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文档简介
1、近来研究 ROC,有一点心得,也有一个疑问。ROC 曲线理论以真阳性率(灵敏度)为纵坐标,假阳性率(1特异度)为横坐标绘制。各种作图软件的比较、软件的下载安装、作图的具体步骤:(1)Excel 做的散点图:(由于我们经常使用 Excel,所以开始时觉得这个方法较容易接受。但由于 Excel毕竟不是做 ROC 曲线的专用工具,所以需要自己算出敏感度和特异度,而且无 ROC 曲线的分析。)这个方法要算出相应的敏感度和 1-特异度的值,然后选中数据区,做散点图,只是做参照线(也就是对角线)的时候,有点麻烦,因为 Excel 的线性拟合的截距不是 0,改为 0 后,斜率不是 45。,而且没有相应的点,
2、所以我是用了小聪明,拷贝了两列特异度作为数据源,在原来的散点图中添加数据,画的参照线。roc师制 3。如 50抽前 so1 帕1-特异度(2)Spss15.0 作图结果: (只能进行 ROC 曲线下面积 AUC的非参数估计,以及找出最佳工作点,使用该软件的感觉有点像 matlab,有两个窗口,个人感觉该软件功能很强大,只是软件的下载很费事,要下载相应的算号器。在安装的过程中,使用算号器破解。)1:建立数据表(Filenewdata)输入数据,数据表的界面如图二,可以在 dataview(修改数据的数值)和variableview(修改数据的类型)之间切换。Ai*ldataforROC(3tes
3、t).savDataSet3-SPSSDFile旦出七岂白中R&taTransformGraphsUtilities也;3口口(与国与国幼幼田田淤唯六日工二嗪淤唯六日工二嗪21:Idiagnosis|test1test2test311112.70124.00241.9021104.00135.80246.003088.90149.80243.904125.70122.70260.6051123.30iS8,4G285.906I120.6014L2Q267.907y130*3013L1026g.6081129.60148.00237.809097.90130,60232,7010094.
4、90120*00221.1011I140.20140.90280,30121119.70142.10272.0013098.60133.00237.8014077.30121770209.2015139.90128.802T4.90160taViewX97.90Variable1116.60/lew/224.702:AnalyzeROCCurveTestVariable(选择你的测试值,可以有多个,本例为 testl、test2、和 test3 的比较,故选择 3个值),StateVariable(选择测试结果彳本例为 diagnosis)ValueState(判断正确的取值,本例为 1)Di
5、sply 的选项全选。在 Output 窗口可以得到如图所示的曲线。taltlUzf2HitiRfifAIap.eemedcalc 作图的结果:(该软件的界面很友好,比 spss 好用,分析功能强大,有详细的 ROC 曲线的 report,作出来的图也很漂亮,双击图像可以对图的显示效果做调整,只是每次使用该软件,第一次点击显示不能使用该软件,第二次要输入:MedCalcsn:Username:JodiHodnikProductkey:9SPP9-WA699-KY8MK-565PF 才可以使用。1:建立数据表:(和 spss 类似)2:StatisticsROCCurveROCCurveanal
6、ysis(画一个结果的 ROC 曲线)或者 ComparisonofCurves(多个结果的比ROCCurveSaurerthrCurv*oo2。:0%Qt1-SpecificityDiifonilstirprofitedby303JHOSTJEdwojX(WOpWMS9A4RD30廿5同共刊召回疑问:在蛋白质分类的预测结果中 test 这一列的取值是什么?为研究这个问题,我做了以下的 ROC 曲线:(ROC 也算是了解了,希望可以用到我的论文中,蛋白质预测的最终能得到一列和 test 这一列同样性质的值吗?)(1)test3 和 state 取值相同时,做出来的蓝色的 ROC 曲线是一条最理
7、想的 ROC 曲线,(AUC=1)statedtestZtestJ11131110410890112711123111121111301113010980095011401112010990011011401098011341113811131111101ROCCurveDiagonalsegmentsareproducedbyties.SourceoftheCurvetost3tost2(2)在 statue 中输入 20 个值(14 个 1,6 个 0,该行表示实际的判定结果,即真假样本的个数),在 test 中输入一些值,=20 的:判定为 0 的有 13 个,判定为 1 的有 2 个。20 的:判定为
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