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显示日志Materials-Studio论坛问答全集(转载2008-7-1016:29:51 转 固定链接 评论(0)|浏览Materials-Studio论坛问答全集（精选众多论坛讨论贴1、问：用MS构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的晶体,嘿嘿,也不知道去哪$MS_INSTALL_ROOT/MPICH/bin/mpirun$nolocal-np$nproc$MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe$rootnameibm-console0localhost3localhost.localdomainlocalhostibm-4、问：在最后结果的dos图中,会显示不同电子pd的贡献,我想问的是,假设MS考虑的原子g的电子组态为2p63s2,那么最后的dos结果中的p是不是就是2p,跟3s的贡献.比如更高能量的3p是否可能出现在?气总能量的MonteCarloPerdew,BurkeandEmzerhof(PBE)以及Perdew-Wangfrom1991(PW91)Becke,Lee,ParrandYang(BLYP)是经验性。LYP校正采用了密度的二阶L/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom:errorwhileloadingsharedlibraries:libcxa.so.3:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileor答：假如你有MaterialsStudio3.1的ISO版本以及licene.dat。在linux机Studio3.1linux1、假定把MaterialsStudio3.1的iso文件mount到/home/firefox/msmount-oloop/home/firefox/MS_MODELING.iso1）、指定你要MaterialsStudio安装到的目录，比如/home/firefox/Mater立这样的目录：mkdir./msgateway_control_18888提示说Gatewaystartsucceededrunningasprocessxxxx。后，就启5、在ie的地址栏输入，:18888/7、问：我想对NaYF4的电子云分布进行模拟计算,请各位高手指点怎么我虽然在LINUXCLUSTER并行成功了，但是并行的时候CPU计算利用率换了一次之后CPU使用就开始出现不均衡的情况，有一个CPU90%+，害别的不超过10%C、你选用的几个cpu进行计算,如果是一个,那就是你发生的问题原因,如果不是一个,而是选择几个cpu进行计算,那么应该是节点之间totalspin是总自旋计算的时候必须把自旋极化－spinpolarizedError:SCFiterationsnotconvergedin50Message:SCFnotconverging.Choose"UseSmearing"onDMol3SCFporset"OccupationThermal"intheinputYoumayalsoneedtochangespinorusesymmetryResubmitDMol3Message:DMol3jobfailedError:DMol3exiting答：SCFnotconverging.Choose"UseSmearingonDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfile你错误的原因是体系在50步内不能收敛,你可以增加收敛计算步数,比如系统提示你改变"UseSmearing"和"OccupationThermal的设置参数(这不收敛，解决方法一加大圈数，DMol3calculations－》electronic标签下More选项－》SCF选项，中Max.SCFCycles加大，最多在SCF标签下把orbitaloccypancy下面的勾打上，然后设置smearingtheViennaab-initiosimulationpackage(VASP)thegeneralizedgradientapproximationtheplanewaveexpansionstructuralrelaxationsatight-bindinglinearmuffintinorbital(TB-LMTO)methodtheTB-LMTOmethodtheprincipal-layerGreen’sfunctiontheK││-resolvedK││-resolvedDOSattheFermienergy答：1.1×1)表示的是表面的构型，2×2是(1×1)的四倍，也就是x和y上用ms里面的layerbuilder构建界面，基底为半导体，半导体上长金属层是通过layerbuilder构建的supercellgeometry——theViennaab-initiosimulationpackageVASP)维也纳从头算模拟thegeneralizedgradientapproximation——theplanewaveexpansion——平面波展开structuralrelaxations——结构弛豫atight-bindinglinearmuffintinorbital(TB-LMTOmethod——紧束缚线theTB-LMTOmethod——紧束缚线性丸盒轨道方法theprincipal-layerGreen’sfunctiontechnique——？theK││-resolvedtransmission——？7先计算出态密度。然后通过由玻尔兹曼方程推导出的电导率公式来算,GeorgK.H.Madsen,DavidJ.Singh.ComputerPhysicsCommunications175(200667~71.PhilipB.Aleen,WarrenE.Pickett,HenryKarkauer.PhyscicalReviewB37(1988)2721~2726.在build下的symtrey有makeP1makesupper14、[求助]MS是否可以做原子数在10-20个左右的簇合物的结构模拟不过我琢磨了半天，好像无论是Gaussian还是MS,，然后程序自动变化第111115、msdiscover重开机，启动ms，提示有任务非正常关掉，载入autorecover，jobexplorer里面还显示未算完的任务，serverconsole打不开，无手动停止job，然后从discover的dynamics模块下选中userestart动时，在restart选项里，选中userestartdate选项，就18、什么是Overlappopulations？?Table2Bonddistances(A?)andOverlappopulations(/E/inTiO2TiO2/Sn6cTiO2/Sn5cTiO2/Sn6-inTiO2/Sn5-Ob–Me6c1.831(172)1.963(220)1.83(165)1.831(172)1.832Op–Me6c2.066(86)2.107(32)1.989(64)2.070(84)2.069Op–Me5c1.938(122)1.912(114)1.995(139)1.988(123)1.933)O1–Me6c2.065(86)2.165(86)2.097(117)2.072(115)2.086O2–Me5c1.853(130)1.854(119)2.006(122)1.865(134)1.890)O1–Me6-in1.936(160)1.950(142)1.983(163)2.056(177)1.968O2–Me5-in1.968(83)1.961(84)1.950(96)1.976(86)2.047请问Overlappopulations是什么？如何得到的？答：A、Overlappopulations答：CASTEP中计算的时候选择properties里面的populationanalysis下bondpopulation计算得到的结果除了有atomicpopulation以外还有就是bondpopulation也可以叫overlappopulation答：A、双核至少奔D2.8GHz1G内存高分子结构最好准备买服务器！！！！Contraits”答：就是用“Modfy--Constrait步骤：第一：选择要加限制的原子第二：打开constrain对话框一个点，而且jobexplorer显示是running,在reflex里面选powerdiffraction答：利用MS的Export输出为mol格式的文件vibrational如果不是周期体系，且假设体系有N个原子，则给出3N－6个振动频率其中正值表示稳定振动，负值（虚频）体系能量下降，单CPU利用就是0，再开始新的任务利用率就不是0了，这在CASTEP计算中，kpoint设置不同，对计算结果有什么影响？kpoint设置表示什么？）答：RestartingaDPDAttheendofaDPDrunandatspecifiedintervalsduringtherun,DPDsavesarestartdatafile,.Dpd_rst.Thisfileisdownloadedattheendoftherunandcontainsthepositionsandvelocitiesofallthebeads.ItenablesyoutorestartthesimulationfrompartwaythroughorattheendofthepreviousDPDrun.TorestartaSelectthemesoscaletrajectorydocumentfromtherunyouwishtorChooseModules|DPD|CalculationfromthemenuLoadtheparametersfromtherunyouwishtorestart,bydouble-clickingontheassociatedSettingsfileintheProjectCheckOntheSetuptab,choosewhethertoReinitializeChangethelengthoftheNote.Thetimestepcounterisnotresetbetweensimulations.Therefore,therestartedDPDsimulationwillrunfortheNumberofstepsspecifiedontheSetuptablessthenumberofstepsalreadycompleted.Ifdesired,specifynewoutputoptions,simulationconditionsandinteractionparameters.PressNote.TheRestartcheckboxisenabledonlyifarestartfileispresent.However,thisfilecannotbeseenintheProjectExplorerwindow.YoucanusetheWindowsExplorertoverifythatthefileexists.Note.Whenyourestartasimulationyoucanmodifysomeparameterssuchasthelengthoftherun,outputperiodoptions,simulationconditions,interactionparameters,etc.However,others,suchassimulationcellsize,gridspacing,cellcontents,etc.,mustremainthesameastheywerebeforetherestart.TheseoptionsaredisabledwhenRestartis你举的例子应该把步数改为2000LSTUDIO4.0的LINUX版本的KEY一个QQ29988789 设置Dmol计算自旋设置时,Multiplicity设置为Auto是系统自动寻找自旋多重31、请教关于MScastep的几个问题1计算表面过程中，计算成功，但是castep<--SCFloopEnergyFermiEnergygainTimer<--SCFenergyperatom(sec)<--SCF<--Initial-1.24983546E+0045.76278315E+00155.44<--1-1.59703259E+004-1.69750335E+0002.89330938E+002197.97Warning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheconvergenceand/orleadtoaninaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingnextra_bandsand/orreducingsmearing_widthintheparamfile.Recommendusingnextra_bandsof11to24.2-1.62762609E+004-6.23532889E+0002.54945870E+001356.62Warning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheconvergenceand/orleadtoaninaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingnextra_bandsand/orreducingsmearing_widthintheparamfile.Recommendusingnextra_bandsof1to要在表面上吸附小分子，如H2，或者CO，可以选择不同的位置，比如top,bridge,等，但是如何确定具体每个原子的position?直接根据原子半径按照几何知识来计算吗？另外在计算表面吸附totalenergy的时候，是否选择上"optimizedcell"?进行计算时选择上"spinpolarized","initialpin"和"charge"答：A、你把emptyband里的空带数目增加试试或者减少smearing的数Thiskeywordscontrolsthenumberofextrabandsinadditiontothenumberofoccupiedbands.Theseextrabandsarenecessaryformetalsorfinitetemperatureinsulators.Thedefaultvalueforthisparameteris0.ThiskeyworddeterminesthewidthoftheFermi-surfacesmearingifthesystemisbeingtreatedasametal.算你调整后的文件，就是点Files，然后RunFiles。如果你调energy的时候，是选择"optimizedcell"还是固定表面，我看文献上这两，应该选择optimizedcell Therearetwowaysofdefiningtheinitialmagneticconfiguration:eitherspecifythetotalmagneticmomentperunitcell,whichgetsuniformlydistributedoverthespace,orprovidedetailedinformationontheabsolutevaluesanddirection(upordown)ofthespinsforeachatomintheunitcell.Theformermethodcanbeusedforrelativelysimplesystemswhereonlytwosolutionsareexpected(magneticandnon-magnetic).Thelattermethod,whichspecifiesthespinstateoftheatomsinthesystem,ismoregeneralandgivesmuchmoreflexibility.Itispossibletosetupferromagnetic,ferrimagnetic,orantiferromagneticcalculationstogetdifferentstartingspinarrangements.不过我记得好像他们公司说过，一般formalspin都可以，除非是计算一Theinitialvalueofthespinmomentisquiteimportantforspin-polarizedcalculations.Itshouldbeascloseaspossibletotheexpectedvalue.Youcanevaluatethespinmomentusingthehigh-spinapproximationcombinedwithformalcharges.Forexample,iftherearetenFe3+ionsinthesystem,youassumethateachofthemhasavalenceelectronicconfigurationofd5(theneutralconfigurationiss2d6)whichcorrespondstofiveunpairedelectronsperFeion.TheinitialspinvaluefortheCASTEPcalculationisthereforefift我如果计算Nis2d8应该是2unpairedelectrons,所以，设置2*supercell中的Ni个数，对吗？F、1这样的提示我在计算掺杂Eu的体系中也见到过,当时也增加了emptybands,另外smear值有人说调大有人说调小,反正我都试了试,效果都不是很好.我想可能是结构的原因,结构如果不合理的话其他调整无论是bandstructure还是dos结果都有变化,不知道那样才是合理我看到一些资料表面吸附时,通常的做法是把结构先optimizedcell,然后"spinpolarized"的设置我就没怎么接触过了,看lz提供的ms帮助,在晶胞优化的时候才选上"optimizedcell"，而在计算表面吸附的时候是问题2看来大家大多数认为在吸附的relax过程中不选择optimizedcell，原子的虑，就是如果不选择optimizedcell，吸附分子或者原子的位置是不是就不设置，保持默认，但是默认的initialspin是0设置spin=unpairelectron+1，这个不知道是什么意思？有没有具体文“但是我还有一点疑虑，就是如果不选择optimizedcell，吸附分子或者原mizedcell”，你会发现变化，可能是9，9，9或者是11，11优化当然原子坐标不变化。应该是比较清楚了吧这些我是可J、spin=unpairielectron1，是来自量子化学或者第一性原理计算本耦合的章节或者读读潘道凯的物质结构。实际上spin=从1到unpairielectron+1的所有可能值，这是因为实际上我们事先不能肯定zedcell，这时会给你优化的晶胞参数，以后就不要在去管问题1,改变emptyband的值,按他的要求设置到11-24,就可以解决,但是问题2uncheck'optimized问题3好像这个参数并不是影响很大,因为这只是个初始值欢迎大家继ptimizecell，第二次不选,一般要固定最底层的几层原子;一般算的胞的所有原子的电子个数和是奇数是选spinpolarized，偶数时32、怎么可以计算比较准确的扩散激活能？用TSRESEARCH算的时候33、请教DMol3Calculation出现的问题我是新手，DMol3Calculation点RunFailedtocreatejobfortheserver:DMol3.NodefaultlocationdefinedforserverDMol3.UseServerConsoletospecifyagateway.可能是serveconsole里面出错了，你试试把以前的sever删输入：pingIP地址，看一下网络是否是通的；ping服务器题。奇怪的是在服务器是自己的电脑的情况下，在新建SERVE的时候也34、请问能在castep中得到内聚能吗?怎样得到,请高手指教,谢谢算法：晶体的总能量(finalenergy)－（N1×晶胞中原子1如果一直是往收敛的方向走，那就增大一下SCIcycles试一试也许在多进行几步SCI就可以收敛B、SCI设置为1000轮了,就是每次几何优化第九轮时自洽迭代不收敛,一会儿变小,一会儿变大,不收敛.Smearing为０.００５或０.０ 半经验优化一下，然后再用Dmol优化，这样l优化后的结构Dmol再优化D、跟smearing用MS计算半导体氧化物的能带时,More按扭里有K点Path给出有G(00F(00.50),Q(00.50.5),Z(000.5),B(0.500).得出的图像E和K-point应该是对应的。你可以自己设我在MS计算出的图中点复制,然后在WORD还有要是不用自旋极化,如果做吸附NO,