高通量数据处理流程课件

高通量数据处理流程26、机遇对于有准备的头脑有特别的亲和力。27、自信是人格的核心。28、目标的坚定是性格中最必要的力量泉源之一，也是成功的利器之一。没有它，天才也会在矛盾无定的迷径中，徒劳无功。--查士德斐尔爵士。29、困难就是机遇。--温斯顿．丘吉尔。30、我奋斗，所以我快乐。--格林斯潘。高通量数据处理流程高通量数据处理流程26、机遇对于有准备的头脑有特别的亲和力。27、自信是人格的核心。28、目标的坚定是性格中最必要的力量泉源之一，也是成功的利器之一。没有它，天才也会在矛盾无定的迷径中，徒劳无功。--查士德斐尔爵士。29、困难就是机遇。--温斯顿．丘吉尔。30、我奋斗，所以我快乐。--格林斯潘。数据处理流程C测序仪「测序控制PC「计算机集群」1控制测序过程4数据传输5数据处理决定测序长度、填加试剂、‖将basecallings结果将bc文件转化为后续信息控制温度、控制反应时间(二进制文件bc)分析所使用的文本文件拍照传输到计算机集群fastq,aseq)2图像分析的存储上6ndex拆分对测序仪拍照的图片进行7数据质量分析图像分析,得到亮点的光8数据备份强度和坐标3.basecalling9后续信息分析由光强度得到碱基序列图像分析及basica11ing基本原理ICvclelCycle2Cvcle3②对A发出③④(的光拍照对C发出的光拍照对G发出的光拍照e对T发出的光拍照著名语言学家威尔金斯(Wilkins)说:“Withoutgrammarverylittlecanbeconveyed,withoutvocabularynothingcanbeconveyed.”的确如此,词汇量的多少是学习英语的基础,在学习英语的过程中,英语词汇的记忆是非常重要的。我们要巧妙的记忆英语词汇,尽力摆脱“死记硬背”的记忆模式,避免浪费时间,耗费精力,事倍功半。每一个进行英语学习的人在学习过程中都会有自己的方法,按照不同的界定标准我们可以总结出众多不同的记忆方法。如果我们从心理学的角度出发众多的记忆方法所依据的原则无外乎以下几点。1联想的原则著名的生理学家巴甫洛夫指出:“记忆要靠联想,而联想则是新旧知识建立联系的产物”。联想是人的头脑中记忆和想像联系的纽带。记忆的许多片段通过联想形式进行衔接,再进一步转换为新的想法。在单词记忆中要展开丰富的想象力,使所要记忆的单词生动化、形象化,进而在英语熟词词义和生词词义之间建立起联系,从而达到以旧带新,快速记忆的目的。例如:记忆单词mare(母马、母驴),从读音角度出发,我们可以联想到同音词mayor(市长),从词意角度出发,我们可以联想到donkey(驴),mule(骡子)等词,从词形角度出发,我们可以联想到一连串词汇:bare(赤裸的)、fare(费用)、glare(强光)、rare(稀有的)、share(分享)、square(广场)等。pest的读音好像“拍死它”,联想到词义“害虫”,ambition的读音好像“俺必胜”联想到词义“野心,抱负”。education的读音好像“爱就开心”,联想到词义:从事教育,只要付出了爱,就会感到开心。campus(校园)中包含camp(营地)+us(我们),我们可以联想:我们的营地就是“校园”。cargo(货物)中包含car+go,联想货物装好车就走。abridge(缩短)中包含a+bridge,联想一座桥缩短了两岸的距离。2对比的原则对比记忆是将所要记忆的内容通过对比的方法加以记忆。在对比中,关注差别,进而加深记忆。在记忆单词时我们可以把语义完全相反的放在一起记忆。我们也可以把书写极其相似,但本质上却有差异的单词放在一起,找出不同点后予以记忆。我们还可以把语义相似的不同单词进行比较记忆。简单的例子诸如example例子――ample丰富的;orange橙子――range在范围内变化;wait等待――wit机智;middle中间――meddle干涉;passage文章――massage按摩;letter较好――bitter苦的;复杂的单词例如:pretextn.借口,托辞;contextn.文章前后关系,上下文;contestv.比赛,争论;n.竞争,比赛;protestv.n.抗议,反对;testimonyn.[U]①证据,证词②表明;verifyvi.证实,核实;certifyv.①证明②发证书;concertn.①音乐会,演奏会②一致敬齐,一致。3注意语境的原则所谓语境,是指具体语言形式出现的环境。众所周知语言是在生产和生活实践中产生,自然还需在其产生的环境中运用和巩固。离开了语言环境,语言学习也就成了无源之水,无本之木。单词记忆脱离了语境,就只能是浅层的记忆短时的记忆了。记忆单词的过程中我们要给记忆的单词赋予理想的语境,让单词利用语言这一载体,在识记过程中得到呈现和应用,这样单词就会变得有了灵性,用起来也会得心应手。比如记忆一个单词,考虑它的语境,通常我们要把与之搭配的词组一同记忆。例如:约会叫date,初次约会叫blinddate,这样我们不但记住了单词date,也记住了相关词组。对于日常生活中常见的实物,记忆这样的单词可以在生活中采用手指口述的办法随时加强记忆。对于日常生活中常用的交际英语,我们可以在生活中多说多练,在用汉语表述的同时加进英语,注意多看英文电影和英文书籍,培养哼唱英文歌曲的习惯,通过与电影的经典对白,英文书籍里面优美的段落的接触,不仅记忆了单词,还掌握了文学的知识,不知不觉中也能够提高英语的写作能力。4归纳的原则就是在记忆单词时我们要以个别单词为突破口发现规律,探索、总结统一记忆。例如:有一些词,加词尾“-er”后的意思有了变化,有的已经没有“……的人或物”这个意思。show(表现)――shower(阵雨,淋浴);draw(画)――drawer(抽屉);flow(流动――flower(花)又如:并非所有表身份的词都要加“-er”或“-or”等后缀,有些词本身就表示某――身份,职位等:judge――法官、裁判员,cook――厨师5观察的原则在记忆英语词汇时我们要善于从词形入手,利用拆分,合并等手段解密内在联系,加以记忆。例如:dustpan(簸箕)=dust(灰尘)+pan(平底锅);peacock(孔雀)=pea(蜿豆)+cock(公鸡);harass(骚扰)=hag(女巫)+grass(草)将“g”略去。6积累的原则没有知识的积累,就很难有能力的提高。英语学习就是要以积累为主,这种积累包括单词的积累、名言名篇的积累、学习习惯的积累等。记忆英语单词,需要靠作笔记来整理要点,抒写心得等。例如:对同音词的总结:peak(山峰),peek(偷看),pique(愤怒),统读[pi:k];rain(雨),rein(缰绳),reign(统治),统读[rein];对形近词的总结:petal(花瓣),petrel(海燕),petrol(汽油),patrol(巡逻);stimulate(刺激),simulate(模拟),accumulate(积累)。英语单词的数量巨大,任何一种记忆方法,都只适用一部分单词。每一个学习者的个性特点不同,没有任何一种记忆方法是万能的。总之,适合的才是有效的,单词记忆关键是要长期坚持。要养成多想、多看、多写的习惯。要不断扩大思维方式,多想办法,不拘一格。词汇掌握的最终检验标准不是单词记忆的数量,单词记忆只是英语学习中的一个环节,词汇掌握的最终检验标准是能不能用词汇表达自己的思想感情,达到交际的目的。词汇记忆必须和语言应用相结合才能完成它的学习和掌握一种语言的终极目的。研究性学习是学生在教师指导下，从自然、社会和生活中选择和确定专题进行研究，并且在研究过程中主动的获取知识、应用知识、解决问题的学习活动。一、贴近生活，捕捉情感的火花，激发创作的欲望写作也离不开研究、探讨与创新。除了写作技巧之外，我们还要求学生作文要有真情实感，这种情感实际上就是学生在一定生活情景中独特的感受、体验和理解，是一种个性化的创造。所以，在作文教学中，教师应该运用情感因素的推动力，激发学生自发的写作兴趣。１、命题时要贴近学生生活，善于捕捉学生情感的火花。中学生的年龄大多在十二三岁，在生理、心理上刚刚走向成熟，对生活充满了好奇与疑问。因此，他们的内心世界是非常丰富的，他们大多数敏感自信，爱思考、浪漫又兼多困惑迷惘，并且每一时期他们关注的焦点不同。如果教师能抓住学生关注的焦点进行命题，如《期望》《____(男孩、女孩)也要____(勤快、坚强、宽容)》、《我生活在____之中》、《我困惑》等与他们的心理比较接近的题目，使学生有事可写，就能激发他们的表达欲，使其自觉投人写作中。２、作文指导时，要调动学生情感，激发学生对高尚情操和美的向往之情。可以先采用合作法，让学生根据作文题目一起简要讨论：可以选哪些新颖的材料、表现什么主题、采用哪些写作方法、可以写成那种样式的文章等等，引导学生互相启发，开拓思路。然后，引导学生展开想象，想象事件的发生、发展过程，想象自己是一个思想成熟、乐观向上、有勇气、有毅力、能正确评判是非、善于总结人生经验的青少年，引导学生对整个事件进行再认识、再评判，并感受自己一刹那间的感悟，激起创作的欲望，使情感得到升华，最终实现个性化创作。当然，对于习作基础差的学生，仅此还不够，因为他们往往一见作文题就不由自主地产生一种厌烦情绪，但是当他们写下作文题或开头一句话时，我就来到他身边帮助出谋划策并进行真挚鼓励，使其振奋起来，树立写作的信心。二、扩大阅读量，以读促写在写作过程中，同学们常遇到两种困难，一是思路阻塞，内容贫乏；二是思绪纷繁，语言杂乱。针对这两种情况，我们的指导重点应有所不同：前者指导其通过读书提高思想水平和认识能力，学会搜集信息，选择材料；后者指导其向名家名篇学习，特别是学习名家改文的范例，学习组织安排材料，领悟作者选材、立意、详略等的独特安排，提高驾驭语言的能力。古人云：“读若销铜，写若铸器”，为了以读促写，以写带读，我们采取了以下措施：１、鼓励学生的个性阅读，教给学生多种读书方法。首先，应指导学生读好书。初中学生在生理、心理上刚刚走向成熟，开始初步形成某些人生价值观念，也逐渐形成并加强思维的独立性与批判性，有了一定的评价欣赏能力。但是，由于他们在知识和生活上的不足，他们思维和理解上都有片面性，这样在评价欣赏作品时也往往出现片面性。例如，他们读到某些反映社会阴暗面的文章时，就以为整个社会漆黑一团；他们看到揭露某些干部腐败的文章后，就以为许多干部都是“天下乌鸦一般黑”。这种情况要求语文教师必须在培养学生评价欣赏能力方面多加指导。除了要求他们尽量看些反映人与人之间真、善、美的书外，应指导学生用正确的人生观、价值观去评价生活，变不利为有利。其次，在读好书的基础上，指导学生正确的阅读取向。课外阅读面比较广，这要求学生阅读目的的确定、阅读意识的指向，都必须更具体更专一。因此，教给学生几种阅读取向方式成为必不可少的工作。我们教给学生根据不同的阅读目的、需要可以采用不同的阅读方法：涉猎性阅读可以满足阅读渴求，填补心理空虚；积累性阅读是我们获取知识的主要手段；探究性阅读是课内阅读的延伸和扩展的重要形式之一；借鉴性阅读是为着某一专一的既定的目的而有意识的课外阅读；渗透性阅读是在阅读“新概念作文”、“争鸣作品”等新奇的东西时，需要将自己“介入”或“参与”，即渗入思维、掺入意识，使读后产生自己的感情、确立自己的观点。２、建立成长记录袋，进行自我激励。成长记录袋是国外中小学教育中常用的一种学生评价方式。它是“学生作品的有意收集，以反映学生在特定领域的努力、进步和成就。它必须包括内容选择过程中的学生参与、选择的指南、评分的标准以及学生自我反省的证据。”它是在对传统评价进行评判和否定的基础上形成和发展起来的，可以培养学生的学习兴趣，促进学生的成长。内容包括两大类：“课外阅读记录卡”和“自我评价和反省表”。“课外阅读记录卡”要求学生每阅读完一份读物(一篇文章、一个故事、一本书)，就填写一张记录卡，收进成长记录袋。“自我评价和反省表”对学生阅读习惯的养成和阅读能力的提高具有重要的影响，因此让学生定期回顾自己的阅读历程，进行自我评价和反省，发现自己在阅读过程中存在的优势和不足，并在老师的指导下提出改进的意见。在实施中，每周开设了一节文学欣赏课，在老师精讲课文的基础上，由学生自读、教师精读、小组欣赏评论相结合的办法，组织学生广泛阅读名家名篇、时文典范、学生的习作、老师的下水文等，通过讨论评点，提高不同层次学生的文学欣赏能力和语言表达能力，提高学生的作文水平；每两周进行一次读书总结，填写“自我评价和反省表”；每两天一次读书报告会，利用早读时间，安排一个学生展示自己的阅读成长记录袋，并介绍自己最喜欢的一个故事或一本书。总之，好的作文教学能培养学生的能力，又能升华学生的思想。我们应在作文教学中积极开拓、大胆改革，在引导的基础上将感受、领悟、欣赏、批评的权利交给学生，让他们在发现、讨论、申辩、写作中张扬个性，发现自我，从而体验创造的乐趣，在愉悦中感受写作的艺术魅力，提高审美情趣，推动学生走上成功之路。数据处理流程C测序仪「测序控制PC「计算机集群」1控制测序过程4数据传输5数据处理决定测序长度、填加试剂、‖将basecallings结果将bc文件转化为后续信息控制温度、控制反应时间(二进制文件bc)分析所使用的文本文件拍照传输到计算机集群fastq,aseq)2图像分析的存储上6ndex拆分对测序仪拍照的图片进行7数据质量分析图像分析,得到亮点的光8数据备份强度和坐标3.basecalling9后续信息分析由光强度得到碱基序列图像分析及basica11ing基本原理ICvclelCycle2Cvcle3②对A发出③④(的光拍照对C发出的光拍照对G发出的光拍照e对T发出的光拍照图像分析及basica11ing基本原理1Cvcle2Cvcle3②④由4个c1uster得到4条序列:ATG图像分析对每个图片独立的处理图像锐化对图片进行快速傅里叶变换(FFT),在傅里叶空间乘以滤波函数后反变换识别c1uster/亮点信噪比(亮度/背景值)大于阈值的亮点区域计算亮点光强度和位置坐标在亮点区域,对光强度进行二维插值,求出最大光强度,以及最大光强度对应的位置坐标将同一个ti1e的所有图片中的亮点坐标对齐重叠不同图片之间存在偏移/拉伸/压缩(ofFset)系统、稳定的4种光折射率不同、滤波片不同、光路不同,所以造成成像的偏移/拉伸/压缩,可利用crosstalk,计算出偏移/拉伸/压缩的数值(￡fset参数偶然、随机的f]owe11表面不平、自动调整焦距、机械移动不够精确、随机振动,可利用crosstab1k解决滤波片光谱光谱CrosstalkAC光谱间有交叠,GT光谱间有交叠,所以碱基A的图片中包含C发出的光碱基c的图片中包含A发出的光碱基T的图片中包含G发出的光不利:不能直接比较光强度大小而得到碱基有利:利用图片中共同的亮点,将所有图片对齐重叠,解决offset问题图像分析结果Cluster坐标cyc1e1le2Cycle3A1000A23C800C900(1053,154320G5004T300A1000ACrosstalk1923,1723)ACGC800G500宁700GTA20A500A1000C900固有发光能(1032,1231CG2d力不同,需要归一化32T30020BasecallingCrosstab1k校正4种光强度归一化(用DNA样品计算参数)/Prepha校正(用DNA样品计算参数)对于每个cluster在每个cyc1e中,比较4种光强度,光强度最大的就是当前cycle测到的碱基,各cycle测到的碱基连起来组成这个cluster的碱基序列计算每个碱基的质量值8888hSequencingprimerABasica11ing结果:qseq文件每一行表示一条reads(一个每行有11列,tab分隔:机器编号、xun序号、Lane号、Tie号、坐标、Y坐标indeκ标志、re