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文档简介
ELN
联合Pipeline
Pilot在药物化学领域的应用徐涛xu2013-04-27原始记录单电子化提高实验数据输入的规范性BeforeAfterResearchDevelopmentManufacturing分析数据工作表化学结构文本图像ELN生物结构/序列Accelrys
ELN:
获取复杂数据化学Accelrys ELN
丰富的实验模块分析检测制剂配方高通筛选体内药效生物测试药代动力学Accelrys
ELNPipelinePilot数据挖掘报告输出实验记录管样品理NeoSuite
CMSLIMS,CDS样品分析试剂库存管理NeoSuite
CIMS强大的整合能力,方便不同数据同步更新yti
alBackground:Process
Chemistry
experiments
have
Yieldcalculations
built
into
the
materials
table.
Traditionally,testing
is
done
(either
by
the
chemist
oranother yst)
todetermine
potency.Challenge:
The
%
yields
reside
in
the
Process
chemist’sexperiment(s),
while
the
%
potency,
purity
and
chromatogramsreside
in
the ytical
Chemist’s
experi
ent(s)–
ytical
Results
could
reside
in
the
same
experiment
as
the
processchemistry,
but
total
data
set
still
likely
resides
across
multiple
experiments.Goal:Mine
data
across
multiple
experiments
to
produce
a
view
ofthe
desired
data
in
acontextual
&
summarized
fashion.
Inthiscase,
mine
and
report
all
%
yields,
potencies
and
purity
data,relating
the
results
to
specific
reaction
parametersSo
what
do
these
experiments
actually
look
like?...Process
Chemistry实验ytical实验ELN中将两个实验结果报表Report
andysis引例:剂量反应引例:剂量反应剂型实验设计Pipeline
Pilotreturns
a
list
offormulation
experiments
to
theExperiment
list
(spreadsheetsection)
and
the
correspondingformulations
are
automaticallycreated
in
the
FormulationssectionCalculate
PMI
forbothintermediates
and
products
in
amultistep
synthesis,
or
onlythefinal
product
if
a
one-potsynthesis绿色化学——Process
Mass
Intensity计算ELN中分析生物数据Pipeline
PilotPlate
数据分析ResearchDevelopmentManufacturingytical
DataSpreadsheetsChemical
StructuresTextImageELNBiological
Information(Sequences/Structures)Pipeline
PilotysisProcessingReportingAccelrys
ELN+
Pipeline
Pilot数据搜集、
、分析报告和的综合解决方案Pipeline
Pilot简介13Pipeline
Pilot在药物分子设计中的应用示例Pipeline
Pilot在药物 与分析方面应用示例42Pipeline
Pilot在药物专利调研中的应用示例5
Pipeline
pilot其他领域应用示例主要内容Pipeline
pilot与其他信息系统的应用整合6Pipeline
Pilot简介13Pipeline
Pilot在药物分子设计中的应用示例Pipeline
Pilot在药物 与分析方面应用示例42Pipeline
Pilot在药物专利调研中的应用示例5
Pipeline
pilot其他领域应用示例主要内容Pipeline
pilot与其他信息系统的应用整合6Pipeline
PilotPipeline
Pilot是一个适用于生命、
、材料、化工等科学行业的研发信息流程定制和信息整合平台ytical
DataChemical
StructuresTextNumericPPImageBiological
Information(Sequences/Structures)AerospaceEnergy
&PetroleumCPG\Food
ScienceChemicalsLife
Sciences搭建属于自己的工作流程数据计算数据输入数据分析数据输出Integration
with
SharePointPlate
Dataytics
&
ReportsPatent
SearchYour
CADD
Workbench化学Chemistry
collectionADME/Tox
collection生物Sequence
ysisGene
expressionMass
spec
for
proteomicsNext
generation
sequencing材料Solve
crystal
structuresSolvent
effects•ytical
instrumentationPlate
data
ytics图像Basic
imagingAdvanced
imaging建模与统计R-statisticsModeling
and
Advanced
modelingPipeline
Pilot
科学广度广泛的全球客户群Chemicals
Oil
&
Gasal
&
HomeCareAutomotiveAerospace
&DefenseAdvance
Materials
&SemiconductorPharmaceutical&
AgroChemElect
onicsPipeline
Pilot的功能模块分布LaboratoryPlate
Data
yticsyticalInstrumentationChemistryChemistry
ADMETCheminformaticsReporting
&
VisualizationReportingysisText
Search
&yticsChemical
TextMiningBiologySequence
ysisGene
ExpressionMass
Spec.
for
Proteomics
Next
Generation
SequencingLife
Science
M&SCatalyst
(Pharmacophore)
CHARMm
(Simulations)Database
&
Application
IntegrationIntegrationClient-Side
SDKsImagingImagingMaterialsM&SMaterialsPolymer
Properties
(Synthia)药物分子设计药物信息分析ysis
&
StatisticsData
Modeling
Advanced
Data
Modeling
RStatistics化学信息分析药物 分析Chemistry模块介绍Chemistry模块可以使您非常方便对包含化合物的信息进行处理和分析,包括建立化合物数据库、子结构匹配和检索、化学反应的分析处理等。并且,通过和其他联用,可以方便地进行材料结构和生物分子的模拟工作。MOL、MOL2、SD、PDBSKC、SMI、RXN、ISIS多种格式多种形式查看分子性质计算分子量分子式AlogPlogDpKalogS氢键给体数氢键受体数分子表面积分子体积……通过反应式枚举产物SAR分析ADMET模块介绍ADMET模块提供了一系列组件,不仅能够计算分子的各种ADMET性质,比如水溶性、血脑屏障通透性、肝毒性、肠吸收率和血浆蛋白结合率等,还能够已知药物的代谢产物。代谢物及代谢反应类型计算化合物的各种ADMET性质需要Chemistry模块Textytics模块介绍ytics模块提供了很强的文献检索和文本资料挖掘的工具。您可以通过Text整合文本检索和文本描述到自己的科研流程,达到交互或自动完成包括和外部文本数据资料挖掘的目的。本地文本资料doc
txt
htm外部文本数据库PubMedESP@CENETNIHCrispPatFTYahoo……ChemMining模块介绍ChemMining模块能够使您在文本文档中找出化学名称,并转换为化学结构为您将来的工作做准备。您可以查找一部分文档,并创建一个报告显示找到的分子结构;也可以构建流程查询一批文档,并构建一个可查询的化学结构数据库。因此,您可以对化学文档同时进行化学结构和文本的查询,进行真正的化学智能检索工作。需要Text
ytics模块Integration模块介绍PipelinePilot
ClientRunProtocolJavaClientJava
API.NETClient.NET
APISOAPClientSOAPAPI终端用户环境Pipeline
Pilot
ServerProtocol
Run
Time
EnvironmentPipeline
Pilot服务RunProgramJavaPerlPythonVBScriptSOAPnet/
FTPODBCCommandLineJava
ScriptPerl
ScriptPython
ScriptVBScriptIntegration
模块SOAPServerCommand
LineDatabaseServer网络服务服务器Integration模块可以通过灵活的方式,将外部的应用程序和数据库无缝地集成到Pipeline
Pilot的流程中,方便您最大程度地整合您的第
资源。整合第应用程序整合数据库Reporting模块介绍Reporting模块用来对分析数据的结果进行可订制的报告输出。通过表格、多种曲线图和图像的显示,可以使您从不同的视角来观察和比较数据,您甚至可以设计交互的方式来输出不同报告,以满足不同的要求。Modeling(&Adv)模块介绍Modeling
(包括Advanced
Modeling)模块提供一系列用于学习建模的工具、统计性的过滤器等组件。利用这些组件,您可以进行快速的数据聚类分析、自动分类学习、主成分分析,还可以结合Chemistry模块建立构效关系活性模型,检索公共子结构。利用学习建模组件进行主成分分析R-Statistics模块介绍RStatistics模块提供了包括一系列整合的统计学方法的组件,通过这些组件,您可以对数据流进行基于R方法的统计分析和数据操作,并通过R方法直接将结果输出到流程中以便做进一步的处理。PCA应用Sequence
ysis模块提供了一套生物信息学的工具和算法可以对序列进行分析和研究。您可以用工业标准的方法来对DNA和蛋白质序列进行分析和注释,支持序列搜索和序列比对,还可以整合您自己的算法到工作流程中。Sequence
ysis模块介绍Gene
Expression可以帮助您对 表达实验进行分析、处理、查看、注释和报告。通过Pipeline
Pilot搭建工作流程,您不用编写复杂代码便可以方便地分析 表达,并可以与sequence
ysis和reporting模块联合使用。Gene
Expression模块介绍MassSpecfor
Proteomics
Collection提供了一系列对基于生物质谱的蛋白组数据处理工具,可以对来自质谱实验的数据进行读入、输出、显示、处理、分析、比较和发布。可以和Sequence
ysis和GeneExpression模块进行连用做其他实验数据的分析以及生物标记的识别和验证。Mass
Spec
for
Proteomics模块介绍Imaging模块介绍Imaging模块应用PipelinePilot的工作流程自动化功能和可视化的流程搭建方式来处理图像工作。这种直观的、基于Web的、可供企业用户
的
平台提供成 工具来增强、处理、分析、测量和报告图像数据。该模块能够将把图像数据与数字、化学、图形和文本数据结合在 的计算平台上。Plate
Data
ytics模块介绍Plate
Data
ytics模块提供一系列用于处理孔板数据的方法和工具,能够读取、输出、报告、显示、操作和计算孔板数据。通过PipelinePilot的图形化搭建流程的方式,研究
无须编写代码便可构建复杂而功能强大的数据分析流程,对实验筛选的数据进行分析。还可以与Integration模块相结合,把孔板数据导入到相关的数据库中。ytical
Instrumentation模块介绍ytical
Instrumentation模块提供一建实用的光谱或色谱分析工作流程,满足的信息学工具和算法,可以创科研工作的需求。使用该模块,研究可以注释、分析和比较不同来源的实验谱图,可以很容易进行寻峰、摘峰,处理RAW
Data,并进行谱图的相似性比较和检索,还可以结合
Integration模块,创建谱图分析和管理的平台。支持多种谱图:XRPDIRRamanUV-VisMSHPLCGCEPRNMRFLRNGS模块介绍NGS模块提供专门针对二代平台的数据进行数据分析的平台@SRR037658.706
HWI-EAS350_168:6:1:19:621ATGAAAGACGAACAACTGCGAAATCGTATTCCGTCT+B@@B6856-+?@4BA31%./=>?.<2+80(7<####@SRR037658.707
HWI-EAS350
168:6:1:19:1619AAGGAACAAAATAATCGTATGCCGTCT?679BB@7;B=A@8A55A<0?@24A?DepthGBrowse2生命科学模拟模块与生命科学模拟相关的模块。功能包含在DS中,包括Catalyst,
CHARMm等相关内容等。材料科学模拟模块与材料模拟相关的模块,包括Dmol,Castep,Gulp等…….Pipeline
Pilot简介13Pipeline
Pilot在药物分子设计中的应用示例Pipeline
Pilot在药物 与分析方面应用示例42Pipeline
Pilot在药物专利调研的应用示例5
Pipeline
pilot其他领域应用示例主要内容Pipeline
pilot与其他信息系统的应用整合6Pipeline
Pilot的功能模块分布LaboratoryPlate
Data
yticsyticalInstrumentationChemistryChemistry
ADMETCheminformaticsReporting
&
VisualizationReportingysisText
Search
&yticsChemical
TextMiningBiologySequence
ysisGene
ExpressionMass
Spec.
for
Proteomics
Next
Generation
SequencingLife
Science
M&SCatalyst
(Pharmacophore)
CHARMm
(Simulations)Database
&
Application
IntegrationIntegrationClient-Side
SDKsImagingImagingMaterialsM&SMaterialsPolymer
Properties
(Synthia)药物分子设计专利信息调研ysis
&
StatisticsData
Modeling
Advanced
Data
Modeling
RStatistics化学信息分析药物 分析Pipeline
Pilot药物专利调研应用示例Name
to
Structure
(English,Chinese……)Extract
Chemical
Structure
from
PDF/TIFFBuild/Search
structure
searchable
DatabaseOnline /Patent
searchGeneGo
MetabaseIntegrationT.R.
Co lis
Integration示例1:Name
to
Structure
(English,Chinese……)2-{4-[(3,5-dichloro-4-pyridyl)oxy]phenyl}acetonitrile示例2:Extract
Chemical
Structure
from
PDF/TIFF通过整合专业的文档结构抓取CLiDE,可以非常容易对大量的专利PDF文档(包括扫描版本)中的化学结构(包括Markush结构)。示例3:Online/Patent
searchesophageal
cancer示例4:Build/Search
structure
searchableDatabasePipeline
Pilot包含了Direct
,一种基于Oracle数据库的高性能化合物结构 和查询的数据库cartridge技术。通过这种技术,可以帮助用户搭建百万级别的企业级化合物数据库和化学信息学应用平台。用户无需精通Oracle数据库,就可以完成化合物结构导入和检索的全部流程。示例5:T.R. GeneGo
Metabase
IntegrationT.R.GeneGoMetabase数据库是目前世界内容最全的系统生物学、网络药理学、系统毒理学数据库。目前为世界最大科研信息
商汤森路透所有。http://t/products_services/science/systems-biology/示例6:
T.R.
Co lis
IntegrationCor
lis™是ThomsonReuters的下一代平台,可以提供Thomson
Reuters所有生命科学的内容,包括Thomson
Reuters
Pharma、Thomson
Reuters
Integrity、Newport
Premium和IDARC®,Cor
lis™
forCompetitive
In
ligence是Thomson
Reuters
Pharma的升级版本,可为药物研发 提供综合的竞争
信息。它的信息来源于各种科技文献、专利文件、、科技会议
等,提供了四万多种上市和在研药物,七万多家制药公司的相关信息,包括药物、专利、文献、会议、临床试验、公司、交易及
等需要Corlis
API基于PP的文档管理和分析流程PubMedPatents自动寻找和资源和本地各类文档自动找出文档中的化学名本地文档自动把文档中化学结构摘出自动把化学名转成化学结构通过PP流程自动进行聚类、相似性、SAR分析StructureDatabaseTextDatabasePipeline
Pilot简介13Pipeline
Pilot在药物分子设计中的应用示例Pipeline
Pilot在药物 与分析方面应用示例42Pipeline
Pilot在药物专利调研的应用示例5
Pipeline
pilot其他领域应用示例主要内容Pipeline
pilot与其他信息系统的应用整合6Pipeline
Pilot的功能模块分布LaboratoryPlate
Data
yticsyticalInstrumentationChemistryChemistry
ADMETCheminformaticsReporting
&
VisualizationReportingysisText
Search
&yticsChemical
TextMiningBiologySequence
ysisGene
ExpressionMass
Spec.
for
Proteomics
Next
Generation
SequencingLife
Science
M&SCatalyst
(Pharmacophore)
CHARMm
(Simulations)Database
&
Application
IntegrationIntegrationClient-Side
SDKsImagingImagingMaterialsM&SMaterialsPolymer
Properties
(Synthia)药物分子设计专利信息调研ysis
&
StatisticsData
Modeling
Advanced
Data
Modeling
RStatistics化学信息分析药物 分析Pipeline
Pilot药物分子设计及化学信息学应用示例化合反向找靶——基于分子对接化合物反向找靶——基于药效团化合物反响找靶——基于靶点结合口袋相似性整合Autodock
Vina并于DS中使用整合Glide并于DS中使用整合ID-Score并于DS中使用整合NAMD并于DS中使用整合Gaussian并在网页使用Pipeline
Pilot
&
Discovery
Studio的无缝整合Discovery
Studio的综合性——功能全面In-situ
leadenumerationScaffoldhopVirtualscreeningQSAR,ADME
andToxicitySimulationsandQuantumMechanicsHomologymodelingProteindockingProteinStability
andBindingaffinityLigandprofilingSpecialist:AntibodydesignSpecialist:MembraneProteinsX-raySpecialist:ProteinaggregationDiscovery
Studio是强大的药物设计综合交互式平台基于分子对接解释药靶结合机理基于分子对接虚拟筛选先导化合物优化化合物骨架跃迁基于药效团的虚拟筛选药效团数据库基于药效团反向找靶药物活性虚拟组合化合物库的构建示例1:化合反向找靶——基于分子对接示例2:化合物反向找靶——基于药效团Wolber
G,
LangerT
(2005).
"LigandScout:
3-D
pharmacophores
derived
from
protein-bound
ligandsand
their
use
as
virtual
screening
filters".
J
Chem
Inf
Model
45
(1):
160–169.PharmaDB:已最大的基于结构药效团数据库共139482个基于scPDB中7687个复合物晶体结构构建的示例3:化合物反向找靶——基于靶点结合口袋相似性J.
Comprehensive
description
of
protein
structures
using
protein
folding
shapecode.
Proteins
2008;71.3:1497-1518.Binding
mode
prediction
accuracy
onthe
test
set.
"AutoDock"
refers
toAutoDock
4,
and
"Vina"to
AutoDockVina
1O.
Trott,
A.
J.
Olson,
AutoDock
Vina:
improving
the
speed
and
accuracy
of
docking
with
a
new
scoring
function,
efficient
optimization
and
multithreading,
Journal
of
Computational
Chemistry
31
(2010)
455-461示例4:整合Autodock
Vina并于DS中使用Autodock安装位置Autodock
scoreGlide:
A
New
Approachfor
Rapid,
AccurateDocking
andScoring.
1.
Method
andAssessment
of
Docking
Accuracy;J.
Med.
Chem.,
2004,
47
(7),
pp
1739–1749. :10.1021/jm0306430示例5:整合Glide并于DS中使用薛定谔安装位置GLIDE
docking
scoreLi
GB, LL,
Wang
WJ,
Li
LL,
SY.
ID-Score:
A
New
Empirical
Scoring
Function
Based
on
aComprehensive
Set
of
Descriptors
Relatedto
Protein–Ligand
Interactions.
J.
Chem.
Inf.
Model.
2013,53(3),592–600示例6:整合ID-Score并于DS中使用James
C.
Phillips,
Rosemary
Braun,
Wei
Wang,James
Gumbart,
Emad
Tajkhorshid,
Elizabeth
Villa,Christophe
Chipot,
Robert
D.
Skeel,
Laxmikant
Kalé,
and
Klaus
Schulten*.Scalable
Molecular
Dynamics
with
NAMD,J
Comput
Chem.
2005December;
26(16):1781–1802.科学背景:虽然DS的分子力学、分子动力学计算引擎为CHARMm,是一个非常经典的程序,但其计算效率并不是最高的。NAMD(NAnoscale
MolecularDynamics)是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码,由
NHI开发。示例7:整合NAMD并于DS中使用中已经有
的
ponent,可以直接整合NAMD。该工作流程既可以在PP中使用,也可以在DS中使用。示例8:整合Gaussian并在网页使用Client-Side
IntegrationServer-Side
IntegrationCOMWSPipeline
PilotEnterprise
ServerWS整合模块介绍Pipeline
Pilot简介13Pipeline
Pilot在药物分子设计中的应用示例Pipeline
Pilot在药物
与分析方面应用示例42Pipeline
Pilot在药物专利调研的应用示例5
Pipeline
pilot其他领域应用示例主要内容Pipeline
pilot与其他信息系统的应用整合6Pipeline
Pilot的功能模块分布LaboratoryPlate
Data
yticsyticalInstrumentationChemistryChemistry
ADMETCheminformaticsReporting
&
VisualizationReportingysisText
Search
&yticsChemical
TextMiningBiologySequence
ysisGene
ExpressionMass
Spec.
for
Proteomics
Next
Generation
SequencingLife
Science
M&SCatalyst
(Pharmacophore)
CHARMm
(Simulations)Database
&
Application
IntegrationIntegrationClient-Side
SDKsImagingImagingMaterialsM&SMaterialsPolymer
Properties
(Synthia)药物分子设计专利信息调研ysis
&
StatisticsData
Modeling
Advanced
Data
Modeling
RStatistics化学信息分析药物 分析Pipeline
Pilot与分析应用-谱图处理PP可以进行批量化的谱图处理工作常规谱图操作谱峰的识别谱峰的面积积分线宽分析谱图背景识别和去除谱图切断、缩放、平滑等Fourier傅立叶转换专门的NMR谱图处理功能模块–
全自动一步式的FID分析流程:从FID转换为化移–
从化学结构产生出NMR谱图(支持C13和质子谱)(整合Modgraph
NMRPredict程序)查询和相似度分析计算出谱图间的相似性对谱图进行聚类分析对谱图进行数据库查询谱图数据的分析2.
RemoveBackground1.
Read3.
Smooth4.Truncate5.
FindPeaks示例:拉曼图谱聚类谱图数据报告整合ACD/Labs模块对谱图分析Pipeline
Pilot药物信息学分析应用示例SAR分析MMP分析QSAR分析QDE分析(类药性分析)可合(SA)
分析Scalefold
Tree分析1
SAR分析示例2:MMP分析(已置入DS)853 QSAR分析(已置入DS)4 QDE分析(类药性分析)Based
on
“fying
the
Chemical
Beauty
of
Drugs”,G.
Richard
Bickerton,
Gaia
V.Paolini,
Jérémy
Besnard,
Sorel
Muresan,
Andrew
L.
Hopkins,
Nature
Chemistry
4,
90–98(2012)5
可合(SA)
分析Based
on
“Estimation
of
Synthetic
Accessibility
Score
of
Drug-like
Molecules
Based
onMolecular
Complexity
and
Fragment
Contributions”,
Peter
Ertl
and
Ansgar
Schuffenhauer,Journal
of
Cheminformatics,
2009,1:8Chemists
Score:Average
“ease
of
synthesis”ratings
from
nine
syntheticchemists
at
Novartis
for
40molecules
from
PubChem.Rating
scale:
1
(easy)
to10(difficult)Data
for
the
40
validationmolecules
from:Peter
Ertl
and
AnsgarSchuffenhauer.
JournalofCheminformatics
2009,
1:8easydifficultSAscore
vs
Chemists
Score6 Scalefold
Tree分析Implementationof
the
iterative
ring
trimming
procedure
described
in
"The
Scaffold
Tree,Visualization
of
the
Scaffold
Universe
by
Hierarchical
Scaffold
Classification",
Schuffenhauer,A.,
Ertl,
P.,
Roggo,
S.,
Wetzel,
S.,
Koch,
M.
A.,
Waldmann,
H.,
J.
Chem.
Inf.
Model.
2007,
47,47-58.Pipeline
Pilot简介13Pipeline
Pilot在药物分子设计中的应用示例Pipeline
Pilot在药物
与分析方面应用示例42Pipeline
Pilot在药物专利调研的应用示例5
Pipeline
pilot其他领域应用示例主要内容Pipeline
pilot与其他信息系统的应用整合6Pipeline
Pilot其他研究领域应用示例化合物孔板筛选和分析生物信息学(
组/转录组/蛋白质组/NGS)图像分析(病理、医学、蛋白晶体)生物实体PP解决“易出错”问题将化合物信息与生
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