BEAMnrcGUI使用说明翻译

1、EAMnrc,DOSXYZnr前EAMDPGUI用户手册摘要BEAMnrcGUI和DOSXYZnrcGU是为生成BEAMnrc和DOSXYZnr玳码的输入文件而创建的，它们通过配备接口和DOSXYZnrC!行。BEAMDPGUI是一个BEAMDPpile并运行BEAMnrc图形化的前端。本文介绍如何掌握和安装GUI,并简要说明其功能。为什么你需要这些GUI!BEAMnrc和DOSXYZnrc代码是用于模拟放射治疗单元和进行CT的剂量计算的大型EGSnrc用户代码，分别是BEAMDP和BEAMnrc运行后使用的数据处理工具。对于大型和复杂的加速器，BEAMnrc所需的输入文件可以导入那些对于用户

2、来说很大或混乱的文件。类似的DOSXYZnrc勺输入很复杂的，特别是对于来自任意方向的光束。BEAMnrc创建了DOSXYZnrcGUJ通过为每个参数提供一个标签和一个文本框或选项菜单，具有详细的说明（说明在帮助窗口中可用）来帮助用户创建和编辑这些文件。尽管用户手册代表了最终的权限，用户手册的大部分内容实际上在GUI中是可用的。BEAMnrcGUI中的一个额外的好处是对于每个CM的预览选项，您可以在其中看看你已经定义的CM的图形表示，预览整个加速器，以便您可以看到CM的相对位置。当加速器元件和输入参数已经被定义，则应在图形用户界面写运行BEAMnrc或DOSXYZnrd弋码所需的文件。BEAM

3、DP的接口需要根据所做的选择写入一个输入文件BEAMDP并运行。2获取和安装GUI2 .1Tcl/Tk所有的GUI都使用Tcl/Tk,并获得免费软件包。GUI开发使用Tcl版本7.5,Tk版本4.1或wishx。您可以获得Tcl/Tk版本8.4在http：/保该目录/（安装了Tcl/Tk的目录）/bin包含在PATH环境中变量。注意它（大多数Linux发行版已经包括Tcl/Tk,所以没有必要下载，除非它是一个不能与GUI一起使用的Tcl/Tk版本）。请注意，Tcl/Tk的制造商没有提供后续兼容性的承诺。因此我们不能保证这些GUI可以适用于所有版本的Tcl/Tk,尽管我们将在不久的将来努力这样做

4、。版本8.4似乎与当前版本的GUI一致。2.2安装GUIGUI作为OMEGA/BEAM安装的标准一部分安装，可从以下网址获得：http:/www.irs.inms.me.canms八rs/BEAM/usernanuals/DISTRIBUTION.html。有关如何安装OMEGA/BEAM的完整说明，请参阅BEAMnrc手册码。3 BEAMnrcGUI要从LinuxUnix窗口运行BEAMnrcGUI,请在提示符下输入beamnrc_gui。请注意，您必须提供Unix脚本beamnrc_cshrc_additions（或beamnrc_bashrc_additions）在.cshrc（或.ba

5、shrc）文件中。请参阅BEAMnrc手册有关这些脚本的更多信息。要在Windows环境中运行GUI,请双击GUI图标或使用Windows资源管理器进入目录$OMEGA_HOME/progs/gui/beamnrc并双击在beamnrc_gui上。GUI生成BEAMnrc需要的两个输入文件。第一个是文件具有扩展名.module,其中包含加速器中包含的组件模块及其识别名称。这些存储在$EGS_HOME/beamnrc/spec_modules中目录。创建的第二个文件具有扩展名.egsinp,并包含所有的相似参数，通常存储在与其模块文件名相对应白目录中，即$EGS_HOME/BEAM_<mo

6、duLename>。4 .1设置GUI默认值BEAMnrcGUI启动时会加载资源文件，为其定义颜色和字体应用。此文件称为.gui_defaults,首先在您的主目录中搜索如果没有在目录中找到GUI代码的。需要更改设置，将文件从$OMEGA_HOME/progs/gui/beamnrc复制到$HOME并进行编辑以反映您的优先级。3.2 指定加速器使用GUI的第一步是加载一个加速器。如果你想加载一个以前定义加速器，从主窗口文件中选择加载以前的加速器选项菜单（显示在本手册的前面）。GUI是启动的浏览器将允许您选择文件从最接近目录的$EGS_HOME/beamnrc/specnodules中加载

7、。否则将选择“指定新的加速器”选项。一个窗口将出现要您选择要添加到加速器的CM,如图1左侧所示。双击列表中的CM名称，或单击一次选择然后单击“>>”按钮，将CM文框中插入。输入标识符名称（最多8个字符），然后单击Add将CM添加到加速器。图1右侧的窗口显示保存选定CM的窗口。图1:用于指定新加速器（左）显示所选的加速器的窗口加速器中的CM（右）。当加速器完全指定时，必须先保存加速器才能继续。您不必输入文件名的扩展名；GUI将为您做到这一点。3.3 加载PEGS4截面数据PEGS4横截面数加速器加载或定义之后，系统会要求您输入加速器的名称同时使用的据文件。这是为了使GUI可以正常使用

8、分配您的材料选项。必须在空格中提供输入文件的完整路径名，使得简单浏览目录更有效率。如果您用户的$EGS_HOME/pegs4/data目录中有PEGS4文件$HEN_HOUSE/pegs4/data区域，您必须在用户区域中选择一个。并且BEAMnrc将首先搜索用户的$EGS_HOME/pegs4/data目录以查看横截面数据文件，否则将被强制执行。如果您要更改PEGS顾据文件，可以在主菜单上选择“更改PEGS4文件”选项。请注意，您更改您所选择的材料必须符合新的名称。3.4 定义仿真参数加载或指定加速器之后，就可以定义仿真参数了。如果已经有FileFan菜单输入文件，请选择在主窗口中加载上一个

9、输入文件。浏览器将允许您选择该文件；它将搜索您的目录，找到与加载的模块对应的目录。即BEAM_<moduLename>,如果找到，浏览器将从那里开始。否则将从启动GUI的目录中启动。要更改目录，请双击目录名称。要选择一个文件，请单击该文件名。要编辑主要的仿真参数，请选择“编辑主要参数”按钮选择CMs窗口。这个窗口上的每个参数都应该被填入提示输入其他相关参数。文件$OMEGA_HOME/beamnrc/beamnrc_usernacros.mortran包含宏定义一些主要模拟参数的默认最大值和最小值，以及允许的默认最大CM数量。必须编辑这个文件（和重新编译BEAMnrc）来更改这些参

10、数的值。3.4.1 EGSnrc输入参数在“主输入”窗口中，有一个编辑EGSnr第数按钮。如果你点击在此，然后打开一个窗口，您可以调整EGSnr流入参数（见图2）。如果您从EGS4/BEAM输入文件中工作，或者您正在从头开始，您将发现这些EGSnrc输入设置为其默认值（as它们在图2中）。默认值对于大多数加速器模拟是足够的，但是您可能需要更改参数以更好地利用EGSnrc来改进物理特性，特别是在低能量应用中。从GUI中保存输入文件时，EGSnrcinput参数将以特定的基于文本的格式自动附加到.egsinp文件的末尾。有关EGSnrcinputs的更详细描述，它们的默认值和输入格式，请参见BEA

11、Mnrc手册。nXjnstopE?1eromiEangulartarmplin9Simpleaclifnalener4v口：'-1HrftmiKcrosssectionsHH.?1Brun。Gomp丽/前。巾照aty1crowingalljcrittiniPHbS1A-l-7PauranqularimpingSimple1jjjjltiforFICAijJFlwtoelectronsitgularinplIngOff一1n-step溯gorilhniPRE3-A-ll一7Ri»y加ighscatteringOff一TectiOn?AtmoilcreldXifllioinisO

12、ff1|Dof-ej图2：显示默认值的EGSnrc输入窗口3.5 快速通道在您已经确定模块和输入文件同时加载的情况下，您可以从主窗口文件菜单上的加载上一个输入文件选项开始。浏览器将从启动GUI的目录开始。当你选择输入文件时，GUI将搜索与所选择的输入文件相对应的模块文件名，并首先加载它。即BEAM-<r.oduLename><inputfiLe>应该在modilename.module中定义力口速器。3.6 定义组件模块要编辑组件模块（CM）的参数，请单击与其相关联的编辑按钮（请参阅图1右侧的窗口）。将出现一个窗口，其中包含CM的必需参数输入框。典型的CONESTAKC

13、侬数窗口如图3所示。与该类型的CM相关联的默认值显示在窗口的顶部。如果它们不适合您需要的，可以在$OMEGA_HOME/beamnrc/CMs/<CMname>nacros.mortran中编辑它们。请注意，如果这些文件已更改，则更改将适用于所有用户。还显示了该CM前部加速器上的当前Z位置，基于在打开窗口的时间内为先前的CM定义的几何形状（重新打开窗口以获取此值的更新）。百趣COYEST眸LloncstalTliedefaultineMmiJiTinuriberofla/eni;PWhenthiswindowepenedjthepreviousCMendeda:13.5urn?ou

14、terradialooundarytorcm(cm】7jjoooo?FUePbanJCu5tatternyfoilshieldedbynrildsteel?口吃tone®of(raniorMtori，nCMtorvf0帕dmam)15.1fill0D9finodirmfNisians»»llumboroYconicallay&rs3Defineno呼rtesbinerraitusotouterwall(cin)|Z4bU?Eleclmicugrr电r电电yECUTIM)(MeV)07)OuturwailTIPliaUincutulTuiunqy(defau

15、ltPCUTIH)li.O?uo$ezonetornoscormq)?AssociEtleuntilbit|5?MatenajMiLUSTtbLKi图3:典型的CONESTAKC侬数输入窗口（mildsteel:低碳钢）。3.6.1 自动定义JAW设置的选项GUI中的JAWSopenings以两种方式组件模块允许.你可以输入他们直接指定x,y坐标,或者您可以使用字段大小和SSD来定义坐标。如果你选择后一个选项，那么一个窗口将打开要求您在光束焦点处指定半角宽度，SSD和Z值（通常是光子目标的前面和测量SSD的点）和你想要应用这个字段的对。颌骨的两个位置也必须被定义指定这些参数后，单击更新x,y值

16、。并且GUI将计算所选夹爪的开放坐标，并在"Definejaws”窗口中进行更新。然后，您可以继续为同一CM中的不同对的颌骨定义不同的字段。该算法基于简单的直线光束边缘，并且对于光子束的设置是非常有用的。例如，在10cmx10cm电子束中，光子颗可以设置为15X15场，因为刮板限定了场的尺寸。3.7预览组件每个CM底部的预览按钮将生成基于您输入CM参数的图。（如果在预览CM上发生错误，请关闭任何一个新窗口，并检查您是否输入了所有参数。）请注意，您可能需要重新调整轴线以实际显示；这是通过选择更改图表属性来实现的在预览窗口。默认缩放比例使任何方向上的可用空间最大化。可能会出现一个或多个画

17、布，具体取决于所需的视角数量显示CM几何。鼠标光标位置显示在右下角每个画布。每个画布使用单独的打印按钮，以便可以打印每个透视图或单独导出。选择打印时，系统将提示您选择颜色或黑色和白色，纵向或横向，并打印到文件或打印机。请注意与这些预览中使用的颜色相对应的材料可以看出在“预览”菜单栏中选择“更改颜色方案”。如果没有指定材料或者不存在于所选的PEGS4文件中，则会在预览中显示为黑色。3.8 预览加速器BEAMnrcGUI主窗口上的“预览”菜单按钮有一个选项“预览加速器”，这可以预览整个加速器的二维模型。选项菜单位于加速器预览窗口的左下角允许您选择加速器的x-z横截面（通过y=0）或y-z截面（通过

18、x=0）。绘制加速器的画布包含在滚动条中。默认值画布的尺度在z维度上为每厘米20像素，x或x的刻度y尺寸是根据画布的宽度来选择的，以便至少使用宽度显示加速器，无需滚动要更改刻度，轴的范围和滴答的数量，选择绘图属性按钮。要打印绘制加速器的画布，请选择打印按钮。该图将自动缩放以适合页面；如果你想要字体清晰可见，建议您调整缩放因子以适当缩放打印。画布的左侧是一个图例，显示了您所使用的所有材料加速器和用于显示它们的颜色。要改变这些颜色，单击颜色样本并更改滑动刻度上的RGB值。画布将使用新的颜色集重新绘制。与个人CM预览一样，如果是材料所选的不在指定的PEGS4文件中，该材料将在预览中显不'为黑

19、色。图4示出了这种预览的输出的示例。3.9 选择配色方案在主要BEAMnrcGUI窗口的“预览”菜单按钮下，选择“更改”配色方案。选择它将显示PEGS4中可用的所有材料的图例横截面数据文件和各个颜色已分配。要更改颜色，请单击色样，并选择与该材料相关联的新的RGB颜色。如果您喜欢使用灰度级（可能用于打印，则可以将颜色方案更改为通过选择灰度级单选按钮进行灰度调整。然后当编辑一个颜色一个刻度使用强度小部件。3 .10编译和运行BEAMnrc当所有参数都被设置完毕后，主窗口文件菜单选择将输入文件另存为选项。如果模块文件名对应的目录不存在。即BEAM<moduLename>,您将被询问是否要

20、在继续之前创建它。如果您不要，浏览器将从您的$EGS_HOME目录中启动。更改到该目录您希望保存文件，输入所需的文件名，然后单击“确定”写入文件。此时您可以退出GUI并运行BEAMnrc代码。注意请参阅BEAMnrc用户手册。您也可以运行命令行。BEAMnrc虽然对于任一方法，您必须先保存输入文件才能启动。首先你需要编译加速器代码。从执行菜单中选择编译。将出现具有不同编译器选项的窗口。默认选项是已经设定，如果您想了解有关这些选项的更多信息，请参阅BEAMnrc手册。选才iCOMPILED译代码。您根据它可能需要一些时间来编译机器的速度和加速器的大小。您将收到通知编译完成。最后，从执行菜单中选择

21、运行。出现带有运行选项的窗口，默认为交互模式。如果要将作业提交到队列，请选择batch.long默认的运行时间选项。对于并行作业，选择并行运行并输入编号在文本框中拆分运行的作业。单击EXECUTED亍代码。工作完成后您会收到通知。EX16MVp.egs4inp02/10/99图4:使用“预览加速器”预览EX16MVp加速器示例选项3.11已知错误和进一步更改不幸的是，没有任何方法来改变已经彳出了的加速器结构，即去除CM,添加CM,而不是完全重建它。如果你发现你需要这样做，你可能需要手动编辑文件，或者你可以使用您想要的组件构建新的加速器，并在旧文件中读取。但GUI读取之前发现的参数会遇到一个错误

22、。4 DOSXYZnrcGUI要从LinuxUnix窗口运行DOSXYZnrcGUJ请在.中输入dosxyznrc_gui提示。请注意，您必须已经使用Unix脚本beamnrc-cshrc_additions（或您的.cshrc（或.bashrc）文件中的beamnrc_bashrc_additions。参见BEAMnrc手册有关这些脚本的更多信息。要在Windows环境中运行GUI,请双击GUI图标或使用Windows资源管理器进入目录$OMEGA_HOME/progs/gui/dosxyznrc并双击点击dosxyznrc_gui。DOSXYZnrcm要用户生成一个输入文件，给出一个描述和

23、来源的归属。在GUI的顶层，你有四个选择：完全解除1 .启动一个新的输入文件。此选项允许您开始创建一组新的输入。如果在加载了输入文件后选择了这些参数，那么这些参数将被丢弃。2.加载以前的输入文件。这允许您选择您已经创建的输入文件。3.编辑参数。这将带您进入主编辑屏幕，无论是否已加载一个输入文件。在启动时，此选项与启动新输入具有相同的效果文件4.4.将输入参数保存为可将输入参数保存到文件中$EGS_HOME/dosxyznrc目录。4.1 编辑DOSXYZnrc参数“编辑参数”选项将转到具有四个部分的主窗口。第一个是标题，建议您将标题中输入文件的名称作为标识符。在第二部分，您将被要求为模拟定义虚

24、像。为此，您可以使用从CT数据创建的虚像，或者您可以定义体素。选择与您选择的方法对应的单选按钮，然后单击使用按钮定义幻影。将弹出一个新窗口，您可以在其中定义虚影。“编辑参数”窗口的第三部分要求您输入常规仿真参数。4.2 加载以前的输入文件加载先前的输入文件选项将转到目录浏览器，您可以从中选择要加载的输入文件。浏览器的默认过滤器适用于具有extension.egsinp的文件。选择文件后，系统将要求您提供PEGS4数据文件的名称。与BEAMnrcGUI不同，DOSXYZnrcGU段有检测PEGS4文件中列出的材料与输入文件中使用的材料相匹配的错误检查程序。选才iPEGS岐件后，出现参数编辑窗口。

25、4.3 使用CT数据定义幻像如果您使用CT数据选择虚像定义，则将被要求通过浏览从当前目录中选择一个.egsphanfile。这些文件可以使用ctcreate创建。有关详细信息，请参阅2004DOSXYZnrc用户手册的第15部分。4.4 用体素定义体素体素通过体素定义，您将被提示选择一个PEGS较叉截面数据文件（如果尚未定义）。这对于定义在虚影中所使用的材料至关重要。通过浏览$EGS_HOME/pegs4/data目录或$HEN_HOUSE/pegs4/data区来选择文件。如果从$EGS_HOME/pegs4/data目录中的$HEN_HOUSE/pegs4/dataarea中选择一个文件，

26、系统会要求您选择后者。这是强制执行的，因为DOSXYZnrc彳tBEAMnrc,首先在$EGS_HOME/pegs4/data目录中查找这些文件。一旦选择了PEGS4文件，将出现幻像定义窗口，连接3个部分。第一步是定义x,y和z方向上的体素尺寸。为了实现这一点，您可以选择2种方法。您可以通过输入每个体素的开始位置和每个体素的结尾来单独定义体素，例如。对于体素1,x1和x2形成x边界。您还可以通过指定组中的体素数和组中每个体素的宽度，根据需要设置多个组来定义组中的维度。第二步是定义幻影中使用的媒体。媒体数量您必须首先输入您要使用的定义媒体按钮。在这个新窗口中，选择菜单用于选择每个介质。第一个条目

27、，介质1,是默认介质。一旦指定了这些，点击定义体素媒体设置单个体素的介质。您只需要明确指定不包括介质1的元素的介质，介质1就是上一个窗口中的第一个条目。最后，设置输出选项，以前称为IZSCAN在这里，您可以指定输出剂量的区域。每页的x扫描意味着输出的每个页面将包含x轴上的一个z值。每页的z扫描意味着输出的每一页将包含z方向上的一个y值的数据，例如，如果您想要看到中心轴区域的数量。该虚像定义部分需要其他四个参数，全局电子和光子截止能量，最大长度以及允许打印20个最高剂量总结的选项。4.5 定义源下一节是源的定义。第一个选项菜单允许您选择粒子类型。注意，“全部”只能在相对空间时使用。可用的源包括可

28、从BEAMnrc的输出获得的标准源类型和相空间源。图5显示了从前面定义平行光束的源选项的窗口。单选按钮允许用户在单能量束或光谱之间进行选择。按钮生成一个窗口，其中包含每个源所需参数的完整描述。图5:来自前面的并行光束的源选项窗口。对于相位空间源，除了源所需的参数外，还应输入体模周围区域的厚度和介质。默认介质为VACUUM,默认厚度为50cm。应通过浏览您的主目录或$OMEGA_HOME来选择相位空间波束输入文件。也必须指定此文件的格式。您还可以选择使用包含或其他的过滤器来计算剂量。为此，请选择相位空间输入剂量分量单选按钮。位过滤器的选项菜单将变为活动状态，您可以设置过滤器的类型和包含位。4.6 仿真参数编辑参数窗口的第三部分要求您输入常规的模拟参数，例如历史数，IWATCH输出，最大CPU时间，随机数生成器种