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“Traditional”
VS
“Modern”ways“Traditional”VS“Modern”waysBreakthroughofsequencingtechnologies1st:Sanger2nd:IlluminaSolexa;Roche
454;ABISOLID3rd
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PacBioSMRT;OxfordNanoporeBreakthroughofsequencingtecHumanGenomeProject
(HGP)30亿美元30亿个碱基对1984199020032015HumanGenomeProject
(HGP)30亿美Thenationsoftheworldmustseethatthehumangenomebelongstotheworld'speople,asopposedtoitsnations.--JamesD.WatsonThenationsoftheworldmustThe1000GenomesProjectThe1000GenomesProjectThe1000GenomesProjectThe1000GenomesProjectAllorganismshaveagenomeAllorganismshaveagenomePlants&AnimalsPlantsTree
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Omics基因组Denovo测序Re-sequencingMetagenomicsEpigenomics转录组mRNAlncRNASmallRNADegradome蛋白组ProteomeMetabolomeATCG中心法则&Omics基因组Denovo测序Re-seDe
novo
genomeDenovogenome1-大数据时代的组学研究【兰州大学生物信息学】课件1-大数据时代的组学研究【兰州大学生物信息学】课件1-大数据时代的组学研究【兰州大学生物信息学】课件1-大数据时代的组学研究【兰州大学生物信息学】课件ComparativegenomicsSyntenyanalysisGenefamilyexpansionandsubtractionDiversitybetweenspeciesGenomerearrangementChromosomefusionandfissionUltraconservedelementsAccelerativeevolvingregionsPhylogenomicsComparativegenomicsSyntenyanGeneexpansionintheyakgenomesensoryperceptionenergymetabolismGeneexpansionintheyakgeno1-大数据时代的组学研究【兰州大学生物信息学】课件1-大数据时代的组学研究【兰州大学生物信息学】课件1-大数据时代的组学研究【兰州大学生物信息学】课件PopulationgenomicsPopulationgenomicsWildyakDomesticyakPopulationstructureWildyakDomesticyakPopulationSelectionsweepsπlog-ratio>0.65andFST>0.17182regions(14.5Mb,0.54%ofthegenome)209genesOverrepresentedGO:Regulationoftransmissionofnerveimpulse(GO:0051969)Arc,ASPA,ATP2B2,MYO6,NTRK2,Rab40c,SNCA,andTG30genesinvolvedinNeurogenesisandbehaviorOnlyafewgenessubjecttophysicalcharacteristicsandeconomicallysignificanttraitsEarlyDomesticationStageAtrade-offbetweensurvivalofyaksinaharshhigh-altitudeenvironmentandperformanceunderpastoralconditionsSelectionsweepsπlog-ratio>0.DemographichistoryinferredfromSFSDomesticationofyakHumancolonizationinQTPPresent2nd
populationexpansionsbarleycultivation1stpopulationexpansionssettleandestablishvillages(agriculturalsettlements)5,20010,000~7,0004,000~3,000DemographichistoryinferredfMetagenomicsMetagenomicsEpigenomicsTwinsExpressionregulationGenomicimprintingTissuespecificgeneexpressionDiseasesrelatedEpigenomicsTwinsExpressionreTranscriptomeTranscriptomeProteome&MetabolomeProteome&MetabolomeSequencingCostsandDevelopmentSequencingCostsandDevelopme“Traditional”
VS
“Modern”ways“Traditional”VS“Modern”waysBreakthroughofsequencingtechnologies1st:Sanger2nd:IlluminaSolexa;Roche
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PacBioSMRT;OxfordNanoporeBreakthroughofsequencingtecHumanGenomeProject
(HGP)30亿美元30亿个碱基对1984199020032015HumanGenomeProject
(HGP)30亿美Thenationsoftheworldmustseethatthehumangenomebelongstotheworld'speople,asopposedtoitsnations.--JamesD.WatsonThenationsoftheworldmustThe1000GenomesProjectThe1000GenomesProjectThe1000GenomesProjectThe1000GenomesProjectAllorganismshaveagenomeAllorganismshaveagenomePlants&AnimalsPlantsTree
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