生物信息学实验_1_基因组序列数据库

1、核酸数据库检索NCBI, Ensembl生物信息学生物信息学实验2理论课程内容核酸序列数据库国际三大核酸序列数据库：GenBank, EMBL, DDBJNCBI 旗下著名的子数据库：RefSeq: The Reference Sequence DatabasedbEST: Expressed Sequences Tags Database基因组浏览器GBrowsers：Ensembl, UCSC 生物信息学实验3本次上机内容核酸序列数据库NCBI检索、数据(Flat file)下载基因组浏览器GBrowser及其应用生物信息学实验4An ExampleHuman Gene cGAS At c

2、hromosome 6: 73,423,711.73,452,297 strand: -1生物信息学实验5NCBI Entrez is the integrated, text-based search and retrieval system used at NCBI for the major databases.生物信息学实验6Query for gene cGAS in NCBI生物信息学实验7生物信息学实验8Human gene cGAS is selected，又命名为 MB21D1生物信息学实验9Now we are in the NCBI gene page of cGAS!生

3、物信息学实验10Scroll downDifferent ways to get Gene sequence (FASTA) and GenBank information of gene cGAS.生物信息学实验11cGAS gene has one mRNA.生物信息学实验12mRNA and Protein informationScroll downGenBank information on one isoform of cGAS mNRA and protein.13Download the GeneBank flat file (GenBank) or mRNA sequence

4、 (FASTA) of cGAS.header14FastaDefinition line生物信息学实验15Gene and protein information can be obtained in a similar way from gene and protein information pages.16Two ways to enter protein pageMethod 1生物信息学实验17Method 2Two ways to enter protein page生物信息学实验18Download GenPept, fasta or summary into a local

5、flat file or clipboard.生物信息学实验19问题与讨论请在Ensembl数据库中检索基因信息。试问检索结果和NCBI完全一致吗？ 例子依旧是 Human Gene cGAS 生物信息学实验20在Ensembl中的gene name：cGAS,Ensembl ID: ENSG000001644302项不一致的注释结果Scroll down生物信息学实验21Transcripts of this gene生物信息学实验22在左侧的Tables contents中选择splice variants (可变性剪切)生物信息学实验23cGAS基因的三种可变性剪切的形式生物信息学实验2

6、4拓展内容基因组浏览器GBrowser 例子依旧是 Human Gene cGAS 生物信息学实验25Still in the NCBI gene page of cGAS生物信息学实验26Gbrowser上还提供了大量的基因组其他相关整合信息，选择性勾选需要查看的信息。生物信息学实验27生物信息学实验28作业（用word或ppt制作成作业报告；报告中注明小组号码及成员列表; 将报告及其相关的文件打包，命名为：作业No_组No.tar or .zip，email或qq给我 ）要求完成可选择完成生物信息学实验29作业 (1)要求完成：在GenBank查询人类基因CDK2 (cyclin depe

7、ndent kinase 2) ，并细读基因、mRNA的GenBank信息：（1）获取基本的基因信息：序列长度、序列类型、物种信息和在染色体上的位置等信息。（2）告知该基因一共有几个reviewed 剪切体（transcript isoforms, NM_XXX but not XM_XXX）？（3）确定其编码区，告知所有reviewed剪切体的exons数量，以及5UTR， CDS，3UTR在该基因序列中的具体位置。（4）下载flat files：GenBank格式文件、基因序列及所有reviewed可变性剪切的mRNA和蛋白质序列。在Ensembl查询CDK2，基因注释信息是否与NCBI完全一致？在NCBI中查询 SARS-CoV-2 的基