清华分子动力学模拟入门ppt课件

1、多体系统分子动力学Multi-body SystemMolecular Dynamics引 言 物质根本构成分子、原子 在分子、原子这个微观程度上来调查物质：多体世界 查清楚微观世界，宏观就清楚了 从微观思索问题的现实可行性 从微观思索问题的必要性 物性的观测性参数：热传导、温度、压力、粘性、. 微观处置的前提 知微观粒子间的相互作用 假设 分子为球，惰性，分子间的作用只取决于分子间的间隔 分子动力学 (Molecular Dynamics，MD)MD的运用 领域：物理、化学、生物、资料等 MD方法能实时将分子的动态行为显示到计算机屏幕上, 便于直观了解体系在一定条件下的演化过程 MD含温度与

2、时间, 因此还可得到如资料的玻璃化转变温度、热容、晶体结晶过程、保送过程、膨胀过程、动态弛豫(relax)以及体系在外场作用下的变化过程等 水和离子在微小硅孔中的运动 聚乙烯的结晶MD的根本原理 用牛顿经典力学计算许多分子在相空间中的轨迹 求解系统中的分子或原子间作用势能和系统外加约束共同作用的分子或原子的牛顿方程。 模拟系统随时间推进的微观过程。 经过统计方法得到系统的平衡参数或输运性质 计算程序较为复杂，占用较多内存MD的主要步骤 选取要研讨的系统及其边境，选取系统内粒子间的作用势能模型 设定系统中粒子的初始位置和初始动量 建立模拟算法，计算粒子间作用力及各粒子的速度和位置 当体系到达平衡

3、后，根据相关的统计公式，获得各宏观参数和输运性质分子间势能及相互作用 N个粒子系统的总势能NjiijNNNNrVrVrVrVrVrVrVV11,-22311312)()()()()()()(dVrVr刚球模型( )0rdV rrd( )( )dV rr斥力力心点模型dr V-( )( )rdV rdrdrSoutherland模型模型分子间势能及相互作用 Lennard-Jones势能 能量尺度； 长度尺度 为方便，时常归一化： 记 ；6124)(rrrV612/1/14)(rrrVVV/rr/612114)(rrrV V(r) F(r)排斥力 V(r), F(r)r吸引力分子间势能及相互作用

4、 一些气体的参数 kB=1.38x1023(J/K): Boltzmann常数NeonArgonKryponXenonNitrogen(nm)0.2750.34050.3600.4100.370/kB(K)36119.817122195分子间势能及相互作用 相互作用 标量方式： 直角坐标： 至此，各粒子间相互作用知，可进展模拟了)(rVrmf( )( ),yxffV r xV r ymrrmrr )(rVmF模拟的数学方法 Euler法和Euler-Cromer方法？ 不能用：不能坚持总能量守恒 Verlet算法：速度方式12121212111212112nnnnnnnnnnnnnnxxvta

5、tvvaatvvatvvat 模拟的数学方法 Leap-frog算法： x的截断误差为 ，v的截断误差1/21/211/21/22nnnnnntnnnvvtaxxtvvva4()Ot2()Ot模拟的数学方法 边境条件 模拟才干限制，不能模拟大量分子，只能模拟有限空间中的有限个分子：有限空间边境 固体刚性边境条件 不仅仅有分子间的相互作 用，还引入了壁面的作用 分子量大时，壁面作用可 忽略不计233611aaaN和壁面作用分子数壁面积总分子数体积3aN 总分子数壁面积和壁面作用分子数 模拟的数学方法取 ， 前比值为0.20.01。取前值，模拟粗糙；取后值，模拟计算量太大处置方法：运用周期性边境条

6、件周期性边境条件210N610 a模拟的数学方法两个不同粒子在x或y方向上的最大分别间隔为a/2最小像商定：两粒子分别间隔最大分别间隔，相互作用力可以忽略，而参与其中像粒子之一相互作用力来思索?2a2/aa模拟的数学方法思索的粒子总数不变初始条件随机初始条件给法之一 要求 大小：条件一：规那么给法条件二：随机给法max|Vv ) 1random2(maxVv模拟的数学方法 random：随机数产生函数，产生(0，1)之间的随机数。 方向(按球坐标给法)： 分量 ： xyz)5 . 0random(2arccos()5 . 0random(2arccos)0.5random(sign180180

7、;1800cossinvvxsinsinvvycosvvz模拟 微观量 温度 根据统计热力学，平衡态下经典系统的能量中的每一个二次项具有平均值kBT/2,即 留意：上式在系统质心速度为0时适用iiiBvmTNkd2212空间维数粒子个数：取时间平均模拟问题：如何给定系统的初始条件，得到所需求的平衡态温度Teq？处理方法之一：速度标定法 任给初始条件，模拟到平衡，得到系统平衡态温度T。普通TTeq。令 用速度 再模拟直到平衡，假设所得温度仍不等于Teq，再进展上述过程TTfeq/1/diifvv给定初始条件：xi，vi计算到平衡态|T - Teq| f = Teq/ Tvi = vi f 1/d

8、计算终了YN其它方法：Gaussian热浴法约束温度调理方法 其根本原理在运动方程中参与“摩擦力项，并将其与粒子速度联络起来。平衡态时，系统温度不变，因此dEk/dt=0iiifmamv0iiiv a 2iiiiif vmv宏观性质的统计 系统的势能 系统的内能 系统的总能 E = Ep+Ek 系统的温度1( )pijij NEV r 22kiipEm21iiiBTmvdNk模拟 热容 定义热容 计算系统在温度T和T+T时的总能ET、ET +T，VvTECE：系统总能TEECTTTv模拟 压强 对壁面的压强t时间里作用在单位面积壁上的压力tiv时辰，速度为ttiv 时辰，速度为 iiiitvv

9、mdAp1刚性壁模拟 粒子速度分布 选速度间隔v，模拟nt个时间步，记录在每个速度间隔中的粒子数，最后归一化。vv)(vNvvvv2模拟 气、液形状方程 维里定理(Virial Theorem)iiiBFrdTNkpV1压强体积粒子i的位置矢量粒子i所遭到的其它粒子的合相互作用力温度的模拟可得此项在温度的模拟根底上再模拟此项模拟例：用此可确定高密度气体和液体形状方程(van der Waals方程)中的系数理想气体形状方程在高密度情况下不可用确定系数a和b21abTkpB气体密度CASE(1) - Couette Flow Size of domain is:12.51x7.22x16.711

10、,1,1.5,0.6,0.02,1.4llwwwlllwwwlwallFT6126124()ijijijijErr6127124( 612)ijijijijdEFdrrr If is less than 0, then the two species are immiscible.i, j represent different speciesCASE(1) - Couette Flow ztimeCASE(1) - Couette Flow zCASE(2) - Contact Angle SimulationMass: m1=1, m2=8, m3=0.8L=25.05,W=6.56H=1

11、0.29T=1.2110.21110.211ij126( )ijijLJijijVrrri, j=1,2,3, 1 red fluid, 2 - wall, 3 green fluid VCASE(3)- Rayleigh-Taylor instability generation(重力场)Dzwinel, W., Alda, W., Pogoda, M., and Yuen, D.A., 2000, Turbulent mixing in the microscale: a 2D molecular dynamics simulation, Physica D, Vol. , pp. 157

12、-171.Fig. 1. The snapshots of MD simulations of the RT instability for two particle systems: (A) closed; (B) open (the heavy fluid is coloured inlight grey while the lighter one is dark grey, the black part of the figure is empty, i.e., it does not contain particles).Fig. 2. The effect of converging

13、 geometry obtained by MD simulation of one million particles in the microscale.0.5 mCASE (4)Typical translocation eventA 1.4V bias applied to membrane.20 base-pair fragment of double stranded DNA placed in front of a nanopore.End of DNA nearest to the pore is pulled into the pore by its charged back

14、bone (a,b)System reaches a meta-stable state (c) and translocation halts.Base-pairs start to split. Some freed nucleotides adhere to pore surface.Voltage increased momentarily to drive system out of metastable state.DNA exits pore. One of the bases holds firmly to the pore surface.After 50ns, most o

15、f DNA has left pore. Nine of twenty base pairs are split. Bubble nucleation on solid surfacesMaruyama, S, and Kimura, T., 2000, A Molecular Dynamics Simulation of a Bubble Nucleation on Solid Surface, Heat and Technology, Vol. 18, pp. 69-73.Molecular transport in dropletsMaruyama, S., Matsumoto, S., and Ogita, A., 1994, Surface Phenomena of Molecular Clusters by Molecular Dynamics Method, Thermal Science and Engineering,