如何找一个基因的启动子序列呢

1、如何找一个基因的启动子序列呢？、 UCSC（）网址：在 里择物种比如 ， 输入你的基因名 ，点 （）出现新的面，看到 ” 下的 了吧，它（）又回到了（）类似的页面，此时，点击 （ ）出现个新的页面，选中 ，同时以输入数值修改具体的序列区域，如 ，即示启动子 区域（）击“ 出现页面中上面的序 - ” 就是你的人 动子 区域的 序列了、（）网址：在 “ 标题下 search 后的下框中选中种名 （人 框中 输入基因名 PTEN，点击 （）出现的新面中比较，但不要它，直接寻找 “Ensembl protein ” 字样 的，对，也是第二个点击它（）新出的页面也乱，不过然不用管它，看到左侧有点肉色（在

2、不知道么描述 了的那些选了吗对，就 下面那一在里面 ” 点它（）现在的界就一目了了，在 “ 中输入值确定启子长度（默 认为 如 点击 ；（）出现序列中，为红色的是基因的外显子，红色之间黑色的列就是内子，而 第一个红色然就是第外显子了那么开始的碱基一直到第一个红色的碱间自然就 启动子 的列啦这样，你不查到了启子，连它外显子、内含子序列也全部搞定了 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？、（）网址：（）具体使用法大同小，就是输物种名、基因名，限定启动子序列域不过有了前个，我想经足够用，个人感觉 库容太小，很多因查不到 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？我以前回的，总结一 / / 如何找一个基因

3、的启动子序列呢 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？ 一般也和 的一致，你的情况可能外。这就清楚了。 有七个显子可 能有它自己理由。另外， 的因中 库同时有 ensembl 和 的接，不从这个链看看。 此外，还可看一看这基因在物间的同源性以及它物种有几个外显子，做参考综合 考虑一下。给你提供几启动子区查找的网，慢慢摸索会学到更多的。果蝇的 通常确定启子的算法以分成两 ,种根据启子区各种录信号 如 盒、 盒 结合对这些守信号及号间保守空间排列顺序的识别进行预测。如 用 经网络方法定 盒、 盒、加位点 和 盒 的位置和距离 , / / 如何找一个基因的启动子序列呢？识别含 TATA 盒的动子。

4、根据转录因结合部位基因组中布的不平衡性 将录因子结合部位分布密及 盒的 权重矩阵 结合来从因组 中别出启动区3 。但述程序预测的 假阳性率较 每 23kb 出现个假阳性 ; 平每 出 现一个假阳。 另一种方法据启动子序列的特进行预测。 从一组练序列中取出 启动子区的境特征 并外显子、含子和 端非翻区的特征及动子区加区分从而在基 因组中确定动子位置初来乍到，个技术贴、取目的基的 序，并且在 NCBI 的数据中查获转起始点、取转录起点为中心上下约各 ，若在此范内出现 ，到翻译起始点终止 、用在线软进行分析 本人是采取种软件结的方法，于 和 假阳率较高，仅为参考， 而 的特异较高，结比较可信。同时，

5、利用 岛预测，为辅助参考 、后，可以到小鼠的源区，进同源性比较，启动子区域一定是高守区、此，可以步预测启子区域的围了。请高手多多教启动子预测转录因子预：此处亦有好，自己挑！以下内容转启动子及转因子结合点数据库预测工具 - / / 如何找一个基因的启动子序列呢？ II for a 通常确定启子的算法以分成两 ,种根据启子区各种录信号 如 盒、 盒 结合对这些守信号及号间保守空间排列顺序的识别进行预测。如 用 经网络方法定 盒、 盒、加位点 和 盒 的位置和距离 , 识别含 TATA 盒的动子。 根据转录因结合部位基因组中布的不平衡性 将录因子结合部位分布密及 盒的 权重矩阵 结合来从因组 中别出

6、启动区3 。但述程序预测的 假阳性率较 每 23kb 出现个假阳性 ; 平每 出 现一个假阳。 另一种方法据启动子序列的特进行预测。 从一组练序列中取出 启动子区的境特征 并外显子、含子和 端非翻区的特征及动子区加区分从而在基 因组中确定动子位置 近来还有一程序将上方法及 岛 信相结合。 岛一段 或 更长的 序核苷酸 + C 的含量较并且 CpG 双核苷酸的现频率占 C 含的 5 0 以上。许脊椎动物启动子区及 岛的位置合。 ( / ) 搜通过 5 定技术构建的第一外显子数据库识别一剪切点first ,结合 岛信息确定启动区。这种法使预测敏感性和特异性都明 显提高。该序预测含 CpG 岛启动子

7、的敏性和特异都高于 % ,预测不含 岛的启 动子的精确相对略低 数据库 收录真核基因调区结构和因表达方的信息 ,每条目对一个基因 应用权重矩数据库搜转录因子合部位的程序包括 转录因子搜程序 , )等等。尽管于 PWM 的搜索比敏感 但它最大的缺点就是假阳性率过高 在预测结果中有 多结合部位不真正具生物学功。 数库经实验确定复合元件多 数据库中录了近 200 条经实验定的复合件的信息 如果转录因结合部位预测结果包含复合元件 显比单个元件更有可能具生物学功 o - 程通过建立个转录因结合部位的 及其合作用的模 ,可预测序列的 复合元件。有一些程利用 数据库已知的复元件去搜基因组序列。 / / 如何

8、找一个基因的启动子序列呢？等是用来搜高含量基 的些算法可以对一组因簇中的 基因调控区行比较 以现其中存的高含量的基序 ,调元件可能存在于这些基序之中。在 查找可的启动1、进入网站 。2、点击 单，在 position 后面的搜索框内写入待查的基因名称，点击 getoutput。 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？3、出现一系列候选序列。当搜索用词不特异的时候会出来太多的结果，只显示 500 条。 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？4、点击自己目的基因的结果链接，会出现该基因在染色体上的位置 (有时候会 直接跳到选择 genome，mRNA 那一页面可能是在搜索词比较特异的情 况写)，继

9、续 getoutput。 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？5、选择 genome 这一项。6、promoter/upstream 前面的框中打勾一般的启子长度大约为 2kb 右，这数字可以修改。为便观察，可续修改下的几个选项。这里选择 CDS 大。 / 1911 / 19如何找一个基因的启动子序列呢？7点击 sequence 可得到结果UTR upstream 是分开的CDS 大写的， 可以看到起始码。copyATG 以前的序列进行启动子分析。 以 genome 模板。在 Ensembl 查找能的启子 1进入站，择物种，入搜索的因名称。 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？2出来 2

10、个结果本例中貌似是同一个。击相应链进入新页。3貌似 个同的转录。点击 Info 4新页中即可看到 5 upstream sequence 。以在 Flanking of 后 面的框中修期望显示序列长度一般启动子最好选 2kb。后 所显示上游序进行 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？分析。随着基因工的发展常常需要建一种能高水平表达异源蛋白质的表达载体启子对外源 因的表达水影响很大是基因程表达载体的重要元件因研究启动子克隆方法对研究 基因表达调和构建表载体至关要。迄今为止国外尚见到有关动子克隆方法的综述性报道国仅孙晓红等就启动子 结构分类克方法和食菌中已经离到的启动子作过综述。而近年来又有多改

11、进的隆 启动子的方获得了多面的成功本文就近年来进的启动子克隆方法作综述以促进对 启动子分离术的应用1 启动克隆的几种方法 利用启动探针载体选启动子启动子探针载体是一有效、经、快速分离基因启动子的工具型载，包含 2 个本 部分：转化元和检测元。其中转化单元含复制起点和抗生素抗性因于择被转化 细胞；检测元则包括 1 个失去转录能且易于检测的遗传标记基因以及隆位点。利用启动子针载体筛启动子的程为，先选用 种适当限制性核内切酶消化切割 染色体 ，然后将切割产生的 限制片群体及启动子的针质粒载体重组，并按照设 计的要求使隆的片段好插在紧报告基因的上游位置；随后再把重混合物转给寄主细 胞，构建质载体基因库

12、，并检报告基因的表达活性。当插入段同满足 有基因启子序列； 有翻译始区；具有始 子； 插入方向正； 入片 端编码区列抗性基因编码区读码一致，则可能形成功能 的抗性融合因，从而动抗性基的表达。最早由 等在大肠杆中以四环素抗性基因作为报告基因构建了启动探针质粒 克隆了一原核和真启动子片段后 Donna 等以霉素抗性因作为报告基因， 等以大肠杆菌 为报基因，构建酵母启动探针质粒克隆了一些启动子片段。 构建启动子针型载体较为常见检测标记基因有 半乳糖酶基因 、霉素乙酰移 酶基因 、四环素性基因 和卡霉素抗性基 (Kan)。近年来，们渐渐较地使用 潮霉素 磷酸移酶( 基因作检测标记基因李维等构建了含有

13、hph 抗性因的启动子 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？探针型载体 ，直接在大杆菌中分黄孢原毛革菌基因启动子。先用 酶 黄孢原毛平菌基因总 ，及用 酶切的 相连，转大肠杆菌用间接筛 选法从氨苄霉素和潮素抗性平上筛选重组子，得到 6 个双抗组子 pCH6)，电泳 检测插入片分别命名 再用生质体转化法将重组子别转化黄原毛平革， 对获得的转子进行复，仅 的转平板上有定生长的落，说明了 片段在黄孢 原毛平革菌具有启动因表达的能法不要知道具体基因的序列机筛选启子， 避免了引物计，能获大量的启子片段。利用 技术克隆启动子即根据发表基因序列设计引物克隆基因的启动子，由于 PCR 法简便捷，近年人 们较

14、多采用方法克隆因启动子苏宁等根据报道的水叶绿体 启动基因序列计 5启动子序列引物，以 稻叶绿体 为模板， 扩增 基因 5 启动子区的段，酶切克隆到 的 和 位，构建测序载体质粒 pZ16S ，进行列测定结果表明所克隆的片段为 ， 含有 序列同比较结果明所克隆的片段及水稻叶绿体 16SrRNA 启动子序列有 的同源性。上述的 PCR 法简便快捷、操简单，是人们较为广泛使用的技术。环状 环状 包括 和 2 种 都根据一端已 知序列设计嵌套式引进行 。 是 年 最早提出的一基于 PCR 的改进的染色体步行方法。 的实验序包括，基因组 经酶切后 连接酶进行连接，产生状 片 段；以环化物为底物用根据已片

15、段设计的反向引物进行 PCR 扩增从而得到有未知片 段的扩增产流程如图 1 所示。韩志勇等以 I-PCR 术为基础克隆了转基因稻的外源因旁侧序用小量法提转基 因水稻的总 总 DNA 用 倍量的制内切酶进行过夜酶切，酶切片段行自连接然 后根据工程粒的 T-DNA 区设 2 对向引物进行套式 扩旁侧序列。建立了适合处 理大量材料克隆转基水稻中外基因旁侧序列的技术体系。在 1 周内克了 个基因水 稻株系中外基因的旁序列，长在 之间。 法速、高效稳定，操相 对简单，花少， 引物设计比方便。 是 Jones 等提的利用末端反向重复序列及已知序互补配对成 环状单链模，有效增了引物及板结合的特异性。反应需要

16、 3 个根据已序列设计引物， 3 个引物已知序列内呈线性排列其中第 3 个引可作为接使用可及已知列互补配对形 成锅柄状单模板。其程为，首酶切基因组 ，产生 或 粘末端，然后连接上合适的 接头 ，连接好后最用核酸外切 I 除去多余的头，由于接上的接头及已知序列 是反向重复列，变性的 DNA 链可退火形成锅柄状单链模板，之后分别用 个单引进行 3 次 增，能有效地扩增 9kbp 大片段未知列流程如 示 。黄君健等成地应用 技术正常的人周血单核细胞基因组 中扩端粒催化亚 基 基 端上游旁序列获得了 因翻译始位点上游 的基组 序列。首先酶切消化因组 ，得到带 的 5突端的 DNA 片段。然后利用已知的

17、 列设计 PCR 物常规的 PCR 方法增出 大约 的基组特异片， 序列分析为 的基组 片段。根得到的基因组 序列的息，确定 的引 物退火区，合成了 磷酸化的接寡核苷酸和 条基因特异引物，其中连接寡核苷酸 5端 的 4 个碱基 及上述酸内切酶消化产生的 5突出端 GATC 互补后连接寡核苷酸及基 因组酶切产连接，以接产物为应模板，进行 ，使模自身进行退 -伸反应，以形 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？成 构。后以单链 模板， 条基因特序列为引进行嵌套 ， 最终获得了 1 条 含 基因启动子 片 等利用进的 ，形 成 结构之前 末连上 ddCTP 使引物错配的机率减少特异性增。他们从类 基

18、因组 已知点侧翼扩增了 4 的片段未知序列 是目前能够增距已知列 最远的未知 DNA 序列的法，有很高的特异性。利用载体或头的染色步行技术隆基因启动子这类方法的一步都是切基因组 DNA ，连接体或接，既可以 等质粒体， 也可以使用 DNA 等噬菌体载体只选用的载体有合适的切位点同样根实验需要接 头既可以是链也可以单链，然根据基因组 DNA 序列计的特异引和载体的用引物或 接头序列进扩增。利用载体的 PCR 等利用的特异性引 对小鼠伤寒菌组氨酸转运纵子为起进行连续行。以 为载。用 和 AraI 酶基因 组 ， 和 酶切体 DNA ，后连接基因片段和载片段，用据基因组 DNA 序 列设计的特引物和

19、载的通用引进行扩增由于非特异段没有单特引物结合位点 使有载体连非特异片，也无法到大量扩增，而使特异片段得到有扩增。利用接头的 王新国等用衔接头的法计位于单 DNA 两端互补的颠末端重复序，增加了应的特异，在胡萝卜 型转化酶基因启动子的克隆方面取了新的 进展。首先胡萝卜基组 分别用 PvuI 、 酶切，并设计 1 个接头 长链序列和 个衔头短链序，并在衔接头短链的 3 末端带 个氨的衔接头能够阻止 聚合酶催化衔接头短的延伸同时衔接头的长链和短链之间是反向重复序将酶切片段 此衔接头连，取连接物做模板以衔接头引物和基因特异引物做 在首 中只 限定的远端因特异引有结合位，当基因特异引物延伸产生的 DN

20、A 链通过接头时，能 产生衔接头物的结合点 才能以接头引物基因特异物进行指扩增一方， 如果非特异成产生了 两都有双衔接头序列的 产时种 产物在次变性 后，单链 DNA 末端的接头反向复序列将成锅柄结构，此结构比引物-模板杂更稳定，能 抑制非特异列的指数长。最后到主要的 PCR 产物为 、 、 和 。将 衔接头系的 产克隆、测序源性比较得到 个新的胡卜 型转酶基因 启动子序列它含有似于 和 CAAT 的元件在启动子的上游区域多个 富含区，该启子的发现于研究植中的糖代谢具有重要的意义。接头物的相对置如图 所示。3这种方法具便于操作实验线路单的优点，但是特异性较差，产物进一步杂验证。 法 等在扩增

21、端采用“”形接头以减少接引物的单物扩增。其原理是接 头引物处于Y接头的 个分单链上，列及接头样，只有及特异引物引导合成了接的互 补序列后，头引物才退火参及增，流程如图 。方卫国等尝将 法引入到昆虫原真菌的分生物学研并取得成功建立了 合于球孢白菌和金龟绿僵菌 体系。在已隆的类球孢白僵菌类枯杆菌蛋白基因 的础上，用 法，克隆到该因的启动子 先酶切球孢僵菌基因 ，然后及Y形接相连，取接产物做板，先以基因特异 引物 做线性增，再以线性扩增产物模板，以头引物和因特异引物 做指数扩增，只 有当线性扩时合成了有接头引的互补单链，接头引物才能及其发退火，参指数扩增 从而有效防了接头引的单引物增。最后得 产物，

22、进序列分析确定为 的上 游启动子序。在应用 法时，切酶的选择关重要。的内切酶生适合 PCR 扩增的片段，太大 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？太小都不行为了得到适的内切，需要从众多的内切酶中筛选。研表明同物种有自 己合适的内酶。 法延的起始片段以是基因 片段，也以是 cDNA 片，在 延伸 片段时的引物要避开内含和外显子边界内含子的置未知的情况下， 可考虑多合 2 条特异物，以提扩增未知片段的机率。该方法假阳性低、效率，理论 上能扩出所目的片段 很早就有用机引物的 ，但由无法有效控制由随机引物引发的非特异产物的产生， 所以一直未广泛应用近年来由 IJiu 等计的 又叫热不对交错 PCR

23、，解决了这问题，后来有研究表明，经改良过 成功地从 突变体中克到外源插基因的旁序列，从而为启动子的克隆提供了效的新方。在利用特异物和随机物进行 中般有 3 产物生由特异性引物和并引物 扩增出的产； 由同一异性弓 l 物扩增出产物； 由同一简并引物扩增出的产物。在 反中，其中后 种目标产物可以通过以嵌套的特异引物进行后续反应消除。 的 基 本 原 理 是 利 用 目 序 列 的 已 知 序 列 设 计 3 个 嵌 套 特 异 性 引 物 ，简称 ， 约 ，用它分别和 个有低 值的短的随简 并引物 ，约 组合，基因组 为模板根引物的 长短和特异的差异设不对称的度循环，通过分级反应来扩增特异物 流程

24、如图 示。 共分 次反。第一次反包括 5 高特异、 次特异、 次较低异性反 应和 个热不对称超级循环。 5 次高特异性应，使 sp1 已知序列退火并延伸，增加 目标序列的度； 次低异性的反应简并引物合到较多目标序列； 次低特异性 反应使 种物均模板退火，随后进行 次超级环。经上反应得到不同浓度的 种类型产物：特性产物型和非特异产物 ( 型和型 ) 。第二次应则将第一级反应的产物稀释 1000 倍作模板，通 次热不称的超循环，使异性产物选择地扩增，而非特异 产物含量极。第三次应又将第次反应的产物稀释作模板，再设置通的 反应或不 对称超级循，通过上 次 应可获得已知序列邻近的目标序列。 等曾用构的

25、含有潮素抗性基 ( 的双表达载体 化真菌， 后利用 法克隆得到的真菌转化子基因组 T-DNA 入区的旁序列并取了成 功。根据 区的 基因设了扩增右界的 3 个引物 ，以扩增左边界的引 物 HAS4 另外根据不同的化子分别计了简并物 ADl 引物位如图 所 示。在首轮 PCR ，以 为引物扩右边界以 扩增左界，然取首轮 产物为模板 进行二次 二次 PCR 产为模板 为模板进行三轮 PCR 将 3 轮的 产进行电泳分结果表明采 方法成 地从突变体获得了带 左右界的旁侧序而证明 法有效地扩增基 因旁侧序列方法，为动子的克又增添了 可行的方法。 不需 前任何 操作免了环化连接度快异性效高， 灵敏，在分

26、生物学研的各个领都有广泛的应用。2讨论以上介绍的种方法基代表了现的启动子克隆方法分别有不同的特和适用范 围。利用启动子针载体筛启动子时不需知道具体的基因序列避免了引设计能获 得大量的启子片段；缺点是需构建 1 个梭质粒，库、转化筛选，工作量大，费时 费力，而且隆、亚克的过程繁。因此在基因的遗传背景不是很清时往过探针载 / / 如何找一个基因的启动子序列呢？随机筛选启子。而 法的主要点是简便快捷、操简单；其缺点是只能扩增两端已知列间的 区且扩增特异性较其用条件是建立在对基因序列十分清楚的基础上只有知道因的 全序列根据已知序设计引物扩增出基因的启子此因序列楚的情况下 们首先想到就是 PCR 法。

27、法操作单，克服文库筛选克隆、亚克隆的繁琐步骤，对实验条件要求不，花 费少，在 法基础上，增加了 环化过程从而可以增只有一序列已知的 ， 由于不需要计和合成量昂贵的苷酸接头此免了物设计和有头而产生非特异性 产物的麻烦然而由于直克隆已知列外的未知 域依于 的环性而环化连接 过程中常常生多联体成副产物甚是主要产物导致非异扩增造成了闭环双的 的 PCR 扩增效率差经常得不满意的结果，同时酶切片段太长也会使扩增效下降。其用 于寻找只有端序列已的 未知 DNA 段进扩增。相对于 ， 经过设计形的是锅柄状单链 DNA 模板，而有效增加了引物及模 板结合的特性 能够完全部嵌套式扩增，因而产物有非常高的特异性缺

28、点是也 在 环化连接的弊端，但及 I-PCR 相，其 产物的特异性已大大增加目前，P-PCR 可以扩增位已知位点翼的大于 的人基因组 DNA 的启子，是目前止能扩增离已 知序列最远 序列的方因而常于扩增大片段的未知序列。利用载体的 PCR 克隆启子有实设计简便的优点在因组 中入含合适酶位点 的载体基于 PCR 法的又创新之处而其实验作较为繁特异差使用套式 ， 仍然有几条泳条带，而特异性物需杂交进一步确定。利用接头的 PCR 克隆启子的优是避免了 环改的接头可以通过形成锅结构 有效抑制非异性序列扩增但设和合成大量的核苷酸接头价格昂贵此外用常规加接 头的方法来隆启动子往往有接非特异产物产生特异性较低特产物需杂确定由于 利用接头的 PCR 法需要 化，通适用于寻找知 cDNA 周围