深度测序小RNA

1、Illumina HiSeq TM 2000深度测序所得的小 RNA(sRNA)几乎涵盖所有 RNA，包括 miRNA、siRNA、piRNA、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、repeat associate sRNA 、 exon或intron降解片段等。通过与已知数据库进行比对、寻找样品与数据库之间在基 因组位置上的overlap 等方法，对sRNA进行注释，同时选取没有被注释上的sRNA，使用华大自主开发的软件Mireap预测novel miRNA 。1 实验流程小分子RNA是生物体内一类重要的特殊分子，诱导基因沉默，参与细胞生长、发育、基因转录和翻译等诸多生命活动的调控过

2、程。基于Illumi na HiSeqTM 2000高通量测序技术的小 RNA数字化分析，采用边合成边测序(SBS-sequencing bysynthesis),可减少因二级结构造成的一段区域的缺失。并具有所需样品量少，高通量,高精确性，拥有简单易操作的自动化平台和功能强大等特点，一次性获得数百万条小分 子RNA序列，能够快速全面地鉴定该物种在该状态下的小分子RNA并发现新的小分子RNA ,构建样品之间的小分子 RNA差异表达谱，为小分子RNA功能研究提供有力工具。 其实验流程如图1和图2 :a因羽测图1小RNA测序厳务蘆程持品商雀异与JEM2.信息分析流程lllumina HiSeqTM

3、2000 测序所得49nt序列，通过去接头、去低质量、去污染等 过程完成数据处理得到干净序列，对其进行序列长度分布的统计及样品间公共序列统计。 将清理后的干净序列分类注释，可以获得样品中包含的各组分及表达量信息。将所有小RNA片段注释后，用剩下的未注释片段来进行：1. novel miRNA 的预测；2.已知miRNA的碱基编辑预测。其流程如下图:filter km QualitvComnwn/$.pKrfcsequelsFu：l- egi*i s<imH RNAMfiS1 Triir： S' Ktptif2 Cteun up too s/r*ll E邸 md c(Mitaman

4、«1>oir 介 . iStandard analvsisle ftgthUn«nnc：»tedSift-NAKn*wnExon,KnowntlRNAS,RepeatSFNAmiRNAUp巾piANAtRIVAs.*nR帖阳，RgreckjttkorTPotenLinrRSA申hov?miRAVpr 电 melon图3. RNA | =息分析流程3 .技术优势?高通量：一次测序得到 800万条以上的序列?不依赖已知信息：既能鉴定已知small RNA 又能发现新small RNA?高分辨率：可以检测单碱基差异?高精确度：从几个到数万个拷贝精确计数?良好的重复

5、性：深度测序保证了检测随机性，重复性非常好，无需技术重复4.应用领域5 .运用small RNA测序技术发表的部分文章 Hu ZB, Che n X, Zhao Y,et al. Serum microRNA sig natures ide ntified ina geno me-wide serum microRNA expressi on profili ng predict survival of non-small-cell lung cancer. Journal of Clinical Oncology. 2010, 28(10):1721-1726. Chen X, Gao CH

6、, Li HJ, et al . Identification and characterisation of microRNAs in raw milk during different periods of lactation, commercial fluid, and powdered milk products. Cell Research. 2010: 1-10. Liu SP , Li D, Li QB, et al . MicroRNAs of Bombyx mori identified by Solexa seque ncing. BMC Ge nomics. 2010,

7、11: 148. Liang CW, Zhang XW, Zou J,et al . Identification of miRNA fromPorphyra yezoe nsis by High-Throughput Seque ncing and Bioin formatics An alysis. PLoS ONE. 2010, 5(5): e10698. Che n X, Li QB, Wang J, Song CN, Wang C, Zhang CQ, et al . Deep sequencing discovery of novel and con served microRNA

8、s in trifoliate orange (Citrus trifoliata). BMC Gen omics. 2010, 11: 431.et al. Identification and characterization of no vel amphioxus microRNAs by Solexa seque ncing. Genome Biology. 2009, 10(7): R78 (1-13). Wei Y, Chen S, Yang P , et al. Characterization and comparative profiling of the small RNA tran scriptomes in two phases of locust. Genome Biology.2009, 10(1): p. R6. Chen X, Ba Y, Ma LJ, et al . Characterization o