳性率。计算公式:特异度(Spe)=d/(b+d)%。诊断试验（新方法）金标准或尋比方法合计有病或阳性5）无病或阴性（门）阳性a（真阳性）b（假阳性）a+b阴性C（假阴性）d（真阴性｝c+d訐亠厂h+rl灵敏度和特异性计算参考表检出限（LOD）:Limitofdetection，是指样品中分析物可被检出的最低的含量，此项指标体现了试剂检测的分析灵敏度。4，提高测序深度会不会提高检出限（LOD）?基因Talks：提高测序深度可以增加检测灵敏度、特异性，同时提高检出限，但不能突破极限检出限。在DNA量一定的情况下，满足一定量测序深度后，检出限存在理论极限值，单纯通过增加测序深度并不能降低检出限，盲目加大测序深度只会产生更多的重复（duplication），造成数据浪费，所以测序深度并非越深越好。比如ctDNA上样量为33ng（10000拷贝），文库构建转化率50%，就是5000个拷贝，测序深度增加再深，理论上最多也只能测出5000个拷贝，LOD也不可能达到万分之一的。5，肿瘤基因检测技术中，对于Reads，RawReads及CleanReads是如何进行理解的？基因Talks:Reads:高通量测序平台产生的序列就称为reads。RawReads:原始下机数据称为RawReads（Rawdata）。CleanReads:通过生物信息的方法，去除一些质量差的reads（比如测序错误，长度小于20的reads，接头序列，UMI序列等），得到CleanReads（Cleandata）。6，肿瘤基因检测，对于新鲜组织、石蜡切片、胸腹水、外周血样本类型应该如何选择呢？基因Talks：毋庸置疑，组织应该是金标准，有组织的情况下，肯定组织优先。按照检出率的话，新鲜组织＞石蜡切片＞胸腹水上清＞胸腹水细胞＞外周血。不过做肿瘤基因检测的话，最主要的还是要考虑临床取样的便捷性！7，无法取到组织的时候，什么情况下才适合用外周血进行基因检测呢？基因Talks:无法取得组织的话，最好是临床处于中晚期（临床III期后）的患者才适合用夕卜周血进行基因检测，同时，外周血ctDNA检测最好是在没有经过任何治疗之前进行采血检测，放化疗和靶向治疗均会对外周血ctDNA检测结果产生影响。8，在使用肿瘤大panel做肿瘤用药或TMB检测的时候，是否需要提供外周血作为对照呢？基因Talks:最好提供外周血进行对照，这样可以确保检测出的基因变异都是肿瘤细胞特有的。有的公司是通过公共的SNP数据库进行过滤，比如1000g,ExAC_ALL,gnomAD，这些SNP数据其实绝大多数都是外国人的，中国人群自己的SNP数据则是非常少的，如果保证种系变异能够精准的过滤，最好还是提供外周血作一个对照吧！

TbmourmatenaLAlignmMMatchedrwmal[bicodl□llgOTbU€toOtl(te&Hy±ndizarionTbmourmatenaLAlignmMMatchedrwmal[bicodl□llgOTbU€toOtl(te&Hy±ndizarion9，做肿瘤基因检测的话，是不是panel越大越好呢？基因Talks:其实，每种肿瘤基因检测产品（大中小panel）都有自己的优势，在真正选择产品的时候建议大家根据经济条件及患者的情况来选择。比如刚确诊的时候，可以选择几个/几十个基因的panel来进行检测。但是如果晚期多处转移的时候，尤其是耐药的患者，基因突变比较复杂紊乱，可以选择更大的基因panel去检测。如果需要进行免疫治疗，想检查TMB，MSI及MMR的情况，也可以选择大panel进行检测，总之一句话，根据具体的情况来吧，比如肿瘤的类型，检测的目的及意义，经济压力，消费能力等。10，是不是所有的靶向药在用药前都需要做肿瘤基因检测？基因Talks：不是的，这个之前也说过很多次。目前有接近一半的的靶